Ducky y Gerald deben levantarse en mitad de la noche para practicar una autopsia. Cuando llegan al laboratorio y se disponen a inspeccionar el cadáver, entra en la habitación un hombre armado, que los retiene como rehenes. Cuando Gibbs acude, se da cuenta de que el secuestrador es el terrorista Ari. El equipo deberá trabajar duro para que nadie salga herido de esta terrible experiencia.

Gibbs sigue obsesionado con la persona que mantuvo secuestrada a Kate y continúa preguntando constantemente a Ducky y a Kate cada detalle que puedan recordar sobre el criminal. Lo que Gibs aún no sabe es que el terrorista tiene planeado derribar el helicóptero donde viaja el Presidente.

El grupo NCIS se enfrentará a la búsqueda y captura de un terrorista y de sus aliados cuando el comando ordene a uno de ellos la misión de matar a Gibbs. Éste y su equipo trabajarán para comprender el enorme entramado de personas y lugares que posee este caso, que se convertirá en el más difícil al que se han enfrentado hasta ahora cuando uno de ellos pierda la vida.

El equipo de NCIS investiga la muerte de Kate mientras Gibbs se emplea en poner fin al reinado de Ari en sus terroríficos montajes. Ziva se presenta como nuevo agente y compañero del equipo de investigación criminal. Por su parte, el director del equipo de NCSI ascenderá a Gibbs y él abandonará el cargo que hasta ahora había ostentado.

Gibbs sigue sufriendo los estragos que Ari ha provocado en el equipo de NCSI. El investigador no para de recordar todas las imágenes que rodearon la muerte de Kate, ya que piensa que ahí está la clave para detenerle Mientras, Ducky será engañado por el terrorista fuera de las horas de servicio. Gibbs, por otra parte, sigue investigando la conexión entre Ziva y Ari.

Durante una parada rutinaria para tomar el café de la mañana en el restaurante local, Gibbs se encuentra a sí mismo mirando a través del cañón de una pistola. Un cliente le estropea su desayuno cotidiano al apuntarle con su arma, lo que lleva a nuestro protagonista a un viaje al pasado, en el que se ve obligado a cuestionarse sus decisiones presentes y pasadas.