雍正在年羹尧和隆科多的扶持下登上皇位，年羹尧颇受皇上倚重。年羹尧的妹妹华妃仗着哥哥的势力，与皇后分庭抗礼。皇帝忙于朝政数日未进后宫，太后劝皇帝进行选秀充实后宫。大理寺少卿甄远道长女甄嬛即将应选，甄家世交太医温实初向甄嬛表达爱意却遭婉拒。选秀之日甄嬛偶遇自小一同长大的沈眉庄，安陵容不慎得罪了夏冬春遭到刁难，甄嬛为安陵容出头三人结为姐妹。安陵容、夏冬春与沈眉庄顺利入选，甄嬛殿选时展露才学获得皇上青睐。

甄嬛通过考验，被封为莞常在。得知皇上在欣常在宫中过夜，华妃心头有气借口除掉了皇后赏赐的宫女福子。甄嬛见安陵容入住客栈，便把她接到家中。甄嬛决定带着贴身侍女流朱和浣碧一同进宫，甄远道说出浣碧乃甄嬛同父异母的亲妹妹，甄嬛诧异。宫中太监前来宣旨定下入宫之期，并派芳若姑姑指导甄嬛与安陵容学习宫中礼仪。华妃嫉妒甄嬛尚未入宫便得皇上欢心，差人专门安排她在偏远的碎玉轩居住。

甄嬛、安陵容和眉庄同时入宫，三人被分在了不同的宫殿。安陵容与专横的夏冬春一同入住延禧宫，面对夏冬春的百般奚落安陵容选择隐忍。安陵容去探望甄嬛与眉庄，三姐妹约定以后要相互扶持。众小主正式拜见皇后，华妃故意为难让她们长跪不起。甄嬛、安陵容和眉庄三人在回宫的路上与夏冬春起了争执，华妃目睹一切“赏”了夏冬春宫刑“一丈红”。御花园的井里发现了福子的尸体，皇后派人来向华妃问话，华妃巧言开脱。

甄嬛无意中发现碎玉轩海棠树下埋着神秘香料，经鉴定树下所埋藏的麝香正是此前住在碎玉轩的芳贵人无故小产的缘由。甄嬛意识到深宫险恶，她请温太医帮忙告病避宠。眉庄侍寝获得皇上宠幸，皇上有意让眉庄她学习六宫事宜。眉庄在向皇后请安时迟到，华妃不满眉庄受宠借故打压。福子的死因被查明，但因皇上打算派年羹尧前去西北平叛故叮嘱皇后低调处理福子溺毙之事。甄嬛一直未获圣宠，太监康禄海等人趋炎附势主动请辞。

康禄海等人主动请辞去服侍丽嫔，只有槿汐、小允子和佩儿甘愿留下侍候。甄嬛久病失势，陵容与眉庄时常看望受冷落的甄嬛。甄嬛告病没有参加合宫夜宴，她与下人剪纸为乐。甄嬛拿着自己的小像来倚梅园祈福，却巧遇皇上急忙躲避。果郡王允礼尾随护驾，他悄悄将小像收入囊中。皇上命苏培盛找出除夕夜在倚梅园中祈福之人，宫女余莺儿冒充甄嬛获得皇上宠幸。

安陵容被传召侍寝，但她因紧张失仪被送回宫中。余莺儿擅长唱昆曲，她被皇上封为妙音娘子。余莺儿讨好华妃恃宠而骄，却因与欣常在发生冲突被太后褫夺封号。皇上偶遇正在吹箫的甄嬛，皇上对甄嬛怦然心动。甄嬛没有认出皇上，皇上隐瞒身份谎称自己是果郡王。余莺儿得到华妃指点，跪在养心殿外唱昆曲终于打动皇上重得圣宠。皇上与甄嬛约定再见之日，皇上正欲赴约却被太后请去寿康宫。

甄嬛如约在雨中等待“果郡王”的到来，结果却失落而回。皇上见过太后便匆匆赶往御花园，他不但没有见到佳人反而受了风寒病倒数日。余氏恃宠而骄口出狂言凌辱甄嬛，皇帝突然现身出面维护甄嬛并将余氏贬为官女子。甄嬛这才得知“果郡王”的真实身份，皇上破例将甄嬛晋封为莞贵人。甄嬛得宠一事传遍六宫，众人纷纷前来道喜，内务府也对甄嬛态度大变。甄嬛对皇帝动情，决定不再继续装病。

皇后借病推脱赐浴，有意成全皇上与甄嬛。甄嬛在汤泉行宫侍寝，她的一番肺腑之言惹皇上动容。回宫后皇帝恩赐椒房之宠，惹华妃等嫔妃大感不快。康禄海获知甄嬛得宠想重回碎玉轩伺候却被甄嬛拒绝，这一幕恰巧被丽嫔看到。丽嫔大怒命康禄海掌嘴，甄嬛出言为康禄海解围。余氏被降位后心中不忿，扎小人诅咒甄嬛。甄嬛获皇上专宠，华妃故意出言挑拨甄嬛与眉庄的关系。

面对华妃的挑拨，眉庄不为所动。眉庄与甄嬛坦诚相待，情谊更胜从前。甄嬛劝皇上雨露均沾，皇上去了齐妃宫中。齐妃笨嘴拙舌惹恼了皇上，皇上移驾碎玉轩。华妃以学习六宫事宜为借口，故意刁难眉庄让她在昏暗的光线下抄账本。在眉庄回宫途中，颂芝借故叫走了眉庄身边的侍女。突然有人将眉庄推落千鲤池中，眉庄险些溺毙终被救下。皇后与敬嫔等人都看出其中端倪，但碍于华妃势力只好不了了之。

