天保14年（1843年），高知城下，刚刚九岁的坂本龙马还是个不擅长学习和剑术的爱哭鬼，他的父亲八平以及姐姐乙女都希望龙马能像武士一样，成长得健壮强悍。某天，年幼的龙马遇上了走街串巷叫卖鸟笼的地下浪人岩崎弥太郎，弥太郎生活十分困苦，就连农民都瞧不起他。

　　土佐藩有严格的阶级制度，分为上士、下士等等，尽管都称得上是武士，不过龙马是地位很低的乡士，弥太郎是地下浪人，他们都要受到十分屈辱的差别对待。一次，龙马因为一件事惹怒了身为上士的少年，被上士无理讨伐，母亲阿幸拼死阻止对方，尽管龙马平安无事，可是阿幸却因此病情恶化，不久就去世了，龙马时刻记着母亲的遗言。

　　到嘉永5年（1852年），龙马的剑术已经大有长进，成为了出色的武士，他的青梅竹马平井加尾也出落成美丽的姑娘，悄悄地喜欢上了龙马。武市半平太成了下士的领导，弥太郎则专注于学问。某天，因为失去恩师而自暴自弃的弥太郎与上士发生冲突，龙马为了调停赶去。

嘉永5（1852年）年秋，在土佐练习剑术的坂本龙马告诉父亲八平想到江户去，为了寻找自己的生存之道他需要到世间见识见识，可是八平却不认可龙马的江户行，还任命他做堤防工程的经管人。武市半平太也希望能去江户闯荡一番，但是他还需要照顾年老的祖母智，不能把所有重担都交给妻子阿富独自离开。岩崎弥太郎也听到了龙马要去江户的传言，很羡慕他。

　　龙马来到堤防工程工地，发现聚在这里的两个村子的农民关系不和，最终开始争吵，于是龙马请农民们喝酒，希望他们能够和睦相处，但最终却以失败而告终，而且龙马还落下个“下士武士很没用”的评语，他十分失落。就在这时，暗恋龙马的加尾来找他，毫不隐瞒地说出了心里话，可是龙马却无法接受她。农民们关系不和，加尾的心情，龙马想不出任何的应对之策，他站在雨中，泥泞沾满全身，他下定决心建筑起堤防。

龙马得到父亲的允许可以到江户学习剑术，而且父亲八平还传授给他修行心得。龙马和曾经去过江户的沟浏广之丞一起从土佐出发去江户，临行前乙女和加尾还一起为他送行。可是就在刚刚离开城里时，弥太郎出现在龙马他们面前，虽然他也得到许可去江户，但是盘缠不够，所以请求龙马他们带上他一起走。尽管沟浏反对，龙马还是答应弥太郎一起走。

　　在第一个关口弥太郎向官员出示通行票据其实是他自己伪造的，三个人顺利通过关口，可是龙马却有些担心弥太郎留在土佐的家人，他舍弃藩到江户，也就是说他没有机会再见到家人了。就在这时，岩崎家因为弥太郎下落不明让弥次郎去找他。留在土佐的加尾无法忘记对龙马的感情，拒绝了哥哥收二郎提出的亲事。这时还在路上的龙马一行人终于到了濑户内港口，可是弥太郎的伪造票据却被人查出来了。

龙马到达江户之后，进入了北辰一刀流的名门千叶道场。经过千叶定吉的儿子重太郎引领进入道场之后，女剑客佐那提出要测试龙马的剑术，她用速度极其迅速的竹刀剑法打败了龙马，也让龙马对江户的剑术如此厉害而感到惊讶。佐那号称“鬼小町”，是千叶道场的招牌美女，剑术就是她生存的意义。与此同时，留在土佐的武市办的道场已经聚集了不少门人，弥太郎也没有输给武市，开设了私塾，拒绝了亲事的加尾也到他门下学习，弥太郎为此洋洋得意。

　　在江户学习剑术的龙马比过去有了明显的提高，他把剑术修炼多么严格写成书信寄给土佐的家人，家里人收到信安心了许多，只有乙女回信斥责他，批评他不应该只沉浸在剑术的世界，应该多看看这个世界。沟浏广之丞带着想要见识世面的龙马来到饭铺，恰好遇到了长州藩士桂小五郎，他告诉龙马，异国的船只逐渐逼近日本，国家正陷入危急之中。

因为马修·佩里率领战舰来到日本德川幕府咽喉要地江户湾相州浦贺海面，幕府立刻下令各藩在江户湾守卫。但是经历了两百多年太平时代的武士们已经习惯了和平生活，就算戴上头盔穿上铠甲也觉得很不适应。龙马和沟浏广之丞也加入到品川沿岸的守卫工作中。

　　龙马为了找到停播在浦贺海岸上的黑船溜出队伍，在赶往浦贺的路上，他遇到了桂小五郎，两人近距离目睹了黑船的真面目。龙马发现，西洋文明的力量根本不是刀剑能敌，因此他开始怀疑，继续练习剑术是不是正确的选择。

　　龙马毫不隐瞒地告诉佐那，剑对黑船根本起不到任何作用，佐那叮嘱他不能把这话告诉父亲定吉和哥哥重太郎，而且开始对龙马抱有淡淡感情的佐那有些困惑。龙马因为烦恼剑术修行问题去找桂商量，桂也正为了日本是否应该用剑对付黑船而烦恼。幕府打破了常年惯例，向各藩征求对付异国的意见，在土佐的武市半平太和弥太郎提出了意见书。与此同时，重太郎了解到了佐那喜欢龙马的的消息。

被逐出道场的龙马整日无所事事，不知道该怎么打发时间，佐那因为担心过去看他，还告诉他去找定吉道歉，也许能得到他的谅解，可是龙马实在找不到自己继续练习剑术的意义，因此无法向定吉道歉。龙马再又一次去找桂小五郎讨论这件事，而小五郎说应该去找吉田松阴谈谈。

