水月和重吾与佐助会合了。佐助看见水月拿到的卷轴，就说有一个“不得不见的家伙”，并且似乎要复活大蛇丸。水月认为大蛇丸很危险而大为反对，但佐助还是利用御手洗红豆的咒印施展解邪法印，完美地让大蛇丸复活了。佐助说自己想要知道一心要守护村子的鼬究竟抱持着何种心情，自己应该是怎样的存在，又应该如何行动，大蛇丸因此与佐助做了合作的约定，“鹰”的成员和大蛇丸终于开始行动了……

在战后的木叶村中，已经从第三代火影的位子上引退的日斩以及团藏之间关于次任火影候补人选的意见发生了分歧。团藏为了掌握权力而推荐大蛇丸，但在日斩的强烈希望下，就任第四代火影的是身为卡卡西老师的波风水门。当时的卡卡西由于在神无毗桥之战中失去了带土，并且在那之后亲手杀了琳，而陷入失意的谷底中。每天都持续陷入恶梦之中，导致无法在任务中集中精神，卡卡西的心灵正逐渐变得虚弱……

时隔数年再次相逢，卡卡西将他视作同伴而感到安心，但在卡卡西的背后，天藏（少年大和）举起了闪闪发亮的苦无——。

　　身为“根”忍者的天藏自团藏那里受领了“把写轮眼拿到手”的任务，但团藏的目标却是卡卡西的写轮眼。天藏在初次与卡卡西相遇时曾与他合作并建立起情谊，因而为此踌躇不决，但当他得知卡卡西被人称作“残杀同伴的卡卡西”时，天藏终于下定决心执行任务……

众多的同伴们都受伤倒地，甚至丧命。这其中也包括一直陪伴自己战斗至今的宁次，鸣人因此沉浸在悲痛当中，但由于雏田的鼓励，鸣人重新取回了斗志。同样在此战中丧生的鹿久，最后传达过来的战术是让全部忍者接受九尾查克拉，使所有人的力量倍增。忍者们的意志因此与鸣人同步，大家万众一心，为了不让宁次白白死去，也为了不让众人之间的羁绊被斩断，所有的忍者如同起舞一般向十尾发动了突击！！

曾经被称颂为“传说中的三忍”的自来也、纲手、大蛇丸。而如今，正如同过去的三忍一般，鸣人、小樱、佐助三人与巨大的通灵动物们一起，以威风堂堂的姿态在战场上现身！！小樱专心于为他人回复体力的工作，鸣人和佐助则以十尾为目标发动突击。以绝大攻击力而自豪的两人，其攻击对于十尾究竟能否奏效！？另一方面，五影因斑的攻击而受到濒死的重伤。正当他们快要丧命之际，某个忍者的身影出现在五影的面前……

水门从鸣人身上感受到了玖辛奈的身影。随后鸣人与水门父子合力，对带土发动仙术攻击。面对力量不断增强的鸣人，带土不得不尽快采取对策，于是他为了发动无限月读而令十尾的最终形态“神树”出现了。这棵几乎将战场全部覆盖的巨大的树伸出无数吸收查克拉的树枝，将还活着的忍者的性命生生夺走。究竟十尾是何方神圣？而从忍者身上夺走查克拉的神树又究竟是为什么而存在？

鸣人和佐助为了同带土做出了断，终于与他正面对峙。鸣人和佐助两人合力，如同过去斑所做的那样，给九喇嘛穿上须佐能乎的外衣，进入攻击态势。另一方面，带土将强烈的思念化作力量，灌注成六道仙人的神剑“沼之矛剑”展开迎击。为了与那份思念对抗，木叶的伙伴们集结到两人身旁，跟鸣人和佐助一同向带土发动突击。鸣人为了守护这个世界，带土则为了将此世化作梦的世界，两人的想法激烈碰撞，究竟结果会是怎样……！？

鸣人以及忍者联合军成功地将尾兽从成为十尾人柱力的带土身上拔出。剩下的敌人只有斑一人，鸣人为了做出了断而向斑挑战。另一方面，被抽离尾兽而动弹不得的带土见到与斑战斗的鸣人的身影，从鸣人身上看到了希望之光。于是带土承认自己至今为止所犯下的罪孽，为了赎罪而从已经动不了的身体里拼命使出力量，结出了某个术的印。但就在此时，黑绝突然间现身，控制住了带土的身体！

