手塚晴は将来の夢や希望も定まらず、家業の居酒屋を手伝いながら、手当たり次第に採用試験を受けては不合格の通知を受け取っていた。たまたま手にしたパイロット養成の募集要項を見て、安易な気持ちで受験した晴だったが、試験で操縦したフライトシミュレーターで空を飛ぶ感動を味わう。飛行機にも乗ったことのなかった晴は、その時初めてパイロットになりたいという目標を持つ。そんな折、小さな製作所から内定通知が届く。晴の飾らない性格を見抜いて、宮田社長が採用を決めたのだ。しかし晴が正直に自分の心境を打ち明けると、宮田は晴が採用を断ったにもかかわらず応援してくれたのだった。

一方、航空会社の採用担当官・篠崎にも嘘をつかない正直な性格が認められ、晴は順調に選考を通過していった。そうして最終選考まで進む中、晴の他にもう一人、女性の受験生・小田千里が残っていた。晴は会社説明会で千里と出会った時から気軽に声をかけたが、パイロット一筋に勉強を重ねてきた千里にとってはうっとうしい存在であった。しかし最終的に二人とも候補生として採用され、同じグループで訓練を受けることになり、お互いに自分には無い部分を見つけ、徐々に打ち解けていく。同じグループには二人の他に4名の男性訓練生がいて同じ寮で生活しながら訓練を受けることになる。

グランドスタッフの研修を行うことになったパイロット訓練生、略してP訓たちは飛行訓練がないことに不満を抱きながらもしぶしぶ仕事をこなしていた。しかし晴だけは持ち前の明るさと家業の手伝いで慣れた接客の手際の良さで喜々として励んでいた。そんな中、晴は酒に酔った客の面倒を見ていたが、搭乗時刻になっても現れない。晴は必死に探し出し、カウンターまで連れてきたが、グランドスタッフでP訓を担当する鈴木倫子の「酔った状態では乗せられない」という判断により、次の便への振り替えが決まる。その時、晴は倫子が言った「セカンドベスト」という言葉に違和感を感じた。

数日後、沖縄から北海道へ向かうツアー客が予定より遅れて到着。乗り換えまでの時間は少なく、高齢者が多い団体で、乗り場も離れていた。倫子は短い時間での移動は困難と判断し、ここでも「セカンドベスト」、すなわち翌日の便への振り替えを決める。そして倫子には遅延や健康への影響について諭される。しかし晴は楽しそうな乗客の姿を見て「旅行の大切な一日を失わせたくない」という強い思いに駆られ、倫子の制止を振り切り、誘導を開始してしまう。初めは乗り気ではなかった千里や同じグループの男性P訓四人だが、晴の熱意に共感し協力し始める。ところが団体客の一人がトイレに行きたいと言い出し、晴が案内することになったのだが、更なるトラブルが発生する。

依然としてコクピットに座ることもなく苛立ちを隠せないP訓たちは、次に機材整備の研修を受けることになる。地味で根気のいる仕事は飛行機好きの者にとっては興味ある作業だが、その辛さに耐えられなくなり投げ出す者も出る。次第に6人がそれぞれ勝手な行動をとるようになる。国木田教官や吉岡整備士も訓練生たちのチームワークのなさを危惧する。研修の終盤、2014年3月31日に完全退役するボーイング747-400Dを熱心に整備する吉岡たちの姿を見る。整備士たちの無事故へのこだわりと油断することへを戒めを知った晴たちの心は動かされ、最後の清掃を全員で手伝う。お別れセレモニーに参加した6人は全員でパイロットになることの決意を新たにする。

P訓たちは羽田空港から体験搭乗に出発する。まだ一度も飛行機に乗ったことのない晴は、初めてのフライトに心がときめいていた。晴は面接を担当した篠崎が機長である新千歳空港行きの便のコックピットに意気揚々と乗り込んだ。しかし一旦機体が離陸し始めると、篠崎たちの専門用語ばかりの会話を聞いて、晴は全く理解できず、すっかり自信を失ってしまう。寮に戻った他のP訓たちは体験搭乗での思いを熱く語る。それを聞いて晴は、さらに意気消沈する。晴は千里に打ち明けようとするが、なかなか本気で取り合ってくれない。思いつめた晴は国木田教官に直接「辞めたい」と話す。国木田は晴を突き放しながらも、晴にもう一度チャンスを与える。篠崎も晴に何故採用されたのかも含めてもう一度よく考えるようにと諭す。晴は実家に戻り、家業の手伝いを終えると、二人の言葉を思い返していた。

寮に戻った晴は、国木田に採用試験の時に使ったフライトシミュレーターへ連れ出され、当時の様子を聞かされる。晴は不安を訴えるが、国木田は最後にアドバイスを与え、もう一度、体験搭乗の機会を与える。