　　就在龙马日夜烦恼之时，佩里再次来到日本，龙马又被动员到海安守卫。日本国内掀起了排斥别国的攘夷运动，小五郎找到龙马，准备一起去找松阴，而松阴有个计划，就是乘上佩里的船，亲眼去见证海对面究竟有什么，而且他还告诉龙马，与其拿出时间来烦恼，还不如立刻开始做一些力所能及的事。

　　身在土佐的半平太向藩提出意见书，但因为他不是上士而受到冷遇，弥太郎也提出了意见书，加尾称赞他写得很好，开心的弥太郎打算和加尾结婚。另一方面，龙马听了松阴的话深受感触，他再次回到千叶道场去见佐那……

龙马结束在江户的剑术修行后回到土佐，以前的同伴们已经都开始称呼半平太为老师了，弥太郎多亏了加尾的帮忙，终于实现去江户的心愿，但是弥太郎借机向加尾求婚却遭到她的拒绝。

　　一天，龙马和弥太郎一起去拜访了土佐第一的画师、学者河田小龙，有很多年轻人为了听小龙讲话剧集在那里，龙马还遇到了儿时的朋友近藤长次郎，他是小龙的弟子，而且连半平太也去了。

　　小龙终于出现了，他开始讲西洋文明是如何进步的，这时半平太提出了攘夷主张，弥太郎说这和异国船只无关，而龙马则说黑船的影响是无法躲避的。小龙对见过黑船的龙马很有兴趣，还亲自去版本家，就在这时，龙马的父亲八平病倒了，多亏小龙认识的一位医生帮忙才救了他一命，小龙感觉版本家的气氛很舒心，还在那里创作了一幅画。

　　某个晴天，龙马一家一起把父亲八平带到桂浜，龙马眺望着海面，对父亲说他梦想着能和家人一起到制造黑船的遥远异国去旅行。数日之后，八平去世了，小龙也离开了版本家。

父亲的葬礼结束之后，龙马去周围人家问候时，看到弥太郎的父亲弥次郎正被一群男人殴打，他和村长等人因为水的分配问题发生争执，此时正在江户求学的弥太郎接到父亲受伤的通知之后立刻赶回了土佐，尽管他到村长和奉行所抗议，可是这显然没有效果，虽然龙马也已经对奉行所的不公正判断提出异议，但是毕竟他们一个是下士，一个是浪人，这样的身份完全改变不了奉行所的判决。

　　另一方面，半平太、冈田以藏和平井收二郎准备一起出发到江户学习剑术，收二郎临走之前还特意叮嘱妹妹加尾不要接近龙马。因为不能接受奉行所不公正的待遇，弥太郎和龙马一起求见土佐藩的实力派人物吉田东洋，然而东洋根本没有把这两个没有势力的年轻人放在眼里，更不可能听他们说什么奉行所不公正的事。弥太郎忍无可忍，写了告发奉行所不公正做法的文书。

龙马处理好家里的事情之后，再度出发到江户进行剑术修行，又与千叶定吉、重太郎以及佐那重逢了，佐那原本一直盼着能与龙马再会，可是真正见面后她却不由得开始对他态度冷淡。

　　另一方面，先一步来到江户的半平太早已开始在桃井道场练习剑术，而且有了很大提高。某天，半平太龙马约龙马一起去居酒屋，发现萨摩藩、水户藩和长州藩的年轻藩士们正在讨论应该改变德川幕府的开国方针，坂平太认为土佐藩应该做攘夷的先锋。　　与此同时，土佐藩的山本琢磨捡到了商人佐州屋的怀表，他偷偷去换钱被人发现了。琢磨是半平太的妻子阿富的堂兄弟，但是半平太想到土佐应该带头攘夷，因此必须重视纪律，他告诉琢磨，既然做出了用不正当的手段获取金钱的行为，就需要为此负责，应该切腹自杀，但是龙马不认可。

　　此时的土佐，弥太郎得到一位神秘老人的教导，开始考虑做买卖。江户土佐藩的宅邸里，琢磨关紧房门，含泪给双亲写信，就在这时响起了敲门声，他打开一看竟然是龙马。

龙马在江户的第二次剑术修行也结束了，而且还领到了千叶定吉给他的证书。一直偷偷喜欢着龙马的佐那终于鼓起勇气坦白了自己对他的感情，但是龙马却说他必须要回到土佐去。龙马回到土佐之后向加尾求婚了，他希望和加尾一起办个剑术道场，听了他的话，加尾喜极而泣。

　　武市半平太对于幕府大老井伊直弼无视朝廷直接与美利坚签订通商条约的做法十分愤怒，他考虑应该调动土佐藩的力量攘夷，开国派的土佐藩参政吉田东洋让后藤象二郎从牢里放出弥太郎，派遣他到已经开始与外国进行贸易的长崎去。而且东洋还把包含自己在内的家臣们的俸禄减半，开始在藩内强力推行财政改革。

　　因为东洋的改革，柴田备后损失了既得利益，他打算利用半平太，而半平太为了把开国派的东洋赶出土佐藩也开始接近备后，他和备后为了刺探朝廷中攘夷派三条实美的行动，得到加尾哥哥平井收二郎的许可，准备秘密把加尾送到京城。虽然加尾想和龙马结婚，开始收二郎却反对他们，甚至还要切腹。

已经和龙马定下婚约的加尾最终还是被送到京城去了，她灰心失望每天都不开心。另一方面，弥太郎因为在长崎用超了藩给的资金，被解除职务回到了土佐。与此同时，在江户无视朝廷坚持开放国门的井伊直弼被水户浪士们所杀，武市半平太因为此时大受刺激，开始重新考虑幕府的开放国门政策。

　　不久之后，又发生一起事件，为报上士斩杀下士的仇，池田虎之进杀害了上士。冈田以藏等人聚集在武市道场藏起虎之进，准备于上士对抗到底，由于确实积怨已久，这时上士和下士之间已经处于一触即发的状态。

