Op Time Square wordt een mooie vrouw naakt gevonden. Ze heeft geen herinneringen uit haar verleden en haar volledige lichaam is bedekt met ingewikkelde tatoeages. Haar ontdekking krijgt direct de aandacht van de FBI.

Het team ontcijfert een cryptische tatoeage die verwijst naar majoor Arthur Gibson, een Air Force piloot met een pijnlijk verleden en dodelijke agenda. Jane blijft zoeken naar aanwijzingen om haar identiteit te achterhalen. Weller denkt dat hij misschien Jane's ware identiteit kent.

Een beruchte groep dieven volbrengen bijna de perfecte juwelenroof. Slechts één dief, met een Navy SEAL tatoeage identiek aan die van Jane, wordt gevangen genomen. Kent deze man Jane? Ondertussen krijgt Jane bezoek en een mysterieuze waarschuwing.

Patterson en haar vriend David, een puzzelexpert, decoderen een tatoeage dat het team naar het Center of Disease Control (CDC) stuurt. Daar ontdekken ze een verborgen boodschap op Jane's lichaam dat wereldwijd catastrofale gevolgen kan hebben. Ondertussen groeien Jane en Weller dichter naar elkaar toe.

Een schijnbaar eenvoudige gijzeling blijkt grotere internationale gevolgen te hebben. De CIA en FBI proberen allebei dezelfde crimineel te pakken. Carter twijfelt aan Jane's betrouwbaarheid waardoor er wrijving ontstaat met Mayfair en Reade's loyaliteit aan het team op de proef wordt gesteld.

Wanneer een moord het team leidt naar een gevaarlijke app waarmee criminelen overheidsvoertuigen kunnen volgen, moeten ze samenwerken met de maker om de app uit de lucht te halen. Jane en Weller proberen hun relatie professioneel te houden. Zapata worstelt met een morele kwestie.

Een van Jane's tatoeages stuurt het team naar een afgelegen locatie waar ze oog in oog komen te staan met een gevaarlijke crimineel. De zaak stelt de gespannen relatie tussen Jane en Weller op de proef en dreigt om de geheimen van Mayfair bloot te leggen. Ondertussen breekt Patterson de regels om een tatoeage puzzel bloot te leggen.

Nadat een politieagent is vermoord, decodeert Patterson een verontrustende tatoeage die de moord lijkt te voorspellen. Het team jaagt een gewelddadige aanwijzing na om verdere aanvallen te voorkomen. Mayfair onthult geheimen uit haar verleden aan Weller, waardoor hun relatie serieus getest wordt.

Jane en Weller gaan undercover als een eersteklas moordenaars-echtpaar om te voorkomen dat dodelijke informatie in de verkeerde handen terecht komt. De intieme opdracht brengt hen dichter naar elkaar toe. Ondertussen begint David aan een solo-missie om Patterson terug te winnen. Carter botst met Mayfair over hoe je een gevaarlijk individu moet behandelen.

Het team vindt een duimafdruk in het gecodeerde boek wat een netwerk van Russische spionnen blootlegt die actief zijn in de VS. Na het volgen van een reeks aanwijzingen uit het boek zijn ze in staat een spion op te pakken. Die bekend dat de Russen als doel expats en politieke dissidenten hebben met als uiteindelijk hoofddoel senator Riewolt.

Jane is huiverig om een reeks enorme onthullingen over haar tatoeages en worstelt met de vraag of ze Oscar nog kan vertrouwen. Ondertussen zorgt een tatoeage ervoor dat het team een schokkende ontdekking doet in de Zwarte Zee.

Nadat een verknipte oorlogsveteraan uit Irak een schietpartij begint op een militaire basis onthult het team een sinister plot. Als zowel Jane als Weller proberen een doelbewuste wetenschapper te stoppen herinnert Jane haar eigen mysterieuze militaire verleden en overweegt ze een nieuwe relatie te beginnen met Oscar.