甄嬛发现自己倦乏体困，经过温太医的鉴定甄嬛补药中的剂量被动了手脚，长期服用会导致神智失常。甄嬛惊怒之下与众人设计抓出内奸花穗与小印子，审问后二人招认是受失宠的余氏所指使。华妃担心余氏会供出自己，曹贵人建议华妃用余氏家人性命要挟余氏一力承担罪责。甄嬛将余氏陷害自己的行为告知皇上，并道出当日倚梅园中余氏冒名顶替自己之事。皇帝大怒，将余氏废为庶人打入冷宫赐死。余氏不肯就死，陵容为报答甄嬛恩惠指使太监勒死余氏。

甄嬛怀疑下毒之事余氏背后另有主谋，便设计让小允子扮成女鬼散布冤魂索命的谣言。丽嫔深感不安，她受惊过度当众吐露余氏下毒是受华妃指使。为保全皇家颜面，太后命皇后将丽嫔打入冷宫。华妃咬定丽嫔的疯言疯语不足为信，却因此失去了协理六宫之权。浣碧偷偷烧纸祭奠母亲，此举违反宫规被曹贵人当场撞破。华妃受到皇上冷落大感气愤，曹贵人主动提出帮忙从中劝和。

众人前往圆明园行宫避暑，曹贵人重提当初皇上借果郡王之名接近甄嬛一事，暗示甄嬛对果郡王有倾慕之情。皇上起疑责问甄嬛何时对自己动情，甄嬛巧妙作答化解了皇上的顾虑。眉庄求子心切采纳了江太医所提供的偏方，她将偏方与甄嬛分享，甄嬛却将信将疑提醒眉庄需谨慎。太医刘畚乃眉庄同乡，眉庄对刘畚格外器重。眉庄身体不适，刘畚把脉后宣布她身怀龙裔，得知喜讯皇上对眉庄格外关照。

皇上欲晋眉庄为嫔，皇后建议待眉庄生产后再为其晋封。眉庄获赐惠贵人封号，她提出接安陵容来圆明园避暑。甄嬛和陵容偶遇四阿哥弘历，弘历与甄嬛攀谈一见如故颇为投缘。温宜公主周岁生辰之际皇上举办家宴，久病在床甚少露面的端妃也出席。甄嬛离席浣足取乐偶遇果郡王，甄嬛见果郡王性格放荡不羁态度颇为冷淡。曹贵人故意施计让甄嬛当众跳已故的纯元皇后生前擅长的惊鸿舞，甄嬛一曲惹众人赞叹。

华妃由一曲惊鸿舞触动愁肠，她的一番言辞打动皇上重获圣宠，而甄嬛却看出一切都是华妃与曹贵人联手设下的计谋。雷雨之夜，皇后想起自己已故的儿子弘晖大感悲痛。西北粮草被劫，陵容的父亲安比槐受到牵连获罪入狱。眉庄本欲向皇上求情却被苏培盛劝退。皇后出面为安比槐求情，欲借此举笼络甄嬛与陵容。甄嬛借古喻今含蓄求情，皇上决定重审安比槐一案。

众人去探望眉庄，却发现宫女茯苓欲销毁燃血的衣物。茯苓在皇上面前揭发眉庄假孕，江太医把脉验证确认眉庄并无身孕。皇上龙颜大怒将眉庄降为答应，并下令将她幽禁在闲月阁。原来是华妃收买刘畚与茯苓等人设下如此计谋，华妃欲杀刘畚灭口，刘畚侥幸逃脱。甄嬛想为眉庄之事向皇上求情，皇上却避而不见。敬嫔去探望眉庄，竟发现眉庄的饭菜被人下了毒。

华妃提出暂时抚养温宜公主，曹贵人敢怒不敢言。温宜啼哭惹华妃不能安睡，华妃竟强行为温宜灌下安神汤。华妃利用温宜留宿皇上，谁料皇上惦念甄嬛冒雨离去。华妃感到地位岌岌可危，对甄嬛愈加痛恨。眉庄传信给甄嬛让她扶持陵容，在甄嬛的安排下陵容以美妙的歌喉成功吸引了皇上。甄嬛虽为陵容感到高兴，却也有止不住的伤感。陵容感谢甄嬛的帮助前去探望，却遭浣碧冷言冷语。

甄嬛从七夕家宴上离席，她与果郡王在铜雀台不期而遇，两人共赏夕颜惺惺相惜。温宜久病不愈反而吐奶更为严重，太医查出公主所食用的食材被人换成了伤胃的木薯粉。原来此举是华妃所设计陷害甄嬛的阴谋，她将矛头指向曾在御膳房领过木薯粉的甄嬛。有宫女目睹甄嬛从家宴上离席后去了清凉殿，甄嬛蒙冤百口莫辩。端妃谎称甄嬛从家宴上离席后与自己在一起，她的证言帮甄嬛证明了清白。

御膳房的小唐声称不慎搞混了食材，皇上与皇后明知是华妃所指使但还是决定杖杀小唐平息此事。曹贵人进献莲子，皇上明了其中含义决定让曹贵人将温宜带回宫中抚养。浣碧精心打扮故意吸引皇上注意，却不料弄巧成拙反遭奚落。甄嬛看出浣碧的叛离之心，深感腹背受敌。甄嬛刻意向浣碧透露自己将去探望被禁足的眉庄，果然华妃兴师动众带人来闲月阁搜查，殊不知甄嬛正在端妃殿内。

华妃搜宫大动干戈惊动了皇上，甄嬛这才从敬嫔殿内走出。皇上怒斥华妃，华妃方知中计愈加记恨甄嬛。甄嬛借机探望眉庄，眉庄对皇上的薄情大感失望。甄嬛回宫时惊动侍卫，恰巧果郡王在旁协助其避过盘查。甄嬛发现果郡王珍藏着自己的小像，他暗语提点躲避情谊。在甄嬛的质问下浣碧承认了自己曾与曹贵人勾结，甄嬛言明利害，浣碧后悔不迭。

