사소리의 칼에 찔린 사쿠라는 피를 쏟으며 괴로워하고 치요는 하나 남은 해독약을 사쿠라에게 주사한다. 사소리는 확실하게 사쿠라의 숨통을 끊어놓으려 하지만 치요가 부리는 ‘아빠’와 ‘엄마’에게 가슴에 붙어있던 자신의 생체핵을 찔리게 된다. 치요는 의식을 잃은 사쿠라의 몸에서 칼을 빼고 상처를 치료한다. 급소를 찔러 소용없다는 사소리의 비웃음에 술사의 목숨과 맞바꾸어 목숨을 살리는 전생인술이라며 사소리를 위해 만든 것이라 말하고 이에 사소리는 어린시절의 추억을 떠올린다. 마침내 사쿠라는 깨어나고 사소리는 자신을 쓰러트린 상이라며 자신이 오로치마루에게 심어놓은 스파이를 열흘 뒤 만나기로 한 장소를 가르쳐주고 숨을 거둔다. 한편 나루토는 카카시와 함께 데이다라를 해치울 작전을 시작한다.

오로치마루는 쿠사나기검으로 나루토를 공격하고 나루토는 검에 밀려 다리 건너편으로 다시 넘어온다. 그 와중에 사이는 계속 오로치마루의 행동을 살피며 수상하게 행동하고 사쿠라는 나루토의 모습에 크게 충격을 받고 만다. 쿠사나기검도 나루토의 몸을 관통하지 못 하고 오히려 그 검을 튕겨낸다. 사쿠라는 괴물처럼 변해버린 나루토의 모습을 보면 눈물을 흘리며 달려가 자신이 사스케를 구할테니 그만하라고 외친다. 싸움으로 몸에 무리가 온 오로치마루는 다시금 새로운 몸을 만들어내고 돌아갈 준비를 한다. 나루토는 사쿠라를 알아보지 못 하고 공격하고 야마토는 목둔술로 힘겹게 나루토를 막는다. 카부토는 사쿠라를 치료해주며 살려주는 대신 아카츠키를 하나라도 더 처리해달라는 말을 남기고 사라진다. 사이는 오로치마루에게 접근해 자신은 단조의 사자로 단조가 오로치마루에 전하는 말이 있다고 한다.

이노는 몰려든 시체들을 보고 호박일족임을 알아보고 모두 후리도일행이 시체를 무기로 쓰기 위해서 마을을 습격하고 사람들을 죽였다는 사실을 알고 경악한다. 아스마는 코노하마루루에게 위급한 사실을 알리고 발전시설로 향하고 그 곳에서 숨겨진 무덤의 주인이었던 4인이 되살아나는 것을 본다. 나루토는 소라를 쫓아가고 3대 호카게의 명령으로 아스마가 자신의 아버지를 죽였다는 소라의 말을 부정한다. 소라는 나루토를 따돌리고 후리도를 찾가가고 나루토 앞에 후우카가 나타난다. 아스마는 뇌둔술사였던 4명이 전생술로 살아나 최고의 뇌둔술인 번개인을 쓰려는 것을 알게 되어 사쿠라와 야마토에게 다른 뇌둔술사를 막으라고 하고 자신은 키타네와 싸움을 시작한다. 한편 끝없이 밀려드는 시체들의 공세에 나뭇잎닌자들은 지쳐간다. 후리도는 소라에게 빛으로 나뭇잎을 태워없애겠다고 말한다.

나루토는 차크라를 차단한 방에서 수행중임에도 불구하고 차크라모드에 의해 킨카쿠의 구미 차크라를 느낀다. 밖에서 벌어지고 있는 일이 궁금해진 나루토는 방 밖으로 나오려고 하지만 의외의 인물인 이루카가 그것을 막기 위해 나타난다. 오래 전 자신을 인정해 주었던 인물의 설득에도 불구하고 나루토가 밖으로 나가려고 하는 순간, 선인 모드의 감지능력에 의해 각지에서 싸우고 있는 친구들의 모습이 의식 안으로 흘러 들어오고, 나루토는 드디어 전쟁이 벌어지고 있는 사실을 알게 된다.

