대만 마피아에게 살인 기계로 양성된 글래스 하트. 그녀는 자살을 시도했지만 심장 이식을 받고 목숨을 건졌다. 한편 "시티헌터" 사와 료는 1년 전 가장 사랑하는 파트너 마키무라 카오리를 교통사고로 잃었다. 그 직후 카오리의 심장이 강탈당하는 사건이 일어난다.

의식을 되찾은 글래스 하트는 조직에서 도망. 그리고 계속 잠든 사이 꿈속에서 본 카와 료에게 이끌리듯 신주쿠를 목표로 한다. 그러나 그곳에서 야쿠자에게 얽힌 그녀는 총을 쏘고 차를 폭파시키는 화려한 사건을 일으켜 경찰에 쫓긴다. 그리고 또 누군가에게 이끌리듯 료의 절친 바다까치가 운영하는 찻집에 나타난다.

우미카시로부터 카오리가 돌아왔다는 말을 들은 사쿠라바 료는 그녀를 따라 신주쿠 거리를 떠돈다. 그 무렵 글래스 하트는 료를 만나고 싶은 마음으로 XYZ의 수수께끼 암호를 찾고 있었다. 그리고 그 암호를 신주쿠역에 있는 전언판에 쓰면 료를 만날 수 있다는 것을 알게 된 글래스 하트는 카오리의 환상에 이끌리듯 전언판을 찾는다.

독의 진료실로 옮겨져 의식을 되찾은 글라스 하트는 자신에게 이식된 심장의 소유자 카오리와 대치한다. 그러나 자신의 몸을 납치당한 듯한 글라스 하트는 카오리에 반발한다. 그 무렵 도망간 글라스 하트를 따라 대만 마피아 정도회의 보스 리 어른이 극비리에 일본을 방문하지만 리는 괴한에게 저격당한다.

정도회 보스 이 대인이 저격당해 위독에 빠졌다. 정도회는 저격범으로 지목되는 글라스 하트를 혈안이 되어 찾아다녔고 신주쿠 거리는 살기 등등했다. 한편, 도망을 계속하는 글래스 하트는 사는 이유를 잃어, 권총으로 가슴을 뚫으려 하지만….

료 앞에 저격당했을 이대인이 나타났다. 사실 저격당한 것은 이대인의 그림자 쌍둥이 동생 이었던 것이다. 글라스 하트가 자신의 딸임을 밝히고 자살을 시도한 딸의 목숨을 구하기 위해 카오리의 심장을 빼앗았음을 고백한다.

글라스 하트가 드디어 료 앞에 나타났다.청룡부대 병사들이 가부키초에 집결해 혈안이 되어 두 사람을 찾는다. 목숨을 걸고 자신을 지키려는 료에게 글라스 하트는 "놈들의 노림수는 나. 나를 죽이고 그들에게 넘겨주면 된다. 나는 당신에게 심장을 돌려주러 온 것이라고 말한다.

료는 청룡부대와의 총격전에 대비해 글라스 하트를 데리고 봉쇄지구의 호텔에 도착한다. 그곳에는 해중과 사에코, 도쿠 등 동료들이 료와 함께 싸우기 위해 기다리고 있었다. 그곳 청룡부대 척후가 잠입하고 글라스 하트는 단신으로 맞서간다. 하지만 그 남자는 한때 그녀가 죽였을 동료였다.

글라스 하트의 목숨을 노리는 청룡부대와 료 등과의 전투가 시작됐다. 그러던 중 훈련생 시절 최종 시험에서 서로 죽이라는 명령을 받고 죽인 줄 알았던 노부히로가 글래스 하트의 목숨을 지키기 위해 나타난다. 하지만 그 노부히로야말로 이 대인을 저격한 남자였다.

청룡부대는 이대인 휘하의 현무부대에 진압됐고, 려들은 궁지에 몰렸다. 이대인은 그곳에서 처음으로 우리 딸을 품에 안는다. 그리고 료는 이대인을 배신하고 그 암살을 지시하고 글라스 하트에게 저격범 누명을 씌운 청룡부대 사령관 장을 처치한다.

