Catturata da Alexander Kirk, Liz si rifiuta di credere che sia lui suo padre, tenta così di fuggire ma viene intercettata da un uomo di Kirk. Raymond Reddington cerca di salvare Liz dopo essere stato tradito da Mr. Kaplan, che prova, nonstante la sua riluttanza, ad aiutarlo. Nel frattempo, Tom e Agnes vengono catturati dagli uomini di Kirk; Tom riesce a fuggire, ma viene separato da Agnes. La task force deve confrontarsi con la sconvolgente verità che Liz è ancora e viva e con il suo apparente tradimento; compresa Samar, che la prende peggio di tutti. Red, con l'aiuto di Ressler, si mette in contatto con un 'blacklister' conosciuto come Esteban, che sta lavorando con la CIA, e stringe un accordo con lui per la posizione di Liz, ma arriva troppo tardi per salvarla. Pur riuscendo a salvare Agnes, l'auto su cui viaggiavano lei, Red, Dembe e Kaplan viene rintracciata e mandata fuori strada da un cacciatore di taglie di nome 'Mato', assunto da Kirk, che prende Agnes e scompare.

Mentre è ancora prigioniera, Alexander Kirk porta Liz in un luogo che sembra essere la sua casa d'infanzia. Durante la sua permanenza nella casa, Liz scopre un ricordo di sua madre. Nel frattempo, Reddington rintraccia Mato, con l'aiuto di Mr. Kaplan, e scopre l'attuale posizione di Liz prima di ucciderlo. Red informa Ressler e la Task Force, che, con una squadra dell'FBI, fanno irruzione nella casa e liberano Liz, ma scopriono che Kirk è fuggito e che Agnes non era lì. Con Liz ora al sicuro, Reddington conduce Mr. Kaplan in un bosco e le spara per il suo tradimento. Tuttavia, mentre Red se ne sta andando, gli sfugge il movimento della mano di Kaplan, che lascia il suo destino sconosciuto.

Liz e il resto della task force continuano la loro ricerca per salvare Agnes e fermare Alexander Kirk. Reddington consiglia alla task force di trovare Miles McGrath, uno dei soci di Kirk, per poterlo rintracciare. Nel frattempo, Mr. Kaplan riprende conoscenza e si sforza di trovare aiuto, ma viene prelevata da uno sconosciuto.

Red pone Liz e la squadra sulle tracce di ecoterrorista che ha misteriosi legami con Kirk, ma Tom vuol prendere lui in carico l'indagine.

Un'azione di Red in un'operazione per intercettare Alexander Kirk mette alla prova la lealtà di Liz nei suoi confronti. Intanto la task force si attiva per trovare un killer che ha come obiettivo gli inventori di una tecnologia rivoluzionaria.

Alexander Kirk prende contatto con un team gruppo di abilissimi hacker: Red e Liz pensano che sia una mossa falsa di cui approfittare.

Reddington ha un nuovo bersaglio da segnalare alla task force: un criminale specializzato nel falsificare le identità di altri criminali.

Red fa pressioni sulla dottoressa Shaw perché li aiuti a localizzare un suo ex paziente. Intanto Liz deve confrontarsi con le implicazioni del suo legame con Kirk.

Nella task force c'è una talpa che sta spiando Liz e Red. E la domanda ovviamente ora è: chi è la talpa?

Un nuovo caso arriva letteralmente alla porta di Liz: qualcuno ha lasciato davanti a casa sua un diorama che rappresenta nei dettagli un crimine che sta per essere commesso.

Liz si deve infiltrare in una banda di ladri tutta al femminile per prevenire il prossimo colpo: ma per farsi accettare deve superare una prova.

La task force si occupa di rintracciare un assassino che uccide le sue vittime contagiandole con una malattia letale.

La task force focalizza l'attenzione su una sofisticata criminale che sembra interessata agli affari di Red. Intanto Tom è alla ricerca di informazioni sul suo passato.

Aram lavora sotto copertura per smascherare un criminale mercenario. Red cerca intanto di capire chi c'è dietro il fallimento dei suoi affari.

Dopo intere settimane di caccia, Red e la task force ottengono un indizio che potrebbe aiutarli a localizzare Dembe Zuma.

Alcuni ricordi emersi dal passato mettono Reddington in rotta di collisione con un antico nemico che vuol distruggere il suo impero criminale.

La task force ha come prossimo bersaglio una geniale cacciatrice di taglie. Intanto Red affronta un dilemma morale.

Red incarica la task force di catturare un criminale molto particolare: l'uomo ha uno strumento in grado di manipolare la memoria.

Liz diventa il bersaglio di un killer mercenario chiamato l'Esattore: Red ricorre ad una fonte insolita per farsi aiutare.

Red si trova a fronteggiare una situazione delicata nella sua organizzazione, mentre l'agente Gale giunge a misure estreme nella sua indagine interna.

Reddington mette in atto un piano rischiosissimo per cercare di salvare la task force, mentre Liz affronta la grande questione del suo passato.