東京。ここでは、人に紛れ人を喰らう「喰種（グール）」と呼ばれる怪人がはびこっていた。読書好きの大学生・金木研（カネキ　ケン）は、行きつけの喫茶店「あんていく」で自分の好きな作家・高槻泉(タカツキ　セン)の小説を愛読する神代利世（カミシロ　リゼ）と出会い、本屋デートをすることになる。自らの運命を変える事故に巻き込まれてしまうとも知らずに…。瀕死の重傷を負うカネキだったが、手術により何とか一命を取り留めるが…。「何を食べても不味いんです」目覚めたカネキにある異変が起こりはじめ…!?

死体の香りにつられ、喰種であるニシキと鉢合わせたカネキを救ったのは「あんていく」の店員・霧嶋董香（キリシマ　トーカ）と店長の芳村だった。喰種としての飢えに悩まされるカネキに、芳村は「ある包み」を渡す。翌日、友人・ヒデ（永近英良：ナガチカ　ヒデヨシ）のメールを見て大学に戻ったカネキは、ヒデから先輩の「西尾」を紹介される。それは、前日鉢合わせた喰種・ニシキだった。ごく普通の人間のようにふるまっていたが、帰り道に突然ヒデに襲いかかり、気絶させてしまう。「お前の喰いモン汚しちまった」カネキの前で再び喰種としての本性を現すが…!?

「あんていく」に、喰種の笛口リョーコ（フエグチ　リョーコ）とその娘・雛実（ヒナミ）が匿われることになった。ヒナミの寂しげな表情が気になるカネキ。そんな中、カネキは芳村の右腕である四方蓮示（ヨモ　レンジ）と共に人を狩れない喰種たちのための食料調達に行くことになる。一方、東京の喰種殲滅を目指すＣＣＧ（喰種対策局）本部ではリゼの一件から、「あんていく」のある２０区が捜査対象に挙がっていた。上等捜査官の真戸呉緒（マド　クレオ）と亜門鋼太朗（アモン　コウタロウ）が２０区に向かうことになり…。

「美食家（グルメ）」と呼ばれる喰種・月山習（ツキヤマ　シュウ）が「あんていく」を訪れた。月山を２０区の厄介者だと言い露骨に嫌な顔をするトーカは、カネキに「あいつとは関わらない方がいい」と釘を刺す。だが、月山はカネキの特殊な「におい」に目をつけ、接触を図ってきた。自らの悲劇の始まりでもあるリゼの事が気になるカネキは「リゼ行き付けの店」という月山の言葉につられ、「喰種レストラン」へ足を運ぶ。

体調を崩したトーカの見舞いに訪れたカネキは、トーカが人間の友人・依子(ヨリコ)を大事に思っている事に気が付く。その帰り、カネキは喰種に襲われているニシキを助ける。ニシキを自宅に送ったカネキは、そこでニシキの恋人だという西野貴未（ニシノ　キミ）と出会った。貴未は、ニシキが喰種であると知りながら共に生活していたのだ。だが、貴未はカネキの後をつけていた月山にさらわれてしまった。ニシキと共に貴未を取り戻しに行くカネキだったが…。

ヒナミは「あんていく」でカネキに漢字を教えてもらっていた。新しい字を次々と覚えて喜ぶヒナミは、もっとたくさんの字を覚えて父親をびっくりさせたいと、リョーコと共に本を買いに出かけていく。だがその頃、ＣＣＧ捜査官の草場と中島が、母娘の喰種に絞って付近で捜査にあたっていた。いち早く異変に気が付いたリョーコはヒナミの手を引いて逃れようとするが、そのときヒナミはある“異変”に気付き…。

ヒナミの母・リョーコがＣＣＧ捜査官・真戸の手によって命を落とした。何もできなかったことを後悔するカネキ。一方、その知らせを受けたトーカは仇を取ろうと芳村に訴えるが、「皆の安全の為」と聞き入れてもらえない。更には、ＣＣＧに顔を見られてしまったヒナミを“２４区”に移す案を告げられてしまう。納得いかないトーカは、リョーコ、そしてヒナミを思い、ある決断をする。

