平静略显无聊的日子里，枣恭介、枣铃、井之原真人、宫泽谦吾以及直枝理树等Little Busters的各位坐在一起聊天。真人讨厌被大家称为宇宙笨蛋，恭介则适时提出了强者挑战赛，拿到冠军自然有机会为自己正名，此外他还为在场的各位设定了种子排位。在此之后，接二连三有趣搞怪的挑战赛在校园内举行。与此同时，来谷唯湖则帮助西园美鱼、神北小毬、能美·科多缭卡等人解决各种各样的人生难题，反倒闹出不少笑话。

谁知就在此时，一个接连打败排行榜上高手的神秘面具人齐藤出现了……

晚上，理树去学校拿真人忘在班级书桌里的笔记本，途中在学校的走廊被一位持手枪的少女摁在地上，要求理树不许回头地跑向紧急出口离开。几次枪声之后，理树打开大门回到走廊发现掉在地上的那名少女的学生证，原来这个少女的名字叫朱鹭户沙耶。第二天，理树照着学生证上的信息，去那个班级把学生证交还给了她。之后理树手机收到了沙耶的一封邮件，要理树在下一课间休息的时候在屋顶再会……

直枝理树和朱鹭户沙耶两人在地下迷宫探索，迷宫内部危险重重，开始理树错误的开门选择使他们接二连三的中陷阱，到达第三层后，由于沙耶好几天通宵地努力奋斗使肚子饥饿，为了以后长时间探索就折返回去准备补给。两人相约会面了之后一起去买食物，在采购的路上理树发现沙耶双眼看着娃娃机就上前询问，于是两人开始玩起了娃娃机，没想到沙耶没过多久就沉迷住了使裙底风光被理树一览无余。到了深夜，补给完毕的两人为了寻找秘宝，再次进入了地下迷宫……

为了见理树不断地去重复相同场景的沙耶，终于又跟游戏的主人时风瞬挑战了，挑战失败后的沙耶要求最后一次重来。最后一次重来的沙耶与理树一起进入了迷宫后，渐渐地与理树的在一起的时间越来缺少了，这是最后一次和理树开心的时刻了，这时理树向沙耶告白两人相互KISS，一起前往时风瞬所在的地方……

直枝理树和朱鹭户沙耶两人依旧在迷宫中前进，在理树的心中不禁想起了一连串的疑问，但两人的相遇使理树开始缅怀与沙耶呆在一起的时光，觉得自己很久以前就喜欢沙耶同学了。两人一起合作解开机关进入到第五层后，遇上了要与他们战斗的石像人机关，就在沙耶与石像人战斗之时，理树发现了插在地面上的一把剑，这时沙耶跑到石像人的头顶上发现这把剑就是钥匙，于是叫理树把剑扔给自己，然后用这把剑插进了钥匙孔解除了机关并且打开了门，但从崩溃的石像人头顶上坠落到地面的沙耶脚受了伤，理树就抱着沙耶往门走去……

在教室上课的理树忽然发觉曾经一起玩的伙伴都不在了，下课后连电话也打不通使理树明白了知道实情的人会消失的情况。于是就不把实情告之问自己情况的谦吾。回到宿舍后看见佐佐美在做青椒肉丝，并和佐佐美吃饭的时候得知佐佐美曾经养过一只猫，但是在搬家的时候就再也找不到那只猫了，原来佐佐美并不是讨厌猫而是不得不讨厌猫。晚上睡觉的时候理树认为这个世界是佐佐美创造出来的，为了帮助佐佐美实现愿望打算去告诉谦吾这个世界的实情……

由于运动类社团的活动室要重新分配，理树他们所在的棒球活动室也是再分配的对象之一，恭介打算让理树去给宿管会帮忙来保住一直以来生活的活动室。在房间里正好遇见二木加奈多和宿管长一起工作，在工作的过程中宿管长借机出门让他们单独二人相处。理树工作做完之后，加奈多让理树出去转转不要浪费时间，结果被理树拒绝。过了一会儿理树主动去帮忙加奈多的工作，加奈多也只好让理树帮忙……

被同学看见满身是伤疤的加奈多，跑到学校某个树丛的角落颤抖，连妹妹叶留佳的担心都不接受，于是理树给情绪不稳定的加奈多披上自己的外套。满身是伤疤的传闻已经遍布整个学校，加奈多也情绪低落到不予任何人说话了。回房间的理树与他们一起庆祝成功保住了活动室，但是理树谈到加奈多的时候始终担心着她。第二天，理树从叶留佳口中听到加奈多在课上状态也不好，于此同时在学校的某一处角落已经安排好加奈多与她的未婚夫见面了……

这是“if”的故事。

库特与直枝理树成为恋人，顺利结束修学旅行的另一个“Little Busters！”的世界。

男生宿舍在翻修工程中发生漏水事故，导致宿舍无法继续使用。对于走投无路的理树，库特以“室友还在募集中……”为由伸出援手。就这样开始了和库特一起度过的暑假，这给他们带来了各种各样的新任务。理树和库特最后得到的东西是......？