Nella speranza di accelerare il suo recupero, Amanda seda Alex dopo l’ultima missione. Alex è in uno stato ipnotico e Amanda ne approfitta per riuscire a capire quali segreti nasconde la ragazza. Intanto Nikita ha capito che Alex è in pericolo e cerca di costruirle una nuova identità fuori dal paese. Michael diventa però sospettoso riguardo ad Alex e inizia ad indagare su di lei con l’aiuto di Birkhoff.

Nikita scopre che una sua vecchia conoscenza, Kelly, è riuscita a scappare da una prigione turca. Nikita era convinta che Kelly fosse morta e si è sempre sentita responsabile per la sua fine perché accadde durante la sua fuga dalla Divisione.

Alex fa partire la sua missione per togliere di mezzo Gogol e uccidere Semak, ma si ritrova ad affrontare persone dal suo passato. Nikita si reca nella villa di Semak per rubare la scatola nera. Nikita e Alex s'incontrano e decidono di fare gioco di squadra ma incontrano un ostacolo imprevisto. Nel frattempo Michael e Owen stanno lavorando insieme per scoprire il piano di Percy.

La Divisione è in subbuglio quando qualcuno comincia ad assassinare i suoi operativi uno dopo l'altro. Amanda scopre che Percy si nasconde dietro gli omicidi, intento a diminuire la sua autorità con gli altri agenti. Amand è costretta a rivolgersi all'ultima persona che vorrebbe: Nikita.

Nikita convince Birkhoff a usare 20 milioni di dollari dei suoi risparmi per mettere in bancarotta Percy e la Divisione, ma quest'ultimo riesce a rubare tutto il capitale di Birkhoff e tra lui e Nikita si crea dell'attrito. Mentre cerca di recuperare i suoi risparmi Birkhoff viene arrestato e Nikita deve liberarlo prima che arrivi la Divisione.

Amanda manda un ex agente della Divisione, Anne, a liberare Owen che si trova in una prigione russa. Owen riesce a liberarsi e a mandare un messaggio a Nikita. Quando finalmente i due si ritrovano, Owen è scioccato di scoprire che Nikita ora è con la Divisione, ma decide di ritornare alla base con lei. Michael e Ryan non sono sicuri di potersi fidare di lui, ma Nikita garantisce per il suo amico.

Michael abbandona il suo posto come agente operativo e riprende il suo ruolo come capo delle Operazioni. Nikita viene a conoscenza di informazioni chiave da Birkhoff e prepara una missione che la porterà in un territorio pericoloso. Quando Michael, Alex e Ryan scoprono il suo piano la seguono fino in Kosovo.

Nikita è convinta che la Divisione debba organizzare una missione per eliminare il Presidente del Chad durante la sua visita a Parigi, ma Alex non è d'accordo e rifiuta di partecipare. Turbata dal fatto che Nikita stia nascondendo dei segreti, come faceva Percy, Alex chiede aiuto a Birkoff per scoprire qualcosa da usare contro Danforth nel caso la situazione dovesse precipitare.

Distrutta dai recenti eventi, Alex ricade nelle sue vecchie abitudini. Nikita e Michael intanto cercano di rimettere insieme i cocci della Divisione e cercano di salvare il salvabile prima che il Presidente scopra cosa è accaduto. Birkhoff affronta il dolore delle perdite subite.

Dopo mesi di fuga, Nikita torna negli Stati Uniti per consegnare a Dale Gordon (guest star Todd Grinnell), un giornalista d'assalto, una prova fondamentale per lo svolgimento delle indagini sulla morte della Presidente Spencer. Durante l'operazione, Nikita viene riconosciuta e intercettata dall'FBI, ma, inaspettatamente, riceve l'aiuto di Michael e di tutti i suoi amici della ex -Divisione. Grazie a loro riesce a fuggire, ma viene gravemente ferita e ora è di nuovo sola e di nuovo in fuga. Alex indaga su un traffico di esseri umani e viene a sapere che The Shop è coinvolto, sarà sorpresa quando Owen / Sam si presenta sulla scena.