いよいよP訓たちはアメリカでの実機訓練に旅立つ。現地に着いた彼らに待ち受けていたのは、過酷なミッションの連続だけではなく、言葉や習慣、食べ物の違いだった。そして学科教習を何とか終え、実機訓練前筆記試験にもギリギリで通過した晴だったが、最初のフライトではやはり緊張してしまい、現地訓練教官の英語が理解できず、訓練は進まなかった。そのしわ寄せは、晴のバディである千里の訓練時間の減少となって表れる。我慢の限界に達した千里は国木田に晴とのバディ解消を直訴し、他のP訓たちとも距離を置くようになる。しかし国木田は逆に千里にしか晴のバディは務まらないと、千里の指導力に期待していることを明かす。そこで千里は一大決心をし、必死に晴と自主トレーニングを開始する。時に弱音を吐きながらも、晴は千里の教えを真剣に受け、上達していく。そしてついにソロフライトの日が来た。P訓5名は順調に飛行を終え、最後に晴の番がくる。晴は千里と励んだ練習を思い出し、必死に落ち着き、全力を尽くして操縦する。そして無事に着陸した時、P訓たちは歓声を上げて晴を迎えたが、千里は一人滑走路の傍にいた。

P訓たちは難関の一つである、計器飛行試験の日を迎える。チャンスは2回。これに合格しないと、訓練を中止し帰国することになる。試験終了後、国木田がこの日の合格者は1名だけだと告げると、皆は千里を注視する。ところが名前を呼ばれたのは岸井だった。国木田は、小鳥と諸星は横風への対応のまずさ、晴と山田は横風への対応は良かったが計器飛行の操作の不十分さ、千里はバードストライクで動揺し、着陸でのミスをそれぞれ指摘する。完璧を目指していた千里は落胆するが、国木田の助言とバディである晴の明るさに励まされ、元気を取り戻す。二人で続けていた朝のジョギングに、他のP訓たちも参加し始め、不合格をバネに結束力が高まっていく。2度目の試験に向かって真剣に練習を繰り返したP訓たちに、最後のチャンスとなる計器飛行試験の日がやってくる。

千里はまたしても不運なことに、アクシデントに会う。対向機が近寄ってきたのだ。その後、無事着陸はしたのだが、国木田は飛行中から押し黙っていた。晴は着陸の際に強い横風に流されたが、P訓たちが声援を送る中、落ち着いて着陸し、全員の飛行を終えた。ついに国木田の結果発表を聞くときがくる。国木田は「今日の合格者は4名だ」と告げ、彼の口から意外な不合格者の名前が呼ばれる。

計器飛行試験を受けていた千里は、接近してきた別の機体を見てパニックを起こし、操縦不能に陥っていた。その後の操縦と着陸はエリックが代わっていたのだ。試験終了後、国木田から不合格を告げられた千里は気丈に明るく振る舞うが、P訓のメンバー達はいたたまれない気持ちでいた。晴は千里が失敗した原因や悩みを打ち明けられなかったのはバディである自分のせいだと悔やむ。千里が帰国すると、晴に一冊のノートが渡される。そこには千里からメンバー一人ひとりへのアドバイスとメッセージが詳細に書かれていた。メンバーたちは千里の観察の鋭さに驚かされるとともに、千里のことをもっと見てあげればよかったと後悔する。一方、日本では篠崎と地上スタッフが出迎えていたが、千里の姿はなかった。それを聞いた晴は居てもたってもいられず、次の試験を受けずに帰国すると言い出す。国木田はそれは反って千里の意に背くことになると説得する。結局、千里は別の便で帰国したことが判明するが、所在はつかめないままであった。

ついにP訓たちはアメリカでの訓練を終え、帰国する。他のメンバーたちが友人や家族らとの再会を喜び合う中、晴は千里に連絡を取ろうとするが応答はなかった。

所在が分からず、晴が必死に連絡を取ろうとしていた千里だが、偶然再会した国木田に辞職願を渡す。パイロット不適格とされた千里にとって、空に関わる他の部署に就くことは耐えられなかったのだ。ついに篠崎は父親として千里と向き合うことを決心し、過去の出来事を詫びるとともに千里の今後について親身になって考え、真剣に話す。それまで父に反発していた千里だったが、挫折を味わった今では、素直に父の言葉に耳を傾けることができた。晴は自分の気持ちを千里にぶつけ、将来を案じて必死に他の仕事を探して引き止める。他のP訓たちも千里の気持ちを変えようと姑息な手段まで考えるが、千里は応じない。口では冷たくあしらっていた国木田だが、皆の前で篠崎から聞いた千里の幼い頃の夢を語る。それを聞いた千里は訓練での日々が脳裏に浮かび、空への憧れを取り戻し、退職を思いとどまる。千里と晴の仲も以前のように親密に戻る。そして晴たちは次の訓練へと進むのだが、晴は父親から話があると連絡を受けていた。

