Le premier épisode commence en illustrant la bataille finale climatique entre le Laboratoire Photonique et les forces du Dr Hell. Face à l'attaque se trouvent Mazinger et la maison Kurogane, qui tentent de tenir tête aux trois armées du Dr Hell, dirigées par le baron Ashura, le comte Brocken et le vicomte Pygman. Alors que la bataille se déroule, nous découvrons que le protagoniste Kouji a disparu et se trouve dans un endroit inconnu, pour des raisons inconnues. Là-bas, il rencontre une variété d'êtres étranges, dont Zeus . Au moment où il revient, les forces du Dr Hell ont déjà vaincu la plupart de ses camarades et Kouji se prépare à vaincre le Dr Hell, pour leur bien.

Le début montre une épave de Mazinger Z endormie loin du général des ténèbres. Ce sera la suite de l'épisode 26 de Mazinger Z, où le général Dark arrive et Mazinger Z utilise le Big Bang Punch pour éperonner le général. L'histoire remonte au tout début des événements qui ont conduit à l'épisode précédent. Kouji et son frère, Shiro, vivent avec leur grand-père, Juzo, tandis que de mystérieux meurtres se produisent autour de leur manoir. L'inspecteur Ankokuji, qui a également été embauché pour être le garde du corps de Juzo, enquête sur ces meurtres, tandis que le Dr Hell et le baron Ashura se préparent pour leur première attaque contre le Photon Power Lab. Pendant ce temps, Boss et son gang kidnappent Shiro afin d'attirer Kouji et de le battre. Après que Kouji ait combattu Boss, le baron Ashura attaque sa maison avec le gigantesque robot connu sous le nom de "Talos",forçant Juzo à envoyer le Pilder à Kouji et Shiro.

Kouji apprend progressivement à contrôler Mazinger Z, tandis que le baron Ashura tremble de peur et de rage contre le robot qu'il croit être Zeus (un être qui a "trahi" sa race, les Mycéniens, il y a des milliers d'années). Après avoir détruit les Talos d'Ashura avec un Rocket Punch dévastateur, le Baron Ashura jure de se venger de "Zeus" en envoyant deux de ses robots les plus puissants : Garada K7 et Doublas M2.

Kouji affronte Garada K7, qui a toujours du mal à utiliser les commandes. Pendant ce temps, le détective Ankokuji et Juuzou tentent tous deux de fuir les troupes d'Ashura, tandis que Juuzou souffre d'une grave blessure. Alors que Kouji commence à déplacer son combat avec Garada K7 dans la ville d'Atami, il parvient à faire tomber la bête mécanique dans un bâtiment, seulement pour voir un site horrible : le sang d'individus qui ont été écrasés sous les décombres. Traumatisé et effrayé de faire plus de victimes, Kouji tente de tirer un Rocket Punch, seulement pour qu'il soit dévié. Pendant ce temps, alors que Juuzou et Ankokuji sont entourés par les troupes d'Ashura, Juuzou parvient à entrer dans un sanctuaire (où se cachent Boss et ses laquais) afin d'activer un système de télécommande, envoyant le poing géant pour attraper lui et Ankokuji, les rendant à Kouji et Shiro dans Mazinger Z'poste de pilotage.

Alors que la bataille avec Garada K7 se poursuit, Juuzou montre à Kouji comment utiliser l'attaque dévastatrice "Rust Hurricane", détruisant instantanément Garada K7. Ashura envoie ensuite Doubla M2, qui commence à utiliser des attaques à énergie photonique sur Mazinger Z. Les attaques échouent cependant, car Mazinger Z se révèle avoir été fabriqué à partir de Super Alloy Z., lui permettant d'absorber l'explosion. Juuzou enseigne alors à Kouji une dernière attaque : la technique mortelle du "Breast Fire", détruisant Doublas avec une explosion d'énergie. Les réjouissances de Kouji, Shiro et Ankokuji sont cependant de courte durée, car Juuzou meurt quelques instants après. Furieux, Kouji poursuit Ashura dans le Mazinger, l'attrapant et l'écrasant presque, avant que Sayaka et ses camarades n'arrivent pour essayer de calmer Kouji. Ashura échappe alors à l'emprise de Mazinger, provoquant une autre attaque de feu de poitrine de Kouji, que Sayaka bloque à l'aide d'Aphrodai A.

