Harm est présumé perdu en mer pendant que les invités du mariage de Mac attendent des nouvelles des secours pour savoir quand les opérations de recherche vont reprendre dans un océan atlantique en pleine tempête. Alors qu' Harm commence à sombrer dans les derniers stades de l'hypothermie, son seul espoir est de contacter ses sauveteurs en s'agrippant à une bouée sonar. Pendant ce temps, Mic ne peut que constater la détresse de Mac qui craint de perdre Harm et il prend une décision au sujet de leur avenir qui pourrait laisser Mac décider seule de son avenir.

Mac part enqêter loin d'Harm dans l'Océan Indien au sujet d'un officier tombé à la mer. Pendant ce temps un ancien ami d'Harm est affecté au JAG et les deux hommes s'opposent sur le dossier d'un avion volé et d'un vol non autorisé.

Un major des marines est accusé de négligence par homicide et Mac et Harm se retrouvent face à face pendant la court martiale. A bord de l'USS Guadalcanal, Mac est chargé de l'accusation d'un major accusé d'homicide par négligence par le commandant du navive. A la grande surprise de Mac, Harm arrive à bord pour défendre le major et essayer de clarifier les choses avec Mac au sujet de leur relation. Mais alors qu'ils se retranchent derrière l'affaire , ils ont du mal à trouver du temps pour discuter de leurs problèmes personnels. Pendant ce tmps, l'amiral Chegwidden doit s'occuper de sa filleule adolescente, qui a fait une fugue.

En Indonésie, le consulat américain est assiégé. Suite au transfert du poste de police local vers le consulat d'un marine américain d'un marine accusé de viol, le consulat se retrouve assiégé par la population locale armée en colère et Mac doit prendre la situation en charge.Quand le commandant du détachement de marines est tué et son adjoint rendu aveugle au cours d'une attaque surprise, Mac se rend compte qu'elle est l'officier le plus gradé et doit organiser l'évacuation d'urgence du consulat pris sous le feu de la population.

Harm enquête sur le meurtre de deux crypto-analystes dans une salle sécurisée et découvre qu'une des victimes est un de ses anciens amis. Pendant ce temps, Mac essaie de savoir si la petite fille qu'elle a laissé en Indonésie est toujours vivante.

Alors qu'il défend un ami accusé de fraternisation avec un officier sous ses ordres, Harm découvre que cet ami a vendu des informations concernant un avion de combat. Harm doit alors prendre une décision : mettre sa carrière en péril, car légalement il n'a pas le droit de faire état de sa découverte puisqu'il en a eu connaissance en travaillant sur une autre affaire, ou malgré tout en rendre compte. Pendant ce temps, Mac essaie d'aider un jeune lieutenant qui veut obtenir la garde de sa fille, confié à un père abusif.

Harm défend un marine, qui en violant les règles de combat a provoqué la mort de six soldats, mais ce marine affirme que les ordres lui ont été donnés verbalement par son officier supérieur. En remontant la chaîne de commandement, Harm arrive à Bobbi Latham.

Des rivalités entre personnes surgissent au JAG quand Mac déclare à Harm qu'elle va le battre au cours d'une course de charité à laquelle participe le JAG. Harm se met dans le pétrin en disant à Mac qu'il lui accorde 3 minutes d'avance.Pendant ce temps, le niveau de testostérone monte quand Gunny et Tiner se disputent pour savoir lequel est le plus en forme, et le lieutenant Singer lance des paris sur qui va être le dernier, ce qui froisse Bud, le "favori".

Le gouvernement chinois prend en otage l'équipage d'un avion espion qui est entré en collision avec un de ses chasseurs. Harm est envoyé en Chine pour négocier la libération de l'équipage et de l'avion, qui est équipé de matériel très secret. Quand Harm retourne enfin sur le porte avion américain avec l'équipage, un des pilots de chasse de l'escorte retourne dans l'espace aérien chinois malgré les ordres...

Harm défend le pilote de chasse qui malgré les ordres est allé bombarder l'avion espion retenu par les Chinois, parce qu'il pensait que c'était la meilleure chose à faire. Sturgis est chargé de l'accusation. Pendant ce temps, Mac enquête sur une affaire de harcèlement sexuel auquel doit faire face un colonel des marines, accusé par une femme officier d'avoir laissé diffuser la cassette de son entraînement dans une émission de Vidéo Gags.

C'est la veille de Noël et l'amiral Chegwidden risque de passer pour un grippe sous quand la Navy doit rassembler des rennes qui se sont aventurés sur une piste d'une base américaine en Finlande. Pendant ce temps Harm et Mac ont sur les bras une jeune femme quartier maître qui doit comparaître pour vol après les fêtes, alors que la prison est fermée.

Les dons de voyance de Mac sont à nouveau utilisés lorsque qu'une femme officier est découverte égorgée sur un parking. Ce qui semblait au départ être une affaire banale d'adultère ayant conduit à un meurtre devient beaucoup plus lorsque Mac a des visions qui l'amènent à enquêter sur une conspiration internationale. Avec Sturgis Turner, Mac suit la piste d'information confidentielles qui conduisent à un possible complot terroriste visant à voler des armes nucléaires en Russie.

Harm se lie d'amitié avec la veuve d'un commando tué pendant que son unité tentait de délivrer d'autres victimes. Pour compliquer le tout, Harm est chargé de défendre l'officier qui commandait le détachement et qui est accusé d'homicide par négligence. Parallèlement, Mac doit défendre AJ, qui a été filmé alors qu'il giflait un lycéen et court le risque de devoir démissionner.

