Sacha, un jeune garçon de Bourg-Palette, part pour son périple à travers la région de Kanto avec son premier Pokémon, Pikachu, offert par le célèbre Professeur Chen.

Pikachu est transporté d'urgence au Centre Pokémon de Jadielle après avoir été grièvement blessé par des Piafabec sauvages. Jessie et James, deux membres de la Team Rocket accompagnés d'un Miaouss qui parle, s'introduisent dans le Centre afin de voler des pokéballs contenant des Pokémon. Sacha fait la connaissance d’Ondine, une jeune fille à qui il a emprunté son vélo pour échapper aux Piafabec sauvages. Le vélo ayant été détruit pendant la fuite, elle décide de le suivre dans son périple afin qu'il le lui rembourse.

Sacha, Ondine et Pikachu arrivent dans la forêt de Jade et rencontrent un Chenipan sauvage, que Sacha décide de capturer malgré les protestations d'Ondine qui déteste les Pokémon insectes. Sacha capture aussi un Roucoups sauvage et, à l’aide de ses nouveaux Pokémon, bat de nouveau Jessie et James qui cherchaient à se venger de l’affront qu'ils ont subi. Chenipan évolue en Chrysacier. Sacha et Ondine continuent leur périple à travers la forêt de Jade.

Sacha et Ondine rencontrent un samouraï qui vit dans la forêt de Jade. Alors que celui-ci défie Sacha, le match est interrompu par un essaim de Dardargnan qui enlève le Chrysacier de Sacha. Afin de le sauver, Sacha n’hésite pas à risquer sa vie. Ému par sa dévotion, le Chrysacier évolue en un Papilusion et utilise l'attaque Poudre Dodo pour arrêter l’essaim de Dardargnan. Sacha et ses amis sortent de la forêt et se dirigent vers Argenta.

Sacha, Pikachu et Ondine arrivent à Argenta. Au Centre Pokémon, Sacha aperçoit une affiche vantant les mérites de la ligue Pokémon et du tournoi annuel de celle-ci. Avant de pouvoir participer, chaque dresseur doit remporter un match contre au moins huit champions différents. Sacha décide de s’inscrire, sûr de remporter facilement les huit badges. Son premier adversaire est Pierre, le champion d’arène de la ville. Face à ce spécialiste des Pokémon de type Roche, Pikachu ne peut vaincre l’Onix qui lui est opposé. Un inconnu, qui se révélera être le père de Pierre n'osant pas rentrer chez lui, aidera Pikachu à gagner en puissance, lui permettant ainsi de déclencher le système anti-incendie de l'arène qui affaiblit Onix. Impressionné par la force du jeune dresseur, le champion Pierre remet le badge Roche à Sacha et décide de l’accompagner.

Sacha, Ondine et Pierre arrivent à l'entrée du Mont Sélénite et rencontrent un scientifique appelé Simon qui se fait attaquer par des Nosferapti sauvages. Pierre capture l'un d'entre eux. Une fois à l'intérieur de la grotte du mont, Simon explique à Sacha, Ondine et Pierre qu'un dérèglement dans la grotte provoque une perte d'énergie des Pokémon vivant ici. En réalité, c'est la Team Rocket qui est derrière tout ça, mais grâce à des Mélofée et des Mélodelfe fraîchement évolués avec des Pierres Lune, la Team Rocket se fait battre une fois de plus.

Sacha apprend qu'une arène Pokémon existe à Azuria. Il décide avec Pierre d'y aller. Ondine fait tout pour l'arrêter, mais Sacha s'y rend algré tout. Une fois là-bas, il se rend compte que trois jeunes filles dirigent l'arène et qu'il ne leur reste qu'un seul Pokémon. C'est alors qu'Ondine apparaît et décide d'affronter Sacha elle-même, lui révélant qu'elle est la sœur de ces trois jeunes filles et se considère comme championne de l'arène. Leut match est interrompu par la Team Rocket, mais grâce à Sacha et Pikachu, le plan de la Team Rocket échoue. En remerciement, les trois sœurs offrent à Sacha le badge Cascade d'Azuria, malgré l'opposition d'Ondine.