글라스 하트에게 아버지임을 자처하지 않기로 결심한 이대인. 료는 자신이 아버지를 대신해 그녀를 받아들이기로 한다. 글래스 하트는 이름이 없는 것에 괴로워하다가 '샹잉'이라는 이름이었다는 것을 알게 된다.

이대인의 그림자로 살아온 쌍둥이 동생 겸덕의 장례식이 조용히 치러졌다. 료에게 영문도 모르고 장례식에 끌려온 샹잉은 료의 재촉을 받는 대로 겸덕의 유회를 바다에 뿌린다. 그 모습을 보며 그는 겸덕이 기뻐하고 있음이 분명해 눈물을 흘린다.

료와 샹잉은 "부녀"로 함께 살기 시작했다. 카오리의 심장을 이식받은 샹잉은 자신의 목숨이 길지 않다고 느끼고 료를 슬프게 할까봐 불안해 하고 있었다.

료와 샹잉의 새로운 생활이 시작되고, 료는 시티헌터 일을 재개한다. 그 의뢰 제1호는 놀이인풍의 젊은 여자, 고요사. 그는 헌팅한 남자에게 수면제를 먹여 돈을 빼내는 상습범이었다. 료에게는 의욕이 생기지 않는 일이었지만 어떤 생각이 있어 이 일을 맡게 된다.

시티헌터 일에 흥미를 갖기 시작한 샹잉은 료가 간과한 부탁을 발견하고 혼자 의뢰인을 만나러 간다. 하지만 의뢰인을 만나보니 작은 여자아이로, 의뢰는 아버지를 찾아달라고 한다. 특징을 물어보니 그것은 바로 료에게 딱 맞았다. 료도 너무 짐작이 간다며 부인하지 않고 샹잉은 분개한다.

타냐의 아버지 구라하시가 사라진 것은 그가 비서로 있던 국회의원 기시모토에게 이용돼 횡령 누명을 썼기 때문이었다. 샹잉은 기시모토를 지우면 좋겠다고 생각하고 혼자 저격 준비를 시작한다. 쿠라하시로부터 모든 진상을 들은 료는 카에이와는 다른 방법으로 사건을 해결하려고 생각한다.

샹잉은 료와 카오리가 처음 만났을 때의 꿈을 꾸게 되어 있었다. 신주쿠 거리에서 젊은 날의 료가 누군가에게 총을 맞고 그것을 도운 것이 도쿠의 진료소에서 일하던 간호학생의 카오리었다. 하지만 료의 면허증도 여권도 위조라는 것을 알고, 카오리의 형이자 형사인 마키무라는 그 신병을 인도하도록 요구하지만…

카에이는 꿈속에서 료와 카오리의 만남을 계속 지켜보고 있었다. 의식을 되찾은 료는 정신을 차리지 못한 척 흉기를 숨긴 채 몸을 웅크리고 있었다. 하지만 카오리는 계속 잠드는 료를 가슴에 끌어안고 눈물을 흘린다. 료는 지금까지 느껴보지 못한 안도감에 휩싸인다. 그런 두 사람의 심정을 어린 카에이가 곁에서 손에 잡히는 것처럼 느끼고 있었다…….

어릴 때부터 살인머신이 되도록 길러진 샹잉과 노부히로는 즐겁게 식사를 한다거나 마음의 여유를 갖고 생활을 즐긴다는 인간다운 기쁨을 모르고 살아왔다. 이를 우려하는 료는 정도회 진시종장이 문을 연 중국집에서 두 사람을 일하게 한다. 거기에 네보리 조장과 젊은 머리의 떡산이 가게에 인연을 맺으러 온다.

치노몽이라는 소녀에게서 아버지를 죽인 범인을 찾아달라는 의뢰가 들어온다. 그녀는 일찍이 샹잉이 암살한 남자의 딸이었다. 꿈은 아버지가 사실은 누구였는지, 그것도 알아봐 달라고 한다. 료는 샹잉에게 이 부탁을 거절해도 좋다고 말하지만, 샹잉은 상처받을 것을 각오하고 이 부탁을 받고 꿈과 마주할 결심을 한다.

꿈이 바이올린 콩쿠르에 출전하게 되어 카잉에게 자신의 연주를 꼭 들어달라고 초대한다. 도그워커가 꿈의 생명을 노리기에는 절호의 기회이지만 꿈은 자신이 노리고 있다는 것을 모른다. 콘서트 당일 향영은 꿈에 경호를 눈치채지 못하도록 맨 앞줄 자리에서 그를 지켜본다.