Bud doit choisir son camp entre Harm et Mac.Bud est un des jurés dans un procès où Mac est en charge de l'accusation et Harm de la défense. Harm se retrouve face à Mac dans un procès où il défend un infirmier accusé du meurtre d'un marine pendant un exercice.Quand Bud se retrouve faire partie du jury, se considérant comme un expert, il utilise ses connaissances en droit pendant les délibérations pour aider les jurés à se faire une opinion sur les faits, mais découvre que les choses ne sont pas toujours ce qu'elles semblent être.

Harm et Mac défendent une femme pilote qui a refusé d'obéir aux règles imposées aux femmes en Arabie Saoudite, entre autre le port du voile et l'obligation de toujours sortir accompagnée. Le refus franc du lieutenant Joanne Donato d'être accompagnée par des hommes et de s'habiller de façon traditionnelle provoque une tension dans les relations entre le commandant d'une base américaine et le chef religieux local. Au départ, Mac pense que le lieutenant est un mauvais soldat qui désobéit aux ordres reçus, jusqu'à ce qu'elle soit elle même forceé de se plier aux coutumes locales. Pendant ce temps, le capitaine Turner et Bobbi Latham ont un premier rendez vous agité, qui semble devoir rendre un second rendez vous peu probable, jusqu'à ce que Bud et Harriet interviennent.

La tension est grande au JAG quand des accusations de négligence sont retenues contre Bud pour n'avoir pas défendu son client au mieux. Pendant qu'Harm défend Bud, Sturgis est en charge de l'accusation et Bud craint que Sturgis n'ait des preuves accablantes contre lui. Mais quand Bud pense que les choses ne peuvent pas être pires, Sturgis appelle un témoin surprise - Mac - qui à contre coeur doit venir témoigner contre son collègue.

Harm et Mac enquêtent sur un incendie à bord d'un destroyer, provoqué apparemment par un marin qui aurait fumé dans une zone non autorisée. Mais pendant l'enquête, Harm découvre que le matelot est prêt à sacrifier sa carrière pour protéger quelqu'un qu'il considère comme un héros. Pendant ce temps, AJ prend fait et cause pour un vétéran de la seconde guerre mondiale , exclu d'une fonction présidentielle , parce qu'accusé de vol à l'étalage.

Quand le journaliste Stuart Dunston de ZNN fait état de la responsabilité de SEALS dans la mort de civils en Afghanistan, l'opinion publique s'émeut. Mais quand Harm et Mac enquêtent, Harm découvre que Dunston pourrait être à l'origine de l'échec de la mission et ressort une loi oubliée qui lui permet de soumettre Dunston à une court martiale pour avoir désobéi aux ordres du commandant des commandos marines. Pendant ce temps, le lieutenant Roberts reçoit sa feuille de route pour son affectation de 6 mois sur le USS Seahawk.

Un des survivants de la désastreuse explosion de Port Chicago en 1944 demande au SECNAV que les accusations de mutinerie soient retirées de son dossier. Chargé de traiter discrètement le cas, Sturgis découvre qu'une injustice a été commise et affronte le lieutenant Singer au tribunal. Pendant ce temps, Harm aide Harriet à acheter une maison.

La capture de Mustafa Atef, soupçonné d'avoir entraîné les terroristes responsables des attentats du 11 septembre, conduit à mettre en place le premier procès militaire depuis 50 ans, qui se tiendra sur le USS Seahawk. AJ décide de défendre Atef et Sturgis se porte volontaire pour l'assister, pendant que Mac et Harm sont chargés de poursuivre. A la recherche d'un témoin, Mac et Webb se rendent dans un camp de prisonniers en Afghanistan, où une révolte met la vie de Mac en danger.

Harm est chargé de défendre le juge Sebring, accusé d'avoir provoqué un accident qui a entraîné la mort d'un bébé de 6 mois. Pendant ce temps, Webb continue ses recherches pour localiser Kabir, le terroriste d'Al-Qaida en fuite, que l'on a vu pour la dernière fois en compagnie d'un commandant de sous marin russe.

Harm et Mac enquêtent sur des "dommages collatéraux" en Afghanistan quand une attaque menée contre des terroristes d'Al-Qaida a tué trois civils innocents. Avec l'aide du capitaine Coulter, Mac et Harm essaient de déterminer si certains des restes peuvent appartenir à des leaders d'Al-Qaida. Quand Harm et Mac perdent le contrôle de leur véhicule et se retrouvent au milieu d'un champ de mines, ils doivent passer la nuit ensemble à chercher une solution pour se sortir de ce piège.

Les services secrets de la Navy apprennent que le terroriste d'Al-Qaida Kabir Atef, le frère de l'homme que Harm et Mac ont fait condamner pendant un tribunal militaire, prépare une attaque de missile sur la flotte américaine dans l'Océan Indien avec l'aide d'un commandant russe de sous marins connu. Pour éviter le désastre, Mac est envoyée sur le Seahawk, Harm est aux commandes d'un avion de chasse et Turner, un ancien sous marinier qui connaît les tactiques russes est envoyé à bord d'un des sous marins américains. Mais au tout dernier moment, ils apprennent que le missile est porteur d'une tête nucléaire.