Un futuro prossimo, dove gli esseri umani sono stati sconfitti dai parassiti virali di nome Gastrea. Sono stati esiliati in un piccolo territorio e vivono nella disperazione, fianco a fianco nel terrore.

In questo mondo intrappolato nell'oscurità -

Rentaro, un ragazzo che vive vicino a Tokyo e membro della "Sicurezza civile", un'organizzazione specializzata nella lotta contro la Gastrea, è abituato a svolgere compiti pericolosi. La sua compagna è Enju, una giovane ragazza precoce. Combattono grazie ai loro poteri peculiari fino a quando un giorno non ricevono un incarico speciale dal governo. Questa missione top secret è impedire la distruzione di Tokyo...