À partir d'environ un jour après les événements de la bataille précédente, Kouji a été arrêté par Ankokuji, tandis que Shiro reste au poste de police, alors qu'Ankokuji se dispute avec Kouji à propos de sa responsabilité dans la destruction d'Atami. Pendant ce temps, Sayaka et Mazinger Corp. sont retournés à l'installation de recherche de photons et considèrent le pouvoir pur de Mazinger Z, réfléchissant à l'explosion de Kouji la nuit précédente. Le Dr Hell, le comte Brocken et le baron Ashura réfléchissent également à leur défaite précédente à bord de la forteresse volante, Ghoul. Plus tard, le professeur Yumi raconte à Sayaka ses premiers travaux avec le Dr Kabuto : leur découverte du Japanium, la disparition soudaine de Juuzou et le fait qu'il a, en vérité, choisi d'effectuer les tests d'énergie photonique à Atami afin d'attirer le Dr Kabuto. dehors,afin qu'ils puissent compléter leurs recherches ensemble.

Alors que la recherche du Pilder par Ankokuji se poursuit, Kouji continue d'insister sur le fait qu'il ne sait pas où se trouve l'engin. Malgré cela, Ankokuji envisage d'interroger Shiro devant Kouji, afin de lui arracher une réponse. À peu près à cette époque, Shiro, qui dormait dans le département de police, se réveille pour trouver les corps de nombreux policiers. Alors qu'une paire d'officiers s'approchent lentement du bureau pour aller chercher Shiro, il surprend leur plan et est obligé de se cacher, obligeant Ankokuji à envoyer encore plus d'officiers à sa recherche.

Après avoir invoqué Nonakargo dans l'épisode précédent, le baron Ashura révèle sa véritable capacité - la machine peut ouvrir son torse et capturer d'autres machines avec un réseau électromagnétique. Actuellement enfermé à l'intérieur se trouve Aphrodai A, le résultat de leur confrontation dans l'épisode 7. Alors qu'Ashura s'échappe et ordonne à Nonakargo de capturer Mazinger Z, Tsubasa dit à Yasu d'envoyer "le signal" sous la forme d'un feu d'artifice. Ce signal s'avère être l'ordre d'invoquer le Pilder, qui était en fait caché sous la maison Kurogane, l'envoyant (et Ankokuji, qui est tombé dessus) voler vers l'emplacement de Kouji. Pendant ce temps, Boss et ses acolytes qui prévoyaient à l'origine de voler Mazinger Z décident de s'enfuir, car Nonakargo s'approche d'eux.

Après une courte période, Kouji et Shiro vivent maintenant à la maison Kurogane et travaillent aux côtés du Photon Power Lab dans la lutte contre les bêtes mécaniques. Cependant, des frictions sont nées entre Kouji et le Robot Corps, qu'il trouve inutile et n'a aucune envie de se battre à ses côtés. Pendant ce temps, le baron Ashura, désireux de faire ses preuves auprès du Dr Hell, commence une attaque coordonnée de bêtes mécaniques sur Tokyo, Osaka et Nagoya. Au même moment, trois mystérieuses femmes blondes arrivent à la Maison Kurogane.

Les bêtes mécaniques du baron Ashura continuent de faire des ravages à Tokyo, Osaka et Nagoya, forçant la sortie du Robot Corps à les vaincre. Cependant, leurs machines s'avèrent inefficaces pour combattre les bêtes mécaniques. Kouji reste à la maison Kurogane, sachant que s'il partait pour les aider, les laboratoires photoniques seraient laissés ouverts à l'attaque. Pendant qu'il attend, trois androïdes assassins - les soeurs Gamia - arrivent à la maison Kurogane pour tuer Kouji.

Kouji arrive au Photon Power Lab avec le Pilder et tente de se combiner avec Mazinger Z. Cependant, le baron Ashura attaque avec Belgas V5 et vole Mazinger Z, forçant Kouji à le poursuivre et à libérer Mazinger avant qu'il ne puisse utiliser la machine. Alors que Kouji combat bête mécanique après bête mécanique, Tsubasa et les Kurogane Five arrivent au Photon Power Labs portant le cadavre de Gamia Q3. Ils parlent avec les scientifiques et semblent s'entendre sur qui aurait pu fabriquer les androïdes. Ils discutent ensuite de diverses autres technologies à venir telles que le Jet Scrander - un module de vol pour Mazinger, et la Mazinger Army - une version améliorée du Robot Corps.

