Au Paraguay, Clayton Webb et Mac se retrouvent enlisés dans une mission pour le compte de la CIA associant drogue et terrorisme. Après avoir secouru Harm, Mac l'aide à terminer sa mission : capturer un terroriste. Cela leur donne l'occasion d'évoquer leurs sentiments l'un pour l'autre...

La femme d'un Bédouin est identifiée comme étant Allison LaPorte, un second-maître, disparue depuis 1991 lors de la guerre du Golfe. La jeune femme est accusée de désertion, puis de trahison : Bud est chargé de la défendre. Il s'avère qu'Allison LaPorte est la fille d'un amiral qui travaille pour les services secrets de la marine...

Le nouveau travail de Harm avec la CIA le conduit à Manille. Sa première mission secrète est d'empêcher un terroriste radical philippin de renverser le gouvernement.

En Irak, un enfant d'une dizaine d'années qui gardait ses chèvres surprend une section de marines. Un peu plus tard, les hommes sont attaqués...

Harm est renvoyé de la CIA à la suite de l'atterrissage médiatisé du C-130...

En mer du Japon, Turner se retrouve à bord d'un sous-marin américain où dix marins sont atteints du SRAS. La Corée du Sud refuse de les accueillir. Pendant ce temps, Harm, qui a retrouvé sa place au JAG, tente d'aider un vétéran de 80 ans accusé de vol...

Harmon doit défendre un marine qui a commis une infraction grave. En effet, lors d'une prise d'otages que la police tentait de résoudre, le prévenu s'était mis en tête de passer lui aussi à l'action. Un comportement qui contrevient avec l'obligation des militaires de ne pas intervenir dans les affaires de la sécurité civile...

Mac et Bud sont amenés à enquêter sur le récent décès d'un certain Omar Billah. Un soldat de l'armée américaine est accusé du meurtre. Ils découvrent rapidement que ce dossier est plus complexe qu'il n'y paraît...

Mac doit poursuivre un marin accusé de la mort de l'un de ses collègues, tandis que Harm est chargé de défendre ce même homme. De son côté, Mike rencontre la soeur de son colocataire...

Un homme d'affaires menace Mattie Grace d'expulsion. A la demande de l'adolescente, Harm décide de la soutenir. Il tente alors de trouver une solution à ce différend...

En Belgique, le lieutenant Maravalis essaie de vendre un diamant à deux hommes et leur promet de leur en procurer d'autres, s'ils sont intéressés. Mais la transaction ne se passe pas comme prévu...

Sur un quai, deux adolescents découvrent le cadavre d'une femme. A son doigt : la chevalière de l'Académie navale. De son côté, Bud doit assurer la défense d'un capitaine accusé de commettre des vols dans son unité de commandos sous-marins...

Des civils irakiens sont tués lors d'un raid aérien. Le secrétaire d'Etat à la Marine est accusé de violation de la Convention de Genève et de la Charte des Nations unies. Harm, Mac et Bud sont envoyés à La Haye pour défendre le secrétaire qui doit être jugé devant le tribunal pénal...

Après l'accident d'un F18 sur un porte-avions, Harm et Mac mènent l'enquête afin de savoir s'il s'agit d'un suicide. Harmon est amené à piloter le même type d'appareil pour rechercher les causes de l'accident. A Washington, Mattie a de sérieux ennuis...

Mac est nommée procureur pour élucider une affaire de fraude de diamants, directement reliée à Sadik Fahd, le terroriste qu'elle avait recherché au Paraguay. Parallèlement, Harm est devenu sourd à la suite de l'explosion de la batterie de sa voiture. Cet incident pourrait avoir un rapport avec l'affaire dont Mac s'occupe actuellement...

Mac doit faire face aux conséquences psychologiques de la mort de Sadik. Quant à Mattie, elle essaie de gérer la colère qu'elle ressent envers son père...

Et si la vie des membres du JAG avait pris un autre chemin, si Harm avait dit oui à Sarah sur le ferry à Sydney, si Harriet avait refusé d'épouser Bud, si AJ n'était plus au JAG ?

Mac est chargée malencontreusement d'escorter une femme marine jusqu'en Californie où elle doit être détenue. Elle a été reconnu coupable de consommation de drogue. Pendant ce temps, Harm et Bud doivent défendre un quartier maître séropositif qui a du quitter son travail. Il cherche maintenant à le récupérer, mais son supérieur refuse.

Le scandale éclate quand un général des Marines, qui a combattu en Irak, fait, dans une église, l'amalgame entre la religion musulmane et la guerre sainte. Harm et Mac s'affrontent au tribunal...

Lorsque le corps du frère d'une amie de Mattie est retourné à sa famille. Mattie souhaite aider son amie, et demande de l'aide à Harm. Celui-ci va les aider à faire face aux médias.

Une équipe des SEALS accoste un navire contenant une grosse cargaison de drogue. Un paquet est manquant. Harm et Mac enquêtent et travaillent en collaboration avec un agent du MI-6 infiltré. Mac souhaite comprendre le comportement de Webb, elle va donc

C'est l'heure du départ pour l'Amiral qui souhaite changer de vie. Mac apprend des nouvelles inquiétantes sur sa santé, ainsi que la mort de Webb. Mattie va retourner chez son père, Harm se prépare à la voir partir. Harriett a de bonnes nouvelles à partager.