Nadat een tip onthult dat er een mol aanwezig is in het FBI kantoor in New York, moet het team de jacht maken op het lek onder toezicht van inspecteur Fischer. De diepste geheimen van het team staan op het punt om onthult te worden en iedereen is een potentiële verdacht. Sommige, met name Jane Doe, hebben echter meer te verbergen.

Een anonieme tip zorgt ervoor dat het team een dringende zaak in de dodencel gaat onderzoeken waarbij uiteindelijk Zapato undercover gaat. Nadat Jane bijna gepakt wordt tijdens de jacht op de mol overweegt ze de FBI te verlaten.

Wanneer er een schilderij uit een galerie wordt gestolen waar een van Jane's tatoeages op staat ontdekt het team dat Jane het echte doel is. Om haar te beschermen geven ze haar de status AWOL (ongeoorloofd afwezig zonder reden).

Nadat een gepantserde vrachtwagen beroofd is ontdekt het team dat de gestolen goederen bestaan uit chemische wapens. Ze moeten alles op alles zetten om een terroristisch complot te verijdelen. Ondertussen worstelt Jane met een verwarde herinnering aan Weller en krijgt Patterson een telefoontje van iemand uit haar verleden.

Nadat Patterson een verborgen boodschap vindt in een kruiswoordpuzzel in de New York Times, gaat ze op tatoeage jacht dat haar in gevaar brengt. Oscar vertelt Jane eindelijk meer over wie hij was en Weller vraagt naar zijn vaders mening over wie Taylor Shaw heeft gekidnapt.

Om een gevaarlijke internationale crimineel te pakken worden Jane en Weller gedwongen om samen te werken met de enige persoon waar hij een ontmoeting mee heeft: hun voormalige doelwit, Rich DotCom. Jane moet beslissen of ze een morele, twijfelachtige opdracht van Oscar moet uitvoeren.

Wanneer tijdens een onderzoek van een tatoeage er een schietpartij uitbreekt op een school splitst het team zich op om de schutter te pakken. Ondertussen krijgt Mayfair te maken met enkele zaken uit haar verleden.

Wanneer een mysterieus jong meisje met een connectie tot de tatoeages onder de zorg van Borden valt, brengt hij haar zaak naar het team van de FBI. Haar banden met een terroristische organisatie blijken echter gevaarlijk te zijn voor hen allemaal. Ondertussen begint de strijdlustige Jane weer haar banden aan te halen met Weller en ontstaat er een vriendschap tussen Borden en Patterson.

De FBI zit gevangen als een stel criminele hackers het gebouw infiltreren waardoor het team vast zit in SIOC. Als ze hun weg naar buiten vechten worden Mayfair, Zapata, Reade en Sarah geconfronteerd met hun persoonlijke conflicten.

Wanneer er een achtergelaten baby gevonden wordt met een tatoeage identiek aan één van Jane, probeert het team zo snel mogelijk de identiteit van de baby vast te stellen en tientallen baby's te redden. Een woedende Jane confronteert Oscar met het resultaat van haar geheime missie.

Weller zoekt naar de waarheid van een hartverscheurende en verwarrende bewering. Jane roept de hulp in van een voormalige verdachte om Oscar te helpen. Ondertussen probeert te rest van het team een vriend te helpen.

Na te zijn ontsnapt uit de handen van de CIA wordt Jane ingerekend door het team van Weller. Zij overtuigen Jane om zich tegen haar oude terroristische organisatie te keren, waar ze grote geheimen uit haar verleden ontdekt. Het bedrog van beide kanten dreigt Jane en het team voorgoed uit elkaar te drijven.

Het team racet tegen de klok om een corrupte DEA-agent tegen te houden, die stinger raketten aan een drugskartel wil verkopen. Ondertussen doet Weller er alles aan om het team bij elkaar te houden na de gebeurtenissen met Jane en de toevoeging van Nas als mede leider van het team.

