Dans le parc du pensionnat Spalding, des collégiens boivent de la bière et fument. Andy Deaver, 17 ans, participe timidement à cette petite fête à laquelle l'arrivée intempestive du proviseur met fin. Ce même soir, Andy appelle ses parents avant de quitter l'internat. Mais il n'arrivera jamais chez lui. Sa voiture est découverte sur une route, un pneu crevé. Malone éprouve d'emblée quelque défiance envers le proviseur, Graham Spalding. Cet ancien vétérinaire, divorcé sans enfants, a succédé à son père qui avait créé l'Académie Spalding. Il est mis sous surveillance. L'équipe apprend bientôt qu'il avait déposé une demande de permis pour construire une pièce attenante à sa maison. Là, Taylor découvre en sous-sol un laboratoire photo : les tirages sont des portraits d'élèves et des images pédophiles. Mais le juge refuse d'intervenir car l'équipe n'avait pas de mandat de perquisition...

Le Dr Samir Anwar a quitté l'hôpital au cours d'une garde, et n'a pas réapparu depuis. En troisième année d'internat, il était très apprécié par les patients et ses supérieurs. Ses origines saoudiennes éveillent les soupçons des enquêteurs qui envisagent, d'emblée, la piste terroriste. Selon un témoignage, Samir a eu, le jour de sa disparition, une altercation avec son médecin-chef, qui lui refusait une lettre de recommandation pour le Centre d’épistémologie. De plus, quatre fioles contenant un virus mortel ont été dérobées durant l'un de ses stages, dans un laboratoire de biotechnologie. Serait-il un agent dormant ? L'équipe de Jack examine sa vie privée. Excepté sa petite amie américaine, il n'a aucun lien dans le pays. Mais la caméra d'un distributeur de billets l'a filmé en compagnie d'un homme, récemment renvoyé de l'hôpital pour vol...

Journaliste à Canal 6 Infos, Delia Rivers enquête sur les malversations de Freddy Cattan, un patron véreux de boîte de nuit lié à la mafia. Grâce à l'une de ses sources, elle découvre que le malfrat est impliqué dans un homicide : le reportage fait l'effet d'une bombe ! Après la diffusion du sujet, Delia tente de joindre son ami Jack Malone à qui elle désire demander un conseil professionnel. Puis, elle salue sa productrice et s'engouffre dans l'ascenseur de la rédaction. Delia est, depuis lors, introuvable... Jack et son équipe se saisissent de l'affaire. Tandis que Samantha traque le mystérieux informateur, Jack découvre que la disparue planchait sur un sujet très polémique relatif à la peine de mort...

Graham Spalding, un proviseur de lycée, est accusé d'avoir abusé sexuellement d'Andy Deaver, l'un de ses étudiants. Jack Malone et Martin Fitzgerald, qui contribuèrent à son arrestation, assistent à son procès... Pendant ce temps, au siège du FBI, Vivian apprend que le corps d'une jeune femme, vêtue d'un sweat-shirt rouge des New-York Giants, vient d'être découvert à quelques kilomètres de Manhattan. Il s'agit peut-être de Carry Wilkins, disparue cinq mois plus tôt... Jason Farell, un représentant de l'Office de responsabilité professionnelle, débarque dans les locaux. Il informe les inspecteurs que Washington vient d'ouvrir une enquête sur l'affaire Samir Anwar...

L'équipe recherche Aaron Gibbs, un homme traumatisé et ruiné par le passage de l'ouragan Katrina sur sa propriété. Sherise, son épouse, raconte aux enquêteurs qu'elle a vu Aaron pour la dernière fois, la veille, lorsqu'il a quitté leur chambre de motel. Aaron prétendait avoir retrouvé un job temporaire dans le New Jersey après son éviction de l'entreprise de construction de son cousin. Mais les enquêteurs apprennent qu'Aaron a menti sur toute la ligne et commencent à envisager tous les scénarios possibles.

L'équipe recherche Neil Rawlings, un contrôleur aérien modèle, qui avait fait preuve de distraction ces derniers temps. En fouillant un peu plus profondément, il s'avère que Neil subissait les menaces d'un pilote originaire du Moyen-Orient.