Harm y Mac tienen que enfrentarse en un juzgado en el caso de un Navy Seal acusado de asesinato.

Harm y Mac investigan un caso de acoso sexual a una piloto.

Harm es asignado a la escolta a de una exuberante y encantadora princesa rumana, cuya vida ha sido amenazada por que su padre ha solicitado ingresar en la OTAN. Mientras tanto, Bud intenta comenzar de un romance con Ens.

Harm y Mac son los encargados de defender a un Marine acusado de uso excesivo de la fuerza. Mató a tres hombres. Pero lo que en un principio parece un caso claro de homicidio, Harm y Mac descubren que el acusado actuó para defender a un joven.

Una vez más Harm y Mac se verán enfrentados en un juicio cuando a Mac se le asigna la difícil misión de dedefender a Holst, un militar que maltrataba a su mujer y que ha sido acusado de matar al amante de ésta. Lo complicado para Mac srá separa su vida personal, marcada por los malos tratos que sufrió de manos de su padre, de su vida profesional.

Harm y Mac investigan el descubrimiento del cuerpo de un piloto a bordo de un portaviones en desuso, lo cual les lleva a descubrir una lista de MIAs (militares desaparecidos) y de POWs (prisioneros de guerra) en la que aparece el nombre del padre de Harm, que supuestamente sigue con vida y bajo el control de la KGB en Rusia. La lista desaparece antes de que ellos puedan actuar en consecuencia.

Tras la misteriosa desaparición de un F-14 durante una tormenta conducen la investigación de Harm a pensar en multitud de posibilidades, desde el suicidio del piloto a un acto terrorista pasando por el mito del triángulo de las Bermudas o incluso la intrusión de un OVNI. Finalmente Mac, Harm y Bud descubren que la desaparición es parte de un complot llevado a cabo por paramilitares cuya intención es la de asesinar a los miembros de la organización PLO (Organización para la Liberación de Palestina). Los paramilitares habían secuestrado a la mujer del piloto y a su hijo obligando al piloto "desaparecido" a atacar al avión diplomático cuando este se aproximase a los Estados Unidos, pero Harm, Mac y Bud rescatarán a la familia del piloto antes de que el plan se lleve a efecto.

Harm, Mac y Bud deberán inspeccionar al Teniente Vermon River, un SEAL candidato a la medalla del honor por un rescate realizado por el solo. River resulta ser un afro americano bastante complejo y poco comunicativo devoto de su trabajo pero según los hombres que dirige es una persona a la que no le importa la seguridad de su equipo. Finalmente River acepta colaborar si Harm soporta un día de entrenamiento de los SEAls. Después de experimentar el arduo entrenamiento físico Harm consigue que los hombres de River modifiquen su versión y admitan que en realidad ellos desobedecieron las órdenes para completar el rescate. Finalmente se le otorgará a River la medalla del honor.

Harm es encomendado a la defensa de una Alférez que declara haber matado a un oficial turco porque tuvo el presentimiento de que el oficial intentaba hacerla daño cuando este entró en su apartamento. Harm logra la absolución de su cliente pero, sin saberlo, ayudará a encubrir una operación del Departamento de Estado de la cual no tiene conocimiento.

Dac y Harm deben defender a un joven marine incapaz de conseguir la custodia de su hijo después de perderla tras haber sido acusado en un consejo de guerra de desertar.

Mac tiene razones para creer que su ex novio la está acechando y aunque sus recientes acciones certifican las sospechas de Mac, Dalton lo niega. De camino a encontrase con Mac para para aclarar las cosas Dalton es asesinado en un aparente robo de coche. El stress por el asesinato de Dalton y el hecho de que aún está siendo acechada conducen a Mac a recaer en la bebida para desasosiego de Harm. Finalmente Mac es secuestrada cuando se da cuenta de que la persona que le acechaba no era otra que el detective de la policía que se había enamorado de Mac cuando se conocieron en un caso anterior. Mientras Harm con la ayuda del acusado al que estaban defendiendo rastrea la pista de Mac y consigue encontrarla antes de que el detective logre dañarla.

Una forense del ejército une sus fuerzas con Mac, Harm, Bud y Harriett en su intento por verificar que el cuerpo recientemente exhumado son los de un heroico navajo que había desaparecido tras la Segunda Guerra Mundial. Su mayor obstáculo es que la tribu a la que pertenecía prohíbe que sus huesos sean tocados, lo cual es necesario para realizar el test de ADN.

Los tres días antes de la boda de Bud y Harriett se convierten en una auténtica pesadilla. Mac ayudará a Bud en su primer caso pero él está distraído con la llegada de su padre con quien no parece mantener buenas relaciones, por otra parte, Harm pierde el uniforme blanco para la boda que termina en manos del boy de una sala de strip-tease. Además de los problemas en la fiesta de despedida de soltero de Bud, Harriett tendrá dudas sobre la boda pero finalmente todos estos problemas se solucionarán.

Harm, Mac y otros dignatarios de Washington son tomados como rehenes por unos terroristas que toman la embajada de Sudán. Harm descubrirá que el plan ha sido elaborado por el embajador de Sudán para convertirse en un héroe y presentarse como candidato a las elecciones de su país.