　　上士们剧集的宅邸里，藩参政吉田东洋突然出现了，随后弥太郎也来了，向他报告目前上士和下士的动向，东洋安排了一个差事给弥太郎，跟随他工作。就在这时，龙马只身出现，企图说服上士解决危险的事态，在场的东洋感觉到他的过人胆识。随后他还把龙马请到自己家中，打算给他上士的身份。可是另一方面，半平太等人为推进攘夷组成了“土佐勤王党”，也硬要邀请龙马加入。

龙马加入了武市半平太等人组成的土佐勤王党，结识了泽村物之丞，泽村说长州的久坂玄瑞等人现在也决心攘夷，因此龙马启程赶往长州，打算与久坂见面。两人见面之后，久坂对龙马讲述了异国把不公平条约强加给日本的事情，他认为不管是幕府还是藩，都应该联合起来抵御外敌，必须坚持攘夷政策。

　　龙马不在土佐的这段时间里，弥太郎和喜势成亲了，吉田东洋还安排给他一个小官职做。与此同时，由于勤王党成员们都压抑不住准备立刻对付外敌，武市半平太已经很难再控制他们，半平太认为如果各藩不能联合起来，恐怕攘夷很困难，因此带着勤王党的同伴们一起去找东洋。

　　半平太见到东洋之后，拼命说服他支持土佐藩的攘夷运动，但是东洋却明确表示德川幕府对山内家有恩，不能违背他们，还直接让半平太离开，半平太觉得在勤王党众人面前被这样斥退十分屈辱。另外，由于东洋褒奖龙马的能力，他门下的后藤象二郎很嫉妒，竟然下令让弥太郎对付他。

文久2年的土佐藩，武市半平太暗杀吉田东洋之后，和藩内的保守派联手，打算促成藩主山内丰范上京之事。另一方面，后藤象二郎指出失踪的龙马就是暗杀东洋的罪犯，命令弥太郎和井上佐市郎逮捕龙马，弥太郎把妻子喜势留在土佐，和井上一起去了大坂。

　　为了山内丰范成功上京，半平太和勤王党的平井收二郎、冈田以藏等人也去了大坂。与此同时，泽村物之丞正和沟浏广之丞谈龙马的下落，虽然泽村和龙马一起离开土佐藩，但是两人在下关分开了。弥太郎和井上怀疑半平太把龙马藏起来了，开始在大坂找他的下落，没想到龙马突然出现，井上拔刀与他对战，但最终输给了用北辰一刀流的龙马，龙马对弥太郎说了一句回土佐去之后就离开了。

　　龙马到大坂的土佐藩休息处找半平太，他们一个是逃犯，一个是能动摇土佐藩的实力派，尽管从小就是朋友，但他们之间已经有了一道无法逾越的鸿沟。龙马无法认同半平太的做法，他直言来大坂的目的是找到暗杀东洋的凶手。

龙马从大阪来到京城，加尾就在京城的三条家。武市半平太和藩主山内丰范也来到京城，他拜见朝臣尊王攘夷派的三条实美，他提议说，为了让德川幕府执行攘夷，他愿意带着天皇的命令到江户去。和武市一起进京的平井收二郎还见到了久违的妹妹加尾，他告诉加尾龙马已经背叛武市离开了土佐藩。冈田以藏为了土佐勤王党，正在暗杀冒充勤王党却支持开放国门的人。

　　与此同时，龙马也找到了加尾，最初加尾因为哥哥的忠告拒绝跟他见面，可是最终还是感情占了上风，她与龙马一起过了一夜。弥太郎回到土佐藩，过着和农民一样的生活，但是他怎么也放不下想要做武士的想法。一次偶然的机会，被加尾藏起来的龙马遇见了以藏，以藏激动得紧紧抱住龙马不放。龙马、加尾和以藏三个人一起喝酒聊天，龙马得知以藏杀过人，三个人都意识到，他们随着时代改变而改变，再也回不到以前做好朋友的样子，而加尾却给烦恼的龙马一个好提议，让他去见一个人。

离开土佐藩之后，龙马出现在江户的千叶道场，佐那一直期盼着龙马回来，佐那的哥哥重太郎也为龙马再次出现而十分欣喜，可是龙马此次到江户的目的却是为了见幕府掌管军舰事宜的胜鳞太郎。

　　经过重太郎的妥善处理，龙马与幕府的政事裁职松平春狱见面了，还成功拿到了给胜鳞太郎的介绍信，于是龙马拿着这封介绍信来到胜鳞太郎位于赤坂的府邸。来到目的地后，龙马竟然遇见了青梅竹马的好友长次郎，他也是为了给国家做贡献才来到江户。龙马提出想成为胜鳞太郎的弟子，可是却被对方拒绝了。

　　武市半平太保护三条实美来到江户，和冈田以藏、平井收二郎两人一起到胜鳞太郎的宅邸拜访，对于支持开放国门的胜鳞太郎，半平太已经做好了随时舍弃他的准备。胜鳞太郎从半平太口中得知龙马曾说过幕府已经不需要藩了，因此对龙马提起了兴趣，他再次招来龙马，这一次，龙马说出了他所考虑的攘夷。

龙马成了胜麟太郎的弟子，他从万次郎那里听说了有关美国总统的事情，而且万次郎还告诉龙马美国应该会成为世界上最强大的国家，可龙马不明白为什么万次郎要从那么了不起的国家回到日本来。

　　胜麟太郎和龙马开始召集人才，准备开办海军学校，计划组成日本的海军。胜麟太郎带着龙马到各个藩去，请求他们为海军学校提供人才。龙马回到千叶道场，告诉佐那和重太郎自己已经找到了自己的人生道路。

　　一天，胜麟太郎带着龙马来到土佐藩前藩主山内容堂的宅邸，请求他找些土佐藩的人才去海军学校，另外还请求他免去龙马脱离土佐藩的罪名，山内容堂爽快地答应提供人才，但是却不肯免去龙马的罪名。此时弥太郎还留在土佐，他购买木材从中获利。

