Okabe prova a inviare dei messaggi, chiamati "D-Mail", nel passato e cerca di impedire a Moeka di comprendere la natura del suo lavoro ma invano.

Okabe riceve un messaggio minaccioso e Suzuha, non riuscendo a trovare il padre, torna a casa senza neanche salutare.

Suzuha rivela come il piano di SERN porterà al regime totalitario entro il 2036, mentre Okabe e il resto del team si mettono alla ricerca del padre della ragazza.

Okabe rintraccia il padre di Suzuha, ma il tentativo di farli riunire si trasforma in una tragedia a cui cerca di porre rimedio ricorrendo alla macchina del tempo.

Okabe cerca di convincere Ruka delle sue origini maschili e che solo annullando le D-Mail di tale trasformazione è possibile salvare Mayuri.