El SG-1 y un equipo ruso quedan atrapados en un antiguo Zigurat, junto a una criatura alienígena poseída por un Goa'uld.

Regresando de una misión, Teal'c queda "atrapado" dentro del Stargate. Si un agujero es establecido, podrían perderlo para siempre. Mientras Daniel debe lograr un trato con los rusos, Carter debe colaborar con un científico rival para solucionar la situación.

Mientras el SG-1 busca un nuevo miembro para el equipo, Anubis ataca el Stargate del SGC con un arma que lo sobrecargará hasta que explote y destruya el planeta.

Actuando a contrarreloj, en el Comando Stargate buscan un plan para evitar que el Stargate destruya la Tierra, mientras Teal’c encuentra la ubicación del mundo desde donde Anubis ataca.

Embajadores de China, Gran Bretaña y Francia son citados al Pentágono, donde estadounidenses y rusos les revelan la existencia de un proyecto ultra-secreto que ha está operando durante los últimos seis años bajo el Complejo de la Montaña Cheyenne: El Programa Stargate.

Un nuevo Presidente de EEUU ha sido electo, y pronto se le comunica la existencia del Programa Stargate, el cual, según el nuevo vicepresidente Robert Kinsey, necesita cambios urgentes en su administración.

El SGC descubre que el Trust está bajo control Goa'uld, y usando a un Robert Kinsey ahora poseído, planea provocar una guerra nuclear entre EEUU y Rusia. Al borde de la guerra, convencer al Presidente ruso de no atacar puede ser la única opción.

Mientras Orlin trabaja en una cura para la plaga de los Priores, Mitchell y Daniel capturan a un Prior en otro planeta con la idea de avanzar la investigación sobre un antídoto. Teal'c intenta evitar que Gerak, ahora un Prior, corrompa a todo el Consejo Jaffa hacia Origen.

Vala Mal Doran contacta con el Comando Stargate desde la galaxia nativa de los Ori, y relata su vida de incógnito en un pueblo de seguidores de los Ori que están construyendo la flota de invasión de los mismos.

El SG-1 descubre el pueblo de Camelot en PX1-767 y debe enfrentarse al sistema de seguridad de Merlin para encontrar un arma de los Antiguos. Comienza la invasión Ori.

Tras su devastador ataque en la flota de la Vía Láctea, los Ori dejan la escena para proseguir su santa cruzada y purificar a la galaxia del mal. Mientras los restos de las fuerzas de la Vía Láctea se reagrupan, Vala tiene a su bebe, alterado genéticamente para comandar las fuerzas de los Ori. La nave principal de los Ori llega a Chulak para convertir a los Jaffa.