Kamijo trifft Index, die auf der Flucht vor einer magischen Gesellschaft ist, die die in ihrem Gedächtnis gespeicherte Bibliothek mit verbotenem Wissen haben will. Später ist Kamijo schockiert, als er Index in seinem Haus findet - blutend und in Begleitung eines fremden Mannes.

Kamijo gerät mit Stiyl aneinander, der sich über das grobe Verhalten des Magiers gegenüber Index ärgert. Als Kamijo und Index durch schnelles Handeln entkommen können, machen sie sich auf den Weg zu der einzigen Person, die ihnen helfen könnte.

Kamijo erfährt mehr über Indexs Geschichte mit Necessarius, der Kirche des notwendigen Übels. Später, nachdem ein Ausflug ins Badehaus zu einem Streit mit Index führt, findet sich Kamijo in der Gesellschaft eines mysteriösen Fremden wieder.

Kaori Kanzaki stellt Kamijo zur Rede und verlangt, dass er Index ausliefert. Kamijo wird bei dem folgenden Handgemenge verwundet - und als er einige Tage später wieder aufwacht, bietet Index an, drastische Maßnahmen zu ergreifen, um ihn vor weiterem Schaden zu bewahren.

Als Kamijo in Aktion tritt, um Kanzaki und Stiyl daran zu hindern, Indexs Gedächtnis zu löschen, erfährt er, dass die Möglichkeit besteht, dass die Kirche die ganze Zeit über die Bedrohung von Indexs Leben gelogen hat!

Kamijo gelingt es, die magische Bedrohung für Indexs Leben zu beseitigen. Leider wird dabei auch sein Gedächtnis gelöscht! Später befiehlt Stiyls Chef ihm, mit Kamijo zusammenzuarbeiten. Ihr Auftrag: Finde „Deep Blood“.

Stiyl erzählt Kamijo (der sich nicht an den Magier erinnern kann) von seinem Plan, das Misawa Nachhilfeinstitut zu überfallen, um ein junges Mädchen zu retten, das über eine Vampirbeschwörungskraft namens Deep Blood verfügt.

Kamijo und Stiyl geraten schnell unter Beschuss, nachdem sie in das Misawa Nachhilfeinstitut eingedrungen sind! Während der Razzia trifft Kamijo auf das Mädchen, das sie zu retten hofften, aber es besteht die Möglichkeit, dass sie nicht daran interessiert ist, den Campus zu verlassen!

Aureolus findet heraus, dass sein Plan, Index in einen Vampir zu verwandeln, vereitelt wurde und erfährt, dass Kamijo bereits Indexs Gedächtnis gerettet hat. Von Wut und Eifersucht überwältigt, greift der Alchemist Kamijo in einem Anfall von mörderischer Wut an.

Kamijo spürt, dass die Beziehung zwischen Mikoto und Misaka, die Mikotos Zwillingsschwester zu sein scheint, etwas Seltsames an sich hat. Später, nach einem freundschaftlichen Treffen mit Kamijo, hat Misaka eine viel intensivere Begegnung mit Accelerator.

Kamijo ist überrascht und verwirrt, über die plötzliche Ankunft eines weiteren Misaka-Doppelgängers. Als die neue Doppelgängerin erklärt, warum so viele Mikotos herumlaufen, beschließt Kamijo, der Sache nachzugehen.

Kamijo erfährt, dass Tausende von Mikoto-Klonen aus einem einfachen, gewalttätigen Grund geschaffen wurden. Nun, da ihre Doppelgänger aussterben, schwört die echte Mikoto, den Rest ihrer Doppelgänger zu retten, indem sie das ultimative Opfer bringt.

Während eines Besuchs im Badehaus bietet Komoe Index und Himegami Einblicke in das Erwachen der Esper-Kräfte. Später ist Mikoto skeptisch, als Kamijo sich freiwillig meldet, um gegen Accelerator zu kämpfen.

Kamijo kämpft gegen Accelerator, um ein besseres Leben für Mikoto und ihre Klone zu ermöglichen. Nach dem Ende des Kampfes besucht Misaka 10032 Kamijo im Krankenhaus, um die Schritte zu besprechen, die unternommen werden müssen, damit sich die Klone an das Leben in Academy City anpassen können.

Nachdem Kamijo zu einem Strandresort gereist ist, um seine Familie zu treffen, bekommt er es mit einem russischen Magier namens Misha zu tun. Später erklären Kanzaki und Tsuchimikado die Auswirkungen eines kürzlich ausgesprochenen Zaubers namens Angel Fall.

Nachdem Kamijo und Tsuchimikado Misha wegen ihres verdächtigen Verhaltens zur Rede stellen, wird ihnen klar, dass Toya etwas mit dem Angel Fall-Zauber zu tun haben könnte. Kann Kamijo seinen Vater vor dem Zorn des russischen Magiers retten?