回宫后华妃得到两匹夕颜花样的蜀锦，她厌弃夕颜寓意不详将它赏给了甄嬛。华妃在太后面前抱怨自己受到冷落，太后赠步摇以表安慰。太后劝皇上雨露均沾并强调了华妃的地位，华妃重得皇上眷顾。年羹尧平定西陲还朝请安，皇上赐宴期间他自恃功高嚣张跋扈，皇上不满隐忍未发。华妃不满哥哥的僭越举止私下规劝，年羹尧却不以为然。华妃请陵容来翊坤宫为自己与皇上唱曲，甄嬛陪陵容同行。

甄嬛与陵容琴曲相合，却受到华妃的折辱。皇上在碎玉轩见到了活泼率性的淳常在，淳常在获得皇上宠幸。皇上为节省开支下令削减年节的赏银，颂芝为华妃献计向年羹尧引荐求官者从中赚取体己。淳常在向皇后请求搬去碎玉轩居住，陵容受富察贵人挑拨认定此举是淳常在与甄嬛抱团邀宠。陵容扎小人诅咒华妃被皇后发现，皇后宽恕了陵容借机拉拢。皇后透露有人向自己告密，陵容怀疑自己是被甄嬛出卖。

年羹尧见到果郡王却不起身行礼，性情豁达的果郡王不以为意。年羹尧插手朝廷官员委任，皇上不得不隐忍迁就。甄嬛与陵容分别送了一件寝衣给皇上，陵容却从淳儿口中得知皇上珍惜甄嬛所赠的寝衣却不把自己亲手绣制的寝衣当回事。甄嬛看出陵容心有不快送厚礼安抚，陵容却并不领情。华妃以听戏为由讥讽皇后庶出的身份，甄嬛出言为皇后解围。

后宫嫔妃觐见太后，甄嬛聪慧获得太后赏识。富察贵人怀上龙裔，恃宠而骄得罪了华妃。翊坤宫有人感染了时疫，华妃故意将患有时疫之人所用的茶具转赠给眉庄。眉庄染上时疫，甄嬛欲求皇帝救助眉庄，皇帝却无暇接见。甄嬛忧心眉庄请温太医冒险救治，温太医苦寻治疗时疫的良方。刘畚被抓获，甄嬛带他面圣。刘畚指认华妃为幕后主使，眉庄复位沉冤得雪。皇帝疑心刘畚是甄嬛安排扳倒华妃的，甄嬛闻言大感心寒。

听说皇上将要处罚华妃，陵容指使宫女将消息泄露出去。华妃急忙部署对策以求自保，曹贵人提议以治愈时疫的药方将功抵过。华妃献上治疗时疫的方子，皇帝龙颜大悦，不但没有提出处罚还恢复了华妃协理六宫之权。年羹尧之子年富平定了卓子山判乱，华妃为年富请赏。赵之垣得到年羹尧与华妃的授意，上书弹劾甄远道。皇后劝皇帝翻了陵容的牌子，又改口劝皇上去看望甄嬛。陵容等待侍寝却得知皇上去了碎玉轩，她遭到富察贵人耻笑。在温太医的调理之下，眉庄的病逐渐好转。

眉庄想起自己曾用过周宁海送来的茶具惊觉自己患病是遭华妃迫害，温太医这才说出华妃所献的治疗时疫的药方是窃取了自己的研究成果。皇后暗示陵容利用松子除掉富察贵人腹中胎儿，陵容配置香料并对松子进行调教。皇后邀嫔妃们赏花，松子闻到富察贵人的香粉味突然扑向了她。混乱之时甄嬛遭黑手被推倒，她的脖颈被松子划伤。富察贵人不幸小产，甄嬛却被诊断出怀有身孕。端妃在花园捡到被遗落的香粉盒，她夜访碎玉轩点破其中蹊跷。太后洞悉皇后阴谋，警示她不许迫害皇家子嗣。

端妃夜访碎玉轩，她提醒甄嬛小心保护腹中胎儿。华妃怨恨当年端妃害自己滑胎，她怒气冲冲前去羞辱端妃并命内务府加倍苛待端妃。华妃求孕心切，她安排宫外名医进宫问诊。陈大夫在华妃面前不敢吐露半句口风，太后身边的竹息姑姑称病请来陈大夫暗示他隐瞒华妃的病情。皇上对甄嬛倍加关爱惹皇后妒忌不已，陵容将舒痕胶赠给甄嬛以帮助其愈合伤口。敬嫔被封为敬妃，皇上封甄嬛为莞嫔与敬妃同日行册封礼。

皇上去探望眉庄，但眉庄态度冷淡。皇上提及太医江诚江慎兄弟毫无医德，甄嬛借机举荐温实初并告知治疗时疫的方子乃江诚江慎窃取而来。皇上派手下血滴子暗中除掉江氏兄弟。皇上为甄嬛绘制娇梨妆，皇宫内外盛行。甄嬛生辰，果郡王奉皇上之命想出别出心裁的点子为她庆贺。淳儿无意中撞破华妃收取官员贿赂，曹贵人使计令淳儿暴露，华妃派周宁海杀人灭口。宫内盛传淳儿是失足溺毙，甄嬛却认为其中大有可疑。

