Een apparaat dat een nucleaire meltdown kan voorkomen, is in de riolering belandt en het is aan team Scorpion om het te vinden. Daarnaast hebben ze ook nog te maken met een nieuwe huurder in het kantoor naast hen.

Tijdens Thanksgiving sluit de nieuwe buurman van Team Scorpion, Florence, zich aan bij hen op een missie om een drijvend afvaleiland te vernietigen, maar door haar gebrekkige bijdrage belanden zij, Walter en Happy achter op het snel ontbindende eiland.

Terwijl Team Scorpion met spanning wacht op het vonnis van Cabe's proces dat hem naar de gevangenis zou kunnen sturen, richten ze zolang hun nerveuze energie maar op het redden van een hond die vastzit in een waterbassin.

Walter besluit kerstavond alleen door te brengen. Hij gaat liever werken dan tijd doorbrengen met zijn vrienden. Op een gegeven moment valt hij van de trap, waardoor hij buiten bewustzijn raakt. Terwijl hij bewusteloos is, heeft hij een droom waarin Team Scorpion nooit heeft bestaan.

Team Scorpion wordt opgesloten in een kunstmatig intelligente doemsdag-bunker die het gemunt heeft op hun levens. Tot overmaat van ramp moet Toby samenwerken met zijn aartsvijand, Quincy Berkstead, en diens vrouw, Amy, Toby's ex-verloofde.

Door een magnetische storm is de stroom uitvallen in Los Angeles en Team Scorpion moet een piloot en zijn vriendin helpen die verdwaald zijn boven de Stille Oceaan zonder navigatie- of radiocontact.

Wanneer een helikopter op een wolkenkrabber stort, moet Team Scorpion een dokter en een piloot redden. Intussen wachten Happy en Toby op nieuws over hun vruchtbaarheidstest en realiseert Sylvester zich dat hij misschien gevoelens heeft voor Florence.

Tijdens een klus om het ontstaan van een zwart gat te voorkomen, worden de mentale vermogens van Team Scorpion aangetast. De genieën van het team veranderen in dommeriken, waardoor Paige de wetenschap voor hen moet vereenvoudigen.

Team Scorpion loopt per ongeluk in op een bankoverval en wordt daardoor gegijzeld door de overvallers. Sylvester krijgt steeds meer gevoelens voor Florence.

Team Scorpion gaat naar het moeras om een alligator op te sporen zodat ze een dodelijke virus tegen kunnen gaan. Paige leert Walter het concept van een leugentje om bestwil en Toby moet Cabe's leven redden.

Het team wordt uitgedaagd voor een softbalwedstrijd, waar alle toekomstige contracten op het spel staan. Om te winnen moeten ze hun hoge IQ's gebruiken. Walters geheime avondje uit met Florence zorgt voor spanning bij Toby en Happy.

Team Scorpion begint aan de lange reis naar Afrika om Sylvester's vriend te helpen. Hij woont in een klein dorp waarvan de leider ernstig ziek is. Hij vertrouwt op een beademingsapparaat op benzine. De benzinevoorraad is echter vrijwel uitgeput en de voorraden kunnen alleen via een gevaarlijke route door een mijnenveld worden verkregen. Het team heeft dus niet alleen een mijndetector nodig, maar ook een tank om levend terug te keren naar het dorp.