El Coronel Young y el resto de la tripulación continúan su lucha por retomar el control de la Destiny a la Alianza Lucian. Tras la muerte de su comandante, los captores obligan a los prisioneros a descender a un planeta habitable. Mientras, Rush sabotea los escudos, dejándolos a merced de la mortal radiación que sacude la nave en un osado plan para negociar el control de la nave. T.J. es herida y su bebe corre peligro.

Desesperado por la situación crítica de la comida y la bebida en la nave, Rush dirige la nave a un planeta inestable que se ha quedado fuera de los controles de la Destiny y que tiene el Stargate bloqueado. Mientras, Young y Wray discuten sobre si deben confiar de verdad en los prisioneros de la Alianza Lucian.

La tripulación encuentra una nave implantadora de stargates notablemente similar a la Destiny que puede tener la llave para volver a casa. Cuando Young envía un equipo a explorarla descubren que no son los únicos que están a bordo de la misteriosa nave.

El coronel Young tiene un sueño recurrente de la Destiny siendo atacada y destruida, lo que le hace pensar que está perdiendo el juicio, descuidando el liderazgo de la nave.

Rush y Young quedan atrapados en una nave abandonada, mientras la Destiny permanece varada en el espacio. Rush se niega a desvelar su secreto.

Simeon, de la Alianza Lucian, se escapa de la Destiny, enviando a Nicholas Rush en una vengativa misión. Young y Greer intentan recuperar a Simeon ileso, puesto que tiene información de un inminente ataque a la Tierra por parte de la Alianza.

El cuerpo de Chloe es tomado por la mente de alguien que la tripulación creía muerto. Mientras tanto, el Dr. Volker cae víctima de una enfermedad que pone en peligro su vida.

Con la ayuda de el Dr.Rodney McKay y Richard Woolsey, Homeworld Command tratará de convencer a sus aliados del planeta Langara, que se sospecha podrían sufrir una infiltración de la Alianza Lucian, para que les dejen usar su planeta para marcar a la Destiny. Mientras tanto, Rush está atrapado en una simulación creada por Amanda Perry.