鸣人陷入濒临死亡的危机，木叶的同伴们以及纲手的心中充斥着不安，在担心着鸣人安危的同时，大家回忆起鸣人不论何时都是村子的希望，于是，时光回溯——。那是鸣人与自来也历经漫长时日展开修行之旅的时候。木叶村久违地准备与砂忍者村联合举办中忍考试。但，以人柱力为目标的“晓”在暗中活跃，盯上我爱罗性命的诡异影子也在背后蠢蠢欲动。尽管如此，我爱罗还是提出“作为就任风影的第一项工作，我希望让考试在砂忍者村举办”。在各个村子的想法和野望的漩涡当中，新中忍考试终于开幕！

二次考试终于开始了！考试的内容是在广大的魔之沙漠当中进行的“天之书”和“地之书”的卷轴争夺战。持有这两种卷轴到达魔之沙漠中央据点即为合格。限制时间是72小时。开始的信号响起之后，宁次、小李、天天三人向灼热的沙漠中跑去。在考试前夜就完成了对敌人分析的宁次，提出应尽量避免与阻止了小李踢击的西拉小组和枫小组之间的战斗。但小李却燃起了想和西拉战斗看看的斗志！

小李向和他一样使用体术的西拉发起挑战。将体术发挥至极致的两人，刚拳与刚拳的战斗开始了！双方拼尽全力的体术之间的相互冲突，技巧与速度以及招式的数量全都不相上下——虽说如此，小李由于体格上的差距而开始遭到压制，受到的伤害不断累积。小李为了打破这种状况，而解放了八门遁甲！但，他连第一门都没能打开。这是由于西拉的攻击造成的吗？之后，西拉的攻击毫不留情地打向小李的身体！！

宁次等人在夜间的沙漠准备进餐。天天利用卷轴让什锦烧的材料出现了。在沙漠里也能吃到什锦烧，让小李十分感动。于是小李说什么都能变出来的天天很“方便”，但这句话不知为何惹怒了天天。次日，宁次他们遇到了雨忍者村的紫阳花小组。在展开卷轴争夺战的过程中，天天对和自己同样使用时空间忍术的紫阳花产生了对抗心。天天心中的烦恼究竟是什么？

在向绿洲前进的井野等人面前，砂忍雨野、志志雄、光次三人袭来了！雨野是水平超过小樱的医疗忍术好手。不仅仅是治疗，连攻击也能特化的术让小樱她们吃尽苦头。而光次则是与丁次相似的力量型，其力量几乎能和丁次平分秋色。再加上志志雄使用消去身形的术玩弄着井野等人，将他们逼入绝境。井野等人由于强敌的出现而陷入苦战。但，本来应该是逃掉了山中一族修行的井野，不知为何却发动了感知术，反过来开始玩弄敌手！

舞台回到第四次忍界大战。小樱拼命用医疗忍术救助被抽离尾兽、濒临死亡的鸣人，但鸣人的心跳还是停止了。另一方面，被斑用刀贯穿胸口的佐助，其查克拉也消失了。感知到这一点的香燐等人赶往佐助之处，却被操使木遁的阿飞阻止。之后，获得了全部尾兽的斑化作拥有强大力量的十尾人柱力，为了取回另一只轮回眼，前往带土所在之处。

第四代火影·水门的九尾也被黑绝夺走，鸣人濒临死亡的危机，在此之上，化为十尾人柱力的斑也出现在卡卡西等人的面前。卡卡西等人合力对斑发动攻击，却完全不是斑的对手。但，经由与鸣人的冲突取回自我的带土为了拯救鸣人，独自一人向斑挑战。卡卡西看到带土找回了当年的自己，于是也加入其中。历经漫长的岁月，曾经是好友的卡卡西和带土组成二人组合，站在强敌·斑的面前！

解除限制引出极限之力的究极技能，八门遁甲之阵。虽然能一时发挥出超越五影几十倍的力量，但发动则必死——。发动了这八门遁甲之阵的阿凯以绝大的力量攻击六道斑！其攻击强大到足以在大地上开出巨洞，就连获得六道之力的斑都要退避三舍。为了不让做好死的觉悟的阿凯的攻击白费，小李和卡卡西在旁支援，众人团结一致向斑挑战！！

鸣人醒来时，发现自己身在精神世界。正当他对于自己是否已死感到不安时，他与传说中的忍者六道仙人相遇了。在那里，鸣人得知了自己是六道仙人的儿子·阿修罗的转生者，而佐助则是阿修罗的哥哥·因陀罗的转生者。阿修罗和因陀罗从过去开始就不断争斗。这两人的命运给鸣人和佐助带来的究竟是什么？另一方面，在战场赌上性命与斑交战的阿凯，生命之灯即将消逝。

