McGee infrange le regole, rischiando il lavoro all'NCIS, per aiutare sua sorella Sara, che appare a casa sua disorientata ed insanguinata. Mentre lavora per scoprire cos'è successo, la squadra della NCIS sta indagando su un caso di un marinaio della Marina, che è collegato in qualche modo alla sorella di McGee. Sia Tony che Abby sono impegnati con i loro problemi di cuore, intanto si scopre che McGee ha un altro segreto.