Weller en het team doen er alles aan om een serie van escalerende bomaanslagen in New York tegen te houden. Jane wordt door haar oude organisatie gedwongen om een huurmoord uit te voeren om haar loyaliteit aan te tonen.

Nas en Weller werken aan hun rollen als mede leiders tijdens een operatie om een museumgala moordenaar met een duister geheim tegen te houden. Jane begint een softere kant van haar oude organisatie te zien.

Nadat een prominente politicus bijna is vermoord tijdens een bijeenkomst moeten Weller en het team samenwerken met U.S. Marshal Allie Knight om een bendeleider uit te schakelen.

Weller en Nas maken jacht op een gevluchte klokkenluider in Bulgarije. Jane gaat op een Sandstorm missie met Roman. Reade en Zapata houden zich bezig met een noodgeval.

Rich Dotcom keert terug bij de FBI wanneer hij hulp nodig heeft met een belangrijk probleem en bescherming wil. Reade en Zapata maken ruzie over een zaak.

Weller en Jane raken tijdens een undercover missie vermist, waardoor het team zich wendt tot twee criminelen die er meer over weten. AUSA Weitz keert terug met een vendetta tegen het team.

Nadat Jane ontdekt dat Sandstorm zich klaarmaakt voor een aanval riskeert ze alles om een SOS-signaal naar haar team te sturen. Het team van Weller bestormt het hoofdkantoor van Sandstorm.

Patterson is vermist en Roman loopt vrij rond. Het is aan Jane en Weller om hem eerder te vinden dan Shepherd. Zapata vindt ondertussen een gecodeerde boodschap die de FBI naar de locatie van Borden weet te brengen.

Nadat een van de meest gezochte terroristen plotseling in New York opduikt, moet het team samenwerken met de CIA om een bomaanslag te voorkomen.

Een ongewone tatoeage leidt naar Roman, waarna het team hem samen met Jane bij een motorbende undercover stuurt. Jane en Roman maken een riskante deal met de bende om Sandstorm in de val te lokken en Shepherd te arresteren. Ondertussen moeten Patterson en Reade hun demonen onder ogen zien.

Het team heeft een grote doorbraak in de Sandstorm-zaak als het de ware identiteit van Shepherd aan het licht brengt. Weller ontdekt zijn mysterieuze en decennia-oude connectie met Shepherd.

Een tatoeage brengt het team op het spoor van een geheime genootschap. Alleen Rich Dotcom, één van de alumni, kan dit genootschap infiltreren.

Het team maakt jacht op een dodelijke koerier uit de onderwereld nadat een set tatoeages meerder aanknopingspunten geven.

Weller en Jane komen oog in oog te staan met de bron van Nas in Sandstorm. Ze moeten het nu zien op te nemen tegen een oude vijand.

Jane en Oliver komen in een gevaarlijke situatie terecht waarbij hun geheimen boven water komen. Niet wetende of ze elkaar kunnen vertrouwen, moeten ze samen in leven zien te blijven.

Het team wordt onderzocht door een oude rivaal en het blijkt lastig om overeind te blijven. Een tatoeage brengt hen ondertussen op het spoor van een mysterieuze dode in een weeshuis.

Jane en Weller gaan undercover bij een grote machtige hackers die op zoek zijn naar verborgen schatten. Shepherd reist naar Thailand om een wapen te bemachtigen.

Zapate belandt in de gevangenis samen met een machtige persoon van Sandstorm: Devon. Weller en het team krijgen het lastiger dan ooit om Zapate te redden.

Het team weet eindelijk iemand van Sandstorm te breken. Dit zorgt meteen tot een enorme doorbraak in het ontdekken van fase twee.

Terwijl de FBI met een groot verlies probeert om te gaan, bevindt Weller zich middenin een onverwachte situatie. Jane gaat ondertussen een onzekere toekomst tegemoet.

18 maanden na het scheiden van wegen onder mysterieuze omstandigheden, wordt het FBI-team weer bij elkaar gebracht door een nieuwe crisis.