Après avoir livré Mazinger Z au baron Ashura, Kouji est menotté et enfermé dans une cellule de la forteresse sous-marine de Saluud. Par contre, Boss, Nuke et Mucha ont réussi à éviter d'être détectés en se cachant dans le Pilder. Ils éclatent, battent plusieurs gardes puis se déguisent en utilisant leur uniforme pour sauver Kouji et Sayaka. Après avoir libéré Kouji, le Saluud est attaqué par le comte Brocken et commence à couler. Finalement, Boss et Kouji sauvent Sayaka et reviennent au Pilder et à Mazinger. Avant de pouvoir y arriver, ils sont confrontés à la cinquième et dernière sœur Gamia qui est vaincue par les efforts conjoints de Kouji et Sayaka. Le groupe entre ensuite dans Mazinger Z et se prépare à s'échapper, mais pas avant que le baron Ashura ne révèle qu'il avait configuré la forteresse pour s'autodétruire

Afin de confirmer la nature des sœurs Gamia, Tsubasa et Cross se rendent en Allemagne pour rencontrer un scientifique nommé Heinrich Schtroheim. De retour à Atami, Shiro tombe amoureux d'une mystérieuse jeune fille nommée Lorelei, qui s'arrête à la maison Kurogane à la recherche de Tsubasa qui était déjà parti. Alors que les deux commencent à développer une forte amitié, Kouji apprend la vérité sur les antécédents de Lorelei, seulement pour découvrir qu'elle et Shiro ont voyagé en Allemagne afin de rendre visite au père de Lorelei. Alors que Kouji et Ankokuji s'envolent pour l'Europe pour les suivre, ils sont la proie d'une attaque surprise des forces du Dr Hell, tandis que Shiro rencontre le père de Lorelei : le monstrueux Heinrich Schtroheim, qui, à l'incrédulité de Shiro, lui présente sa vraie mère : Tsubasa

Avec Shiro et Tsubasa ensemble au même endroit, Schtroheim commence à révéler les détails du passé tordu de la famille Kabuto - que lui et Tsubasa étaient autrefois fiancés, qu'elle s'était enfuie avec Kouji et le père de Shiro, Kenzo Kabuto et qu'avant la fin de l'expédition, elle avait tué Kenzo de ses propres mains. Leur conversation est interrompue par l'arrivée du baron Ashura, qui exige de prendre la création de Schtroheim - le robot géant Danube α1. Ashura révèle que Schtroheim avait accepté de terminer la machine pour le Dr Hell, en guise de remboursement pour l'avoir ramené à la vie après un accident qui l'a tué. Cependant, Schtroheim insiste sur le fait que la machine n'est pas complète et chasse Ashura et ses forces hors de sa maison. Avec Ashura parti,Schtroheim et Tsubasa ont une conversation énigmatique sur Mycanae et la famille Kabuto, mais sont interrompus par l'arrivée de Kenzo Kabuto, autrefois considéré comme mort.

Alors que Kenzo, apparaissant via un hologramme, salue Stroheim et Tsubasa, le couple apprend bientôt que les robots Gamia étaient de la conception de Kenzo. Au moment où il disparaît, le corps d'Ashura prend d'assaut le château de Stroheim, exigeant de rencontrer le Dr Schtroheim. Pendant ce temps, Ankokuji, qui s'est faufilé dans le corps d'Ashura, parvient à trouver et à sauver Shiro, avant de partir pour réactiver Gamia. Alors que Shiro rencontre Lorelei, le baron Ashura parvient à détourner le Danube, prévoyant de le ramener au Dr Hell, juste au moment où Kouji et Cross arrivent au château. En même temps, Ankokuji regarde le Gamia semble revenir à la vie, seulement pour qu'il lui dise de partir, avant que la zone autour de lui ne commence à regorger d'énergie. Schtroheim tente alors d'arrêter Ashura, essayant de le faire sortir du cockpit, pour être frappé par une explosion d'énergie par Ashura,et envoyé en chute libre à sa mort.