年羹尧再立军功，皇上嘉奖年家决定晋华妃位分。皇后头风发作无人治疗，宫中的太医却悉数被年羹尧请走。大臣参奏年羹尧，但皇上却宽容并未追究。华妃以为要获封皇贵妃满心欢喜，却得知皇帝仅封自己为贵妃。皇后声称三阿哥地位不保暗示齐妃除掉甄嬛腹中胎儿，陵容故意将甄嬛忌服夹竹桃之事告知齐妃。齐妃做了掺有夹竹桃花粉的糕点送给甄嬛，甄嬛正欲品尝被陵容阻拦……

甄嬛不愿惊动皇上只将齐妃下毒一事告知皇后，皇后以惩戒为由从齐妃手中夺走了三阿哥的抚养权。皇后与皇帝离宫祈福，华贵妃独掌大权。华贵妃请甄嬛到翊坤宫听事，甄嬛身体不适姗姗来迟。华贵妃责罚甄嬛在烈日之下跪送诵《女诫》，眉庄出言求情被罚一同下跪。甄嬛体力不支晕倒在地，果郡王从浣碧口中得知消息闯入翊坤宫带走了甄嬛。甄嬛似有小产迹象，苏培盛赶赴天坛将宫内所发生的的一切告知皇帝。

甄嬛小产，皇帝与皇后闻讯赶回宫中。华贵妃得知甄嬛小产脱簪请罪，皇帝大怒褫夺封号将她降为妃位，并责罚年妃每日跪于翊坤宫门外思过。皇帝顾及朝政与年羹尧的势力，不能依甄嬛所愿严惩年妃，甄嬛心灰意冷。年羹尧上书为妹妹求情，皇帝处于两难境地。甄嬛沉浸在失子之痛中不能自拔，皇帝自责太后出言宽慰。原来皇上赐给年妃的欢宜香会导致不孕，而它正是导致甄嬛流产的原因。

温实初给甄嬛诊脉察觉她体内有用过少量麝香的症状，原来麝香才是导致甄嬛流产的真正原因。温实初恨自己无能导致甄嬛受苦，不料此话却被前来探望甄嬛的眉庄听到，眉庄察觉出温太医对甄嬛的爱意大感震惊。甄嬛让流朱去内务府取来年妃宫里的欢宜香，陵容熟识香料闻出其中含有麝香的成分。宫中大宴时陵容蒙面唱歌令皇帝倾倒，原来一切都是皇后的安排。

众嫔妃嘲笑陵容出身低贱，却被皇后相继弹压。富察贵人借机挑拨陵容与甄嬛的关系，陵容讥讽富察贵人为甄嬛解围。甄嬛对陵容争宠一事心存芥蒂，陵容潸然泪下道出苦楚并请求甄嬛原谅。皇上看见甄嬛梦中落泪的样子，他伤感愧疚之下决定不再踏足碎玉轩。甄嬛前往延庆殿探望端妃，见端妃缠绵病塌她请温太医帮忙诊治。浣碧不满陵容得宠出言不敬，陵容表面大度暗中怀恨在心。

得知甄嬛抱病，敦亲王福晋前来探望。甄嬛郁郁寡欢，果郡王吹奏笛声盼其解忧。眉庄带甄嬛去冷宫看望失宠的嫔妃，她苦劝甄嬛不要重蹈覆辙。陵容独获圣宠，皇后逼其在承宠后服用汤药避孕。甄嬛不慎冲撞了齐妃，在富察贵人的挑唆下齐妃命人掌掴甄嬛并罚她跪于长街。甄嬛决定争宠重获君心，浣碧求助果郡王从昌平行宫捉来蝴蝶……

眉庄将皇上引到倚梅园，甄嬛被蝴蝶环绕的样子美不胜收让皇上为之倾倒。甄嬛寻借口婉拒皇上宠幸，她欲擒故纵之计惹得皇上夜不能寐。准噶尔部落求娶嫡亲公主，皇上决定将先帝幼女朝瑰公主封为固伦公主嫁给准噶尔可汗。甄嬛向皇上提议让曹贵人协助操办和亲事宜，曹贵人大为伤感忧心温宜的前途。甄嬛终于同意皇上留宿碎玉轩，陵容讨好甄嬛却遭冷遇。

甄嬛邀曹贵人与富察贵人一同赏雪，她讲述人彘的故事吓得富察贵人晕厥，曹贵人迫于甄嬛的压力向她揭露了年妃收受贿赂一事。富察贵人受惊过度神智失常，齐妃去碎玉轩赔礼却遭甄嬛拒见。敦亲王殴打言官让皇上很是头疼， 甄嬛献策对敦亲王加以制约。甄嬛说服福晋让敦亲王向言官致歉，事件终于得以平息。

敦亲王请求为已故的生母追封贵太妃尊号，年羹尧也在此时上表提及此事，皇上察觉二人早已勾结勃然大怒。甄嬛劝皇上屈己为政并请求恢复年妃位分，待年氏一族得以放松时加以铲除。皇上复宠并恢复华妃之位，但华妃此时却已如惊弓之鸟般患得患失。甄远道奉皇上之命，暗中搜集年羹尧的罪状。得知是甄嬛提议恢复华妃之位，眉庄大感不悦。

甄嬛拉拢曹贵人与其结盟，答应收温宜做义女。甄嬛不便说出实情，她的解释得不到眉庄理解，姐妹二人逐渐疏离。在皇后的授意下，陵容出言挑拨甄嬛与眉庄的关系。眉庄冷待甄嬛，甄嬛伤心不已。甄嬛的母亲与妹妹玉娆进宫觐见，甄嬛欢喜母女团聚倾诉知心话。皇上对颂芝流露出好感，华妃敢怒不敢言。陵容为讨好甄嬛不惜以自己的血做药引为她炖补药，甄嬛看出其中端倪不为所动。