　　龙马为了在神户建立海军学校准备离开江户，他到千叶家辞行，并提出最后和佐那比试一次，比赛完后，佐那含泪目送龙马离去，她在心里发誓一生只爱龙马。龙马和近藤长次郎一起从江户赶往大阪，他心中满是希望，但也有一抹不安。

成为胜麟太郎弟子的龙马和近藤长次郎一次乘船来到大阪，在神户建立海军操练所之前，他们打算留在大阪的专称寺的胜塾学习。龙马和长次郎为了召集胜塾的训练生在大阪城走动，正好遇到了和龙马一起逃离土佐藩的泽村物之丞，龙马还劝说物之丞也加入胜塾，和他们一起创建日本的海军。

　　另一方面，第十四代将军德川家茂到京城去了，武士半平太为了让将军彻底跟他约定攘夷，于是开始在朝廷内做好计划安排。土佐藩的山内容堂很讨厌过激的攘夷行为，他为了阻止武士半平太的行动，打算分裂土佐的勤王党。

　　龙马和长次郎在大阪找了一个叫大和屋的商家休息，土佐勤王党望月龟弥太、高松太郎、千屋寅之助出现在他们面前，请求加入胜塾，龙马和长次郎很高兴新同志加入，不过他们没注意到这是山内容堂的策略，而且他还用计让勤王党第二大人物平井收二郎也离开了武士半平太。

攘夷派翘首以待的日子终于来了，将军德川家茂赶到京城，与孝明天皇约定五月十日施行攘夷，届时将逮捕日本国内的外国人，并驱逐一切在沿岸航行的外国船只。

　　在龙马的推荐之下，冈田以藏成了胜麟太郎的保镖，以藏厌烦了武市半平太总是下令杀人的做法因此才逃出来，而且胜麟太郎还告诉龙马，他脱藩的罪名已经被赦免了。以藏和龙马一起去居酒屋喝酒，谈论着创建海军强大国家的梦想，没想到在那里碰到了平井收二郎，土佐藩的差役们正在追捕他，多亏龙马帮忙他才能逃走。

　　收二郎背着武市半平太联络朝廷青莲院宫的人，打算自己负责土佐藩的改革，半平太听部下说收二郎已经背叛他，而且前藩主山内容堂正下令逮捕他回藩时，半平太大受刺激。半平太和勤王党的成员一直等待着与将军约定好的攘夷日，然而幕府一边与朝廷约定攘夷，一边秘密与外国勾结。攘夷日终于到来，然而真正行动的只有长州藩，半平太的梦想最终还是没能实现。

龙马在大阪的专称寺专心学习航海技术，不过当他得知平井收二郎被捕入狱的消息之后，马上放下学业赶去和留在京城的胜麟太郎见面，而龙马的哥哥权平就在此时去了专称寺，刚好和龙马错过。权平听说龙马脱藩的罪名已经被赦免，因此赶来见他。

　　武士半平太也为了收二郎的案子去见前藩主，在对方质问他谁杀了吉田时，他竟然斗胆说出了对吉田的看法，此时收二郎正在接受严刑逼供。身在土佐的弥太郎开始收购木材做生意，想找权平商量，可是对方已经到大阪找龙马去了。后来妻子喜势给他提了个建议，买木材送赠品，也许能吸引客人。

　　龙马听胜麟太郎说创建海军塾遇到资金不足的麻烦，于是他不得不前往越前福井藩去见前藩主松平春狱，请求春狱为了胜塾和日本海军借给他一千两。他在那里见到了横井小楠，听他讲了有关西方民主的话题。与此同时，半平太依旧拼命想救出收二郎，但山内容堂命令收二郎切腹自杀，半平太去见了他最后一面，为没能救出他道歉。

龙马收到一封信，信中说平井收二郎在土佐切腹自杀了，尽管他是清白无辜的。文久三年七月，龙马再次前往京都拜访胜麟太郎，说前不久日本还是攘夷派声势滔天，但不知不觉间形式全变了，幕府什么都没做，世间叫嚣攘夷是因为围在天皇身边的长洲藩是攘夷派，但是现在反对攘夷的萨摩藩卷入，萨摩藩士高崎正风认为不与外国交战也能保卫日本，一切都将取决于天皇会倾向长州还是萨摩。

　　天皇终于下定决心，下达实行攘夷的旨意，不过天皇虽然讨厌洋人，但却并没有真正打算开战。这一刻，朝廷中的攘夷派顿时失势了。八月十八日政变之后，攘夷派公卿被赶出京都，从那时起，长州和萨摩相互仇视，水火不容。

　　原藩主下令土佐勤王党的人马上回到藩里，抗命者皆以脱藩罪论处，武市明知让平井收二郎切腹的是原藩主，但还是不得不效忠于他。岩崎弥太郎在土佐的木材生意终于成功了，随后武士半平太入狱，这几个从小一起玩到大的朋友最终走向了属于自己命运。

等龙马知道武市半平太入狱的消息时，已经是文久三年（1863）九月底的事了，政变之后土佐藩开始镇压勤王党党羽，幕府也展开对攘夷派残党的搜捕，龙马只得压抑着对半平太和以藏的牵挂，一心投入到学习中去。

　　土佐藩前藩主山内容堂公派人来到大坂胜塾下令让土佐的藩士全部回藩，胜塾的人称这里是幕府海军奉行的私塾，把他们赶了出去，于是拒绝回藩的龙马又成了脱藩浪人。龙马收到姐姐的来信，尽管龙马是脱藩之身，但家人都支持他，希望他能够达成自己的志向再平安回来，并随信给龙马寄了些钱。

　　以藏被人追杀，他希望夏可以陪自己一起逃离京都，可是夏早听幕府的人说以藏杀了很多人，土佐藩和幕府的人都在追杀以藏，看到夏如此恐惧以藏无奈的离开了，龙马知道这个情况后马上开始寻找他的下落。