Alors que Kouji continue de combattre les bêtes-machines, le Dr Hell lui envoie une "surprise" sous la forme de la forme de vie mécanique Kedora, un organisme conçu à l'origine pour que les Mycéniens contrôlent leurs bêtes-machines. Alors que le Kedora prend le contrôle de Mazinger, Kouji tente d'arrêter la machine déchaînée et de détruire le Kedora lui-même. Après avoir obtenu l'aide de Nishikiori, Kouji force le Kedora à sortir de Mazinger et parvient à détruire. Pendant ce temps, le Dr Hell, le baron Ashura et le vicomte Pygman rencontrent le mystérieux archiduc Gorgone.

Le Dr Hell a tenté d'empêcher l'archiduc Gorgone de reprendre le contrôle de l'île de Bardos. Il ordonne à ses géants de Thalos de soumettre l'archiduc Gorgone. À sa grande surprise, les géants de Thalos ne suivent que l'archiduc Gorgone. L'archiduc Gorgon a été vaincu par plusieurs corps du comte Brocken. Kouji, Tsubasa et le baron Ashura entrent dans le pilier de Mycènes pour suivre Kedora en fuite. À l'intérieur, ils ont été traduits dans le passé où l'archiduc Gorgone, Tristan et Isolde planifiaient une rébellion contre Zeus. Zeus les surprend et les avertit. Cross, Django, Sensei et Yasu s'associent pour protéger Tsubasa. Kouji apprend l'histoire de Zeus. Malheureusement, le groupe a été découvert lorsque le baron Ashura a été bouleversé de revoir Tristan et Isolde dans le passé. Cet épisode propose un voyage dans le temps où le présent rencontre le passé.

Le baron Ashura, Tsubasa, Kouji et les quatre Kurogane tentent de fuir mais sont arrêtés par la bête mécanique Garadoubla. Le baron Ashura a été capturé et retenu captif. Cross sacrifie sa vie en sauvant Tsubasa et Kouji d'être écrasés par Garadoubla. Yasu s'est alors sacrifié en faisant exploser la bombe atomique plantée dans son estomac détruisant Garadoubla. Kouji, Tsubasa et Sensei se sont échappés en utilisant le Hover Pilder. Tristan et Isolde, servant en tant que prêtres des bêtes mécaniques, sont d'accord avec le plan de l'archiduc Gorgone pour préserver l'empire de Mycènes si leur plan de subverser Zeus échoue. Les deux sont entrés dans la phase d'hybénation à l'intérieur d'un cocon.

Kouji et Tsubasa sont retournés à la maison Kurogane. Tsubasa est tombé malade après la bataille avec le dernier Kedora et semblait avoir des hallucinations et se comporter étrangement. Ceci est fait par les pouvoirs vaudous de Pygman. Elle a d'abord vu le fantôme de son frère Tetsuya qui semble avoir une rancune avec Kenzo Kabuto. De retour sur l'île de Bardos, le Dr Hell jure de se venger de Nishikiori Tsubasa. Le baron Ashura s'était échappé de l'île de Bardos après avoir réalisé qu'elle avait été trompée et trahie l'empire de Mycènes. Le comte Brocken, avec l'aide de Pygman, a conçu un plan pour tromper Tsubasa et les autres afin qu'ils révèlent l'emplacement du minerai de Japanium, la source d'énergie des photons.

Energer Z est apparu avec Kenzo Kabuto comme pilote. Pygman qui apparaît dans un hologramme implique qu'Energer Z recherche le bras de Zeus, la source d'énergie photonique. Tsubasa apparaît et se débarrasse de l'hologramme de Pygman et finalement de son idée de remettre le bras de Zeus à Energer Z. Kouji active Mazinger Z et combat Energer Z. Les deux échangent des coups et de la puissance de feu. Mazinger Z perd finalement la bataille et le baron Ashura convainc Tsubasa de révéler où se trouve le bras de Zeus afin d'aider Kouji. La mémoire est revenue aux malades Tsubasa lorsqu'ils ont découvert le bras de Zeus comme source d'énergie photonique