皇帝携众嫔妃到圆明园避暑，眉庄自愿留在宫中侍奉太后。得知年羹尧被甄远道等人弹劾，华妃听取周宁海的建议将颂芝引荐给皇上。皇上宠幸颂芝并封她为答应，华妃为了大计强忍心中不快。甄嬛与华妃等人狭路相逢，颂芝出言讽刺却遭甄嬛反唇相讥。甄嬛佯装吃醋对颂芝大加诋毁，原来这是她与皇上联手布下的迷魂阵。颂芝试探皇上对年羹尧的态度，皇上为稳住年氏一族仍旧流露出对年羹尧的信任。

家宴时甄嬛言语之间对颂芝多加贬损，皇上一怒之下将甄嬛贬去蓬莱洲幽禁。皇后忧心华妃风头更盛，指点安陵容陪同甄嬛共同前往蓬莱洲。得知甄嬛的遭遇，眉庄托人为其送去衣物，甄嬛大感宽慰。皇帝差遣果郡王协助自己查明敦亲王妄图谋反的证据，一举拿下敦亲王等叛党。甄嬛从蓬莱洲被接回宫中，原来皇上假意幽禁实则是为对甄嬛实施保护。

皇上革除了年羹尧川陕总督和一等公爵位，华妃得知消息大感震惊前去为年羹尧求情却遭皇上拒见。安陵容在皇上面前故意表现出对甄嬛的情谊深厚，惹皇上更加垂怜。眉庄终于明白了甄嬛扳倒华妃的良苦用心，姐妹二人和好如初。曹贵人揭发华妃往昔的种种恶行，但皇上顾念旧情不忍重罚只将其降为答应。曹贵人因告发年氏有功，不仅未受牵连反而被晋封为襄嫔。年羹尧身着黄马褂看守城门有损天威，皇上大怒将其赐死。

皇上不满眉庄对自己态度冷淡，甄嬛出言为眉庄辩解。温宜玩耍险些滑倒，端妃挺身相救。新入宫的祺贵人从储秀宫迁至碎玉轩，她假意与甄嬛交好博得皇上宠爱。祺贵人偶遇年答应出言训斥反受了气，她梨花带雨在御前告状。襄嫔借题发挥要求皇上赐死年答应，皇上发觉此人居心险恶命宫女在其饮食中下毒。察觉到年答应宫中的太监肃喜意欲纵火焚烧碎玉轩，甄嬛与眉庄意识到彻底除掉年答应的机会来了……

肃喜被抓人赃并获，眉庄不惜烧伤自己以坐实年答应纵火罪名。碎玉轩被焚，甄嬛迁至咸福宫与眉庄同住，祺贵人则搬回储秀宫。皇上命皇后审理纵火案，皇后下懿旨赐死年答应。甄嬛为年答应送行揭穿欢宜香导致不孕的真相，年答应大感绝望撞墙而死。襄嫔也因服毒而亡。允䄉在狱中对皇上口出怨言，甄嬛劝皇上为允䄉之子弘暄封一个虚爵。皇帝决定册封甄嬛为妃，并一同晋封陵容与欣常在。

甄嬛将舒痕胶赠给眉庄使用，前来请脉的温太医察觉有异拿走舒痕胶调查。鄂敏参奏甄远道收藏禁书，借机挑拨君臣关系。封妃大典即将举行，甄嬛却发现吉服有破损。甄嬛穿着内务府送来的替代衣物前去受封，被皇上错认成已故的纯元皇后。皇后指出甄嬛所穿的是纯元故衣，皇上震怒取消封妃下令将她幽禁在碎玉轩。甄嬛察觉自己中了皇后的圈套，她意识到自己被皇上当成纯元的替身大为心碎。

甄嬛身体不适晕倒，流朱为求医强闯碎玉轩大门却遭侍卫阻拦。流朱撞向侍卫刀口惨死一事惊动了皇上，皇上命温实初救治甄嬛。甄嬛被诊断出怀有身孕，她为求保护腹中胎儿请求皇后照顾。得知流朱的死因，甄嬛自责大感悲痛。温实初告知舒痕胶中含有可致小产的麝香成分，甄嬛方知陵容用心险恶。

鄂敏诬陷甄远道怀不臣之心，皇上下旨将甄远道革职收监。安陵容在皇后的授意下故意将甄府落难的消息泄露给甄嬛，并派人在牢中投放老鼠。皇上不顾甄嬛求情，将甄家人流放宁古塔。甄嬛看到皇上所写惦念纯元皇后的文字，察觉到自己受宠只因相貌酷似纯元的缘故大感悲凉。得知父亲感染鼠疫性命垂危，甄嬛动了胎气临盆生下一位女婴。皇上将女婴封为胧月公主，甄嬛将公主托付给敬妃自请出宫修行。

甄嬛毅然离宫，槿汐浣碧主动随行。眉庄与温实初为其送行，甘露寺住持静岸为甄嬛起法号莫愁。甄嬛身体不适，槿汐向众尼姑讨要红糖却遭白眼，莫言主动施以援手。皇后为扩张势力否决了晋升眉庄的提议，并大力提拔祺贵人。静白师太刁难甄嬛命她做粗活，甄嬛受尽折磨却隐忍不发。温太医前来甘露寺，他见甄嬛受苦心疼不已。果郡王为甄嬛带来胧月的画像以安慰其思女之心，甄嬛感激不已。

皇后携众嫔妃来到甘露寺进香，祺嫔逼甄嬛现身并对其大肆羞辱。眉庄甘受冷落，主动提出搬去碎玉轩居住。眉庄请求太后庇护甄嬛，太后派芳若定期前去甘露寺探望。甄嬛偶遇在安栖观修行的舒太妃，二人畅聊十分投缘。果郡王探望生母舒太妃，并为甄嬛带来甄远道所写的家书。果郡王欲撮合浣碧与侍从阿晋相好，浣碧听闻果断回绝。

