El día de su cumpleaños, Clary Fray descubre que ella no es quien creía ser, sino una descendiente de una larga línea de 'Cazadores de sombras' -humanos mitad ángeles que se dedican a cazar demonios. Después del secuestro de su madre, Clary debe apoyarse en Jace y en su misterioso equipo, Isabelle y Alec, para aprender a navegar en este misterioso y peligroso mundo. Con su mejor amigo, Simon, a su lado, Clary deberá aprender a vivir entre hadas, hechiceros, vampiros y hombres lobo para así encontrar las respuestas que podrían ayudarle a recuperar a su madre. Nada es lo que parece, incluyendo a Luke -el mejor amigo de su familia que sabe más de lo que está dispuesto a aceptar-, así como el enigmático hechicero Magnus Bane, quien podría tener la llave para desbloquear los secretos del pasado de Clary.

Con el conocimiento de que Valentine está vivo y en la búsqueda de la Copa Mortal, el Instituto está en alerta máxima. Sin perder tiempo, Jace entra en acción y figuras recuerdos de Clary son la clave para encontrar Jocelyn y La Copa Mortal. Por desgracia, los recuerdos de Clary fueron eliminados dejándola sin ningún recuerdo de esa otra vida que podría ayudarla y el equipo. Con sólo una otra opción restante, Jace, Isabelle y Alec muy reacios toman Clary a la Ciudad de Hueso para hacer frente a los poderosos Hermanos Silenciosos. Mientras tanto, Lucas continúa su búsqueda de Clary, y ...

Con Simon cautivo en el Hotel Dumort, Clary suplica a Jace, Alec e Isabelle que la ayudara a rescatar a su mejor amigo. Mientras el equipo se prepara para la misión, Jace Clary ayuda a aprender más acerca de sus poderes cazadores de sombras, Isabelle se vuelve hacia ella Seelie favorito para Intel, y Alec comienza a cuestionar los motivos de Jace y su lugar en su sociedad. Mientras tanto, un Simon muy asustada pone muy de cerca y personal con Camille, el líder del clan de los vampiros.

Después de conseguir una pista sobre quién pudo haber borrado los recuerdos de Clary, la tripulación persigue el Gran Brujo de Brooklyn, Magnus Bane. Con todos los brujos en escondiéndose de día de San Valentín, el equipo debe atraer a Magnus con algo que no podrá rechazar - una fiesta asesino y algo muy valioso. Pero con emociones corriendo alto, más pueden salir de su reunión con Magnus que sólo la recuperación de recuerdos de Clary. Mientras tanto, Simón no parece ser el mismo después de su reciente encuentro Submundo.

Las tensiones aumentan entre Alec y Clary, ya que no ven a los ojos sobre la mejor manera de cazar a San Valentín. Pero cuando Jace y Isabelle son enviados en una misión de inteligencia a las Seelies por Maryse Lightwood, Alec se puso a cargo de mantener a Clary seguro, mucho que tanto de su disgusto. Con su-como-clavos duros madre de vuelta en la ciudad y las tendencias de reglas sin precedentes de Clary, Alec se encuentra luchando para atenerse a las reglas Claves manteniendo su promesa de Jace. Mientras tanto, el paquete de New York City del hombre lobo comienza su búsqueda de Clary y La Copa Mortal.

Con Lucas en extrema necesidad de ayuda, Jace, Clary y Simon lo llevan a la guarida de Magnus con la esperanza de salvar su vida. Una vez allí, la historia de cómo San Valentín llegó a ser el mal y Jocelyn y Luke pasado se reveló a Clary con la esperanza de desencadenar el recuerdo de lo que pasó con la Copa Mortal. Mientras tanto, Isabelle y Alec tienen la tarea de restaurar su apellido en los ojos de la Clave.

Después de unir las piezas las pistas en cuanto a donde su madre ocultó la Copa Mortal, Clary, Jace, Alec e Isabelle están en el reloj para encontrar su escondite antes que nadie. Pero con los demonios y los subterráneos al acecho en todas partes, la obtención de la Copa puede no ser tan fácil como esperaban. Mientras tanto, ya que los síntomas de Simon se vuelven cada vez peor, que teme que se está convirtiendo en un vampiro.

Con palabras de Alec, Jace y "actividades extracurriculares" de Isabelle Clary con llegar a la Clave, un convoy se envía al observar los Lightwood que ejecutan el Instituto de Nueva York. Una vez que llega El representante Clave, es muy clara la cantidad de problemas son los Lightwood. Mientras tanto, Clary se enfrenta a una decisión devastadora.

Tras el ataque, el Instituto y la Clave están en máxima alerta y no tomar prisioneros para obtener respuestas. Cuando Lydia realiza una llamada muy duros en los Seelies, Jace, Clary y Isabelle temen que esta decisión podría ser desastroso y el camino equivocado para derrotar a Valentine. Al no tener otra opción, el trío toma medidas drásticas para detener lo que está a punto de tener lugar. Mientras tanto, Simon se esfuerza por hacer frente a su nueva situación, y Alec es emocionalmente roto con lo que está sucediendo en el Instituto.