Le bras de Zeus apparut au Kouji choqué. Pendant ce temps, les quatre Kurogane, Cross, Yasu, Django et Sensei ainsi que Kiku sont apparus et ont capturé Pygman. Il a été révélé que Tsubasa, en tant que biochimiste, les avait à nouveau réparés. Tsubasa a expliqué qu'avec l'aide du fantôme de Tetsuya, elle s'est rendu compte que Testuya l'avertissait du plan de Pygman pour révéler où se trouvait le bras de Zeus. Le bras de Zeus capture Energer Z. Count Broken, se faisant passer pour Kenzo Kabuto en tant que pilote d'Energer Z, s'échappe en espérant qu'Energer Z va exploser car Energer Z et le bras de Zeus sont des énergies photoniques.

L'île de Bardos a commencé son attaque. Pendant ce temps, l'archiduc Gorgon revint pour affronter le Dr Hell. Pygman arrive et l'archiduc Gorgone a disparu. Il a été révélé que le vrai baron Ashura a été capturé. Des souvenirs sont revenus au baron Ashura comme étant Tristan et Isolde servant de prêtres de Mycènes et comment ils ont trahi Zeus.

Sayaka a un nouveau robot appelé Vénus A après la destruction d'Aphrodite A avec le sous-marin Salude. Le Corps Mazinger, Shin Million, Shin Baion et Shin Daion ont été envoyés pour affronter la première vague de bêtes mécaniques. L'inspecteur Ankokuji apparaît dans les laboratoires Photon et convainc le Dr Yumi de libérer l'énergie Photon. De retour à la maison Kurogane, Tsubasa explique le danger et le retour imminent de Kenzo Kabuto. Le Dr Hell apparaît comme un hologramme à Kouji et Tsubasa et défie Kouji dans un combat en tête-à-tête avec le nouveau robot du baron Ashura.

Le Dr Hell lança son attaque complète. Comte Brocken dans sa goule volante et Pygman utilisant le nouveau sous-marin Bood. A la maison Kurogane, toute la bande s'est préparée pour l'assaut final. Django et Gamia Q3 ont été emprisonnés par Sensei et Django comme ordonné par Tsubasa car ils ne peuvent pas faire confiance à Kenzo Kabuto. Kouji arrive à l'endroit où le Dr Hell et le baron Ashura avaient lancé le défi en tête-à-tête. À sa grande consternation, le baron Ashura n'était pas là et plusieurs bêtes mécaniques attendent pour tendre une embuscade à Mazinger Z.

Le Corps Mazinger est vaincu. God Scrander est venu s'intégrer à Mazinger Z pour gagner contre les bêtes mécaniques. Tsubasa a été emmené par Kenzo, qui s'est révélé plus tard être un robot. Le baron Ashura est allé à la maison Kurogane à la recherche de Tsubasa et a décidé de brûler Kurogane. De retour aux laboratoires de photons, Yumi a survécu à l'explosion mais était sur le point d'être tué lorsque Sayaka revient avec Vénus A. Ankokuji et Gamia Q3 sont allés à la rescousse et ont tiré sur le corps de Pygman avec un produit chimique en décomposition. Le produit chimique était le même produit chimique utilisé par le Dr Hell pour pourrir les demi-corps de Tristan et Isolde.

Le début des spectacles du Dr Hell et de Kenzo Kabuto arrivant au lieu d'hibernation de Mycena. Dr. Hell's King of Hell surgit pour vaincre la nombreuse armée de Mazinger. L'armée Mazinger a été vaincue par le Dr Hell lorsque le Million Squad et Vénus A décident d'utiliser une attaque par faisceau photonique contre le Dr Hell. À leur insu, le roi de l'enfer possède un absorbeur de photons qui absorbera toutes sortes d'attaques de photons, lui donnant ainsi plus de puissance énergétique photonique. Les attaques de la forteresse de photons et le roi de l'enfer ont absorbé toutes les attaques par faisceau de photons. La forteresse Photon est maintenant aspirée par le Dr Hell. Il a été révélé que Kenzo a réalisé son erreur lorsqu'il a vu le bras de Zeus. Kenzo a construit le King of Hell pour le Dr Hell afin d'absorber l'énergie des photons.