果郡王暗表情意，却遭甄嬛回绝。静白等人诬陷甄嬛偷窃，将病重的她赶去凌云峰禅房。甄嬛在去凌云峰的途中病情加重，果郡王赶来相救将她带到清凉台。甄嬛高烧不退，果郡王穿着单薄的衣服躺在雪地里，待浑身冰凉后再抱着甄嬛为其退烧。温太医冒雪赶来救治，甄嬛病情好转，果郡王却染上风寒。甄嬛得知果郡王的所为对他态度软化，皇上带着敬妃和胧月等人前来探望果郡王，甄嬛躲在屏风后听到他们的对话后态度转变与果郡王刻意保持距离。

野猫闯入凌云峰禅房惹甄嬛受惊，果郡王及时赶来相救。皇上对太后与隆科多的旧情耿耿于怀，他圈禁隆科多决心将其铲除。太后为了成全皇上密会隆科多，骗他喝下了毒酒而死。原来太后曾被隆科多利用，进宫扶持他的姐姐孝懿仁皇后在宫中的地位。果郡王知道甄嬛害怕雷雨，便在雨夜吹笛相伴，甄嬛感动最终接受了允礼的爱意。太后病重卧床不起，眉庄尽心服侍晋封为惠嫔。

闻甄嬛与果郡王相互爱慕，温实初大受打击。陵容用香料催情导致皇上突发急病，果郡王被召入宫侍疾。期间果郡王与甄嬛互传花笺，情谊更浓。齐妃偷偷来景仁宫探望三阿哥，剪秋无意中听见二人的对话察觉到齐妃的野心。此事传入皇后耳中，皇后大为不快。皇上病愈来圆明园散心，他被驯马女叶澜依独特的气质所吸引。山林中一个准葛尔人中了蛇毒性命垂危，果郡王与甄嬛联手施救。

皇上下旨封叶澜依为答应，引起后宫嫔妃的不满。叶澜依与果郡王在宫中偶遇，叶澜依感念果郡王昔日的救命之恩。叶澜依因身不由己而心灰意冷，果郡王劝其珍重。果郡王与甄嬛共同写下合婚庚帖，二人互许终身。皇上派果郡王出巡滇藏，甄嬛与果郡王约定待他归来后两人假死脱身远走高飞。眉庄施计出宫来到凌云峰，她将甄远道病危一事告知甄嬛。甄嬛怀了果郡王的孩子，她看出浣碧对果郡王的爱慕之意劝其不要强求。

在皇后的教唆下，齐妃为叶澜依送去了一碗汤药。叶澜依明知有诈却毅然喝下汤药，导致自己失去了生育能力。皇上震怒下令严查，皇后以三阿哥的前途逼齐妃顶罪自尽。皇后正式收养了三阿哥，皇上为安抚叶澜依晋其为宁嫔。甄嬛有了身孕，但果郡王迟迟未归。温实初探望甄嬛道出果郡王身亡的噩耗，甄嬛大感悲痛。太后知晓皇后恶行对其进行教诲，皇后却不断冲撞太后。

为保住腹中允礼的骨肉，甄嬛决定设计回宫。为助甄嬛一臂之力，槿汐自愿与苏培盛结为对食。在苏培盛的引导下，皇上来到甘露寺敬香。听闻甄嬛在甘露寺内的种种遭遇，皇上不忍亲自前去凌云峰禅房探望。在一番精心设计下，甄嬛在禅房内侍寝。甄嬛谎称对皇上深情一片假意讨好，成功挽回圣心再获皇上垂爱。

皇上将甄远道接回京中救治，苏培盛请温实初为甄嬛安胎。温实初被甄嬛说服，鼎力相助向皇上谎报了甄嬛的孕期。甄嬛将自己怀有果郡王骨肉一事告知舒太妃，她道明回宫是为了查明允礼死因为其报仇。后宫屡现不祥之兆，皇上忌惮天象异常暂时搁置了迎甄嬛回宫一事。四阿哥勤奋苦读，三阿哥地位受到威胁。嬷嬷误食了四阿哥的夜宵当场毙命，眉庄借此事暗示太后促成甄嬛回宫以制衡皇后保护龙裔。

太后促成甄嬛回宫，皇后安排言官劝谏阻拦未果。为掩人口实皇上为甄嬛赐姓钮祜禄氏，对外声称她是四阿哥生母。果郡王死里逃生，再与甄嬛重逢却已物是人非。甄嬛自知难以回头狠心决定回宫，两人相拥而泣。太妃为保全众人性命，并未将甄嬛所怀骨肉是允礼的一事告知儿子。果郡王担任册封使接被封为熹妃的甄嬛回宫，甄嬛任命莫言为监寺并责罚了静白。

甄嬛回宫极尽荣宠，小允子重回甄嬛身边伺候。皇后故意将甄嬛所居住的永寿宫布置的奢华，甄嬛看穿皇后此举表面装作贤良，实则是为坐实自己祸水之名。皇后出言挑拨甄嬛与敬妃的关系，声称要将胧月送回甄嬛处抚养。敬妃带胧月去看望甄嬛，但胧月却不肯与生母接近，惹甄嬛大为伤感。甄嬛途径储秀宫时险些从轿撵上跌落小产，原来是轿夫踩了鹅卵石脚下打滑所致。

