El dia de la graduació a l'Institut Beverly Hills ha començat amb un gran misteri. Tota la classe, amb la Sam, la Clover i l'Alex incloses, han perdut el coneixement i s'han tornat a despertar a l'escola. Ha estat només un somni, la graduació? O és que estan presoneres en una rèplica de l'escola? El misteri està servit...

La Sam, la Clover i l'Alex ja són a la Universitat de Malibú, una facultat preciosa amb vistes a l'oceà Pacífic. La Clover i l'Alex dormiran juntes. La Sam, en canvi, es trobarà amb una companya d'habitació ben peculiar. No dorm de nit, és molt competitiva i, sobretot, molt gelosa. Les sospites augmentaran amb la desaparició dels cervells de la facultat…

La Sam, la Clover i l'Alex s'han quedat sorpreses, però molt contentes, en saber que aquest any hi ha una assignatura nova que es diu "Introducció a l'espionatge". El professor fins i tot els farà fer un treball de camp: robar una arma secreta que té la capacitat d'inflar la Terra fins a fer-la explotar.

Avui en Jerry té una missió molt especial per a les Espies: transportar el criminal més perillós de tota la història a la presó l'alta seguretat de la WOOHP. En realitat, els nervis els passaran quan vegin la persona en qüestió: una velleta de més de 80 anys més dolça que la mel. En Jerry ja les ha avisat, que no s'hi poden confiar, però és que és una àvia tan innocent...

La Clover està més contenta que un gínjol! Ja és oficial: en Blaine és el seu nòvio! La seva vida personal va com una seda. A la feina, en canvi, comença a tenir problemes. A cada missió té la sensació que hi ha algú que la persegueix, i fins i tot l'ataca! Pot ser que li hagi tocat un altre nòvio dolent?!

Després de la mala experiència amb en Blaine, la Clover està a punt de viure una altra situació que encara la podria deixar més enfonsada. I és que resulta que ara la Sam i l'Alex no volen saber res d'ella. Després d'acusar-la de dues coses que no ha fet, comunicaran a en Jerry que ja no volen treballar més amb ella.

La Clover té molt clar que vol entrar a la Fi Èpsilon Fi, l'associació femenina del campus. La Sam i l'Alex, en canvi, no hi estan tan interessades. I menys quan saben que la Mandy i la Mindy també hi volen entrar. La Sam i l'Alex aviat començaran a notar els canvis en la seva companya: està més contenta que mai! Massa i tot! I això fa sospitar…

Avui en Jerry s'endurà les noies a París, a la filial europea de la WOOHP, situada a sota de la Torre Eiffel. La missió és a Bucarest, per investigar la desaparició d'una noia de l'equip romanès de gimnàstica. En arribar-hi, però, l'entrenador els explica que, tot plegat, ha estat una falsa alarma. Una pista del zoo de París podria tornar a activar la missió...

Aprofitant que la feina està de baixa, la Sam, la Clover i l'Alex han decidit anar-se'n de vacances a Itàlia. Aviat, però, es trobaran enmig d'una guerra entre uns germans pizzers. Després d'aconseguir que facin les paus, els germans duran a terme un pla encara més malèfic: fer-se els amos de la indústria pizzera i eliminar tota la competència!

L'última missió europea de les nostres heroïnes comença per les misterioses desaparicions de diversos crítics de moda. Després d'unes quantes investigacions, descobriran que la responsable n'és l'Yves Montblanc, el dissenyador de sabates francès, que ha creat les Mega Ema Be, unes sabates concebudes per arrasar literalment tot París!

La Sam, la Clover, l'Alex i la Britney no s'ho acaben de creure! S'han trobat un grup d'estudiants al campus fent els exercicis de combat oficials i supersecrets de la WOOHP! Segons la Mandy i la Mindy és l'última moda. Fins i tot n'hi ha un DVD! En Jerry es quedarà tan parat com les noies, que aviat en descobriran el responsable: el Mestre Mario!

La Clover, després d'intentar fer una reserva al que diuen que és el millor hotel submarí del món, s'ha quedat feta pols. Resulta que només hi accepten persones famoses! Molt sospitós, tot plegat. Les sospites creixen quan en Jerry informa les espies que el nivell de l'aigua arreu del món augmenta a un ritme molt preocupant. Hi deu tenir cap relació?

