Shao Khan a envahi le royaume d'Aeden, brisant la paix de ce monde, fait traquer le roi par ses hommes de main Tarkatans, menés par Baraka. Le roi fuit, laissant sa femme Sindel et sa fille nouveau-né, Kitana. Shao Khan décide de s'emparer du trône et d'élever Kitana, mais par crainte de la voir lui échapper un jour, il fait créer Mileena, une sœur de Kitana avec du sang Tarkatan.

Les deux filles grandissent, devenant à la fois coéquipières et rivales. Une fois formées, Shao Khan les envoie traquer le roi et tuer toutes ses doublures. Mais un soir, elles retrouvent le vrai roi, qui a le temps de révéler la vérité à Kitana avant que Mileena ne le tue. Dès lors, la princesse voit les plans de son « père » différemment.