欣贵人与祺嫔同居储秀宫多年来饱受欺压，她向甄嬛示好以求依附。甄嬛试探欣贵人是否是险些害自己跌落轿撵的幕后黑手，却并未察觉出端倪。甄嬛发现祺嫔身上佩戴的并非玛瑙而是麝香珠，而皇后所赐的麝香珠正是导致祺嫔不孕的真正原因。皇上翻了欣贵人的牌子，祺嫔却称病邀宠。甄嬛逼祺嫔服用难喝的糙米薏仁汤，借此整顿宫闱树立威信。陵容与祺嫔不睦，她暗示鹅卵石一事是祺嫔所为并嫁祸给欣贵人。

皇帝与甄嬛探望自称生病的祺嫔，却发现她责打无辜的宫女佩儿。皇上动怒降其为贵人，欣贵人如愿成为储秀宫主位。钦天监副使季惟生观看天象，暗示安嫔命理不祥。皇上听闻决定疏远陵容，并晋升季惟生掌管钦天监正使一职。听说皇上去了碎玉轩，太后为促成好事赐了一壶暖情酒。眉庄未能放下心结，皇上自行离去。眉庄劝前来送醒酒药的温实初喝下暖情酒，二人发生了关系。

眉庄怀了温实初的孩子，她设计亲近皇上并顺理成章宣布了自己怀孕一事。苏培盛掉落了槿汐送给自己的璎珞，敬妃目睹察觉其中端倪。敬妃忧心甄嬛将胧月从自己身边夺走，向皇后揭发苏培盛与槿汐结为对食一事。皇后搜查永寿宫找出了秽乱后宫的证物，二人被关入慎刑司。甄嬛为营救槿汐四处奔走并向端妃求助，端妃劝皇上大事化小宽宥苏培盛与槿汐。

苏培盛与槿汐被释放，皇上看出二人彼此间存有真心便不再过问。皇后解除了祺贵人的禁足，中秋家宴甄嬛与果郡王重逢。二人私下对话时一个人影闪过，回宫路上甄嬛被群猫攻击动了胎气。甄嬛难产经历九死一生才诞下龙凤胎，皇上大喜晋甄嬛为贵妃并赐协理六宫之权。苏培盛贺喜讨赏，皇上正式将槿汐赐给他做妻子。

甄嬛理解敬妃出卖槿汐只是为了将胧月留在身边，于是答应将让敬妃一直抚养胧月。叶澜依假意邀请甄嬛与浣碧到自己宫中小坐，途径一偏僻处叶澜依突然抽出匕首抵住甄嬛脖颈，斥责甄嬛对果郡王薄情。原来叶澜依爱慕果郡王，那日正是叶澜依听到了甄嬛与果郡王的对话，而甄嬛生产之日的群猫也是被叶澜依召唤而来。看到甄嬛手上戴着允礼至爱的珊瑚手钏，叶澜依明白甄嬛在果郡王心里的地位于是放走了她。陵容遭人毒害嗓音受损，她失宠后饱受欺辱。

陵容设计复宠苦练冰嬉，不惜服用会导致不孕的息肌丸，最终靠冰上一舞终于重获皇上宠幸。皇上将甄府二小姐玉娆接进宫来陪伴甄嬛，慎贝勒对性情孤傲的玉娆另眼相看。甄嬛请求重查父亲旧案，皇上推拒。听闻果郡王坠马受伤，甄嬛险些失态。浣碧去王府照顾，果郡王逐渐病愈。嫔妃齐聚景仁宫，祺贵人向皇后告发甄嬛与温实初私通。

祺贵人让昔日甄府的婢女玢儿、永寿宫侍女斐雯以及甘露寺静白作证指认甄嬛私通，此事惊动了皇上。皇后主张滴血认亲，甄嬛发现验亲的水被动了手脚。再度验证时温实初与弘曕的血并不相融，叶澜依请来了甘露寺莫言佐证甄嬛与温实初清白，玢儿也揭露自己遭到祺贵人威胁。皇上最终选择信任甄嬛，他怀疑皇后陷害甄嬛削其管理六宫之权。祺贵人见事已至此担下一切罪责，被打入冷宫。

甄嬛下令将斐雯与静白乱棍打死，温实初为打消皇上疑虑不惜自宫。眉庄受惊难产，温实初被抬进产房助产。眉庄生下静和公主，被皇上封为惠妃。眉庄出现血崩之状，最终死于温实初怀中。听闻眉庄临终之时与温实初的对话，甄嬛这才得知静和是温实初的女儿。皇上向玉娆示好，玉娆却暗示不愿做后宫妃嫔。自眉庄去世后温太医终日颓废借酒消愁，他自请为眉庄守陵三年。

果郡王无意间掉落了珍藏的小像，皇上看到小像中人貌似甄嬛不禁起了疑心。浣碧声称自己是小像的主人，并谎称自己与果郡王相互情投意合。皇上当场将她赐婚与果郡王，果郡王却表示只能接受浣碧为侧福晋。沛国公之女孟静娴爱慕果郡王多年，皇上为安抚老臣欲成全静娴同为果郡王侧福晋，允礼无奈接受。甄嬛认浣碧做义妹，并为她备下丰厚的嫁妆。浣碧以玉隐之名如愿嫁入果郡王府，新婚之夜喝醉的果郡王被抬去玉隐房间，孟静娴独守空房。

瓜尔佳氏一族获罪，甄远道冤案获得平反。文鸳逃出冷宫向皇上求情而不得，最终被苏培盛下令乱棍打死。安比槐受贿，陵容为父亲求情却遭皇上拒绝。皇后为陵容支招，给了她一剂助孕的方子。皇上对玉娆有意，玉娆却与慎贝勒情愫渐深。甄嬛和玉隐为分散皇帝对玉娆的注意，安排了王府侍女采蘋入宫侍寝。玉娆表明自己的心意，皇上决定成全她与允禧。