　　与此同时，在土佐对武市的审讯开始了，他对罪名表示一概不知，只宣称效忠于前藩主。武市半平太发起的尊王攘夷运动，已经消亡殆尽，幕府已无力阻止西方的经济侵略。

近藤长次郎迎娶了大和屋的女儿阿德，胜和龙马等人也特地赶来祝贺。胜告诉大家神户村的海军操练所建成了，大阪训练结束后就可以去。次日大家来到操练所，这里聚集了近二百位年轻人，他们来自全国各藩，大家都洋溢着对新知的热情，胜让学生们在这里学习驾船、航海、炮击和出海，日本海军即将从这里启航。

　　其中一个叫陆奥阳之助的训练生出身纪州藩的家老门第，他说攘夷派全部被打垮了，望月龟弥太一想到武市他们就放不下，他认为日本遭受外国侵略，应该拔刀驱逐洋人，他那时的志向从未改变过。龙马劝他说现在不是内斗的时候，要保卫日本首先要强大起来，日本已经没有退路了。

　　此时半平太还在牢里，监狱看守是一位下级武士，对武市非常尊重。弥太郎家有了个女儿春路，木材也卖出去了，过得非常幸福，他还帮半平太家修补屋子。以藏被抓后要求见半平太，而半平太意识到，自己再也无法走出这个牢狱。

元治元年六月，攘夷派志士聚集在京都的旅店池田屋中，密谈营救孝明天皇的计划，不料却被突然闯入的新撰组诛杀，新撰组是授命于幕府、维护京城治安的浪人组织，这就是后来说的池田屋事件。龙马还亲眼目睹龟弥太被新撰组的人杀死，他本想追上去为朋友报仇，可是却被桂小五郎拦住了。

　　桂带着龙马来到旅馆，说出现在幕府与萨摩相互勾结的真相，日本已经无法阻挡外敌侵略，不过他们也发誓一定要为新撰组杀死的同伴们报仇。而此时的土佐，以藏还在接受严刑拷打，他始终不肯说出杀死吉田东洋的凶手，武士半平太距离以藏的牢房不远，他听到以藏的惨叫却无法帮他，只能忍耐。

　　龙马躲在阿龙家中，逃避新撰组的追查，不过龟弥太被杀一事他一直很自责。阿龙的父亲因救攘夷派武士被捕，还在狱中丢了性命，所以阿龙讨厌攘夷派，也讨厌新撰组和萨摩人。与此同时，胜麟太郎被幕府老中招去，质问他为什么海军操练所的人会参加池田屋谋反，这改变了海军操练所以及龙马的命运。

龙马来到船宿寺田屋，见到酷似亡母阿幸的老板娘登势立刻决定住在这里，他说自己准备去神户学习驾船和战术，登势希望他能加油，为日本的未来好好努力。此时，龙马心中的一盏灯仿佛被点亮了一般，他回到神户操练所，和大家一起投入训练。

　　长州藩自八月十八日政变后被赶出京城，又在池田屋事件中失去了许多同伴，他们终于决定奋起反抗。久坂打算进攻天皇的御所，桂不同意，否则长州会变成朝敌。元治元年七月，长州为了夺回天皇进军京城，与会津藩战斗，这就是后来的蛤御门之变。长州和幕府开战后京城陷入战火之中。长州深信只要控制天皇就能成为官军，但是萨摩藩却撕碎他们美梦。

　　在海军操练所学习的龙马也得知了战事，他亲自到京城看了战况，战争带来的悲剧让他不知所措，他在战火纷飞中遇到了发誓报仇的桂小五郎，还把阿龙救出交给登势照顾。幕府内部也起了分歧，一桥庆喜认为应彻底肃清长州，而胜麟太郎则认为应避免内战，而他的职位和操练所都因此受到威胁。

眼看海军操练所就要被关闭，胜麟太郎让龙马去见萨摩军的参谋西乡吉之助，蛤御门事变时是西乡率领萨摩军击退了长州。龙马来到大坂，请求西乡停止对长州的讨伐，他希望日本能够停止内战，以防外国趁虚而入，但西乡认为长州藩若不彻底压制，有朝一日又会重振势头，对他来说，长州、土佐甚至德川幕府，都是不可小视的敌人。

　　西乡希望从胜那里学习了驾船技术的龙马他们能留在萨摩，但龙马不打算服从讨伐长州的萨摩，因此海军操练所最终还是被关闭了，胜被革职要回到江户去，他鼓励学生用自己学到的本领去改变日本。而龙马是脱藩人士，即使操练所关闭他也无法回到萨摩。

　　此时西乡向幕府提出了惊人的计划，他同意停止征伐长州，但条件是要求呈上家老的首级。萨摩认为眼下开战对幕府不利，因为军备不足，花费银两的战争还是避开为好，幕府就这样彻底陷入了萨摩的操纵。幕府感到了萨摩势力的威胁，随即转向法国求助，他们渴望自己建造军队，法国同意帮助他们。

海军操练所被关闭，龙马无处可去，他回到让阿龙暂住的寺田屋，问老板娘登势萨摩的情况，老板娘说来店里的萨摩人都还不错。龙马一直在考虑如何给一起参加海军操练所学习的伙伴们找个生存之道，他到大阪的大和屋和几个兄弟讨论投靠萨摩之事，因为这也是胜老师的意思，可是大家都认为心机重的萨摩总司令西乡吉之助不值得信任。

　　近藤长次郎一心想要保护日本，虽然他没做成什么，但一直心怀志向，大和屋的女儿阿德也一直担心他的情况。沟浏来到长次郎的店里找龙马，带给他一封来自弥太郎的信，信上说半平太和以藏都快被折磨死了，希望他快点回土佐看看。龙马立刻请求沟浏带他回土佐，此时以藏正被严刑拷打，半平太心理受折磨，两人都生不如死。

　　龙马悄悄潜入土佐回到家中，姐妹们已经为他准备了丰盛的早餐，他想救出半平太，可家里人不愿他冒险，于是龙马打算和家人脱离关系。在弥太郎的帮助下，龙马开始收集吉田东洋被杀情报，他去见后藤象二郎，还谎称自己是真凶。