Nachdem Kanzaki die Wahrheit über Mishas wahre Identität herausgefunden hat, schickt er Kamijo und Toya, um den Ritualplatz zu zerstören. Als Tsuchimikado vorschlägt, dass Toya sterben muss, damit der Zauber aufgelöst wird, kommt es zu einer gewalttätigen und scheinbar tödlichen Begegnung.

Um die unerwünschte Aufmerksamkeit von Unabara abzuschütteln, bittet Misaka Kamijo, sich als ihr Freund auszugeben. Die Dinge werden kompliziert, als das Pseudo-Paar herausfindet, dass Unabara ein magisches Geheimnis verbirgt.

Accelerator trifft den letzten von Misakas Klonen - Last Order -, der ihm erklärt, welche besondere Rolle sie bei dem Schwestern-Experiment gespielt hat. Später erfährt Accelerator, welche Maßnahmen er ergreifen muss, um Last Order in Sicherheit zu bringen.

Nachdem Accelerator Last Order von dem Virus befreit hat, der ihr Gehirn befallen hat, wird er von dem bewaffneten Amai angegriffen. Gerade als für Accelerator alles verloren scheint, trifft Yoshikawa ein, um zu helfen, aber Amai gibt nicht kampflos auf.

Die Schule hat wieder begonnen, und das bedeutet neue Schüler, die die Schule wechseln. Einer davon ist Index! Im Unterricht gibt Komoe weitere Einblicke in die Realität des Lebens als Esper und in Academy City wird eine mächtige neue magische Präsenz entdeckt.

In Academy City bricht Panik aus, als die Magierin Sherry Cromwell auftaucht, die keinerlei Geheimnis aus ihren Plänen macht, Kazakiri zu vernichten! Kamijo tritt an, um Sherrys Plan zu vereiteln, aber die Situation ist komplexer als er ahnt.

Kamijo jagt Sherry davon, nur um festzustellen, dass die Magierin es jetzt auf Index abgesehen hat! In der Zwischenzeit nutzt Kazakiri, der deren Geheimnis gelüftet hat, ihre neue Situation aus und macht sich auf den Weg, um Ellis zu bekämpfen.

Kamijo, Index und Kazakiri tun sich zusammen, um Ellis zu bekämpfen. Nach dem Ende des Kampfes kehrt Kazakiri mit der Unterstützung von Index an den Ort ihrer Herkunft zurück. Später denkt Tsuchimikado über Aleisters Rolle bei den jüngsten Ereignissen nach.

Als der Sommer zu Ende geht, versucht Toma verzweifelt, seine Hausaufgaben nachzuholen, doch daran ist nicht zu denken, als ein Magier namens Yamisaka Index entführt. Als Toma versucht, seine Freundin zu retten, muss er feststellen, dass hinter den Motiven ihres Entführers mehr steckt als nur Bosheit.

Das Buch des Gesetzes ist ein verschlüsseltes Grimoire, das nur eine Nonne entziffern kann und es ist verschwunden! Wenn seine Magie jemals benutzt wird, wird es alle Arten von Verderben bringen. Jetzt muss die Kirche nur noch die begabte Nonne in Sicherheit bringen. Wie schwer kann das sein?

Der Kampf um Orsola, die einzige Nonne, die das Buch des Gesetzes lesen kann, geht weiter, und Toma ist gezwungen, als unwissentlicher Lockvogel zu fungieren. Die Amakusa geraten mit Kirchenvertretern aneinander, aber der wahre Schuldige hinter dem Komplott ist vielleicht nicht der, den Toma erwartet hat.

Während Orsola als Geisel genommen wird, kämpfen Toma und seine Bande in der Kirche. Dort entfesselt Index einen mächtigen Zauberspruch. Es sieht düster aus für die römisch-orthodoxen Christen, aber ihre Bereitschaft, sich zu opfern, könnte ihnen die Oberhand verschaffen.

Die römisch-orthodoxen Nonnen setzen ihren Angriff fort, während Orsola alles riskiert, um Index das Buch des Gesetzes entziffern zu lassen. Das berüchtigte Grimoire könnte ihnen helfen, ihre Feinde endlich zu besiegen, aber nur, wenn es so funktioniert, wie es soll.

Ein Hightech Koffer wird von Kurieren gestohlen und Kuroko hat den Auftrag dazu! Aber der Inhalt des Koffers könnte sich als gefährlicher erweisen, als die Räuber oder Kleinkriminellen. Und was hat es mit dem seltsamen Wetter in Academy City auf sich?

Mikotos Klone nutzen ihr telepathisches Netzwerk, um Misaka 10032 dazu zu bringen, ihnen dabei zu helfen, Musujime davon abzuhalten, das Baumdiagramm wieder aufzubauen, um herauszufinden, warum Menschen die einzigen Wesen mit Esper Kräften sind.

