L'équipe 009 a été appelée pour sauver un scientifique du bloc de l'Est et, en cas d'échec, pour récupérer ses données. Les agents suivent leur piste, mais apparemment les agents du bloc de l'Est savaient qu'ils venaient. L'équipe 009-1 pourra-t-elle retrouver le scientifique avant qu'il ne soit envoyé sur la lune ?

L'agent 009-1 est envoyé en observatrice d'une mission d'une équipe de chasseurs de mutants. Leur cible est une petite fille active sur le plan psionique. Elle est témoin de la froideur des hommes qui éliminent les parents de la fillette, mais la cible elle-même pourrait être trop forte pour eux.

Plusieurs agents ont été tués par le tueur à gages connu sous le nom d'Egg. 009-1 est sa prochaine cible. Ils se rendent sur une île où 009-1 utilise son "style" d'assassinat contre lui.

009-1 a été invité dans un château avec deux autres agents du bloc de l'Ouest et trois agents du bloc de l'Est afin de retrouver un scientifique disparu. Lorsque des fantômes commencent à apparaître et que les agents commencent à mourir, les choses deviennent intéressantes. Les deux derniers survivants sont 009-1 et Loki.

009-1 est en vacances à Rome lorsqu'elle rencontre une jeune fille poursuivie par des hommes. Elle l'aide et tombe sur 009-4 en mission d'espionnage.

Un agent a pris sa retraite et 009-1 est envoyée à sa recherche. Elle se souvient que, lorsqu'elle était novice, il l'a aidée et lui a sauvé la vie à plusieurs reprises. Il lui explique qu'il a pris sa retraite parce qu'il ne pourra jamais peindre aussi bien qu'un dessin d'enfant qu'il a trouvé lors de sa dernière mission. Maintenant, le bloc de l'Est est à sa recherche et il demande à 009-1 de l'aider à s'en sortir.

009-1 est à la recherche d'un transfuge qui semble vendre des secrets. Elle tombe sur un petit garçon qui l'emmène chez lui pour l'abriter de la pluie.

Le conseil d'administration se demande si leur meilleur agent, 009-1, n'a pas trop de compassion pour continuer à travailler. Nous en apprenons un peu plus sur son passé et sur ce qui a fait d'elle ce qu'elle est aujourd'hui.

Lors d'une mission, 009-1 abat un homme qui la blesse à son tour. Après avoir récupéré, 009-1 prend un peu de repos, mais des voyous l'attaque et immobilise sa voiture. Une famille passe et l'emmène avec eux. En chemin, le mari lui parle de son frère et de sa bonté.

009-1 a été chargée de recueillir des informations dans le centre de recherche où le Bloc de l'Est étudie les enfants mutants. Elle fait la connaissance de certains d'entre eux. Le Dr Green utilise les ordinateurs pour contrôler les capacités mentales et provoquer une explosion nucléaire sur la lune. Dans une note écrite au crayon de couleur, il est sommé aux deux nations de désarmer, faute de quoi ils utiliseront la technique de "l'explosion inversée" sur toutes les armes nucléaires du monde.

Les forces du bloc de l'Est arrivent au centre de recherche, ayant compris que c'est l'endroit le plus probable où se trouve la machine à "explosion inversée". 009-1 refuse d'évacuer et reste avec les enfants. Elle apprend que le Dr Green a un moyen de sortir et suit les enfants. Une fois dehors, elle combat les forces de l'Est pour que les enfants puissent s'échapper. Elle reçoit l'aide de Loki en cours de route.

009-1 refuse un appel pour revenir lorsqu'elle se rend compte que les enfants sont partis sur la lune. Arrivée sur place, elle trouve Loki et lui demande de l'emmener à l'endroit où ils gardent les enfants. Les forces armées envahissent l'endroit et tuent le Dr Green tandis que Loki tente de lancer des missiles nucléaires dans le but de ramener la paix dans le monde. 009-1 tente de l'arrêter, mais les forces armées arrivent et l'abattent. Au même moment, elle apprend un secret surprenant sur la véritable identité de Loki.