꿈은 도그워커의 덫에 빠져 아버지를 죽인 것이 글라스 하트(샹잉)라는 것을 알게 된다. 충격을 받는 꿈은, 한층 더 샹잉을 죽이도록 강요되어, 잠자는 샹잉에게 총을 겨누지만, 꿈에는 방아쇠가 당기지 않았다. 의식을 되찾은 샹잉은 꿈이 그 사실을 알게 된 것을 듣고 깜짝 놀랐다.

도그 워커를 쓰러뜨린 샹잉은 마침내 꿈과 대치한다. 샹잉은 자신에게 미움을 품은 꿈에 권총을 쥐게 하자 자신을 쏴 아버지의 원수를 갚으라고 다그친다. 이윽고 총에서 전해오는 샹잉의 심장 박동이 꿈을 부드럽게 감싸준다. 꿈은 마침내 총을 내려놓자 울면서 샹잉의 가슴으로 뛰어들었다.

샹잉은 그동안의 자신의 과거를 조용히 회상하고 있었다. 암살자로서 사람의 목숨을 빼앗는 것에 괴로워하며 자살을 기도한 그녀는 새로운 심장을 부여받고 인도받듯 신주쿠로 왔다. 그리고 이 거리에서 만난 사쿠라바 료와 그의 동료들에 의해 카에이는 사람으로 거듭나고 그 인생은 크게 변하기 시작했다.

료와 샹잉은 식당 주인 유스케로부터 자신과 쌍둥이 동생 유지를 함께 죽여달라는 부탁을 받는다. 친부모에게 버림받아 유지(裕司)는 자신을 버린 부모와 세상을 원망하여 이제는 손댈 수 없는 극도가 되어 있었다.유스케)는 그런 동생을 말리려면 함께 죽는 수밖에 없다고 생각했다. 료는 그 부탁을 승낙해, 샹잉을 놀라게 하지만….

샹잉은 공원에서 만난 화가 나츠메를 한눈에 보고 왠지 모르게 가슴이 두근거린다. 길거리에서 그의 개인전 포스터를 본 샹잉은 그곳에 그려진 그림에 눈길을 빼앗겼다. 그것은 젊은 날의 카오리의 모습이었다. 나츠메는 중학교 때 카오리를 계속 그려온 동급생이었던 것이다. 당시 카오리 이야기를 들으며 점점 여름 눈에 마음이 끌리는 샹잉.

카오리의 중학교 동창이었던 화가 나츠메와 만나 처음 사랑에 빠진 샹잉. 고백했지만 여름에 만나러 가지 않고 혼자 고민하고 있었다. 그러던 중 여름부터 오늘 밤 화랑에 와달라는 연락이 들어온다. 호출된 샹잉은 그가 중학교 때 그린 카오리의 초상화를 그녀 대신 받아달라고 해 놀란다.

여동생을 찾아달라고 부탁을 해온 여성은 무려 카오리의 언니 사유리였다. 카오리가 이미 3년 전 세상을 떠났다는 소식을 듣고 깜짝 놀라는 사유리는 카오리의 심장이 샹잉에게 이식됐다는 소식을 듣고도 그 현실을 받아들이지 못했다. 게다가 카오리가 료와 함께 시티헌터라고 하는 범죄자 같은 일을 하고 있었다는 것을 알고….

카오리의 언니 사유리는 샹잉에게 위험한 시티헌터 일을 그만두게 하고 최고의 의료를 받게 하기 위해서라도 뉴욕으로 데려가고 싶다고 말한다. 하지만 샹잉은 카오리의 추억이 담긴 장소로 사유리를 안내해, 카오리가 되어, 이 거리에 대한 뜨거운 생각을 이야기하기 시작한다….

사유리는 카오리의 기억을 꿈으로 꾸고 있었다. 카오리의 오빠이자 경찰관인 마키무라는 사실 뒤에서 료와 짜고 법으로 심판할 수 없는 인간을 심판하는 시티헌터로 활동하고 있었다. 그것을 안 카오리는 아버지가 순직했을 때와 같은 괴로운 일을 당하고 싶지 않다고 마키무라에게 호소하지만….

