En été 1983, Keiichi Maebara déménage à la montagne à Hinamizawa où il découvre l'histoire morbide de ce village.

Après avoir découvert une histoire de meurtre associée au projet de construction du barrage, Keiichi essaie de profiter malgré tout du festival annuel du village.

Keiichi apprend la disparition du frère de Satoko. D'une manière ou d'une autre, ses amies semblent toutes liées aux victimes des morts annuelles.

Le comportement effrayant de Rena alarme Keiichi. Le jour suivant, Mion dit quelque chose d'étrange à Keiichi alors qu'il s'entraîne à manier sa batte de baseball.

Les membres du club participent à une compétition dans un magasin de jouets, mais Mion part tôt pour aller travailler. Keiichi voit quelqu'un d'inattendu au restaurant.

Tomitake aide Keiichi à pénétrer dans la remise du lieu saint après avoir parlé des étranges morts liées au projet de barrage d'Hinamizawa.

Lorsque le chef du village disparaît, Keiichi parle de la remise à Rika. Il reçoit ensuite un appel de Shion, la sœur de Mion.

Le bulletin d'informations de la ville appuie la théorie de Rena au sujet de la disparition de Satoko et de Rika. Keiichi se rend chez Mion pour présenter ses excuses.

Alors que Satoko et Rika le sauvent d'une malheureuse tentative de cuisine, Keiichi découvre ce qui est arrivé au frère aîné de Satoko.

La visite du détective Oishi à l'école et ses questions au sujet de Satoko mettent Keiichi mal à l'aise. Le Dr Irie révèle le passé mouvementé de Satoko.

Une crise de nerfs de Satoko en classe inquiète les membres du club. Keiichi prend une décision pour l'aider à ne pas perdre la tête.

Takano emmène Keiichi en voiture et lui donne des conseils glaçants. Les camarades de classe de Keiichi affirment qu'il se trouvait au festival la nuit du meurtre.

En essayant de vérifier si le meurtre a bien eu lieu, Keiichi trouve Satoko à demi-inconsciente dans la baignoire et se précipite à la clinique du Dr Irie.

En juin 1978, le petit-fils du ministre de la construction est enlevé. Avec l'aide d'Oishi, l'inspecteur Akasaka se rend à Hinamizawa pour enquêter.

Akasaka et Oishi retrouvent la victime de l'enlèvement. Le projet de barrage est suspendu et les manifestations cessent, mais la situation est loin d'être bonne.

En 1982, Shion s'enfuit du pensionnat pour revenir à Hinamizawa. Un jour, un garçon vient à sa rescousse face à un groupe de voyous en colère.

Satoshi demande à Mion d'emmener Satoko au festival pour l'éloigner de son oncle et de sa tante. Le soir du festival, sa tante est tuée.

Satoshi disparaît malgré les efforts de Shion pour l'épargner. Shion exige de Mion qu'elle dise la vérité mais cette dernière nie toute implication de leur famille.

Shion prend des mesures drastiques pour faire la lumière et obtenir justice pour Satoshi, mais la situation ne fait qu'empirer.

Alors qu'elle se lance dans une quête de vengeance en solitaire, Shion interroge le chef du village au sujet de Satoshi et découvre qui se cache derrière sa disparition.

Satoko s'efforce de faire face aux horreurs qui se déroulent dans la salle de torture maculée de sang, mais le déchaînement de folie a déjà commencé.

Les membres du club font une bataille de pistolets à eau. Rena continue d'agir normalement mais quelque chose l'inquiète en secret lors de la punition après le jeu.

Rena découvre qu'une femme appelée Rina veut escroquer son père pour lui voler son argent. Lorsque Rina parle de mariage avec son père, Rena voit rouge.

Tomitake meurt et Takano disparaît. Rena trouve de possibles explications dans les notes de recherche de Takano sur la légende du village.

Rena se cache après avoir dit la vérité à Oishi au sujet de la série de morts. Keiichi essaie d'empêcher Rena d'agir seule.