ヒナミが「あんていく」から抜け出した。だがそれは、真戸の巧妙な罠だった。ヒナミを見つけたトーカの前に、真戸が姿を現す。その頃、同じようにヒナミを探していたカネキは、もう一人の捜査官・亜門と対峙していた。戦いの中、亜門はカネキに「喰種に家族を奪われ、残された者の悲しみを考えた事があるか？」と問いかけ、喰種がこの世界を歪ませている、と言い切る。

「あんていく」の面々は、ようやく以前と変わらないかのような日常を取り戻し始めていた。そんな中、カネキはひとり、自分の運命を変えたリゼのことを知るため、１４区にあるバー「ヘルタースケルター」を訪れる。そこで喰種のイトリから、リゼがかつて１１区にいたという情報を聞き出し…。一方、１１区では謎の喰種たちによる不穏な動きが見られ・・・。

ＣＣＧ１１区支部が、「アオギリの樹」を自称する喰種の集団に襲撃された。生き残った者はゼロ。それを受け、ＣＣＧは過去最大規模の対組織戦の準備を始める。一方、「あんていく」には万丈数壱（バンジョウ　カズイチ）と名乗る男が殴りこんできていた。リゼに心酔している万丈は、「アオギリの樹」がリゼを狙っていると知り、リゼに逃げるよう伝えにやって来たのだ。だがそこへ、「アオギリの樹」幹部の少年、「絢都（アヤト）」が突如乱入する。その姿を見て、驚くトーカ！

「アオギリの樹」に連れ去られたカネキを救出しようと、芳村、四方、トーカ、ニシキ、ヒナミ、ウタが集まった。更に驚くべき人物もそこに加わり…。ＣＣＧの亜門ら捜査官たちもまた、千人を超える体制で１１区にあるアオギリの拠点に突入しようとしていた。「アオギリの樹」とＣＣＧ、そして「あんていく」の三つ巴の戦いが始まる…。

戦闘が次第に激しさを増していく、「アオギリの樹」本拠地。喰種vs人間、その戦いの行方は…。　 「あんていく」の面々はカネキを救い出せるのか！？　 一方その頃、アオギリの幹部・ヤモリに一人連れて行かれたカネキは、想像を絶する苦しみを受けることに。　 意識が朦朧となった彼の精神世界に、突如現れた人物とは…？

人を喰らう怪人“喰種（グール）”が潜む東京。 好戦的な喰種集団「アオギリの樹（キ）」のアジトでは、アオギリと「ＣＣＧ（喰種対策局）」、そして「あんていく」の面々が激戦を繰り広げていた。ＣＣＧの篠原幸紀（シノハラ　ユキノリ）、黒磐　巌（クロイワ　イワオ）らはSSSレートの喰種「梟（フクロウ）」と戦い苦戦。また、あんていく側のウタ、四方蓮示（ヨモ　レンジ）、月山　習（ツキヤマ　シュウ）の３人はアオギリの幹部・ノロと対決。

一方、自らの弟・絢都（アヤト）と対峙する霧嶋董香（キリシマ　トーカ）は、アヤトの圧倒的な力の前に追い込まれていた。 そして、最後の一撃がトーカを襲おうとしたその時…。

アオギリとの戦いを終え、半喰種の青年・金木 研（カネキ　ケン）は「あんていく」から去っていった。 トーカは現実を忘れようと受験勉強に打ち込み始める。 その頃、アオギリ戦で大きな損害を出したＣＣＧは、「アオギリの樹」を完全に殲滅するため、再び動き出していた。 その最中、１０年前の対「梟」戦を経験している黒磐は、アオギリ戦での「梟」の違和感に気づく。

ＣＣＧの護送車が、「アオギリの樹」に襲撃された。「あんていく」のトーカと笛口雛実（フエグチ　ヒナミ）は、その襲撃事件にカネキが関わっている事を知り、それぞれに心を痛めていた。 そんな中、ヒナミはカネキも愛読していた作家・高槻 泉（タカツキ セン）のサイン会に、トーカに迷惑をかけまいと一人で出かけていく。一方、トーカは志望校の「上井大学」を見学に訪れ、そこでカネキの親友・永近英良（ナガチカ ヒデヨシ）と再会する。

