Mené en bateau par Mikoto, Tôma finit complètement épuisé. Une cohorte de chevaliers en armures dorées apparaît à la Cité académique.

Non seulement un grimoire a été dérobé, mais la religieuse qui peut le décoder est tenue captive ! C'est Stiyl qui hérite de l'enquête.

Tôma assiste à l'enlèvement d'Orsola par les catholiques d'Amakusa. Il accompagne Stiyl et le bataillon d'Agnese dans le repère de l'ennemi.

Après avoir sauvé Orsola, Tôma reçoit un avertissement de Tatemiya qui le plonge dans la perplexité. Qu'adviendra-t-il d'Orsola ?

Quand les Sœurs catholiques passent à l’offensive, Tôma et Index se retrouvent coincés. Leur destin dépend maintenant du décryptage d'un grimoire.

Tandis qu'elle fait des courses avec son amie Mikoto, Kuroko reçoit des informations sur un vol important et doit immédiatement changer ses plans, bien à contrecœur.

Kuroko traque Musujime, une jeune esper qui peut se téléporter, mais celle-ci prend le dessus. Après avoir immobilisé Kuroko, Musujime l'informe de ses projets.

La Cité académique organise un festival d'athlétisme auquel toutes ses écoles participent. Tôma et Mikoto veulent gagner, mais l’équipe de Tôma manque de vigueur.

Une épée capable de tuer un saint d'un seul coup a été introduite dans la Cité académique. Tôma participe à sa recherche, et fait mouche.

Oriana s'enfuit... avec Tôma et les autres à ses trousses. Mais quand ils croient enfin pouvoir l'arrêter, elle saute dans un bus sans conducteur !

L'attaque d’Oriana fait des blessés graves parmi les camarades de Tôma. Furieux, Tôma la poursuit, mais remarque quelque chose de bizarre dans ses actions.

Après avoir compris qu'Oriana se dirige vers un aéroport, Tôma et son équipe se ruent dans cette direction. Pourront-ils déjouer ses plans avant le coucher du soleil ?

Tôma gagne un voyage pour deux en Italie ! Ravi, il se prépare à partir avec Index, mais les ennuis déferlent avant le décollage.

En Italie, Tôma et son équipe se font kidnapper sur un navire. Sœur Agnese leur permet de s'échapper... à une condition.

Pour sauver Agnese, Tôma et son équipe visent le vaisseau amiral de la flotte de la Reine. En plein combat, Tôma est séparé des autres, et rencontre l'évêque Biagio.

Accelerator et sa bande quittent l'hôpital, puis s'installent chez Yomikawa. Au retour de son calamiteux voyage en Italie, Tôma est contacté par Mikoto.

Orsola a du mal à faire fonctionner une nouvelle machine à laver. Mené par le bout du nez par Mikoto, Tôma n'a que des soucis.

Tout à leurs retrouvailles, Accelerator et Last Order sont immédiatement pourchassés. Un individu louche profite de la pluie pour s'infiltrer dans la Cité.

Accelerator va voir Index et attend l'occasion de riposter. Après s'être échappés, Last Order et Tôma se heurtent à un nouvel ennemi.

Accelerator est prêt à s'attirer les foudres de la Cité académique pour sauver Last Order. Alors que Vento et Tôma vont se battre, un changement se produit dans la ville.

Kihara et Accelerator s'affrontent dans un combat désespéré tandis que Tôma tente d'anéantir Vento dans un duel impitoyable. Index prie pour sauver la ville.

Maintenant que la cruelle Vento ne fait plus la loi, Tôma et son équipe reprennent leur vie. Mais le monde entier semble se liguer contre la Cité académique...

Au plus fort des manifestations contre la Cité académique, Misaka, ivre, terrorise tous les étudiants qu'elle croise. Qui sera sa première victime ?