Un bambino di undici anni, Dylan, viene rapito di notte dalla sua abitazione; il giorno seguente sul suo letto viene rinvenuto un fiore di crisantemo. Ascoltando l'accadimento sulle frequenze radio della polizia, il dottor Soto riconosce immediatamente il modus operandi di Kit Nelson, uno dei detenuti di Alcatraz negli anni sessanta. Mentre Lucy è ancora in coma, Soto, Rebecca e l'agente Hauser si mettono quindi sulle tracce di Nelson, che ha l'abitudine di rapire bambini di undici anni, età della sua prima vittima, nonché fratello minore, per poi ucciderli 48 ore dopo riportandoli sul luogo del rapimento.

Hauser, disposto a sacrificare la vita del bambino, è intenzionato a tendergli una trappola presso l'abitazione della vittima; atteggiamento inaccettabile per Rebecca e, soprattutto, per Soto, che si immedesima nel bambino in quanto anche lui da bambino aveva vissuto un'esperienza simile. Grazie a una sua intuizione, Nelson viene localizzato presso una torteria, ma riesce tuttavia a fuggire tenendo in ostaggio il bambino. In seguito, approfondendo il passato del rapitore, viene individuato il suo probabile nascondiglio: un rifugio anti-atomico costruito più di 30 anni prima dalla ditta nella quale lavorava. Quando Rebecca, Soto e l'agente Hauser giungono sul posto, Dylan sta provando a scappare da Nelson, che riesce però a fermarlo ed immobilizzarlo, pur essendo disarmato. Approfittando di quest'ultimo fattore, l'agente Hauser gli spara e lo uccide prima che possa nuocere al bambino o provare a fuggire di nuovo. Il suo corpo viene quindi portato nella prigione segreta dove sono già rinchiusi Sylvane e Cobb. Qui, Hauser lo affida al dottor Beauregard, lo stesso medico che operava ad Alcatraz negli anni sessanta.