Das Daihaseisai Festival findet statt und die Eltern von allen sind in der Stadt! Während Toma und Mikoto in verschiedenen Wettbewerben gegeneinander antreten, verhandeln eine römisch-orthodoxe Magierin und ihr Assistent über den Kauf einer mächtigen Reliquie von der englischen puritanischen Kirche.

Als Toma und seine Gruppe versuchen, Oriana ausfindig zu machen, entdecken sie, dass ein „Shorthand“, ein spezieller Zauber, der nach dem Wirken eigenständig funktioniert, ihre Magie kurzschließt. Doch bevor sie ihn deaktivieren können, kommt es zu einem Zwischenfall in der Mittelschule.

Da die Kurzschrift gestrichen wurde, setzt Stiyl seine Magie ein, um Oriana ausfindig zu machen, woraufhin ein Kampf ausbricht. In London erfährt Laura, dass es bei Orianas Deal nicht um das Stabschwert geht, sondern um etwas ganz anderes.

Tsuchimikados Ortungszauber geht nach hinten los und führt Oriana direkt zu ihm, was zu einem epischen Showdown führt. Aber er ist nicht der Einzige, der Orianas Magie ausgesetzt ist: Himegami spürt die Macht der Zauberin und überlebt vielleicht nicht.

Toma und Tsuchimikado untersuchen die Geschichte eines heiligen Artefakts und versuchen herauszufinden, was Orianas Plan ist. Als sie entdecken, dass sie nur noch bis zum Einbruch der Nacht Zeit haben, um sie von ihrem bösen Plan abzuhalten, beginnt der Kampf um die Zukunft von Academy City!

Als Toma und die anderen kurz davor sind, Oriana zu besiegen, werden die Beweggründe für ihr Handeln endlich aufgedeckt. Aber Oriana auszuschalten, könnte nicht ausreichen, um ihren Plan zu einem katastrophalen Ende zu bringen!

Nachdem sie eine Reise nach Italien gewonnen haben, treffen Toma und Index auf ein paar alte Bekannte. Doch wohin die beiden auch gehen, das Unheil ist vorprogrammiert. Dieses Mal in Form von Attentätern!

Agnese schließt mit Toma und Orsola einen Deal ab, der ihnen die sichere Flucht von dem römisch-orthodoxen Schiff garantiert. Vorausgesetzt, sie nehmen die Schwestern Angelene und Lucia mit. Während sie nach den Nonnen suchen, erfahren sie mehr über den wahren Zweck des Schiffes.

Bei dem Versuch, Agnese zu retten, gerät Toma in einen Kampf mit Bischof Biagio. Während der Kampf tobt, entpuppt sich die Königin der Adria als ein Schiff, das Academy City vollständig zerstören kann.

Mikoto überredet Toma, mit ihr einen Handyvertrag für Paare abzuschließen, damit sie einen hübschen Werbeartikel bekommt, aber wie weit wollen die beiden gehen, bevor sie sich, nun ja, vielleicht ein bisschen zu nahe kommen.

Laura wird während ihres Bades mit einem vertraulichen Memo konfrontiert, Toma kauft Mikasa 10032 ein Schmuckstück und viele alte Feinde treffen bei der Suche nach Last Order aufeinander.

Accelerator versucht, seine Vergangenheit mit ein paar guten Taten wiedergutzumachen, wird aber von einer Gruppe angegriffen, die von jemandem aus seiner Vergangenheit angeführt wird. In der Zwischenzeit entdeckt Toma seltsame Vorgänge bei der Polizei und hört Gerüchte über einen Eindringling in Academy City.

Accelerator gelingt die Flucht vor Kihara, wobei er Index mitnimmt. An anderer Stelle sind Toma und Last Order auf der Flucht vor Hound Dog, aber die wahre Bedrohung für ihr Leben könnte von Vento ausgehen.

Als Accelerator herausfindet, wer die Fäden in Academy City zieht, ist kein Mensch und kein Gebäude, vor seinem Zorn sicher. Währenddessen macht sich Toma auf die Suche nach Last Order, aber er findet stattdessen einen Engel.

Wird sich Accelerator opfern, um Last Order zu retten? Ventos Vergangenheit wird enthüllt, Toma hält eine Rede, die sehr an Toma erinnert und Index singt ein Lied, während der Kampf in Academy City weitergeht.

Accelerator ist verletzt, aber selbst in diesem Zustand wird er von einer städtischen Organisation angesprochen, die ihn rekrutieren möchte. Als sich in Academy City Gerüchte über einen bevorstehenden Krieg verbreiten, beschließen die Schüler von Tomas Klasse, eine Feier zu veranstalten.

GROUP kommandiert Accelerator weiter herum, indem sie ihm den Auftrag erteilt, Misuzu zu töten, was dazu führt, dass Accelerator die Frau schützt, nur um die Organisation zu ärgern, als Skill Out angreift.