太后病危，临终前她提出想见老十四却遭皇上拒绝，太后痛心抱憾而终。陵容怀孕，皇后为陵容请封。甄嬛建议赐陵容封号为鹂妃，又劝皇上大封六宫。陵容服用息肌丸损害了身体，她明知自己的孩子无法顺利出生却强行保胎。端妃被封为皇贵妃，敬妃被封为贵妃，欣贵人与宁贵人晋为嫔位，采蘋被封为瑛贵人。小允子从陵容宫中偷来一小块香料，甄嬛请卫临鉴定竟发现陵容暗中使用迷情香争宠。

皇上临幸导致陵容小产，陵容想嫁祸甄嬛却未能得逞。皇贵妃向皇后揭发陵容利用迷情香争宠，皇上本欲轻罚陵容，甄嬛却重提旧事。卫临鉴定陵容送给甄嬛的舒痕胶正是害当年甄嬛小产的主要原因，苏培盛带人在延禧宫内搜到了麝香，皇上下令将陵容禁足并赐死了安比槐。原来甄嬛将迷情香涂在花蕊上送给延禧宫才导致陵容小产，陵容服用大量苦杏仁最终身亡。

皇后为保母家势力想要撮合表侄女青樱嫁给弘时，谁料弘时却对青樱并无好感。弘时偶遇瑛贵人，对她一见钟情。皇后劝青樱以侍妾身份嫁给三阿哥，青樱不肯并重提旧事冒犯了皇后，皇后一怒之下将青樱指给弘历做侧福晋。果郡王携孟静娴来宫中向皇上请安，甄嬛见两人关系亲密心中不是滋味。玉隐进宫拜访甄嬛，恰巧静娴来访道出自己怀孕之事，躲在内室偷听的玉隐倍受打击。

敬贵妃截获了三阿哥写给瑛贵人的情诗，向皇上告发了此事。因为瑛贵人是由玉隐引荐入宫，皇后借机指责甄嬛。皇上为保全皇家颜面以勾引皇子之名赐死瑛贵人，他同时怀疑果郡王暗中干涉立嗣一事。甄嬛无意中想起陵容的遗言，怀疑纯元是被皇后所害死。甄嬛再度怀孕却大感不适，温实初告知她腹中胎儿无法保全。甄嬛决定隐瞒腹中胎儿的真实情况，设局扳倒皇后。

甄嬛请皇后来永寿宫为自己腹中的孩子祈福，她暗中喝下滑胎药并装作与皇后发生争执之后撞向桌脚，没想到一切都被胧月看在眼里。甄嬛声称是被皇后推倒才导致流产，皇后极力辩解。胧月想起敬贵妃的教导指认皇后推倒甄嬛，皇上下令让皇后思过。三阿哥受四阿哥蛊惑激怒了皇上，皇上撤下弘时的黄带子与其断绝父子关系。家宴时孟静娴误饮了弘曕的汤品中毒，她产下儿子后身亡。皇上查明下毒之人正是剪秋，但剪秋坚称下毒之事与皇后无关。

江福海受刑供出了皇后所做的诸多恶行，其中包括谋害纯元皇后一事。面对皇上的质问，宜修承认杀害亲姐姐并哭诉自己的怨恨。竹息拿出了太后的遗诏阻止皇上废后，皇上下令将宜修禁足与她死生不复相见。准噶尔可汗摩格觐见，甄嬛认出摩格正是自己曾在山上搭救之人。摩格与甄嬛私下相会，血滴子夏刈偷听二人对话向皇上告发……

摩格求娶甄嬛，甄嬛自请前往准葛尔和亲。皇上故意让允礼听到自己与甄嬛的对话，允礼情急之下竟强闯大殿阻止和亲一事。皇上下令将甄嬛秘密圈禁，并对外散布甄嬛已经准备前往准葛尔和亲的消息。允礼以为甄嬛已经出宫私自带兵出关营救，证实了皇上对于两人之间存有私情的猜测。允礼上奏自请去驻守边关，皇上封果郡王为亲王，但非召不得回京。三年后允礼奉旨回京述职，他再见甄嬛两人百感交集。

皇上逼迫甄嬛以毒酒亲手杀死允礼，甄嬛与允礼在桐花台相见，两人回味往昔互诉衷肠。甄嬛不忍爱人死去欲喝下毒酒，却不想允礼发觉其中端倪调换了毒酒。允礼毒发惨死于甄嬛怀抱中，甄嬛悲痛之下跌落桐花台双腿受伤。允礼出殡之日，玉隐撞棺殉情而死。甄嬛看到允礼寄给玉隐的家书，内容处处提及自己，甄嬛领悟到这才是导致皇上起了杀机的原因。

宁嫔为允礼复仇，暗中向卫临索要迷情香与朱砂。朱砂与皇上服食的丹药相克，加上沉溺声色导致皇上的身体日益亏空。甄嬛明知宁嫔所作所为，却纵容默许。皇上发现弘曕与允礼之子元澈面貌相似不禁起了疑心，他命夏刈暗查六阿哥身世。甄嬛故意将孙答应与侍卫私通一事告诉皇上，皇上被激怒病情加重。夏刈从弘曕身上采血意图再次验亲，宁嫔看见后将此事告知了甄嬛。

甄嬛感谢宁嫔将弘曕的身世告知，并派心腹小允子暗杀了夏刈。宁嫔再为皇上服下有毒的丹药，甄嬛吐露真心话并告知静和公主的身世，皇上急火攻心撒手人寰。甄嬛扶持弘历即位，叶澜依自尽而亡。新帝册封福晋富察氏为皇后，青樱为娴妃，甄嬛贵为圣母皇太后。甄嬛去景仁宫探望宜修，不久后宜修便在绝望中死去。新帝忧心地位会受到弘曕威胁，甄嬛提出让弘曕入嗣允礼一脉。