과거 노부히로와 함께 청룡부대에 있던 동료 백란이 갑자기 그의 앞에 나타났다. 노부히로가 죽은 줄 알았던 백란은 그가 살아 있었다는 것을 알고 기쁨의 눈물을 흘린다. 부대 내에서 고립되어 있던 노부히로에게 유일하게 마음을 써 준 것이 그녀였다. 자신의 임무에 대해 일절 말하지 않는 백란이었지만…….

옛 동료 백란이 폭력단 하야타카회에 잠입해 죽음을 각오하고 간부 하야카와 암살의 길잡이라는 위험한 임무를 맡고 있음을 알게 된 노부히로는 그녀를 위해 자신도 조직에 잠입하겠다고 나선다. 하지만 샹잉은 조직에 면이 갈라져 있는 노부히로 대신 자신이 움직이자 뜨거워진 그를 말린다.

하야카와 암살의 길잡이를 하기 위해 하야타카회에 잠입한 백란이었지만, 이제 하야카와를 친아버지처럼 흠모하고 조직을 배신해서라도 그의 목숨을 지키려 하고 있었다. 샹잉으로부터 그것을 들은 노부히로는 충격을 받는다. 백란을 만나기 위해 그녀의 방을 찾은 노부히로는 백란으로부터 암살 결행일이 일주일 뒤라는 것을 알아낸다.

노부히로의 도움으로 스자쿠의 암살자는 격퇴했지만 이미 장치된 폭약으로 하야카와의 별장은 불길에 휩싸여 있었다. 백란은 하야카와를 구하려고 노부히로의 제지를 뿌리치고 단신 안으로 뛰어들지만, 거기에는 권총을 든 하야카와의 모습이. 하지만 백란은 기죽지 않고 「당신에게 총을 맞은다면 본망이다」라고, 그 총구를 향해 나아간다….

신주쿠니시경찰서 서장·사에코의 자택에, 지명 수배범의 잠복 장소의 사진 등, 수사의 중요한 단서가 되는 물건이 누군가로부터 전해졌다. 사에코는 그것이 한 달 정도 전부터 자신을 따라다니는 이상한 여자아이의 짓이 아닌가 하고 느끼고 있었다. 그 여자아이는 행운의 소녀로 불리며 도시 전설처럼 되어 있었다.

신주쿠 번화가 한쪽소녀가 그림책을 읽다가 지나가던 바다 까마귀는 그 아이의 목소리에 왠지 매료돼 걸음을 멈추고 귀를 기울였다. 그 소녀야말로 사에코마저 넋을 잃고 만 이상한 소녀 미키임을 알게 된 카에이와 료는 신주쿠 지하상가 터 폐허에 미키가 조용히 혼자 살고 있다는 것을 알아낸다.

지하상가 터로 돌아온 미키를 쫓아온 샹잉. 하지만 미키에게는 샹잉 안에 있는 카오리의 모습이 보이고 있었다. 카오리는 미키의 어머니도 자신과 마찬가지로 마음뿐인 존재가 되어 항상 함께 있는 것이다…라고 이야기하여 죽음이라는 것을 쉽게 전하려고 한다. 새벽 미키를 부르는 소리에 눈을 뜨자 그곳에는 다정하게 미소짓는 미키 엄마의 모습이 있었다.

일본 방문중인 배우 조이 로우로부터 휴양차 1주일간 자신을 대신해 스케줄을 소화해 달라는 부탁을 받았지만, 폭한에게 습격당해 유괴당할 것 같다.누군가 조이를 노리고 있다는 것을 알게 된 샹잉은 조이와 프로듀서 장에게 "처음부터 덮칠 줄 알고 숨기고 있었던 것 아니냐?"고 다그친다.

사라진 조이 로우를 찾기 위해 호텔에서 뛰쳐나온 카잉과 프로듀서 장에게 사에코가 경찰차로 찾아온다.거기에도 조이로 변장한 샹잉을 노려 적들이 습격해 왔다. 순찰차가 폭파될 정도의 소동이 벌어지다.그 무렵 조이는 캣츠아이를 찾아가 바다사자에게 이곳에 숨겨달라고 부탁했었다.

