故事的设定是在一场警察无法应对的世界范围内的治安危机当中，产生了一种在法律限制内解决个人或组织的委托以弥补警察不足的职业——武侦。而在专门培养武侦的特殊学校东京武侦高中里，侦探科二年级的男主角・远山金次，因为拥有某种神祕体质，在某种契机之下会让大脑细胞活性化。对于这一点他始终希望对对其他人保密，只期求能过平凡的校园生活。可惜事与愿违，某天在上学途中他被卷入一起炸弹攻击，更因此和强袭科的超菁英——神崎·H·亚里亚相遇。就这样，被逼与S级的最强武侦亚里亚组队的金次，他的平凡日常生活逐渐地离他而去。从那之后，金次的日常生活便与平静无缘——S级的最强武侦亚里亚与E级的废柴武侦（平时是）金次，面对穷凶极恶的犯罪分子，展开了一场气势恢宏的动作大戏&恋爱喜剧!!

凶悪化する犯罪に対抗するため、武力で問題の解決にあたる探偵、通称「武偵」。遠山キンジは、武偵の育成施設である武偵高校の生徒だったが、とある事件が元で、武偵高をやめて一般の学校に移るつもりでいた。そんなある日、なぜかキンジは登校中に爆弾魔に命をねらわれてしまう。だが追い詰められたキンジの前に、突然空から美少女が舞い降りてきた。彼女の名は神崎・Ｈ・アリア。小柄で可憐な外見からは想像のつかないような優秀な凄腕武偵だった。この出会いが、キンジとアリア、２人の今後を大きく変えていく。