龙马为了救出武士半平太，不惜替他抗下杀人的罪名。后藤向原藩主山内容堂报告说龙马才是真凶，还命人全力追捕龙马，可是山内却不相信这件事，他亲自到牢里见了半平太。

　　半平太聚集一群下级武士把土佐变成攘夷先锋，逼迫幕府实行攘夷，可山内不愿忤逆幕府，尽管他也对德川幕府很失望。半平太说山内是天下第一明君，只有他能辅佐天皇改变现在的日本，山内也很欣赏半平太，还说如果情况允许希望重用他，半平太觉得非常荣幸，他承认自己就是暗杀吉田东洋的真凶，但这么做是为了日本、土佐还有山内，于是山内命他切腹。

　　当晚，龙马在弥太郎的帮助下偷偷来到牢里，虽然他想救出半平太，但半平太不愿让龙马为自己定罪，而且他也下决心切腹自杀，他还鼓励龙马要保卫日本不受侵略，让日本成为一个自立的国家，另外他也希望弥太郎能出人头地。最后以藏被斩首示众，半平太切腹自杀。龙马回到大阪与长次郎等人会面，他们要用在海军操练所学到的技术改变日本。

海军操练所被封闭，龙马等脱藩浪士打算投靠萨摩藩的西乡吉之助，他们乘船从大阪往萨摩航行，途中在长崎停留数日，长崎对外贸易十分繁盛，龙马等人就住在大贸易商小曾根干堂家中。龙马他们的驾驶技术和知识都不输给萨摩的水手，小曾根干堂希望以后贸易他们可以随行帮忙。

　　龙马去拜见西乡，他希望留在长崎自己赚钱生存，以前一直是武士依靠藩、藩再依靠幕府生存，龙马认为这老规矩是时候改变了，但西乡却觉得龙马不过是个脱藩浪人，无权对萨摩藩政指手画脚，而且西乡是萨摩藩的总参谋，就算他宣布改变世间格局也不会有人赞同。

　　英国商人托马斯来到日本长崎建立了Glover商会，三年时间他就创造了万贯财富，龙马等人前来拜见他，想借用蒸汽船，可是对方给出的价格很高，而且态度傲慢。龙马为了达成目的前往丸山的引田屋，打算从各藩借用船只。长州藩的高杉晋作和井上闻多等人用假名混入长崎，想买外国最先进的兵器，不料却没能成功，他们也认为日本必须独立才行。

龙马等人选择留在长崎，但是他们想借船的目标却一直未能实现，就在这时，土佐勤王党的池内藏太来了，池内藏太是和高杉晋作一起潜伏在长崎的，龙马被他带着去见了高杉，而且龙马在引田屋见过的伊藤俊辅和井上闻多也在，高杉说长州藩已经做好了违背幕府也要继续战斗下去的准备。

　　龙马回到小曾根的住处，长次郎提议做传统蛋糕来赚钱，于是龙马找长崎的富商大浦庆和小曾根干堂等人商量，问他们在长崎买蛋糕是否可行，大浦庆对龙马他们很有兴趣，还把做蛋糕必须的资金借给他们。后来，龙马他们偶然间在街上碰到了引田屋跳舞的艺妓阿元，虽然她暗中帮长崎奉行朝比奈昌广传递情报，但实际上她是天主教徒。

　　龙马向西乡吉之助提议，希望他能与长州联手合作，可是要和朝廷的敌人长州合作，那么势必就要冒着自己也成为朝廷敌人的危险，对这个提议西乡不得不慎重考虑。

龙马向西乡吉之助提议和长州联手合作，虽然要冒很大的危险，但西乡最终给出了同意的回答。龙马为了去见高杉晋作，和陆奥阳之助一起开始了大宰府之旅，大宰府关押着因为攘夷而被赶出京城的三条实美等朝臣们，然而当龙马等人赶到时，高杉早已经离开了。

　　看护三条他们的是曾经参加土佐勤王党的中冈慎太郎，龙马告诉三条和中冈，萨摩准备和长州联合起来，一起创造新的世界，中冈也和龙马一样希望长州与萨摩合作，这样才有可以压制住幕府的力量。

　　另一方面，龙马和陆奥赶去下关与桂小五郎再会，龙马告诉桂，长州和萨摩联手是保证日本不受异国侵略的最好方法，经过龙马的拼死劝说，桂决定留在下关等西乡前来。与此同时，中冈带着西乡终于开始了他们的下关之行，然而他们不知道自己所乘的船上，竟然潜入了幕府的密探。

因为西乡最终没有去下关，于是龙马和中冈慎太郎为了见他来到京城的萨摩藩邸，可是西乡却拒绝和他们见面，于是龙马又去了寺田屋。在那里，龙马得知阿龙竟然和新撰组的近藤勇一起喝酒，于是他冒着危险灌醉近藤救出阿龙。对龙马来说，近藤是追踪以藏、杀害龟弥太的可恨仇人，他恨不得立刻拔刀杀了他。

与此同时，千叶重太郎为了妹妹佐那而追随龙马来到寺田屋，他从和老板娘登势以及阿龙的谈话中了解到，龙马正在做改变日本的大事。沉睡中的近藤醒来之后，终于察觉到龙马的身份准备拔刀对战，但是发现千叶道场的当家重太郎在一旁帮忙，因此只好离开。

重太郎已经注意到了阿龙对龙马的感情，不过他还是默默回到江户。龙马和西乡见面之后才知道他因为幕府的密探而无法去下关，萨摩和长州再度陷入危险的关系中，为了双方再度合作龙马想到了一个很好的策略，既然长州无法购买到幕府最想要的武器，那么就让他们以萨摩藩的名义去购买武器。

