A Chicago, un boxeur d'origine afro-américaine est retrouvé assassiné. La victime, la cinquantaine, était un ancien ami de Vance. Celui-ci refuse que Gibbs s'occupe de cette affaire et se rend à Chicago avec McGee et Ziva pour mener une enquête informelle. De vieux souvenirs refont surface de l'époque où il côtoyait un patron du crime organisé. Gibbs en profite pour creuser dans le passé de son patron.

Sur un terrain de la Navy, deux apprentis soldats découvrent le corps sans vie d'un médecin. Il a été abattu d'une balle dans l'épaule et d'une autre à la base du crâne. Le mode opératoire est familier au directeur Leon Vance, qui y voit celui d'une tueuses à gages nord-coréenne qu'il traque depuis presque vingt ans. Il donne à Gibbs et à son équipe tous les moyens pour mettre fin à ses agissements.

L'équipe enquête sur la mort d'un quartier-maître de 23 ans, retrouvé poignardé dans le port de Baltimore alors qu'il était en permission. Le principal suspect se trouve être Michael Thomas, le beau-frère de Leon. Il prétend avoir trouvé la victime agonisant sur le sol, mais ne l'avoir jamais vue auparavant. Les enquêteurs découvrent que la petite amie du défunt entretient également une liaison avec un autre militaire.