El Equipo Scorpion debe dejar a un lado sus problemas personales y sentimentales cuando unos hackers anónimos con motivos desconocidos toman el control de aviones militares de EE.UU. y buques de guerra y apuntan con el armamento de Estados Unidos a sus propias ciudades.

Justo cuando el Equipo Scorpión avanza contra los piratas informáticos que controlan las armas navales estadounidenses, se enteran de que un submarino nuclear de EE.UU. también ha sido hackeado y tiene un misil listo para lanzar.

El equipo Scorpion debe encontrar a un chico de la clase de Ralph que desaparece en un viaje de campo después de tener una discusión por accidente con un criminal mortal. Además, Toby se acerca al descubrimiento de la identidad del marido de Happy.

Antes de Halloween, el Equipo Scorpion debe infiltrarse en un profundo y vasto sistema de cuevas para evitar que una población de murciélagos destruya el ecosistema de América del Norte. Además, el equipo hace trajes para escenificar fotos de Halloween pasados.

Cuando el Equipo Scorpion viaja a Irlanda para la ceremonia conmemorativa anual de Megan, Walter descubre que un desastre natural situado en un lago cercano ha creado una nube venenosa que podría matar a todos en el pueblo. A su vez, Cabe y Toby tratan de aliviar la tensión entre Tim y Walter.

Walter debe nadar en los mortales pozos de alquitrán de La Brea cuando el equipo debe ayudar a una mujer atrapada en el alquitrán antes de que se quede sin oxígeno. Además, a escondidas de Paige, su madre, Verónica, "ayuda" a Ralph a mejorar sus ventas de galletas.

Durante una misión en el desierto, tiene lugar una explosión de metralla que hiere de gravedad a Cabe. El equipo Scorpion debe congelar su cuerpo para salvarle la vida.

El quipo Scorpion debe salvar a un hombre que se tambalea en el borde de un enorme sumidero que amenaza con destruir el suministro de agua de Los Ángeles para siempre.

Walter y Sylvester entran en un concurso internacional de ajedrez de forma encubierta en suelo extranjero con el fin de liberar a un espía estadounidense antes de que su identidad sea expuesta.

Después de una gran tormenta, la amiga de Happy, Ada, que vive en una burbuja estéril para proteger su sistema inmune, queda tarapada bajo escombros peligrosos al borde de perforar la estructura. El equipo Scorpion trabaja para mover hasta un lugar seguro a Ada sin arriesgar su vida.

Durante una misión para reparar una turbina en un parque eólico, el equipo Scorpion debe correr a contra reloj para salvar a Paige y Happy antes de que el cable que sostiene la góndola donde se encuentran, ceda a la presión y caigan al vacío.

El equipo Scorpion se queda atrapado dentro de un biodomo defectuoso y peligroso diseñado para Marte mientras intenta extraer un par de científicos de dentro.

En el viaje de luna de miel de Toby y Happy, el avión del equipo Scorpion sufre un accidente y aterriza en una remota isla desierta, dejándolos a todos con poca esperanza de conseguir un rescate.

Mientras asisten a una convención tecnológica, el Equipo Scorpion al completo es tomado como rehén por un grupo que trama un atraco virtual.

Mientras rastrea un dispositivo que puede prevenir una fusión nuclear a través de las alcantarillas de Los Ángeles, Walter aprende los matices de escuchar y no ofrecer consejos a Paige. Además, el equipo se encuentra con Florence, su nueva vecina en el garaje, cuando envía una mezcla de sustancias químicas malolientes a través de su ventilación compartida como advertencia para mantener el ruido a un tono moderado.

En Acción de Gracias, la vecina nueva del equipo Scorpion, Florence, se une a ellos en una misión marina para destruir una isla flotante de basura, pero su mala contribución la deja a ella, Walter y Happy varados en la isla que se disuelve rápidamente. Además, Toby trabaja con Cabe para descubrir los detalles de la muerte de su padre que ha enterrado en su mente desde que era un niño.

Mientras el Equipo aguarda ansiosamente el veredicto del juicio de Cabe, que podría enviarlo a prisión, enfocan su energía en tratar de salvar a un perro atrapado en una cisterna.

El equipo Scorpion debe trabajar con la némesis de Toby, Quincy Berkstead, y su esposa Amy, la ex prometida de Toby, cuando se quedan encerrados en un bunker con inteligencia artificial que pretende matarlos. Además, Walter está distraído por su reciente sueño en el que está casado con Florence en y no con Paige.

El equipo Scorpion debe evitar que un tsunami llegue a una instalación de energía nuclear vulnerable, y Toby ayuda en secreto a su ex prometida a recuperar su identidad robada.