의료부대 텐트 안에서 사쿠라와 시즈네는 전장에서 부상당한 많은 닌자들의 치료에 힘을 쏟는다. 그 의료부대에 백안을 너무 많이 사용하여 모든 힘을 소진한 네지가 오게 된다. 사쿠라의 치료를 받고 잠시 휴식을 취하는 네지. 한 편, 차크라로 철저하게 본인 확인을 함에도 불구하고 상급 의료닌자가 잇달아 암살된다. 내부에 스파이가 있을지도 모른다는 불안감에 의료닌자들이 혼란스러워 하는 가운데, 네지는 자신의 눈을 걸고 범인을 찾겠다고 결심하는데…?

전장으로 향하는 나루토와 비의 앞에 츠나데와 라이카게가 두 사람을 막기위해 나타난다. 나루토를 가게 해달라고 라이카게를 설득하는 비. 모두가 죽는다면 자신만 살아남아도 의미가 없다고 말하는 나루토. 그러나 나루토가 가려고 한다면 죽여버리겠다는 라이카게의 주먹을 나루토를 감싼 비가 대신 맞선다. 맞붙는 두 사람의 주먹. 주먹을 맞부딪쳐도 내 마음은 알 수 없냐는 비의 한 마디에 라이카게는 두사람이 만났던 때를 떠올린다.

나루토와 츠나데가 강한 신뢰감으로 이어져 있다고 느낀 비는 그 이유가 궁금해진다. 한편, 본부를 향해 돌아가던 라이카게도 “나는 나루토에게 걸겠어!” 라는 츠나데의 말을 떠올린다. 나루토와 츠나데가 만나기 전, 츠나데는 번화가에서 사랑하는 사람을 잃은 슬픔에 잠겨 술에 빠져 있었다. 한편, 임무를 위해 부하와 함께 그곳에 다다른 라이카게. 사실 두 사람은 거기서 처음 만난 것이었다! 나루토를 계기로 펼쳐지는 츠나데와 라이카게의 과거는?!

닌자도 7인방 뇌도 “키바”술사 링고 아메유리가 오모이 부대를 습격한다! 아메유리의 공격에 동료인 유루이를 잃은 오모이는 반격에 나서려고 하지만, 부대를 지휘하는 누루이는 후퇴명령을 내린다. 도망치기만 하는 오모이들. 그것에 거부감을 드러낸 오모이는 명령을 무시한 채 유루이의 원수를 갚기 위해 아메유리와 격전을 시작한다. 뇌도 “키바”에서 나오는 뇌격에 손발이 묶여버린 오모이는 예전 비에게서 전수받은 검술을 펼치는데!?

역대 카게들을 불러모은 가아라 제4부대의 전투가 시작된다! 그 한 사람, 가아라의 아버지인 4대 카제카게는 아들이 카제카게가 된 것, 그리고 닌자연합군의 연대장을 맡고 있다는 것에 경악하고, 아들이 정말 그 가치가 되는지 확인하기 위해 자둔으로 사금을 공격한다. 격렬한 싸움 끝에 가아라가 자신을 뛰어 넘고, 성장했다고 느낀 아버지는 과거에 아들에게 한 잘못을 후회하고, 모래를 조종하는 힘과 가아라를 낳고 죽은 엄마 ‘카루라’의 진실에 대해 이야기하기 시작한다.

