2068: Earth is at war with a bizarre Martian enemy - the Mysterons. Only Spectrum the world security organisation, and its number one agent, Captain Scarlet, can hope to defend the planet against the invading aliens and stop the interglactic war of nerves before Earth is destroyed!

L'an 2068 ; lors d'une mission d'exploration du sol martien, une équipe d'astronautes dirigées par le Capitaine Noir, un officier du Spectrum, découvre une immense cité lumineuse dissimulée dans les montagnes ; cette ville est le domaine des Mystérons, des entités extraterrestres incorporelles en apparence pacifiques. Mais un geste de ces derniers, mal interprété, suscite la méfiance du Capitaine Noir, qui ordonne la destruction immédiate de la cité. Rendus furieux par cet assaut non-provoqué, les Mystérons déclarent la guerre à l'humanité et prennent le contrôle de deux agents du Spectrum pour servir leurs plans : le Capitaine Noir lui-même, et un autre homme connu sous le pseudonyme de Capitaine Scarlet. Mais, après avoir trouvé la mort lors d'une lutte contre le Capitaine Bleu, son collègue et ami, Scarlet revient mystérieusement à la vie, désormais indestructible et libéré de l'influence des Mystérons. Réhabilité dans les rangs de Spectrum, il devient bientôt le meilleur atout de l’organisation dans sa lutte contre les Mystérons…