Shayla est kidnappée par Isaac, le frère de Vera, et DJ. Ils forcent Elliot à pirater la prison de Vera pour le faire sortir en échange de Shayla. Malgré la tentative de Mr. Robot de le persuader de laisser mourir Shayla, Elliot rend visite à Vera pour espionner le réseau informatique de la prison.

Dans un flashback Shayla rentre chez Elliot, son voisin de palier, et lui donne son poisson rougeQwerty. Elle veut être son ami malgré son malaise envers les gens. Elle lui propose également de contacter un fournisseur de suboxone, Vera, malgré sa réputation de psychopathe. On retrouve Elliot un mois après l’assassinat de Shayla dont il se reproche la mort.

Un flashback, qui se passe en 1994 dans la boutique de réparation informatique nommée « Mr. Robot » tenue par le père d’Elliot, montre un client venant se plaindre que le jeune Elliot lui a volé de la monnaie. Puis un accéléré montre la devanture de la boutique changer pour devenir une agence de E. Corp. Après que Mr. Robot a raconté le passé à Elliot, ce dernier s’énerve.

La routine qu'Elliot s'impose ne porte toujours pas ses fruits : Mr Robot continue de le harceler jour et nuit pour qu'il reprenne ses anciennes activités. Le hacker tente tant bien que mal de canaliser son alter ego en marchandant une rencontre avec Tyrell, toujours porté disparu. Le FBI, bien décidé à traduire les membres de fsociety en justice, confie l'enquête à la brillante Dom DiPierro. De son côté, Angela gravit petit à petit les échelons dans son nouveau travail au sein d'E-Corp. Son ascension suscite beaucoup de jalousie chez ses collègues, mais la jeune femme s'accroche malgré ses nombreux doutes…

Complètement dépassée par les événements, Darlene se résout à appeler son frère à la rescousse, mais Elliot sent qu'elle lui cache quelque chose. Mr Robot rôde toujours, et Elliot repousse comme il peut les assauts son alter ego. Mais ce dernier est plus que jamais déterminé à reprendre la lutte, et propose à son hôte de jouer une fois pour toutes leur destin avec une partie d'échecs. Pendant ce temps, les agents du FBI fouillent de fond en comble l'ancien quartier général de fsociety dans l'espoir de trouver des indices. DiPierro croit toujours en ses chances de débusquer les pirates informatiques…

Les mystérieux ravisseurs conduisent Angela dans une maison, où elle se trouve face à une enfant lui posant une série de questions absurdes. A l'hôpital, l'agent Dipierro, choquée mais indemne, veut continuer à enquêter, persuadée que cette dernière opération de la Dark Army était destinée à effacer des indices avant d'effectuer une attaque de plus grande ampleur. Mais son supérieur lui conseille de laisser tomber.

Elliot ne peut plus reculer et doit s'infiltrer dans le bâtiment des archives d'E Corp pour stopper l'étape 2 avant que la Dark Army ne fasse tout exploser. Mais Mr Robot tente de l'empêcher de mettre ses projets à exécution même s'il doit le blesser pour parvenir à ses fins. Le hacker tente de le court-circuiter. En vain.