龙马提议联手推翻幕府，但是这一消息被幕府察觉到了。木户和西乡见面谈萨摩和长洲联手合作的相关事宜。弥太郎打探萨摩动向的事情被发现，他最终没能承受住拷打说出了秘密。

龙马劝弥太郎不要再鬼鬼祟祟地打探了，而是回到土佐。龙马放言日本将要发生翻天覆地的变化，将推翻德川幕府的统治。弥太郎意识到了龙马参与了谋反的事情。

阿龙不离不弃地照顾受伤的龙马，龙马渐渐恢复了健康。西乡来看望龙马，龙马对西乡的救命之恩表示感谢。西乡邀请龙马到萨摩来，声称东京已经不适合龙马了。

阿龙要和龙马一同加入战斗，阿龙认为这既是夫妻之间的相守也是相互加深了解的一个有效方法。龙马见阿龙信念坚定便无法拒绝。内藏太死亡的消息令龙马心痛不已，龙马在心中暗自发力，对即将开启的战斗充满了战胜欲。

应庆二年六月，幕府和长州终于开战，龙马等龟山社中的成员到了下关助阵长州，与长州军在下关的马关汇合，在与高杉率领的平民而并非武士组成的骑兵队交流之后，龙马确信可以为这些人们创造新的世界。而且龙马得知高杉患上了肺结核，他的身体已经不适合作战，即便如此他还是放弃去英国的机会留下来参战，龙马看到了他的决心。

　　龙马运用在海军操练所学习到的驾船技术，在深夜进行奇袭作战，他们和高杉率领的骑兵队一起大胜幕府军，随后第十四代将军家茂去世，幕府宣布停止作战。此时长州如果乘胜追击，有很大的机会可以推翻幕府，但是龙马请求木户到此为止，可是木户早已决定选择用武力讨伐幕府的道路。

　　另一方面，弥太郎来到长崎开了土佐商会，他让万次郎做自己的翻译，他本想把樟脑卖给托马斯和大浦庆，但是对方是龙马的好友，他不相信驱逐龙马的土佐，而且他还告诉弥太郎，如果土佐想跟他做生意，必须要通过龙马，弥太郎大怒离去。

龙马一行人与四千长州军并肩作战，击退幕府大军，龙马也找到了属于自己的道路，他放弃用战争来达成目的。在马关战斗结束后，龙马回到长崎，因为被奉行所盯上，社中也被破坏，他没办法采取行动。

　　另一方面，担任土佐商会主任在长崎做生意的弥太郎处处碰壁，谁都要求他找龙马来做中介，虽然心中很不情愿，但他又不肯把这件事告诉后藤象二郎，只要求给他三年的时间，然而已经看清时事的土佐的山内容堂却命令他秘密与萨长接触。

　　听小曾根乾堂和阿庆说为什么不去请求龙马之后，象二郎决心放弃私怨去见龙马。弥太郎被下令去寻找龙马的住所，不料龙马突然出现在引田屋，还告诉他要和象二郎见面。

　　龙马和象二郎秘密见面，说幕府大势已去，正是促成大政奉还的良机，如果幕府还政于天皇，日本可以和平改变制度。他们对话时象二郎的上士以及社中的人都在屋外偷听。龙马认为如果土佐背叛幕府，那么大政奉还将顺利促成，而象二郎也意识到，土佐会成为促成新日本的重要力量。

作为和土佐联手的海援队成员，龙马他们再度出发，和新加入的脱藩浪士们一起，在小曾根的准备以及土佐藩的庇护之下，他们利用船继续做新商务，而他们的真正目的却是促成大政奉还。

　　长崎奉行朝比奈还在继续追杀龙马，但后藤象二郎以龙马还是土佐藩士为由，阻止了对龙马的追捕。但是龙马预感到自己会有危险，所以他前往下关，准备把妻子阿龙托付给三吉照顾。

　　此时高杉病情加重，已经无力回天，龙马与高杉和木户见面，传达给他们大政奉还的计划，他劝说长州也不要采取战争手段，可以用和平方法推翻幕府，但是木户不接受他的建议。龙马又和高杉谈起新国家制度，他也决心继承高杉的梦想。中冈也在此时来见龙马，希望可以作为陆援队成员讨伐幕府。

　　另一方面，弥太郎开始在长崎一展所长。此时龙马成功从大洲藩借来了船只，他们前往大阪开始海援队的第一个工作，然而好友高杉却在下关走完了自己的人生。

向大阪驶进的伊吕波丸深夜在濑户内海与纪州藩的明光丸发生冲撞，龙马等海援队成员虽然被救上明光丸幸存下来，但是船只货物却沉入海底，在鞆之浦纪州藩拿了一千两白银算是慰问金打算结了这件事，于是龙马开始在长崎就船只和货物的损失进行谈判。

　　陆奥阳之助被纪州藩的勘定奉行也就是自己的父亲排斥，所以他非常想赢得这场谈判，肩负着土佐商会的命运的弥太郎也加入了这次谈判，尽管这次事故完全是明光丸的错误，但是德川将军直系三家之一的大藩纪州藩根本不把海援队放在眼里。龙马去拜托阿元，让她在长崎街上散播揶揄纪州藩的歌谣。

　　另外，后藤象二郎得知这次谈判是幕府和土佐藩的战争，谈判的胜负可以决定日本的将来。纪州藩知道长崎街流行对自己不利的歌谣，负责谈判的茂田出面希望了结此事，但是龙马坚持说日本海因为也有外国船只航行，因此理应用世界航海法来判决，后藤象二郎带着英国海军提督出现，重新修正谈判，纪州藩最终交纳了赔偿金八万多两白银。

为了向山内容堂提议大政奉还论，龙马和后藤象二郎一起出发到京都去，他们还写了打倒幕府之后的发展计划建议书，然而在京城的四侯会议上，十五代将军庆喜态度恶劣，容堂一怒之下回到了土佐藩。

　　陆奥阳之助找到了海援队分部所在的酢屋找龙马，可是他们却被新撰组发现还打了起来，多亏中冈把龙马等人救走藏进相扑房。主张武力讨伐幕府的中冈转达了萨摩藩想要见象二郎的想法，与西乡等人会面的象二郎以和龙马并未得到容堂的允许就直接表示土佐藩希望采取大政奉还的策略，不知为何，西乡也说萨摩藩也会一起促成大政奉还，这让中冈大吃一惊，大久保利通询问如果大政奉还行不通，土佐藩是否会举兵，象二郎和他约定如果行不通可以用武力解决问题。西乡和长州联手无礼讨伐幕府，土佐藩也加入了这个阵营，每一方都希望掌握主导权。