Clary y Jace obtener un consejo de Meliorn que puedan encontrar Valentine mediante la localización de un portal en otra dimensión, pero sólo Clary pueden adentrarse en este nuevo mundo. Clary lo encuentra en este universo alternativo es que la vida no es como si la amenaza de los demonios ya no existía y cazadores de sombras ya no eran necesarios. Mientras que ella se da cuenta de que esta dimensión es la vida que siempre soñó, Clary debe actuar con rapidez o ella perderá a sí misma en el mundo alternativo para siempre. Mientras tanto, Alec e Isabelle deben hacer frente a las consecuencias del ataque Submundo.

Después de recibir importantes Intel sobre Valentine de un aliado sorprendente, Clary, Jace y Lucas idean un plan para rescatar a Jocelyn. Con la misión de buscar casi imposible, los tres se detendrá ante nada para rescatar a la madre de Clary y poner fin a Valentine una vez por todas. Mientras tanto, el Inquisidor Herondale llega en el Instituto para el juicio de Isabelle como Alec vuelve a Magnus en busca de ayuda.

La lucha con la revelación de sus pasados ​​compartidos, Jace y Clary evitar el contacto cercano mientras se trabaja con Magnus para rastrear brujo Ragnor Fell, que puede ser la clave para despertar el estado de coma Jocelyn.

Jace, que todavía se está recuperando de todo lo que ha sucedido, hace que la caza de San Valentín su prioridad número uno a pesar de que continúa luchando con sus sentimientos en conflicto. Con la esperanza de encontrar una manera de detener Valentine antes de que sea demasiado tarde, Clary y Simon tienen que encontrar la llave para abrir el coma de Jocelyn. Pero eso llave para abrir el hechizo de Jocelyn sólo puede deshacer el tratado Downworlder la paz, la relación de Simon con Raphael, y el clan del vampiro en el proceso.

Jocelyn se reúne con su familia. Clary y el nuevo jefe del Instituto discrepan en cómo rescatar a Jace de Valentine, quien revela un oscuro secreto.

Valentine tiene una nueva idea para ganarse a Jace, Simon le pide ayuda a magnus y Clary busca el equilibrio entre su vida pasada y la actual.

Con la vida de Alec pendiente de un hilo, Jace trata de salvar a su parabatai mientras enemigos de ambos mundos confabulan contra los guerreros.

Jace sigue presionero mientras Clary atrapa un demonio que penetra el instituto. Por otro lado, Jocelyn podría enfrentar un importante cambio.

Cuando un devastador ataque contra el Instituto deja a los shadowhunters heridos y confusos, Clary recurre a medidas desesperadas para deshacer una tragedia.

Izzy y Clay acuden a una secta guerrera de shadowhunters que podría saber más sobre una misteriosa espada.

Aparece la hermana de Luke y trae discordias entre él y Clary sobre los próximos pasos. Por otra parte, Simon recibe consejos amorosos de alguien inesperado.

Alec planea la ceremonia de runas para su hermano Max, pero la tensión aumenta entre los shadowhunters y conduce a una velada de dolorosas revelaciones.

Clary enfrenta un gran obstáculo y la activación del pacto de sangre de Iris. Mientras tanto, Isabelle y Raphael se acercan cada vez más.

Mientras Valentine ejecuta su plan, los Shadowhunter se movilizan rápidamente para proteger al mundo subterráneo, y la vida de Clary está en peligro.

Los shadowhunters quedan devastados tras el ataque de Valentine al instituto, pero se ven obligados a luchar contra un demonio que amenaza Nueva York.

Mientras Valentine y Magnus intentan escapar de la cárcel, Jace lucha con una nueva identidad, y los shadowhunters enfrentan un posible alzamiento.

La súbita muerte de varios shadowhunters obliga a los líderes del instituto a tomar medidas polémicas para defenderse de una violenta revolución del mundo subterráneo.

Clary, Jace y Simon parten hacia la Corte Seelie para obtener respuestas de la reina de las hadas, mientras Alec prepara un acuerdo de paz con los subterráneos.

Simon despierta sin memoria y bajo sospecha de asesinato, mientras Alec transfiere a Valentine a Idris, y alguien del pasado de Sebastian surge de la nada.

Tras los últimos acontecimientos, a Simon le cuesta observar el Día de Expiación, mientras Clary y Jace viajan a Idris para encontrar a Valentine.

Los shadowhunters se apresuran para encontrar el último de los Instrumentos Mortales, y Clary descubre que su hermano Jonathan está trabajando para Valentine.

Después de un devastador ataque en el Instituto, todo el mundo está en alerta mientras los cazadores de sombras se acercan a la caza deJonathan. Mientras tanto, Simon y Maia ayudan a un nuevo submundo mientras la Reina Seelie exige una respuesta de Magnus y Luke.

Con Valentine y Sebastian sueltos, los del Submundo se unen para hacer una elección sorprendente.

Jace y Clary se apresuran a hacer una posición final, pero cuando un traidor es revelado, Jace y Clary pueden tener una pelea más grande en sus manos de lo esperado. Mientras tanto, Alec y Izzy deben luchar contra una gran masa de demonios que han aparecido inesperadamente, mientras Luke y Simon se dirigen a la Corte Seelie para tratar con un negocio inconcluso con la Reina Seelie.