阿凯拼上性命的八门遁甲之阵令斑身负重伤。此时，获得六道之力而复活的鸣人赶到战场，并开始与斑战斗。在战斗途中，鸣人的新螺旋丸砍倒了神树，但斑连那神树也吸收入体内，获得了更强的力量。鸣人与伤口尽数愈合、成为不死之身的斑对峙。这时复活的佐助也赶来战场，获得六道之力的鸣人&佐助组合与斑最后的战斗开始了。

无限月读导致除被须佐能乎护住的鸣人他们第七班以外的所有忍者都被引入了梦中世界。身为火影的纲手也毫无招架之力同样坠入了梦境世界——。她回过神来发现自己正在木叶村里，眼前的桌子上摆着一份不知道谁写的小说原稿。第一页上写着「自来也忍法帖」几个大字，于是纲手觉得这是自来也留下的遗作并开始翻看了起来。随着阅读她发现这是一部以鸣人为主人公，描写忍者未来的小说。

被引到至村落，同小队·自来也交手的鹿丸他们，因为这次战斗将村里的孩子们卷了进来。战斗导致地面崩陷，孩子们掉进了不知通向哪里的隧道，弥彦他们立刻跟了下去想要救孩子，可鹿丸却不知因为什么对此无动于衷。另一方面，在和村子不同位置的地方，鸣人小组和宁次小组汇合了，他们突然听到了一个奇怪的声音。声音的主人一边感叹着墨守规定的木叶忍者一边将他们诱导进了一个异空间。

经过三年时间佐助升为了木叶警务部队的副队长。但是，因为警务部队的胡乱作为引起了村里人的不满，对宇智波一族的印象也逐渐恶化。此时同自来也外出修行的鸣人回到了村子里。刚一回到村子，在街上碰面的鸣人和佐助的气氛就十分险恶，二人想通过交手检验修行成果的状态一触即发。这时，某人出面阻止了二人，这人正是木叶上层管理者之一的团藏。

鸣人和佐助的最终对决。鸣人想将佐助带回去，但佐助却是杀气外露。为何佐助会敌视鸣人呢？木叶同宇智波一族。火影与富岳。火影的儿子鸣人，宇智波族长的儿子佐助。再加之优秀忍者哥哥·鼬的存在。佐助面对鸣人思绪万千，一边不断地猛烈攻击对方一边回想当初。最终战斗如何！？另外自来也忍法帐，就此完结！！

由于斑的无限月读，忍者们还在做着美梦。雏田、鹿丸、佐井还有我爱罗他们都没有苏醒，时间不断流淌——。另一方面，因为佐助的轮回眼造出的须佐能乎，鸣人他们逃过了无限月读。但是，只要月光还在照射就不能去外面。在须佐能乎中，佐助想起了秽土转生体鼬升天时的情景。随后佐助的写轮眼产生了共鸣，由鼬述说的真实故事开始了。

幼年时曾经历忍界大战的鼬，是个有着生人勿近异样气场的孩子。平时经常会思索“生命到底是什么”像大人一样。进入忍者学校学习充分发挥了鼬那与众不同的才能。对于已经开始同富岳和止水修行的鼬来说学校里课业太过不足，等他注意到时已经变为“优等生”成了学校里的风云人物。但是因为不满他出风头，高年级学生找上了鼬，进而演变成了争斗。

那是在还没有查克拉这一概念的久远过去——在这片大地上突然出现了神树让人们困惑不已之时，大筒木辉夜从天而降。因为不知道辉夜背景的祖之国人民对她表示怀疑，可身为皇的天子却为辉夜的美貌所迷从而待她很好。可是，此时正是纷争四起的战乱年代。自称是“神树守护者”的辉夜虽渴望和平，但仍然被卷入了战争的漩涡之中。

只是每天凝视着天空，辉夜一语不发。身为儿子的羽衣和羽村猜不透母亲内心所想，然后某天大蛤蟆仙人·蛤蟆丸出现在了二人面前。神树所在的地方又被称为“终焉之峭壁”，辉夜定下规矩谁都不许靠近那里。但是蛤蟆丸却指着那个悬崖说「那里存在着真相」。由于在意这句话羽衣下决心打破规矩前往了峭壁。最终那个真相是…？

在异空间内同辉夜交战。想封印辉夜必须要集鸣人与佐助的力量一起，但佐助却被扔到了另外的空间中。不过辉夜的时空间移动能力和卡卡西与带土的瞳术“神威”类似，于是带土拟定计划以这个作为突破点，鸣人、小樱和带土三人成功进入了与其它五个空间相连的始球空间。随后小樱将力量与带土合在一起，开始探寻佐助所在的空间。