Plusieurs années se sont écoulées depuis que Kenshirō s’est retiré dans le désert suite à son combat contre Raoh et, depuis son départ, l’armée de l’empereur céleste a commencé à étendre son territoire en usant de la menace et l’oppression. Bat et Lin, devenus adultes, sont maintenant à la tête d’un mouvement de résistance connu sous le nom de l’Armée du Hokuto.

Un vagabond mystérieux erre dans une ville où se terrent ce qui reste des Dragons Rouges, un mouvement de résistance qui s’opposa autrefois à l’armée de l’empereur céleste.

Une innocente est confondue avec Lin et condamnée pour exécution publique par le général Bask dans le but de démoraliser l’armée du Hokuto. Les vrai Bat et Lin tentent de sauver la pauvre femme jusqu’à l’arrivée d’un visage familier.

Après avoir retrouvé Bat et Lin, Kenshirō décide de se joindre à leur cause, ce qui remonte le moral des soldats de l’Armée de Hokuto. Une prime est placée sur la tête de Kenshirō et un dénommé Ein est bien décidé à remporter la récompense.

Pendant que l’armée du Hokuto commence à libérer un autre territoire appartenant à l’empereur céleste, Kenshirō se rend au village de Mamiya pour affronter Solia, un maître de Gento Kōken qui a reçu l’ordre d’anéantir toute personne associée aux écoles Hokuto et Nanto.

En tentant de rattraper Bat et Lin, Kenshirō se retrouve confronté à Shōki, un homme qui l’a aidé dans le passé. Pendant ce temps là, Bat et Lin mènent un assaut désespéré contre Falco le général doré, le plus fort des guerriers de Gento.

Alors que Falco est sur le point d’exécuter Lin, celle-ci est sauvée in extremis par l’arrivée des frères Harn. Haz et Gil veulent venger tous les maîtres Nanto Seiken tués par le général doré. Pendant ce temps, Ein tente toujours de piéger Kenshirō.

Alors que Ein décide de changer de camp et de rejoindre l’Armée du Hokuto, son ancien recruteur Beron décide de se venger en kidnappant sa « petite dame », Asuka.

Alors que Kenshirō et l’Armée du Hokuto s’approchent de la capitale impériale, Shōki décide de se révolter contre l’Empereur Jakō, qui détient le véritable empereur céleste en otage, obligeant Falco à exécuter la sale besogne à sa place.

Pendant que Kenshirō affronte Boltz, la lumière bleue du Gento, Falco confie un détonateur à sa femme Myū, dans le but de détruire les fondations de la capitale impériale au cas où il perdrait face à Kenshirō.

Suite à la rencontre de Rui et Lynn, les cieux se réunifient. Mais le destin réclame la vie d'Eïn !

Lin et son groupe parviennent à échapper au donjon souterrain de Jakō, mais aux dépens de la vie d’ Ein. Lui, l’impératrice céleste étant maintenant libre, Jakō perd son emprise sur Falco et décide de prendre la fuite.