Samurai 7 è ambientato in un piccolo villaggio di un Giappone dall'ambientazione steampunk, Kanna. La grande guerra che ha visto battersi tra di loro i sostenitori e i nemici dell'attuale imperatore è da poco terminata, e alcuni dei guerrieri che vi hanno preso parte, ritrovatisi di colpo senza lavoro, si sono dati al brigantaggio. Ogni anno, quando si procede al raccolto di riso, i briganti calano sul villaggio per fare razzia, approfittando anche del fatto che molti di loro, per combattere la guerra, avevano rimpiazzato i loro corpi con enormi esoscheletri robotici atti a renderli quasi invincibili.

Per proteggere il villaggio l'anziano capo suggerisce di recarsi nella vicina città di Kogakyo per cercare dei samurai che accettino di combattere i banditi ricevendo in cambio il solo bene che i contadini possiedono, il riso. La sacerdotessa Kirara, accompagnata dalla sorellina Komachi e dal fido contadino Rikichi, raggiunge Kogakyo alla ricerca dei samurai, ma l'impresa si rivela difficile, sia perché sembrano non esserci samurai disposti a lavorare per un compenso tanto misero sia perché gli sforzi di Kirara e dei suoi compagni sono ostacolati da Maroo, il ricco mercante signore di Kogakyo, e da suo figlio Ukyoo, che si innamora della sacerdotessa e fa di tutto per rapirla.