Després del descobriment d'una criatura semblant al ieti, en Jerry informa la Sam, la Clover i l'Alex que ha aparegut un ésser que fa estralls a la luxosa estació d'esquí de Chateau Saint Shee-shee, als Alps. Aviat s'adonaran que no són pas les úniques que investiguen el cas: en Martin treballa amb els casos paranormals més espectaculars del món.

Poc després de l'alliberament d'en Jazz Handz, el mim més malvat de tota la història, en Jerry informa les espies d'una sèrie d'atacs sorprenents que han afectat diversos restaurants de sushi. El descobriment de marques circulars, dents gegants i melamina per terra fa pensar que es podria tractar de pops gegants. Però, qui hi deu haver al darrere?

L'Alex i la Clover comencen a sospitar de les activitats secretes de la Sam, que segueix la pista d'en Jazz Handz. Desobeint les ordres d'en Jerry, seran testimonis de la trobada de la seva amiga amb el mim més malvat de la història i engegaran a rodar una missió altament confidencial. Per aturar en Jazz les espies han d'estar més unides que mai…

En Jazz Handz acaba d'inaugurar el Món del Mim, un parc temàtic dedicat exclusivament al mim. Ben mirat, no és cap delicte. Però les nostres heroïnes estan convençudes que, tot plegat, forma part d'un altre dels plans malèfic d'en Jazz. Aviat descobriran que la seva intenció és crear un exèrcit de mims invencible... reclutant el públic del parc!

Una sèrie d'atacs a estudiants de la Universitat de Malibú han fet saltar l'alarma a la WOOHP. En Jerry de seguida ha encarregat la missió a l'Alex, la Clover i la Sam, que aviat descobriran que totes les víctimes són atletes. L'agressor és una criatura amb urpes a les potes, bec punxegut i plomes blanques. Pot ser que es tracti de la mascota de la universitat de Riptide State?!

Després d'una actuació penosa de la Clover en una classe de teatre, l'estrany comportament d'en Virgil cridarà l'atenció de les Espies. A més d'anar vestit de cowboy, parla amb un accent desconegut! I no és pas l'únic! La Mandy es presentarà a classe vestida d'astronauta, i la Mindy, de minyona! A més, sembla que estiguin hipnotitzats! Tot un misteri!

En Virgil, després de veure les noies arribar a la universitat vestides d'espies, ha descobert que l'Alex no és una noia qualsevol. Ara té més clar que mai que la manera d'impressionar-la és convertint-se en un superheroi: l'Home Megamusculat! Com s'ho farà? Fent servir una poció increïble, però amb uns efectes secundaris desastrosos!

L'Alex i la Sam encara no s'ho poden creure. I és que aquest any el premi a l'agent més SuperWOOHP ha estat per a la Clover per haver detingut el senyor Midó. A partir d'ara tindrà accés exclusiu a la limusina voladora, una ajudanta-robot i un despatx al costat d'en Jerry! Aviat, però, li pujaran els fums al cap i començaran els problemes de debò...

Després de passar tot el dia de compres al centre comercial The Groove i d'adonar-se que hi passen coses força estranyes, les noies es trobaran atrapades per un camp de força invisible que els impedirà sortir del recinte. Els atacs dels androides només seran un entrenament per a una missió molt especial: detenir el temible Tecnobot de Tòquio!

En plena febre de vacances de Nadal, i en plena festa de la universitat, en Jerry ha enviat les espies de missió. Avui els toca investigar un objecte volador no identificat que sobrevola Beverly Hills. De seguida s'adonaran que no es tracta d'un OVNI. Només és un globus sonda, que d'entrada sembla inofensiu... Però només d'entrada...

Després d'unes quantes investigacions, les espies han descobert que els fenòmens tan estranys que estan deixant Beverly Hills fet un fàstic podrien tenir relació amb una empresa anomenada Malalts de la Neteja. Els tornados d'escombraries i les inundacions de fang podrien acabar afectant el medi ambient.

En Jerry treballa en un invent que, si funcionés, invertiria el gen del mal, i el crim i la delinqüència passarien a ser cosa del passat. Aviat, però, i després d'un petit accident, en Jerry vendrà la WOOHP a una companyia i comunicarà a la Sam, la Clover i l'Alex que deixen de ser espies de veritat. L'onada de delinqüència més gran de la història està a punt de començar...

Beverly Hills s'ha convertit en una ciutat caòtica, amb una activitat criminal sense precedents. La Sam, la Clover i l'Alex han de localitzar en Jerry abans que sigui massa tard. A més, han d'estar preparades per a la gran notícia que els espera: el destí del món sencer és a les seves mans... I a les de la mare d'en Jerry!