Sacha, Ondine et Pierre continuent leur périple en direction de Carmin-sur-mer. Sur le chemin, ils rencontrent Albert, un dresseur aux méthodes dures pour ses Pokémon. Il affronte Sacha et le bat avec son Sabelette, et en fait de même avec la Team Rocket. Albert décide ensuite de partir à la conquête des badges dans toute la région.

Toujours sur le chemin de Carmin-sur-mer, Sacha, Ondine et Pierre continuent le voyage et rencontrent devant une école prestigieuse une jeune fille prétentieuse, Giselle. Après qu'elle se soit moquée d’Ondine, Sacha lui lance un défi et lui fait regretter ses paroles.

Sacha, Ondine et Pierre arrivent au village caché dirigé par Mélanie, une jeune fille qui s'occupe des Pokémon sauvages malades ou des Pokémon abandonnés. Le Pokémon gardien de ce village, un Bulbizarre, défie Sacha en match et, avec l'accord de Mélanie, décide finalement de rejoindre l'équipe de Sacha.

Sacha et ses amis, perdus sur la route de Carmin-sur-mer, découvrent un immense rocher sur lequel se trouve un Salamèche qui attend son dresseur, Damien. Celui-ci l’a en réalité abandonné là, car il le jugeait trop faible pour lui. Sacha le recueille alors dans son équipe.

Sacha, Ondine et Pierre tombent sur un gang de Carapuce sauvages, qui met la pagaille dans une ville voisine, et contre laquelle l’agent Caillou ne peut rien faire. Après une attaque de la Team Rocket, les Carapuce éteignent l'incendie provoqué par celle-ci et le chef des Carapuce décide de rejoindre l'équipe de Sacha. Sacha a désormais ses six Pokémon.

Sacha capture un Krabby sur une plage, mais sa pokéball se téléporte chez le Professeur Chen. Sacha apprend alors qu'il ne peut transporter que six Pokémon avec lui. Il arrive ensuite au Phare de Léo, qui lui apprend qu'il existe plus de 150 Pokémon.

Sacha, Ondine et Pierre sont enfin arrivés à Carmin-sur-mer. Après un passage au Centre Pokémon, Sacha et Pikachu se rendent à l'arène et rencontrent le Major Bob, un champion prétentieux, et son partenaire Raichu. Pikachu ne tient pas plus de quelques minutes face à Raichu. Après le match, Sacha emmène Pikachu au Centre Pokémon et hésite à le faire évoluer en Raichu. Finalement, il décide de gagner grâce à la seule rapidité de Pikachu : Raichu ayant évolué trop vite, il ne connaît pas les attaques rapides de Pikachu. Sacha remporte donc son troisième badge : le badge Foudre de Carmin-sur-mer.

Sacha, Ondine et Pierre arrivent au Port de Carmin-sur-mer où la Team Rocket les attend. Jessie et James, déguisés en jeunes filles, offrent des places pour la croisière du Saint-Anne, un bateau de luxe. C'est en fait un piège tendu par le chef de la Team Rocket, Giovanni, qui disperse tous ses membres à travers le bateau pour voler les Pokémon des personens qui se trouvent à bord. Le plan échoue grâce aux dresseurs sur place, dont Sacha et ses amis, mais le bateau subit des dommages et commence à couler. Le capitaine du bateau fait évacuer tous les passagers, sauf Sacha et ses amis, qui sont restés coincés, ainsi que Jessie, James et Miaouss, qui ont été oubliés dans le bateau.

Sacha et ses amis et la Team Rocket décident de s'allier pour sortir du bateau. Grâce à leurs Pokémon, ils réussissent à sortir, sauf la Team Rocket qui sort seule à l'aide du courant de l'eau. Une fois sur un bout de bois qui tient à la surface de l'eau, Sacha, Ondine, Pierre et la Team Rocket sont assaillis par des Léviator sauvages, qui emportent tout le monde dans un tourbillon.

Sacha et ses amis se réveillent sur la plage d'une île, au beau milieu de l'océan. Sacha s'aperçoit qu'il lui manque les pokéballs de Bulbizarre, Salamèche et Carapuce et que Pikachu n'est pas avec lui. Du côté de la Team Rocket, les pokéballs d'Abo et de Smogo ont disparu, tout comme Miaouss. Les Pokémon sont en fait perdus sur l'île et se font attaquer par plusieurs Pokémon géants, qui sont en réalité des machines pour promouvoir un parc d'attractions appartenant au Chef de la Team Rocket.

