20xx年之新宿。就读料理学校的恭平，被卷入一场激烈的枪击战。少女手持「沙漠之鹰」的手腕上，有着宛如翅膀的刻印…之后前往应征厨师工读的恭平，在巨大运输车中遇见了静、惠、爱咪及乔四个人。她们正是「白兰」这个组织的特务员。如今她们接获了新的指令！

乔启动置放于运输车里的直立步行型战斗机器人「将戈」，朝被诱拐的小惠身边急奔而去。将戈虽然追到敌方的机器人，却因为毫厘之差被敌人逃走。乔向恭平追究小惠被诱拐的责任，就这么将其带到已放弃维持治安的都市涉谷。

乔与惠前往新宿寻找名为王的男子。然而在即将逮捕他的时候，王成为假死状态并且被带走。追赶过去的乔及惠来到位于品川工业地带的神秘研究所，那儿却不知为何有东京的新武装警察RAPT进行警戒。为了夺回王，乔以肉身对抗RAPT的武装机器人！

爬上失控列车车顶的惠，遇见也在追赶王的男子，并且问出了详细的事由。这个事件的背后有着跟政府相关的恐怖阴谋…掌握到惠的行踪，乔等人连忙赶向现场。而在另一个组织也来袭击，使得列车上展开一场激烈的攻防战十，王的身体却即将发生恐怖的变化…

惠潜入千金学校「圣露琪安纳学园」进行搜查。她豪放不羁的行为举止，在这些贤淑有礼的少女们眼中相当突出，因此非常受到大家欢迎。这次的搜查目的，是查明「白兰」干部女儿精神崩溃的原因。女学生们视为模范的美少女安洁莉卡，以及她主宰的「伊丝塔社」，被惠认为相当的可疑…

乔也一起潜入学园进行搜查。安洁莉卡不怀好意的询问，使得惠被逼上穷途末路。那时拯救她的是大家崇拜的抚子学姊。之后在游泳课中，栖息于学园中的恶魔们，终于露出利牙袭击惠与乔。没有带枪且只穿着泳衣的乔有办法反击吗？

最近在池袋传闻有只会抓人的巨大乌鸦。某天晚上，恭平亲眼目睹同学志穗被抓走，连忙跑到乔等人的车上求救。然而这下子却连惠都被人类乌鸦掳走了。乔急着要去拯救惠，静却冷漠地告诉她要以「白兰」的工作为优先…

与静展开对立的乔，将身为事件关键的恭平戴上手铐逃走，为了救回惠而朝东京铁塔奔驰。然而要是六小时内没做处置，连恭平都会丧失性命。静下达无情的指示，要东京的「白兰」成员对他们进行攻击。负伤的乔能否在时间之内救出惠呢…

停泊于横滨中华街附近的豪华客船上，组织「白兰」为了与长年对立的「黑莲」和好，而举办一场盛大的宴会。静从身为最高权力者的祖父那儿，得知这次的目的是要让自己与「黑莲」第二代成婚而相当惊讶。然而其背后却有着漆黑的阴谋在蠢动…

上网打发时间的爱咪，发现钗h由自己的脸被合成而制作的丢脸动画！为了揪出犯人，她与恭平两人前往秋叶原，而在开始进行搜查的爱咪面前，出现了神秘的欢迎讯息。爱咪究竟是否能逃出这巧妙的陷阱？

大阪一台失控的列车引发了大事故。某人对阪神警察送出挑战书，企图要破坏整个大阪都市。乔在此时现在进入戒严状态的大阪之中，因为包办格斗技表演的关西白兰干部，委托她前来接下护卫选手的任务。然而该名保护对象的战斗对手，却在比赛中蜕变成为凶暴的外型…。

乔被阪神警察的刑警－－胜鹰音带走了。鹰音衷心爱着大阪，以及由民间的牛蟒蛇神组成的阪神警察组织。在静前来迎接乔之后，原本就不需要继续留在大阪了。然而看到某台制药公司卡车之后，静等人察觉事件背后可能隐藏有某种重大的阴谋，因而从东京叫来了自己的连结车…？