Rena se rend à l'école où elle prend en otage ses camarades de classe avant de menacer de faire tout exploser si la police n'arrive pas à découvrir la vérité d'ici 19 h.

Afin de trouver des réponses, le détective Mamoru Akasaka visite les ruines du village d'Hinamizawa 20 ans après la mort mystérieuse de ses habitants.

Retour en juin 1983. Rika et Satoko arrivent tôt à l'école pour une journée riche en blagues, jeux et espièglerie avec Keiichi pour cible.

D'étranges tensions voient le jour parmi les villageois avant le festival de Watanagashi. Satoko demande à Keiichi de prendre le poste de batteur à son match de baseball.

Alors que la plupart des membres du club profite du festival, Rika ne peut pas s'empêcher de penser à ce qui doit se produire selon ses prémonitions.

Le terrible jour arrive, et Rika cache Satoko dans le grenier avant la catastrophe. Satoko sort mais tombe dans une rivière par accident, ce qui la sauve.

Dans un nouveau village Minamizawa, Rika décide de faire de son mieux pour empêcher ses amis de faire à nouveau les mêmes erreurs, mais les choses s'annoncent difficiles.

Après avoir remarqué que ses amis avaient quelques souvenirs des cycles précédents, Rika espère que l'issue sera différente cette fois-ci.

De retour, Teppei, l'oncle de Satoko, continue de la maltraiter. Rika et les autres font de leur mieux pour la sortir d'une terrible situation.

Alors que le combat pour sauver Satoko se poursuit, Keiichi mobilise de nombreux villageois pour continuer de faire appel au gouvernement à son sujet.

Keiichi décide d'assister à un conseil du village pour le mobiliser à la cause de Satoko, mais le jeune homme continue de recevoir des incitations à l'abandon.

Alors que son violent oncle se tient tout près d'elle, Satoko reçoit un appel des services de protection de l'enfance à qui elle hésite à demander l'aide.

Cet arc continue avec son lot de révélations sur la mort et l'identité de Takano et Tomitake, le véritable objectif de la clinique Irie et plus encore.

La nuit tragique se produit à nouveau. Cette fois-ci, Rika et ses amis sont mieux préparés face aux mystérieux hommes qui ont perdu de leur mystère.

Une série de flash-backs révèle que le Dr Takano a sorti Takano de l'orphelinat et l'a prise sous son aile et que sa recherche sur des parasites du cerveau la fascinait.

Plus d'éléments du passé de Takano sont dévoilés, y compris sa rencontre avec le Dr Takano qu'elle a aidé et ses études studieuses pour poursuivre sa recherche.

Les événements du barrage dont il est souvent fait allusion sont révélés ainsi que comment la clinique Irie s'est procurée un spécimen pour une recherche très spéciale.

Satoko reste gravement atteinte du syndrome d'Hinamizawa. Rika découvre qu'elle pourrait détenir la clé d'un remède et se porte volontaire pour faire l'objet d'une étude.

Les origines du club sont révélées et les personnages principaux se rassemblent. Satoshi fait mine de ne pas s'inquiéter pour sa sœur mais montre des signes de paranoïa.

Hanyu se présente au village où elle intègre l'école et rejoint le club avec pour intention d'aider les autres.

Avec l'aide d'Oishi, Rika recrute le Dr Irie et Tomitake pour rassembler des informations sur Takano et est confortée par l'enthousiasme de ses amis.

Le plan de Takano est contrarié par la "mort" de Rika soigneusement simulée par une grande coalition de personnages.

Sous les ordres de Takano, les Yamainu se lancent à la poursuite de Tomitake et du Dr Irie et parviennent à glaner d'importantes informations.

Alors qu'elle interroge Tomitake, Takano reçoit des nouvelles de Rika. Elle décide alors de se mobiliser sur le front afin d'assurer le succès de son opération.

Akasaka et Tomitake s'enfuient et font appel à l'unité de combat d'élite Banken pour les aider. Takano et le club se retrouvent au cours d'un affrontement final.