Nastina, une vieille dame folle et riche a décidé de construire un parc au beau milieu de l'océan, là où vivent les Tentacool. L'un d'eux évolue en un Tentacruel gigantesque et les Pokémon attaquent la ville, faisant des ravages. Ondine obtient un Hypotrempe sauvage, qui l'avait aidé à prédire l’attaque des Tentacool.

La fête de l'été touche à sa fin et, pour célébrer cela, la statue de pierre d'une jeune fille est exposée aux touristes. La légende raconte que le bien-aimé de la jeune fille était parti en guerre, et qu'elle l'avait attendu plus de mille ans sur le rocher, jusqu'à ce que son corps ne fasse plus qu'un avec la pierre.

C'est l'heure pour les Papilusion d'effectuer la ponte de leurs œufs. Sacha, Ondine et Pierre arrivent sur une falaise où une cinquantaine de dresseurs laissent leurs Papilusion partir à la rencontre de l'âme sœur. Le Papilusion de Sacha repère une Papilusion femelle rose et tombe sous le charme. Celle-ci le rejette, jusqu'à ce que tous les Papilusion soient capturés par la Team Rocket, sauf lui. Il vient en aide à tous les Papilusion capturés, faisant changer d'opinion la Papilusion femelle. Sacha décide alors de laisser partir son Papilusion.

Sacha, Ondine et Pierre arrivent à Safrania et se font piéger par la Team Rocket. Une jeune fille qui possède des pouvoirs psychiques leur vient en aide. En voulant la remercier, elle disparaît devant Sacha. Les trois amis se dirigent ensuite vers l'arène de Safrania, où Sacha se fait battre par Abra, ensuite évolué en Kadabra, de la championne Morgane qui tient dans ses mains la jeune fille qui a sauvé Sacha et ses amis, qui n'est autre qu'une poupée qui parle. Un homme vient ensuite parler à Sacha en disant que, s'il veut battre Morgane, il lui faudra un Pokémon Spectre de la tour Pokémon de Lavanville.

Sacha arrive à la Tour Pokémon de Lavanville. Ondine et Pierre, ayant trop peur, lui disent d'y aller seul. Avec l'aide de Salamèche et Pikachu, il entre dans la tour et fait connaissance avec un Fantominus, un Spectrum et un Ectoplasma qui transforment Sacha et son Pikachu en fantômes, leur permettant de visiter la ville et la forêt. Sacha se rend compte qu'ils ne sont pas méchants mais veulent simplement s'amuser. Le Spectrum accepte d'accompagner Sacha pour le match contre Morgane.

Sacha décide d'affronter Morgane, mais Spectrum n'est plus là et Sacha essaie de le retrouver. Spectrum était en train de battre la Team Rocket. Sacha affronte finalement Morgane avec Spectrum et gagne son quatrième badge. Spectrum décide de rester avec Morgane.

Sacha essaye de capturer un Férosinge, mais celui-ci évolue quand James l'attaque. Grâce à Salamèche, Sacha parvient à capturer le Colossinge.

Sacha, Ondine et Pierre arrivent à Céladopole. Sacha affronte Érika, la championne de la ville, mais la Team Rocket fait exploser l'arène. Sacha et ses amis font alors équipe avec Érika pour sauver l'arène, mais l'Ortide de cette dernière est toujours prisonnier de l'arène. Sacha réussit à le sauver et, pour le remercier, Érika lui remet le badge Prisme.

Sacha se charge de retrouver des enfants disparus. Il découvre qu’ils se prennent pour des Pokémon après avoir été hypnotisés par un Hypnomade. Sacha, Ondine et Pierre reprennent la route accompagnés de Psykokwak.

Sacha, Ondine et Pierre sont dans une rue célèbre où l'on peut coiffer les Pokémon. Ils rencontrent Suzie, une grande éleveuse de Pokémon et son Goupix, lequel met en déroute la Team Rocket. Suzie confie finalement son Goupix à Pierre.