「梟」の情報を得るため、ＣＣＧの亜門鋼太朗（アモン コウタロウ）とそのパートナーで、かつての上司・真戸呉緒（マド クレオ）の娘である真戸 暁（マド アキラ）は、生きたまま捕獲された喰種の収容所・コクリアを訪れていた。23区にあるこの施設には、かつて孤児院で亜門の父親代わりだったＳＳレートの喰種、ドナート・ポルポラが収容されている。彼から情報を聞き出そうとする亜門たち。しかしその時、コクリアに「アオギリの樹」が急襲してくる。

安久（ヤスヒサ）クロナとナシロ、そして鈴屋什造（スズヤ ジュウゾウ）は、かつては共にＣＣＧの児童養護施設で暮らしていた。その後、嘉納（カノウ）教授の手で半喰種となったクロナとナシロ、ＣＣＧの二等捜査官となった什造は、コクリアで敵として対峙する。だが、什造の躊躇のない一方的な攻撃に、クロナとナシロは追い詰められて行き…。一方、自身の父「アラタ」をクインケとして装着した篠原と戦うアヤトもまた、苦戦を強いられていた。

アオギリによるコクリア襲撃から数週間。「眼帯」ことカネキは、共喰いを繰り返し「半赫者（はんかくじゃ）」となっていた。コクリアでのアオギリとの戦いでカネキと交戦し、苦戦を強いられた篠原は、カネキを「キケンだ」と感じ、亜門にそのことを告げる。一方、その頃、アオギリのアジトに戻ったカネキは……。

月山が「あんていく」にやってきた。月山は、カネキが共喰いを繰り返し「赫者」になろうとしていると芳村（ヨシムラ）に報告する。そんなカネキを心配するヒナミは月山に誘われ、とある喫茶店を訪れるが、そこで高槻泉と再会する。カネキの事を相談するヒナミに、高槻は連絡先を渡し立ち去る。一方その頃、「あんていく」の芳村の元にカネキが訪れていた。

かつて功善（クゼン）という名の喰種がいた。人を、喰種を殺し続けた功善は、孤独な日々を過ごしていた。やがてその能力を買われ、ある組織と手を組むようになるが、孤独感は癒えないままだった。そんな時、功善は通っていた古い喫茶店で憂那（ウキナ）というひとりの人間の女性と出会う。ふたりはやがて愛し合うようになるが…。

ＣＣＧ・和修常吉（ワシュウ　ツネヨシ）総議長より「梟討伐作戦」の決行の断が下された。対象の居所は…「あんていく」。大規模な作戦になることから、選ばれたＣＣＧの捜査官たちは遺書を書かされ、それぞれが死と向き合う。そしてついに２０区がＣＣＧによって封鎖。「あんていく」は梟討伐部隊に包囲される。その一報を耳にしたカネキ、そしてトーカは…。

「あんていく」とＣＣＧの激しい攻防は続いていた。芳村は篠原・黒磐と、「魔猿（まえん）」こと古間円児（コマ エンジ）は田中丸望元（タナカマル モウガン）特等捜査官と戦う。一方、鉢川忠（ハチカワ チュウ）准特等捜査官たちと戦う入見（イリミ）カヤは、逃げ遅れた老婆を庇って負傷。民間人を巻き添えにしてでも攻撃をしかけてくる鉢川たちの前に、ついに死を覚悟するが…。

梟の攻撃から什造を庇って、篠原が倒れた。時を同じくして、アオギリがＣＣＧとの戦いに乱入、アオギリ兵たちの猛攻にＣＣＧは次第に形勢不利となっていく。一方、カネキはあんていくへの道を封鎖する亜門と対峙していた。互いに一歩も譲らない戦いの中、ついに決着の時が訪れる…。

アオギリ兵たちが撤退し、「あんていく」での激しい戦いは終焉を迎えようとしていた。その最中、カネキたちの身を案じて「あんていく」への道をひた走るトーカ。人間と喰種、それぞれの想いが交錯する中、崩壊間近のあんていく店内でカネキが選んだ答えは…。