Feindliche Aliens haben die Welt eingenommen, die Städte zerstört und die Menschheit dezimiert. Geschichtsprofessor Tom Mason schließt sich gemeinsam mit seinen Söhnen der so genannten „Second Mass“ an, einer Gruppe von Widerstandskämpfern aus Boston. Auf der Suche nach Nahrung und Wasser werden Tom und seine Helfer plötzlich von Aliens angegriffen. Während eines Streifzugs macht Hal eine Entdeckung, die ihn zutiefst erschüttert.

Mittlerweile haben die Aliens den Standort der „Second Mass“ entdeckt. Tom entscheidet daher, die Zivilisten zu evakuieren. Im finalen Kampf gelingt es ihm durch Abschuss eines Alienschiffes, den Stützpunkt der Feinde zu zerstören. Daraufhin stellen die Außerirdischen Tom vor eine schwerwiegende Entscheidung. Der Kampf ist noch lange nicht entschieden…

In Charleston gab es einen Militärputsch: General Bressler hat den politischen Anführer der Stadt, Arthur Manchester, eingesperrt und will nun in den Krieg gegen die Aliens ziehen. Tom und Weaver diskutieren noch mit Bressler, als die Skitter-Rebellen, darunter auch Ben, in Charleston auftauchen. Von ihnen erfahren Tom und die anderen, dass der Overlord eine gigantische Waffe baut. Die Skitter wissen, wann und wo man ihn überwältigen könnte…