풍둔을 구사하는 3대 이라카게와 싸우는 테마리. 뇌둔을 사용하는 3대에게는 바람의 술법이 먹혀야 하지만, 어떠한 공격을 해도 타격을 받지 않는다. 테마리는 강한 풍둔을 사용하지만, 구름마을의 닌자인 도다이는 더욱 강력한 풍둔을 사용하지 않으면 승산이 없다고 말한다. 그 곳에는 테마리 이상의 기술을 사용하는 사람이 없는데… 그 때 갑자기 나루토가 나타난다! 나루토의 특기 ‘나선수리검’은 풍둔계 중에서도 초강력 술법! 과연 나루토는 3대 이라카게의 움직임을 멈출 수 있을 것인가?!

나루토, 키라비 두 사람과 예토전생으로 소생한 인주력 6인과의 싸움이 시작됐다! 인주력 6인은 각 한 사람마다 높은 전투력을 지녔을 뿐 아니라 윤회안에 시계가 연결되어 있는 강적이다. 비는 빠른 움직임으로 뒤에서 오는 공격을 모두 피한다. 하지만, 과거에 싸웠던 육도페인이 검은 수신기로 조종 당한 것이 떠오른 나루토는, 수신기를 찾아 파괴하려는 작전을 세운다. 과연, 나루토와 비는 인주력들의 움직임을 멈추게 할 수 있을 것인가?!

아카츠키 측의 전력은 갑자기 떨어지고, 전쟁은 닌자 연합군의 우세가 됐다. 각 전장의 닌자들은 잔당소탕을 마치고, 나루토와 가면 쓴 남자가 싸우고 있는 최전선을 향해 이동하기 시작했다. 그러나 닌자들 중에는 우치하 마다라가 상상을 초월하는 힘으로 전장을 괴멸시키고 있다는 것을 알고, 불안해 하는 자들도 있었다. 그러던 중, 나루토가 가면 쓴 남자를 굉장한 힘으로 누르고 있다는 것을 안 시카쿠는, 모든 닌자들의 사기를 올리고, 나루토에게 지원을 보내 반격을 꾀하는 작전을 짠다!

동료를 죽여서라도 나뭇잎 마을을 지키려 했던 이타치와는 달리, 나뭇잎 마을을 부수려는 사스케의 행동은 이타치를 적대하는 것으로, 과거에 오로치마루가 이루려 했던 나뭇잎마을을 부수려는 일을 잇고자 하는 자신의 목적과 같다고 카부토가 말하며 사스케를 한 패로 끌어 들이려 한다. 하지만 사스케는 나뭇잎 마을을 부수려는 것은 자신의 뜻 일뿐이라며 카부토의 말을 부정하고, 다시 싸움이 시작된다. 같은 스파이로서 살았던 카부토에게서 과거의 자신의 모습을 떠올린 이타치는 자신을 다시 한번 보라고 설득하는데…

어렸을 때의 꿈, 닌자 마을 실현을 이루어낸 하시라마와 마다라. 하지만 그 평화와 협력은 영영 이어질 수 없는 것이었다. 마을을 등진 마다라는 다시 가장 위협적인 적이 되어 돌아오는데...

역대 호카게들의 결계와 속박으로 십미는 옴싹달싹 못하게 된다. 그 틈을 노려 닌자연합군은 십미 본체를 향해 돌진하는데… 십미가 풀어놓은 분열체들과 싸우는 중에 사쿠라는 차크라가 모두 차서 괴력을 발휘하게 된다.

십미의 인주력이 된 오비토는 경이적인 힘으로 결계를 파괴하고 호카게들을 압도한다. 호카게들은 이에 맞서 불사의 몸을 던져가며 필사적으로 약점을 찾으려 하는데... 오비토는 왠지 힘이 제대로 제어되지 않는 듯한 불안함을 보여준다.

신수의 꽃이 개화되기까지 남은 시간은 15분. 감히 다가갈 수 없는 압도적인 전력차 앞에서 닌자 연합군은 좌절한다. 하지만 그 상황에서도 투지를 잃지 않는 나루토와 사스케의 용기가 전염되어가는데…

오비토를 제압하는 데 성공한 닌자연합군은 나루토를 필두로 마다라에게 달려든다. 이를 돕기 위해 미수에게 도움을 부탁하던 가아라는 옛 생각에 잠긴다. 오로지 살육병기로서만 살아왔던 자신의 첫 친구에 대한 추억을...