　　当晚，在酢屋龙马给中冈看了在船上写的草案，上面写着要建立一个民主主义的国家，有能力者可以当政，建立外交关系，扩张海军等计划。

接受了萨摩藩和土佐藩结盟的象二郎回到土佐，他企图说服容堂接受大政奉还论，可是容堂却拒绝了。龙马回到长崎，为了购买土佐举兵所必须的枪支，可是因为伊卡洛斯号上英国水手被杀事件，海援队成了犯罪嫌疑人。英国公使帕克斯威胁弥太郎，如果他不交出罪犯英国舰队就要攻击土佐。物之丞被带回了奉行所代替龙马，海援队们也开始积极寻找真正的犯人。

　　另一方面，目击了这起事件的阿元断言龙马根本不是犯人，可是这一做法却激怒了奉行朝比奈，他命人搜查阿元的行李，发现里面竟然有对圣母玛利亚祈祷的念珠，因为奉行开始镇压基督教徒，龙马前去找逃亡的阿元。海援队发现真正的犯人是福冈藩士，而且他已经自杀了，龙马告诉帕克斯犯人不是海援队的人，帕克斯表示相信促成萨长结盟的龙马。随后龙马托人带阿元踏上了去英国的旅途。

为了让容堂上书大政奉还的建议书，龙马带着弥太郎从长崎购买的一千支枪赶回土佐藩，途中他要经过阿龙寄住的下关。在土佐藩的坂本家接到龙马的家书，上面写着他要回土佐，也提到已经和阿龙结婚的消息，在坂本家引起了一场大骚动。

　　另一方面，经历了伊卡洛斯号事件之后，弥太郎打算为此事负责放弃了土佐商会的主任职务，他决心要靠自己的力量经商。考虑到萨长和幕府的战争即将开始，枪支的价钱一定会暴涨，于是他开始大量购入枪支。龙马来到下关，刚和木户见面，萨摩藩的大久保利通就来了。他们两个人都主张大政奉还论，而且认为绝对不可以给德川家留后路，龙马感觉要走自己的路很难。阿龙和龙马久别重逢非常高兴，可是龙马却和三吉的骑兵队去喝酒到早上才回去，阿龙为此大发脾气。

龙马回到土佐之后，想请象二郎帮忙引见直接与容堂见面，可是容堂根本不把他放在眼里。回到久违的家中，龙马受到了家人的热情接待，他的继母伊与已经过世，侄女春猪也已经做了妈妈。岩崎家和坂本家一起为龙马举办了一场宴席。

　　另一方面，在长崎的土佐商事的上士们也察觉到了时代的变化，他们一些人和弥太郎一起脱离土佐藩的管束做起了自己的生意，而在土佐，围绕龙马带来的枪支，以及上士和下士究竟加入萨长联盟还是效忠德川幕府等问题，产生了激烈的争论。

　　容堂最终被象二郎说服，答应与龙马见面，龙马对容堂说，下士被上士虐待这种腐朽社会让人憎恨，如果大政奉还成功，幕府和藩还有武士的身份都会消失，而容堂可以做新世界的领头人，希望他能写一封大政奉还的建议书。容堂回忆起德川家对自己的恩惠，但他还是含泪写下了建议书，促成这壮大事的龙马和象二郎紧紧握起了手。龙马和乙女约定，等完成这件大事就和阿龙回土佐。

将军庆喜看了容堂书写的大政奉还建议书之后内心动摇了，龙马直接与最接近庆喜的永井玄番头见面，请求他说服庆喜实行大政奉还，只有这样德川家才能继续存在下去。此时弥太郎正忙着囤枪支打算在战争中大赚一笔，可是想到大政奉还如果成功计划就无法实行，于是他转换方针开始出售手中的枪支。

　　在永井的推动下，庆喜把各藩藩主召集到二条城，商议大政奉还的问题，结果没有一个藩主表示反对，庆喜这才看清了时代的潮流，下定决心执行大政奉还。就在龙马等待消息的时候，胜来了，他是幕府大臣，幕府的人都很担心自己的将来，可是龙马却告诉他们不必忧虑，所有人都可以在新世界自力更生。

　　龙马终于等来了大政奉还的好消息，他为新日本即将到来欣喜万分，可是意图用武力讨伐幕府的萨摩藩和长州藩、誓死对幕府效忠的新撰组、还有不想放弃权利的将军和幕府大臣们，他们都痛恨阻碍自己道路的龙马，希望置他于死地。弥太郎卖枪支赚了不少钱，他为了与龙马诀别前往京城。

龙马等人达成了大政奉还的目的之后，为了躲避追杀而转移到近江屋，他们还写了新政府纲领八策送给各藩。人们看到文中写道要推选“某某人”为盟主，纷纷讨论这个人选究竟是谁。为了帮新政府寻找可用之才，龙马思春奔走，他来到越前拜访松平春狱，为了让经济状况好转他又拜托三岗八郎为新政府工作。

　　托龙马的福弥太郎赚了不少钱，他来到京城打算把钱送给龙马，可是到京城他才得知龙马根本不在土佐藩邸。弥太郎又找到近江屋，龙马告诉他，一定要创建日本第一的公司，让日本的人们获得幸福，龙马相信他有这个能力，但是这类似于遗言的几句话却让弥太郎十分不安。

　　另一方面，失去了幕府这个唯一依靠的见回组四处追杀摧毁幕府的元凶龙马，他们还抓了弥太郎拷问，打听龙马的下落。弥太郎担心龙马要出事急急忙忙回到近江屋，正遇上中冈也在，他要寻求这个“某某人”的真正意思，两人正在讨论日本的将来，金井等人就带着见回组的人前来袭击。