ボーイング767のシミュレーター訓練が始まった。小型機と違い、速度も一段と速くなり、操縦の手順も複雑になる。意気揚々とした晴だったが、父・茂雄から母・よし美ががんであるという連絡をもらって愕然とする。晴は母のことが気にかかり、訓練に身が入らなくなる。晴の様子を心配した国木田は、ディスパッチャーの資格を取るため仕事に励んでいた千里に、晴の力になってやるよう話をする。そこで千里が晴の相談に乗ろうとするが、晴は何も語らない。母が入院した後、晴は皆に内緒で実家の居酒屋を手伝い、夜中に寮に戻って自習をしていた。しかし訓練では集中力を欠き、さらに食事もほとんど手がつかない状態だった。ついに晴は訓練の後、倒れてしまい、医務室へ運ばれる。P訓たちが見守る中、国木田はパイロットは片手間でやれるほど甘い仕事ではないと言い放つ。国木田は千里に言い過ぎたろうかと語る。千里は晴と話すが、晴は心の整理がつかなかった。

休日の夜、晴は寮で休み自習していたが、やはりじっとしていられず実家に行くと、千里やP訓の皆が店を手伝っていた。さらに仲間だけではなく、すず、倫子、かなこ、国木田の姿もそこにあった。晴の母はその話を聞いて決心して店に戻り、晴も母の思いや皆の気持ちを支えに、見極め試験を無事に乗り切った。千里は晴との秘密は作らないという約束通り、自分は国木田のことが好きであると打ち明ける。

体調を崩して訓練が遅れている晴は、他のP訓たちより一週間遅れての最終審査を迎えることとなる。先に審査を終えた4名は無事合格する。しかし千里を脱落させてしまった国木田は教官として責任と焦りを感じ、また自身のバディだった弦太の思い出とも重なり、訓練中に思わず晴を怒鳴ってしまう。国木田の落ち着かない様子を感じた篠崎は国木田を激励する。また篠崎は千里にかつて国木田と弦太の間にあった出来事を話す。それを聞いた千里は、国木田に晴には今まで通りきちんと向き合ってほしいと強く申し出る。一方、既に合格したP訓たちは晴の練習に付き合い、実際の審査で気づいたことを晴にアドバイスしていた。晴は母のことを気遣いながらも熱心に練習に励んでいた。その夜、国木田が食堂でかのこに弱音を吐いていると、千里から国木田とバディの話を聞いた晴が駆け寄り、国木田が最後まで自分の教官であってほしいと直訴する。そして国木田とP訓たちとの猛特訓が始まる。

一週間後、遂に審査の時が来る。P訓たちが廊下で聞き耳を立てる中、国木田は晴に合格を告げる。晴たち5名はシミュレーター課程を修了し、実機訓練へと進む。そんな折、晴は父から母が亡くなったという知らせを受ける。すると晴は国木田の胸で泣き崩れる。ちょうどそこに千里が見送りに現われ、二人の様子を見て呆然とする。その日からさらに10日が経ち、晴は悲しみを乗り越え、実際の機体を操縦し、空へ飛び立ってゆく。

P訓たちははれて3本ラインの制服に身を包みOJTへと飛び立つ。晴は病欠の機長に代わり、篠崎が機長を務める伊丹便に乗ることになる。オペレーションサービスで千里から情報を受けた後、晴は篠崎から最後に晴と飛んでみたかったと聞かされる。口止めはされたが黙っていられない晴は千里にこっそり話す。千里は晴に機長の言うことは守らなければならないと諭すが、展望デッキに出て晴と篠崎の乗った便を見送る。その夜、ラストフライトを終えた篠崎は一人で寮を訪れ、かなこを相手にグラスを傾けていた。そこに千里と国木田が現われ、突然の引退を決めた篠崎に対し怒りを露わにしてしまう。篠崎は千里に対し、素直に謝るが、千里は父に感謝の言葉をかける。そして3人でささやかな送別会を始めた。P訓たちはOJTを終え、副操縦士の辞令が渡される。晴の初フライトはクリスマスイブの夕方、16:15発新千歳行きANA73便（国木田が機長）に決まった。すると晴は国木田に話があると呼び出す。それは国木田のことを異性として意識していないという告白だった。唖然とする国木田だったが、その夜寮で夕食を待っていると、今度は千里が現われ、一言「好きです」と告げると、呆然とした国木田を残して去っていった。

晴の初フライトの日が来た。晴は父と宮田社長を招待していた。オペレーションサービスでは、新千歳の天候は吹雪で、着陸できずに羽田に引き返す可能性もあると話し合われた。いよいよ晴と国木田の新千歳行き73便が離陸する。悪天候の中、時間は多少かかりつつも順調に飛行を続けた73便だったが、新千歳空港への着陸寸前、滑走路が目視できず、ゴーアラウンド。搭載した燃料の状況から再度の着陸をすることが難しくなり、羽田に引き返すこととなる。その時、元P訓の仲間たちはそれぞれ予定があったが、都合をつけて73便の羽田到着準備に力を貸す。到着後、新千歳に向かう客は臨時便で新千歳に向かったが、当初臨時便で使用する機種が767から急きょ777に機種変更となり、その日767型機スタンバイ要員であった諸星の初フライトは実現しなかった。全ての業務が終わり、客が去ったロビーに国木田と同期6人が集まり、入社説明会〜採用試験〜訓練〜初フライトまで共に過ごした時間に思いをはせる。