Terwijl het team zich aanpast aan hun nieuwe dynamiek - en de nieuwe tatoeages - vechten ze tegen een gevaarlijke buitenlandse macht die een satelliet probeert te kapen.

Terwijl Jane en Weller een collectief van gevaarlijke computerhackers opsporen, moeten Patterson en Rich Dot Com samenwerken om een ​​explosief geheim van hun verleden te verbergen.

Terwijl het team op een ​​dodelijke bommenwerper jaagt die Manhattan terroriseert, onthult Jane een verpletterend geheim van haar jeugd.

Terwijl Jane worstelt om te gaan met een geheim van haar verleden, racet het team om een ​​internationale crisis te voorkomen.

Het team gaat undercover op een filmset om een ​​terroristisch complot met onwaarschijnlijke geldschieters te stoppen. Roman chanteert Weller met een vreselijk geheim over Jane.

Geconfronteerd met een dreiging binnen de FBI, wordt het team gedwongen om een ​​geheime operatie uit het appartement van Jane en Weller uit te voeren. Een tatoeage leidt naar een arts met een dodelijk geheim.

Terwijl het team samenwerkt om een ​​vijand neer te halen, staan ​​Jane en Weller voor een giftig geheim dat hen uit elkaar dreigt te scheuren.

Na een persoonlijke strijd moet het team een ​​manier vinden om samen te werken om ontbrekende kernkoppen te vinden.

Het team racet om een ​​dodelijk terroristisch complot te dwarsbomen met behulp van de journaliste van Reade.

Terwijl Jane en Weller samenwerken met een mysterieuze man uit het verleden van Jane om een ​​vermist persoon te vinden, racet het team om een ​​wapendeal te stoppen.

Weller en zijn voormalige FBI-partner komen samen voor een gevaarlijke undercovermissie terwijl Zapata een vijand uit het verleden ondervraagt.

Een verrassend bezoek van Nas leidt het team om een ​​gevaarlijk stuk technologie te onderzoeken dat is gestolen van de NSA. Roman en Blake groeien dichter naar elkaar toe als ze deelnemen aan een high-stakes pokerspel.

Wanneer Patterson's onderzoek naar een tatoeage resulteert in een vreselijk incident, probeert ze erachter te komen wat er mis ging, maar beseft al snel dat alles niet is zoals het lijkt.

Het team moet beslissen of zij een gevangene vertrouwen die hen waarschuwt voor een gevaarlijke samenzwering. Zapata zit gevangen tussen de FBI en de CIA. Roman en Crawford stoten zich af over hoe om te gaan met een veranderlijke situatie.

Een CIA-bron dreigt het team uit elkaar te halen. De positie van Rich in de FBI wordt in twijfel getrokken. Roman en Crawford brengen een dag samen door onder vreemde omstandigheden.

Het FBI-team en Avery wonen een gala bij dat wordt georganiseerd door hun doelwit Hank Crawford in de hoop hem te arresteren. Roman groeit dichter naar de Crawfords toe.

Jane en haar team moeten vechten voor hun leven wanneer Roman huurmoordenaars op hun afstuurt. Ondertussen gaat Patterson op een date, Jane en Weller gaan eten, en Zapata woont een begrafenis bij.

Het team moet samenwerken met een excentrieke complottheoreticus om te voorkomen dat Crawford een dodelijk wapen verkrijgt. Roman worstelt met zijn privéleven om Blake te behouden tijdens het voltooien van een reeks geheime missies.

Nadat er schokkend nieuws over Avery's vader bekend is geworden, moeten Jane en Weller een ongrijpbare crimineel opsporen. Pattersons vader help het team in het lab.

Jane wordt gedwongen om iemand vanuit haar verleden te betrekken bij het neerhalen van een gevaarlijke vijand.

Jane en Weller sporen Roman op waar het allemaal begon en proberen hem te stoppen.