Harm se ofrece voluntario para defender a Roscoe Martin, un veterano de Vietnam paraplégico acusado de ayudar en el suicidio de un compañero. El caso se complica cuando Roscoe le pide a uno de sus amigos que termine con su vida.

Harm es asignado a trabajar junto a la congresista Bobbi Latham para investigar una información ofrecida por una cadena de televisión donde se asegura que el ejército de los EEUU usaron gas Serin contra unos científicos americanos que trabajaban para Sadaam Hussein durante la Guerra del Golfo. Entre tanto, dos hombres harán su entrada en la vida de Mac, el comandante Mic Brumby, un elegante marine australiano, oficial del JAG, designado para reemplazar a Harm durante su ausencia y Chris Ragle, el hombre con el que Mac se casó en el período en el que ella era una joven rebelde y alcohólica. Chris acaba de salir de prisión donde cumplió una condena por robo, ahora busca a Mac para rehacer su relación y pedirla un préstamo de 15 mil dólares para pagar unas deudas de juego.

El día de Noche Buena una fuerte tormenta de nieve golpea a la ciudad de Washington D.C. Harriet y Bud están recogiendo juguetes para llevárselos a los niños del hospital cuando Chloe, una niña de 11 años llega y anuncia ser la hija de Mac. Mac aclara que Chole es su "hermana pequeña" como parte de un programa para niños maltratados por sus padres. La niña parece tener una gran capacidad de invención, lo que Mac describe como una forma de afrontar la muerte de su madre, quien la dijo que su padre había muerto el día en que ella nació en un barco de la marina. Bud descubrirá en los archivos que el padre de la niña había sobrevivido al accidente y que aún seguía en el ejército. Con la ayuda de Mac el padre y la hija se conocerán, pues el padre desconocía su existencia. Por otro lado Harm defenderá a una doctora del ejército acusada de conducir bebida

Harm recibe una misteriosa llamada del agente de la CIA Webb. A la mañana siguiente Webb es encontrado calcinado sobre la cubierta de un barco Harm y Mac intentarán encontrar al asesino de Webb y tratarán de desentrañar lo que parece una conspiración dentro de la CIA. Finalmente Mac descubre que Webb está vivo así que Harm irá en su búsqueda

Harm y Mac investigan, con la ayuda de la patólogo forense, la Teniente Coulter, la muerte de una niña de seis años cuyo cuerpo es encontrado en una base naval. Harm se verá profundamente afectado por el caso y no parará hasta identificar a la víctima y atrapar a su asesino.

Las últimas palabras del padre de Mac estando apunto de morir hacen que esta vuelva a recordar su pasado lleno de ira y resentimiento contra su padre. Mac siempre acusó a su padre de ser el culpable de su propio alcoholismo pero empieza a pensar que su ira tal vez fue mal encaminada cuando se reencuentra con su madre, quien la abandonó cuando Mac era una niña. Mientras tanto, Harm empieza una terapia experimental que podría curar su ceguera nocturna.

Harriet sale de cuentas mientras Bud está en medio de un caso que involucra a una marine embarazada, mientras Mac sentirá que su reloj biológico está corriendo cuando tiene que despedirse de Chloe, su hermana pequeña adoptiva. Por otra parte, Harm convence al Almirante para que interceda en su intento de que le vuelvan a destinar a las fuerzas aéreas y dejar así el JAG.

El testigo ocular en un caso de intento de violación de pronto deserta tras ser llamado a testificar. Harm y Bud seguirán su pista y comenzarán a tener información acerca del pasado del testigo.

Los abogados de la armada norteamericana Harm y Mac deben acudir a Panamá para defender la inocencia de la mujer de un oficial de la marina, que está acusada de introducir drogas en los EEUU. Pero la mujer del coronel se reafirma en su inocencia y negará la evidencia, aunque su propio abogado seguirá creyendo que es culpable.

El teniente Harm vuelve a exponer su vida en uno de sus casos legales. En esta nueva entrega el oficial del Jag se queda atrapado bajo la cubierta de un barco que se hunde, mientras interrogaba a un marinero acusado de asesinato. La situación es crítica, ya que el equipo de rescate bloquea la única salida. A medida que el agua entra en la nave los hombres comienzan a perder la esperanza de salir ilesos.

Los problemas llegan a las oficinas de JAG cuando el sargento Víctor Galíndez, alias Gunny, se ve envuelto en un altercado a la salida de un bar gay. También Tiner estará relacionado con el caso, lo que hará que algunos de sus compañeros piensen que es gay.

Los chicos del Jag deben emplearse a fondo en esta ocasión, puesto que una investigación les lleva a sumergirse en las aguas de Hawai, para rescatar los restos de un submarino que desapareció en 1941, unos días antes del ataque japonés a Peral Harbour.

Mac se enfrenta al caso de un soldado acusado de ser responsable de la muerte de un principiante durante unas prácticas con paracaídas. Bud defenderá al acusado junto con su nueva ayudante, una teniente ambiciosa que quiere ser la primera mujer JAG.

El teniente Curtis Rivers, medalla de honor de la Marina, es acusado de llevar una medalla falsa y por ello será juzgado por el Consejo de Guerra. A Harm le asignan el caso y tiene que defender al acusado e intentar que las medallas honoríficas de la marina no pierdan en prestigio.