Doggett indaga sulla morte di un ufficiale, la cui auto è stata scaraventata giù da un ponte dopo che questi aveva offerto un passaggio ad una donna. Doggett chiede aiuto a Scully. Nel frattempo Reyes deve vedersela con un nuovo vicedirettore, mentre Mulder è letteralmente scomparso.

Il bimbo di Scully dimostra alcuni segni poco umani. Doggett viene minacciato e poi salvato da Shannon mentre con Reyes indaga sui segreti relativi ad una contaminazione delle acque strettamente collegata ad un laboratorio clandestino a bordo di una nave. I due continuano la loro battaglia dentro l'FBI.

Un assassino minaccia la vita di Doggett e Reyes. Sembra essere un passo avanti a tutti. Dopo una serie di eventi che hanno condotto Reyes a fare fuoco su Doggett, diviene chiaro che l'omicida possiede l'abilità di saltare da una dimensione all'altra ed alterare gli eventi di ognuna.

Quando alcuni pezzi dell'astronave aliena rinvenuta da Scully sulla spiaggia africana improvvisamente riemergono, la cospirazione all'interno dell'FBI tenta di insabbiare la storia. Doggett e Reyes temono per l'incolumità di Scully e William, e Scully è costretta così a prendere drastiche misure.

Scully viene a sapere che Mulder potrebbe essere morto. L'FBI continua a collaborare alle indagini, mentre William viene rapito dai membri del culto alieno. Con l'aiuto di Pistolero Solitario, Scully scopre le terrificanti verità che si nascondono dietro i rapitori di suo figlio e suo figlio stesso.

Un cadetto dell'FBI avvicinato da Doggett, Reyes e Scully dichiara che il responsabile di una serie di omicidi è anche l'assassino del figlio di Doggett. Gli agenti indagano al fine di stabilire se si tratta di un'ossessione oppure se il cadetto a sua volta ha qualcosa da nascondere.