1962: Deutschland und Japan haben den Krieg gewonnen und Amerika unter sich aufgeteilt. In den Japanischen Pazifikstaaten wird Juliana Crains Schwester Trudy auf der Straße erschossen, kurz nachdem sie ihr eine mysteriöse Filmrolle übergeben hat. Währenddessen schließt sich im Großdeutschen Reich an der Ostküste der junge Joe Blake dem Widerstand an.

Nachdem ihre Habseligkeiten gestohlen wurden, nimmt "Trudy" alias Juliana eine Arbeit in der Neutralen Zone an und wartet auf die Kontaktaufnahme des Widerstands. Ebenso wie Joe Blake, der im Auftrag von Obergruppenführer Smith da ist. Frank wird inzwischen im Gefängnis vor eine unmenschliche Wahl gestellt: er soll Juliana verraten oder seine Schwester und deren Kinder sterben.

Joe und Juliana stoßen im Wagen des ermordeten SD-Agenten auf eine Karte, die sie zu einer grausamen Entdeckung führt. Als sie unauffällig die Stadt verlassen wollen, geraten sie in die Schusslinie des "Marshals". Frank sinnt nach der Ermordung seiner Schwester und deren Kindern auf Rache und besorgt sich eine Waffe.

Während Frank sich Munition für den alten Colt besorgt, bittet Juliana Lem sie zum "Mann im hohen Schloss" zu führen, damit sie ihm den Film übergeben kann. Joe erhält den Befehl sich ebenfalls anzuschließen und den "Mann im hohen Schloss" zu erschießen. Doch alles kommt anders als erwartet und Joe muss improvisieren, um nicht als Nazi-Agent selbst erschossen zu werden.

Während Lem in San Francisco den neuen Film abholen soll, bereiten Juliana und Frank ihre Flucht in die Neutrale Zone vor. Dank des von Frank gefälschten "Sitting Bull" Halsreifs, den Childan den Kasouras verkauft hat, haben sie genug Geld für die Flucht. Doch Joe und die Yakuza durchkreuzen ihre Pläne.

Karen und Lem zahlen Lösegeld für Juliana. Um auch Joe zu befreien, überredet sie Frank, der Yakuza das Geld zu geben, das für ihre Flucht gedacht war. Joe erschießt bei seiner Befreiung zwei Yakuza-Wachen und schnappt sich den Film. Später verspricht er, Frank und Juliana zur Flucht zu verhelfen. Doch Obergruppenführer Smith hat andere Pläne.

Frank wird von Joe hingerichtet - in dem neu aufgetauchten Film. Aufgrund dieser Filmszene lässt sich Juliana vom Widerstand überreden, Joe in einen tödlichen Hinterhalt zu locken. Im Gegenzug sollen sie und Frank außer Landes gebracht werden.

Julianna wird vom Widerstand gefangen genommen und stellt sich den Folgen ihres Verrats. Sie bekommt Antworten zu ihrer Vergangenheit, die aber noch beunruhigendere Fragen über ihre Zukunft aufwerfen, und nicht nur ihre eigene ist in Gefahr. Joe schafft es bis New York, aber die Reise lässt ihn an allem zweifeln. Frank versucht Ed aus einer unmöglichen Situation zu retten - aber zu welchem Preis?

Nachdem sie knapp dem Tod entronnen ist, entdeckt Juliana ein Familiengeheimnis, dass globale Auswirkungen haben könnte und sie zu einer tiefgreifenden Entscheidung zwingt... Kido, Tagomi und Frank gehen gefährliche Risiken ein, während Joe sich in New York der Routine hingibt - allerdings nur, bis Smith ihm eine Möglichkeit aufzeigt, auf die er sein ganzes Leben gewartet hat.

Während sie dagegen ankämpft, sie sich an die seltsame Welt eines Nazi-New York zu gewöhnen, sucht Juliana die einzige Person auf, von der sie denkt ihr vertrauen zu können: Joe Blake. Wütend und trotzig weil Juliana weggegangen ist, lässt sich Frank auf die Widerstandsbewegung und deren charismatischen Anführer ein. Joe konfrontiert seine eigene Identität als er endlich seinen Vater trifft.

Joe erfährt etwas über seine Vergangenheit, das ihn an allem zweifeln lässt. Der Graben zwischen Frank und Ed wird größer als Frank noch weiter in den Widerstand verwickelt wird. Um ihre Sicherheit zu garantieren muss Juliana jemanden verraten, der ihr nahe steht.

Tagomi nimmt Kido für eine Täuschung in Anspruch, die Japan vor der Zerstörung bewahren soll. Als Smiths Leben um ihn herum zusammenbricht, unternimmt er einen gefährlichen wie mutigen Spielzug, um seine Macht zu behalten. Joe versucht das Richtige zu tun, aber wird Opfer des ultimativen Verrats. Julianna muss eine herzzerreißende Entscheidung treffen, die die Zukunft der Welt gestalten wird.

Mit Wyatts Hilfe flieht Juliana mit den gestohlenen Nazi-Geheimnissen aus San Francisco. Childan kann endlich nach Hause zurückkehren; Ed beschließt, in der Neutralen Zone zu bleiben.

Juliana bricht auf, um die Nazis zu stoppen. Diese Mission vereint sie wieder mit alten Freunden. Thelma und Nicole kommen sich näher, trotz der Gefahr ihrer Verbindung. Smith erfährt von den Plänen für Reisen in alternative Welten.

Juliana Crain findet sich in einer neuen Welt wieder. Nach einem Anschlag auf Handelsminister Tagomi führt Chief Inspector Kido Razzien gegen die Verdächtigen durch: Die Black Communist Rebellion. John Smith führt einen militärischen Angriff in die Neutrale Zone gegen Wyatt Price und seine Rebellenarmee. Helen Smith muss zusehen, wie John ihre Töchter zurück nach New York holt.

John Smith kämpft mit familiären Problemen und erhält wichtige Geheiminformationen durch das Portal. Bell Mallory und Wyatt Price vereinen ihre Rebellengruppen. Kido bemüht sich um seinen entfremdeten Sohn Toru. Childan bereitet sich auf das größte Ereignis seiner Karriere vor und verliebt sich. Juliana erfährt, dass ein Feind in einer Welt ein Freund in der anderen sein kann.

John und Helen empfangen Himmler zum Abendessen. Auch dabei ist eine Gefahr aus Berlin: Obergruppenführer Wilhelm Goertzmann. Juliana kehrt in die Welt der Nazi-Herrschaft zurück und landet in den Ruinen des Atombombenabwurfs. Kido wird von seinem General gezwungen, sich gegen die Kronprinzessin zu stellen. Hawthorne Abendsen erzählt einige neue Geschichten aus dem Hohen Schloss.

Angesichts einer drohenden Invasion der Nazis bereitet sich die BCR auf die Verteidigung San Franciscos vor. Kido versucht verzweifelt, seinen Sohn zu finden. Childan bietet alles, was er hat, um mit Yukiko auszureisen. Helen muss sich entscheiden, ob sie ihren Mann verraten will. In einem Hochgeschwindigkeitszug fahren sie gemeinsam zum Portal. Dort werden sie von Juliana und Wyatt erwartet.