미키가 살던 지하상가 터에서 돌아와 바 키리에에게 들르는 조이와 샹잉. 조이는 사랑했던 국왕의 낙윤 미키를 발견하고 그녀가 행복하다는 것을 알게 된 지금, 자신이 할 일은 모두 끝났고 자신이 있을 곳이 더 이상 이 세상에 없다고 말한다. 그런 그녀에게 취해 잠들어 버린 샹잉 속에서 카오리가 나타나 말을 건다….

여자아이 전용 휴대전화를 떨어뜨리고 침울해지는 료. 하지만 주운 사람과 연락이 닿아 만나러 가니 주운 여성은 뉴스 캐스터 아사쿠라 토모미였다. 휴대전화로 수십 명의 여성으로부터 전화가 걸려온 것으로 보아, 료를 마음대로 잘나가는 호스트라고 믿고, 지금 호스트 업계를 취재하고 있으니 협력해 달라고 억지로 부탁해 온다.

반도로부터 그는 료가 어둠의 쉬퍼 시티헌터라는 말을 듣지만 토모미는 믿지 않는다. 그 돌아오는 길에 토모미는 누군가에게 유괴당하고 만다. 어젯밤 료를 덮친 히트맨이 들고 있던 부대장을 샹잉으로부터 건네받아 료는 경악하고 있었다. 그것은 용병부대 흑표의 부대장으로 그 여두 양방옥이 려에게 보낸 메시지였다.

자택에 있던 샹잉의 품으로 양이 뛰어든다. 양이 만나러 온 데는 또 다른 이유가 있었다. 그것은 양이 가진 어태시 케이스에 관계되어 있었다.

생물무기 백신을 만들기 위해 양이 연금했던 학자들이 누군가에게 끌려갔다. 그것이 용병 맥스의 소행이라고 점찍은 양은 료들로 하여금 그를 붙잡게 하고 잠을 자게 하는 동안 체내에 GPS와 도청기를 매립하고 흑막과 접촉을 하기를 기다리는 작전을 취한다.

첸이 자신을 속였다는 것을 알게 된 양은 화가 난 나머지 바다로 뛰어들어 헤엄쳐 첸이 있는 배로 향하고 만다. 료와 샹잉이 뒤쫓아 배에 도착하자 이미 첸과 대치하는 양의 모습이….

동네에서 우연히 부딪힌 여성이 향영을 보자마자 "곧 폭주차가 정체를 뚫고 대형 참사가 난다"며 도움을 청해왔다. 잠시 후 그녀의 말대로 폭주차가 달려오고, 샹잉은 순간 사이렌서가 달린 총으로 타이어를 뽑아낸다. 그 후 우연히 재회한 그 여자는 인기 점쟁이 레이센이었다.

신주쿠서 근무 중인 시마즈는 상사의 혼담을 거절하고 애인 수정과 결혼했으나 얼마 지나지 않아 가스가무라 주재소로 좌천됐다. 사람의 미래가 보이는 점쟁이 레이코에게는 이 결혼이 시마즈의 삶의 톱니바퀴를 틀어놓고 한 달 안에 죽음이 기다리고 있음을 예견하고 있었다. 그것을 알게 된 노부히로는 어떻게든 시마즈를 구하려고 분주하다.

총성을 듣고 자전거로 서두르는 시마즈. 한편 샹잉도 범인으로 보이는 남자를 쫓고 있었다. 카오리고 있는 곳은 모두 시마즈가 권총에 맞아 죽을 것이라고 레이코가 예지한 장소.현장에서는 노부히로가 대기하고 있었지만 먼저 나타난 것은 취한 레이코였다. 하지만 다음 순간 도망쳐온 남자가 튀어나와 레이코가 인질로 잡혀버린다...

크리스마스 직전으로 붐비는 신주쿠. 백신이 완성되어 양방옥이 돌아왔다. 하지만 양에게는 다른 목적이 있었다. 그것은 샹잉을 어느 결혼식에 데려가는 것이었다. 영문도 모르고 식장에 온 샹잉은 대기실에서 신부 수진을 바라보는 순간 심장 박동이 치솟고 눈물을 멈추지 않게 된다.