故事發生在近未來（不久的將來），以傑克.萊德為首領的神秘組織USR（the Undersea Silence Revolution 或 the Underwater Silence Revolution）想要停止人類開發海洋的行為，以大量潛艇對全世界發動了無限制潛艇戰。世界各國的海軍於是聯合起來組成PKN（Peace Keeping Navy），對抗USR。

Om de terroristische organisatie die bekend staat als 'USR' te bestrijden, bundelen elf landen hun zeestrijdkrachten om de Peace-Keeping Navy te vormen. De hel breekt echter los wanneer admiraal Red en zijn USR-onderzeeër UX de openingsceremonie van de PKN neerstorten en het grootste deel van de vloot vernietigen. Als de UX op het laatste moment de genadeslag toebrengt aan het vliegdekschip Apollo-Norm, verschijnt uit het niets de verouderde Japanse onderzeeër 707 die zichzelf opoffert om het vlaggenschip van de PKN te redden. Zes maanden later wordt kapitein Youhei Hayami weer opgeroepen om leiding te geven aan een nieuwe groep rekruten en aanvoerder te zijn van een geheel nieuwe 707 in de oorlog tegen terrorisme onder water.

To combat the terrorist organization known as "USR", eleven countries combine their naval forces to form the Peace-Keeping Navy. However, all hell breaks loose when Admiral Red and his USR submarine UX crash the PKN's inaugural ceremony and destroy majority of the fleet. At the last minute, when the UX lands the final blow on the aircraft carrier Apollo-Norm, the obsolete Japanese submarine 707 appears from out of nowhere and sacrifices itself to save the PKN flagship. Six months later, Captain Youhei Hayami is called back to duty to lead a new group of recruits and captain an all-new 707 in the war against terrorism underwater.

L'océan est un havre de paix mais il peut aussi être un terrifiant champ de batailles. C'est pour lutter contre ce risque que s'est ainsi mise en place une organisation internationale: la PKN "Peace Keeping Navy". Arrive justement le jour de son inauguration: à cette occasion, les plus grandes puissances maritimes du monde se sont rassemblées, apportant chacune le fleuron de leurs flottes respectives. Malheureusement, un maléfique sous-marin interrompt soudain la cérémonie. Il s'agit du "UX", une imbattable machine dirigée par l'Amiral Red, lui-même à la tête d'un mouvement terroriste et d'opposition: la USR "Undersea Silent Revolution". L'UX attaque alors par surprise la flotte réunie par la PKN. La surprise est telle que les pacifistes n'ont pas le temps de réagir, tout semble perdu...mais c'est sans compter sur le représentant de la flotte japonaise: le sous-marin 707 !

Die terroristische Organisation USR unter Führung von Admiral Red versenkt immer wieder Kriegsschiffe verschiedener Nationen, um die Weltmeere zu "säubern". Daraufhin gründen elf Großmächte die gemeinsame Marineorganisation PKN (Peacekeeping Navy), um die USR zu vernichten. Doch bei der Gründungszeremonie wird ein Großteil der gemeinsamen Flotte durch Admiral Reds U-Boot - die UX - zerstört. Das japanische U-Boot 707 unter dem gewieften Kapitän Hayami, wegen ihrer Langsamkeit auch als Kampfschildkröte verspottet, kann gerade noch die Zerstörung eines Flugzeugträgers verhindern, wird dabei jedoch versenkt. Ein halbes Jahr später erhält Hayami eine neue 707. Da diese aber auch nicht schneller ist als die alte, kommt er zu einem neuerlichen Gefecht mit der USR mal wieder zu spät und findet nur noch die Überreste der PKN-Flotte vor. Als einzig verbliebenes kampffähiges Schiff macht sich die 707 an die Verfolgung der weit überlegenen UX ...

海の平和を守るため、世界各国の精鋭艦が結集したPKNは、その結成式で世界征服を企てる正体不明の組織・USRから奇襲攻撃を受ける。USRのレッド提督が率いる潜水艦UXの前になすすべもないPKN艦隊だったが、日本の旧式艦・707号の速水艦長による決死の操艦によって危機は回避された。

一年後、大破した旧707と入れ替わるように新造艦707II号が出航。乗組員の中には、かつて練習生だった賢次、五郎、千太の少年たちもいた。PKN陣営は、アメリカの誇る最新鋭艦であるグレート・ガーディアンを中心とした対潜艦隊で作戦に挑む。しかしU潜水艦隊の攻撃は激しく、PKN艦隊は全滅してしまう。そこに707が到着した。レッドは707を確認するや、宿敵との再会に歓喜し猛攻を開始する。敵艦魚雷をかわしつつ渓谷に隠れる707だったが、敵の狙いは渓谷を崩し、乱泥流を起こして707を巻き込んでしまうことにあった。ピンチの707はクレーターに逃げ込むが、そこは潜水艦にとって浮上不可能な真水層。絶対絶命！無数の敵魚雷が707めがけて発射される……

세계 각국에서는 바다의 평화를 지키기 위해 저마다의 정예 함선들을 모아 'PKN'이라는 다국적 해양 군사 조직을 만들게 되었다. 그러나 세계 정복을 꾀하는 정체불명의 조직 USR이 PKN의 결성식에 기습 공격을 해 온다. USR의 레드 제독이 이끄는 잠수함 UX 앞에서 이렇다 할 힘을 쓰지 못하고 무너지던 PKN이었지만, 일본의 구식 잠수함 707호의 하야미 함장의 결사적인 투쟁 덕분에 간신히 위기를 극복하게 된다. 1년 후 형체를 알아볼 수 없을 정도로 파손된 707호를 대신하여 새로이 건조된 707II호가 결전을 앞두고 출항한다. 이전에 연습생이었던 켄지, 고로, 센타 등의 소년들도 정식 승무원으로 항해에 참가한다. PKN 진영은 미국이 자랑하는 최신함 그레이트 가디언을 중심으로 작전을 세우지만, USR 함대의 격렬한 공격에 PKN 함대는 전멸하고 만다. 그곳에 도착한 새로운 707호. 레드는 707을 확인하자 숙적과의 재회에 기뻐하며 맹공을 퍼붓기 시작하는데...

Не столь далёкое будущее. В водах Мирового океана появляется террористическая организация, известная как USR. Главарём всей этой морской "банды" выступает Адмирал Ред, как и все остальные подобные злодеи, жаждущий достижения своих амбициозных целей. Для того чтобы противостоять появившейся угрозе, было принято решение о создании Организации Объединённого Флота PKN. Во время церемонии представления всех судов PKN, кроме подводной лодки 707, которая ввиду своей малой скорости просто опаздывала, на них открыто и бесцеремонно нападает Адмирал Ред. Через год 707-ю восстанавливают и спасшаяся команда предыдущей подлодки во главе с их капитаном Хаями вновь выходит в море чтобы присоединиться к основному флоту во главе с новейшей американской подлодкой Great Guardian. Подлодка 707 подходит в нужную точку лишь к концу боя и теперь его исход и дальнейшие действия флотов будут зависеть только от неё, ведь Адмирал Ред считает Хаями, капитана подлодки 707 единственным достойным противником...