在纽约，惠带着三名孤儿以窃盗维生。某天在哈德逊河上，漂流着一名伤重昏迷的长发少女。孤儿们把她带回家中，然而后来却有一名神秘的女战士，掀开他们所居住废车的车顶入侵，并且对长发少女施加暴力！被卷入战斗的惠与孤儿，他们的命运将是…

东京湾沿岸的巨大渡假岛「东京寻宝乐园」，受到招待的客人中有着四位天使、恭平以及雷欧的身影。大家穿着泳衣逐波嬉戏时，却听到了全员暂时退场的场内广播。正以计算机入侵系统的爱咪，从监视器影像中所看见的异样物体是？

开枪制止绑架杀人犯的乔，在执行工作时仍为了尖锐的耳鸣声而烦恼。之后被雷欧找出来的乔，在夜晚的工事现场遭到神秘机器人的袭击。试着反击的乔落入一个神秘的空间，而在他总算站起来的瞬间，竟然有一名落魄武士拔出日本刀逼近他…。

乔所进入的是异样的非现实空间。在那里所遇见的武士，正拼命与「钢鬼」持续着战斗。这"钢鬼"是毁灭武士们所保护的村庄中现身的怪物。乔跟武士面临了这场占下风的战斗，此时却意外出现一架神秘的机器人，操纵机器人的人是敌是友，为何会知道乔的秘密！?另一位天使的出现…。

不死之身的老同学被当成组织敢死队袭击黑道车辆，使组长身负重伤的人－明王…他在逃亡时偶然与国中时期的好友恭平重逢。黑道份子开枪要为大哥报复，保护恭平的明王即使被打成蜂窝，依旧是毫不在乎地站了起来，因为他的身体已经被改造成机器了。恭平不禁惊讶于彼此的境遇竟然如此不同…。

鹰音来到了东京观光。由于她非常喜欢看连续剧，雷欧带她前往了「综合媒体大楼」，那儿正在进行著名连续剧的棚内摄影。然而鹰音对其中的登场角色过于投入感情，为了要打倒里头的反派角色而大闹现场。而这也只是恐怖阴谋的序幕…。

追缉高速公路上的飚车族，并且强制执行处分的机动警察杀人巡逻车。其真面目是战斗力能与将戈匹敌的新型机器人。鹰音及她的朋友也差点被一号机所杀害，因此爱咪开始入侵机动警局的计算机。然而失控巡逻车的下一个目标，却锁定爱咪所在的连结车…

发生了总知事与都厅大楼共同爆炸的事件。而在另一方面静接获白兰干部指示，必须终止队伍的活动。白兰已经与组织「ΖERO」连手了。静通知成员们契约已经结束，也对恭平寄出告别信。队伍就这么赫然解散，然而组织「ΖERO」的猛攻，却是从现在才正式开始…。

清除犯罪者的病巢！在新任总知事葛连冯德的一声令下，东京与外部完全隔绝。败于宿敌玛莉奥的乔，被浸在实验槽中接受调查。看到乔的样子，静不禁对葛连冯德怒目相视。然而他却开始对静揭露意外的真相，那就是关于乔和玛莉奥的身世…。

在潜水空母「月之帝国」中，玛莉奥为了引来最强的敌手乔，而将惠掳为人质威胁。应该没有自我意识的屠杀天使，第一次展达出自己的意志。乔接连打倒挡在面前的巡逻用机器，快步要前往惠的身边。如今拥有最强性能的两名天使即将展开冲突…

虽然白兰被纳入组织ΖERO的旗下，但长老「选择你自己认为最适合的路吧」这句话，使得静已经不再迷惘了。如今机动警队的作战已进入最终阶段，并且持续进行武力制压。其幕后黑手ΖERO的真正目的，是要进行将东京人类家畜化的实验。静能够瓦解恶魔的计划吗？乔等人又将何去何从