在希安离去后，维持着和平日常的MIDICITY。但，随着企图歼灭音乐并支配一切的“暗之女王”的出现，前所未有的最大危机正在逼近——

另一方面，回到现实世界的希安——圣川诗杏，由于在学校的音乐活动中毫无干劲而苦恼。诗杏在突然的瞬间回想起了在MIDICITY度过的快乐日子。而正体不明的某人，正在逼近这样的她的身旁。希安等人的命运究竟会如何！？

シアンが去った後、平和な日々が続いていたMIDICITY。だが、音楽を殲滅しすべてを支配しようとする｢闇の女王｣の出現により、かつてない最大の危機が迫っていた。―――――　一方、現実世界に戻ったシアンこと聖川詩杏は、学校の音楽活動でグダグダと悩んでいた。ふとした瞬間、MIDICITYでの楽しかった日々を思い出す詩杏。そんな彼女の元に、得体の知れない何者かが迫る。シアン達の運命やいかに！？―――――