宇宙世纪0096年——。点燃新吉翁与地球联邦军战火的“夏亚之乱”事件发生后的第三年。在工业用太空殖民地工业7号上居住的少年巴纳吉･林克斯，与一名自称奥黛莉･伯恩的神秘少女相遇。巴纳吉决定帮助奥黛莉，一起阻止毕斯特财团与新吉翁残党军“带袖的”进行战争火种“拉普拉斯之盒”的交易。然而同样为了阻止交易而潜入殖民卫星的地球联邦军和“带袖的”开战，使殖民地沦为战场。巴纳吉为寻找奥黛莉，在战场上奔走之时，与“拉普拉斯之盒”的“钥匙”——机动战士独角兽，命运般相遇了。