2차 시험장인 모래 마을에 속속 도착하는 1차 시험 통과자들. 그리고 2차 시험 시작 전날, 이들 사이에는 미묘한 긴장감이 흐른다. 그 팽팽한 긴장감은 사소한 일로 인해 싸움으로 번지지만...

키바와 히나타, 시노는 모래마을 닌자 조와 맞닥뜨려 교전에 들어간다. 하지만 키바가 잠시 방심한 사이 협공을 당해서 족자를 빼앗기고 마는데... 셋은 목적을 달성하고 도망치는 상대방을 필사적으로 추적하기 시작한다.

사쿠라는 연이은 싸움으로 지쳐서 사막을 걷던 중에 쓰러지고 만다. 그런데 깨어나고 나니 이노와 쵸지가 조그마한 인형과 대치하고 있는데... 상대방 조의 꼭두각시 인형을 다루는 닌자는 매우 까다로운 상대였다.

자객에 의해 미수를 빼앗겨 목숨을 잃을 위기에 처한 가아라와 후우. 일단 후우가 차크라 고치로 시간을 버는 사이 네지 일행이 도착한다. 공격조가 자객과 교전하는 틈에 고치 안에 들어간 네지는 사슬을 끊을 방법을 궁리하는데...

마다라에게 치명상을 입고 죽어가던 사스케는 카부토 덕분에 가까스로 목숨을 건진다. 한편 가이는 마다라에 맞서 제칠경문까지 개방하지만 마다라에게는 역부족이었는데... 이에 푸른 맹수는 붉은 맹수가 되기로 결심을 굳힌다.

나루토는 코노하마루의 성화에 못이겨 나선환을 가르쳐 주기로 한다. 하지만 막상 나루토가 가르쳐 준 것은 알쏭달쏭하고 추상적인 한마디 표현 뿐이었는데... 그럼에도 코노하마루는 자기 나름대로 의미를 깨닫고 수련에 몰두한다.

무한 츠쿠요미에 걸려서 정신을 잃은 후, 텐텐이 깨어난 곳은 나뭇잎 마을의 자기 방. 잠시 혼란스럽기는 했지만 이상해진 동료들을 보고 텐텐은 이것이 환술이라는 걸 깨닫는다. 그리고 원래 세계로 돌아가기 위해 환술을 깰 방법을 찾는데...

나뭇잎 마을을 둘러싼 바위벽 결계는 점점 안쪽 공간을 조여들어간다. 안에 갇힌 나뭇잎 마을 닌자들은 어찌어찌 버티고 있지만 압사는 시간 문제. 이 이변에 분노한 나루토는 야히코에게 달려들지만 고전하는데...

현세에 부활한 차크라의 시조 카구야. 어떤 공격도 통하지 않는 이 강적을 상대로 고전하는 나루토와 사스케. 하지만 자기들이 패하면 인류가 멸망한다는 사실에 둘은 다시금 결의를 다지는데...

닌자 대전에서 실종된 사람들과 탈주 닌자들이 대량으로 모여들고 있는 침묵의 나라. 그곳에 잠입했던 사이로부터 불길한 보고를 받고, 시카마루는 상황을 알아보기 위해서 암부의 일원인 소쿠와 로우와 함께 침묵의 나라로 향한다. 하지만 세 사람의 앞에는 삼엄한 경비를 하고 있는 관문이 막아서고 있어서 쉽사리 마을로 들어갈 수가 없었다. 침묵의 나라의 내부 사정과 사이의 소식을 알아내기 위해서는 관문을 돌파해야만 하기 때문에, 세 사람은 힘을 합쳐 잠입을 시도한다.