Touma Kamijo, licealista z Academy City, w którym nauka i nadnaturalne moce idą w parze, spotyka zakonnicę, która uciekła ze świata magii.

Kamijo znajduje przed swoim pokojem zakrwawioną Index. Nagle pojawia się zainteresowany dziewczyną mag i wyprowadza zaskakujący ognisty atak.

Kamijo odwiedza swoją nauczycielkę, aby ta z pomocą magii uleczyła rany Index. Tymczasem dziewczyna opowiada więcej o sobie i przyczynach swojej ucieczki.

Kamijo zostaje ciężko raniony przez ścigającą Index, uzbrojoną w długi miecz Kaori Kanzaki. Kaori ujawnia też szokujące informacje o obiekcie swoich poszukiwań.

Index umrze, jeśli jej pamięć nie będzie co rok wymazywana. Gdy Kamijo szuka innego sposobu, by ją uratować, zjawiają się Stiyl i Kaori. A czas zaraz się skończy…

Kamijo dowiaduje się czegoś ważnego na temat pamięci Index. Czy jego prawa ręką powstrzyma ludzi szukających grymuarów i zniszczy Sanktuarium św. Jerzego?

Kamijo spotyka ubraną w świątynne szaty dziewczynę, która znika z mężczyzną w garniturze. Stiyl prosi o uratowanie „Głębokiej Krwi”, dziewczyny z mocą zabijania wampirów.

Kamijo i Stiyl próbują zniszczyć źródło otaczającej szkołę bariery magicznej. Jednak uczniowie zaczynają recytować zaklęcie, aby się przed nimi obronić.

Aureolus łapie Index i atakuje Kamijo, Stiyla oraz Aisę za pomocą Ars Magny, czyli alchemicznej mocy urzeczywistniania słów.

Podczas powrotu do domu ze szkoły Kamijo spotyka Misakę, młodszą siostrę Mikoto. I choć Mikoto zaraz ją zabiera, Kamijo zaraz znów na nią wpada — tylko jak to możliwe?

Kamijo znajduje zwłoki Misaki. Później jednak ciało i ślady krwi znikają, a Misaka niesie worek z ciałem w towarzystwie wielu innych sióstr.

Mikoto szykuje się do poświęcenia samej siebie, by uratować siostry, a Kamijo pyta ją, gdzie jest Akcelerator. Tymczasem Akcelerator zamierza walczyć z Misaką.

Kamijo przyjmuje defensywną strategię podczas walki z potężnym Akceleratorem. Mikoto opracowuje plan powstrzymania Akceleratora i znajduje ranną Misakę.

Kamijo zostaje na chwilę usunięty z Academy City. Ludzie zamieniają się twarzami i osobowościami. Kamijo spotyka ubraną na czerwono zakonnicę.

Misha odwiedza Japonię, by znaleźć źródło zaklęcia Upadek Anioła. Kamijo, Kanzaki i Tsuchimikado pomagają Mishy znaleźć zaklinacza.

Kamijo spotyka się z Toyą, który zaczyna opowiadać o swojej przeszłości. Misha atakuje. Kaori próbuje powstrzymać Mishę i ujawnia szokującą prawdę na jej temat.

Chłopiec o imieniu Unabara prześladuje Mikoto, która udaje, że jest dziewczyną Kamijo. Gdy się rozchodzą, każde z nich spotyka innego Unabarę. Jeden idzie za Mikoto.

Akcelerator nie może opędzić się w barze od „Ostatniego Rozkazu”, klona Misaki, po czym zauważa Ao Amaiego — szefa projektu Radio Noise, który stworzył Siostry.

Akcelerator dopada Amaiego w ośrodku badawczym i przejmuje Ostatni Rozkaz, ale będący w niej wirus aktywuje się przedwcześnie.

Aisa Himegami przenosi się do klasy Kamijo. Index zaprzyjaźnia się z Hyoką Kazakiri i świetnie się z nią dogaduje. Mag dostaje się do Academy City.

Podczas ewakuacji z budynku Kamijo, Index i Kazakiri zauważają na ścianie gałkę oczną. Mikoto i Index zaczynają walczyć o Kamijo.

Kazakiri spotyka golema wypuszczonego w świat przez Sherry Cromwell. Kamijo z nim walczy, ale Sherry niweczy jej wysiłki. Co się stało z Index i Mikoto?

Sherry zaczyna interesować się Index. Kamijo walczy z Sherry w metrze. Tymczasem przyparta do ściany Index musi poradzić sobie z golemem.