Un tournoi de Pokémon a lieu et Sacha décide d'y participer avec Colossinge. Sacha se qualifie jusqu'en finale où il affronte le Kicklee que la Team Rocket a volé. Sacha gagne et laisse partir Colossinge avec un autre dresseur.

En arrivant dans une ville, Pikachu commence à perdre son énergie et devient sérieusement malade. Sacha, Ondine et Pierre l'emmènent se faire soigner dans le Centre Pokémon de la ville, mais une panne d'électricité est provoquée par un groupe de Tadmorv. Un Magnéti, attiré par Pikachu, les aide à vaincre ces Pokémon. Sacha capture un Grotadmorv qui est envoyé au professeur Chen.

Sur le chemin vers l'arène de Parmanie, Sacha, Ondine et Pierre arriveront sur un chantier de construction qui a des problèmes avec un groupe de Taupiqueurs. Aucun Pokémon ne voudra se battre contre les Taupiqueurs ! Ils découvriront la raison : leurs habitations se trouvent sous le chantier de construction.

Sacha arrive dans la sixième arène. Il affronte le champion Koga et gagne facilement. Le Psykokwak d'Ondine apprend l'attaque Choc Mental durant son combat contre la Team Rocket, décidée à voler des Pokémon.

Une course Pokémon va avoir lieu. Sacha, Ondine et Pierre rencontrent Laura, une participante. À cause de la Team Rocket, elle se blesse, et Sacha la remplace avec le Ponyta de Laura. Pendant la course, le Ponyta évolue en Galopa et Sacha gagne la course.

Un enfant vit avec des Kangourex. Sacha, Ondine et Pierre essaient de faire revenir l'enfant dans sa famille. Ils réussisent, mais les Kangourex se font capturer par la Team Rocket. Ils battent la Team Rocket et reprennent leur chemin pour Cramois'île.

L'infirmière Joëlle confie un médicament à Sacha pour qu'il le donne à Soleilville afin de sauver les Pokémon malades. Sacha se fait arrêter par des amis de la Team Rocket, mais il les aide à aller au Centre Pokémon de Soleilville ; Sacha, Ondine et Pierre reprennent leur route pour Cramois'île.

Sacha, Ondine et Pierre arrivent dans un manoir où il y a un Métamorph. La Team Rocket va essayer de le capturer pour le faire transformer en Minidraco. Sacha et ses amis retrouvent Métamorph en bonne santé. Ils reprennent leur route pour Cramois'île.

Pikachu rencontre des Pikachu sauvages et Sacha le quitte en pensant qu'il serait plus heureux avec eux, mais Pikachu rejoint Sacha parce qu'il veut rester avec lui.

Sacha, Ondine et Pierre trouvent un Evoli tout seul qui appartient, en réalité, à un dresseur. Ses frères veulent qu'il le fasse évoluer en Aquali, Pyroli ou Voltali. Evoli affronte seul la Team Rocket, et réussit à les battre. Après cela, le dresseur d'Evoli ne veut plus que ce dernier évolue ; après avoir vu de quoi il était capable, ses frères l'acceptent. Sacha, Ondine et Pierre reprennent leur route.

Sacha, Ondine et Pierre arrivent dans un village sans approvisionnement d'eau, car un Ronflex bloque la source en amont. Même aidés par la Team Rocket, ils ne réussissent pas à enlever Ronflex. Un homme vient et, grâce à sa pokéflûte, réveille Ronflex et libère la source. Sacha, Ondine et Pierre reprennent leur route pour Cramois'île.

Deux villes se battent pour savoir qui sera l'arène. Mais l'inspectrice de la ligue Pokémon a vu ce qui se passe et refuse d'homologuer une des deux arènes tant qu'ils se feront la guerre. Sacha, Ondine et Pierre reprennent leur route pour la ville du volcan, Cramois'île.

Des Nœunœuf font des spectacles de magie et évoluent en Noadkoko. Il se dirigent tous vers la ville. Le Salamèche de Sacha s'en occupe et évolue en Reptincel. Sacha, Ondine et Pierre reprennent la route, heureux d'avoir un Reptincel.

Sacha défie une fille en combat pour que son Paras évolue. Sacha utilise Reptincel. À force de combats, et en partie grâce à la Team Rocket, Paras s'endurcit et évolue en Parasect. Sacha, Ondine et Pierre reprennent leur route.

Sacha, Ondine et Pierre arrivent dans une ville où les habitants manquent de sommeil et sont irascibles. Mais, grâce à un Rondoudou, les habitants trouvent enfin le sommeil. Sacha, Ondine et Pierre peuvent repartir, suivis de loin par le Rondoudou.

Sacha retrouve Régis. Mais, juste après, un Ptéra les attaque. Pikachu, Carapuce et Reptincel ne peuvent rien. Ensuite, Reptincel évolue en Dracaufeu, puis Sacha trouve un œuf Pokémon et le garde avec lui.

Pikachu s'étouffe en mangeant une pomme. Un médecin des urgences sauve Pikachu. Soudain, la Team Rocket, en tentant de voler des Pokémon, crée un accident de la circulation. Le Centre Pokémon décide d'envoyer le surplus des Pokémon blessés vers ce docteur. Sacha, Ondine et Pierre décident d'aider le docteur à sauver les Pokémon.

James arrive dans sa maison et est contraint au mariage. Jessie, Sacha, Ondine et Pierre aident James à s'enfuir. C'est dans cet épisode qu'on apprend que James a aussi un Caninos et que sa famille est multimilliardaire.

Un jeune garçon et son Canarticho volent les Pokémon des dresseurs de passage dans la forêt. Grâce à Sacha, le garçon va s'apercevoir que son Pokémon est puissant et qu'il peut gagner des combats.

L'œuf de Togepi trouvé par Sacha est volé par la Team Rocket. Miaouss le couve et veut le garder pour lui. Lors de son éclosion, Sacha, Ondine, Pierre et Miaouss s'affrontent dans un tournoi pour savoir qui gardera le Pokémon.

Bulbizarre ne se sent pas très bien. L'infirmière Joëlle dit que Bulbizarre va évoluer. Mais Bulbizarre ne veut pas évoluer. Il se fait enlever par d'autres Bulbizarre. Sacha les suit et empêche un Florizarre d'attaquer Bulbizarre. La Team Rocket arrive et Bulbizarre apprend l'attaque Lance-Soleil.

Sacha, Ondine et Pierre rencontrent une unité d'élite de Caninos policiers. L'unité est surnommé K-9 et elle est dressée par l'agent Caillou. Sacha décide de faire suivre à Pikachu le même entraînement que celui que reçoivent les Caninos. Puis la Team Rocket arrive pour voler les Caninos en déformant la voix de l'agent Caillou pour qu'elle ne puisse plus se faire obéir des Caninos. Heureusement, les Pokémon, même manipulés par la Team Rocket reconnaissent leur véritable maître et attaquent la Team Rocket qui est obligée de fuir.

Sacha, Ondine et Pierre rencontrent Todd, un photographe Pokémon qui s'est vu confier, par un couple de personnes âgées, la mission de capturer Pikachu. Mais, Todd étant un photographe, comprend qu'il doit simplement capturer l'image d'un Pikachu. Les personnes âgées sont en fait Jessie et James déguisés. Finalement, Todd se lie d'amitié avec Sacha, Ondine et Pierre et ils combattent ensemble la Team Rocket.

Sur le conseil de Todd, Sacha s'inscrit dans une école dans laquelle on va lui faire passer de multiples épreuves. En cas de réussite, il peut participer au championnat Indigo sans avoir besoin des huit badges. Sacha obtient de très mauvais résultats aux questionnaires écrits. Heureusement, il se débrouille plutôt bien lors du test de combat réel avec des Pokémon au hasard. Mais Sacha abandonne les épreuves, car il préfère voyager et rencontrer les champions d'arènes pour récupérer les badges nécessaires au championnat de la ligue Indigo.

Ondine confie son Psykokwak dans un centre d'élevage Pokémon. Mais lorsqu'elle veut récupérer son Pokémon, le centre est fermé. En pénétrant par l'arrière du bâtiment, Sacha, Ondine et Pierre découvrent que les Pokémon sont mis en cage et envoyés à Giovanni. Le centre est en fait tenu par deux membres d'élite de la Team Rocket : Butch et Cassidy, des rivaux de Jessie et James. C'est lors de cet épisode qu'on apprend que James a un Boustiflor, évolué en Empiflor désormais.