Nachdem die Enterprise einen sonderbaren Jungen an Bord genommen hat, geschehen merkwürdige Dinge mit der Besatzung. Die Enterprise trifft sich mit dem Transportschiff Antares, weil es der Enterprise-Crew einen Passagier übergeben will.

Die Enterprise soll den Untergang des sterbenden Planeten Psi 2000 beobachten. Als Mr. Spock und Joe Tormolen von dem Planeten zurückkehren, breitet sich eine seltsame Krankheit an Bord aus. Selbst Mr. Spock ist von dem unbekannten Virus befallen.

Captain Kirk rettet den Kriminellen Harry Mudd, der mit seinem Raumschiff in Schwierigkeiten geraten ist. Mudd will drei hübsche Frauen an die Bergleute auf Rigel 12 verkaufen. Dort gibt es die Lithium-Kristalle, die die Enterprise für ihr Haupttriebwerk dringend braucht.

Ein würfelförmiges Raumschiff attackiert die Enterprise. Captain Kirk bleibt nichts anderes übrig, als es zu zerstören. Doch damit ist die Gefahr nicht gebannt, denn Spock vermutet, dass das Schiff nur eine Sonde war. Tatsächlich nähert sich bereits ein weiteres gigantisches Raumschiff, dem die Enterprise hilflos unterlegen ist. Der Angreifer fordert die Crew zur Kapitulation auf. Die Lage erscheint aussichtlos, doch Captain Kirk ersinnt einen Bluff.

Spock steht wegen der Entführung der Enterprise vor Gericht. Der Film, den er über Pikes Landung mit der Enterprise auf Talos IV zeigt, soll sein Verhalten aufklären. Damals geriet der frühere Captain der Enterprise in die Gewalt der Talosianer und ihrer Geisteskräfte.

Der Direktor einer Theatertruppe wird verdächtigt, der ehemalige Tyrann Kodos zu sein. Doch alle Zeugen, die ihn enttarnen könnten, werden umgebracht. Als letzter überlebender Zeuge gerät nun auch Kirk in Lebensgefahr.

Ein Notruf erreicht die Enterprise. Mehrere irdische Außenposten werden von Romulanern angegriffen. Seit dem Krieg zwischen Erde und Romulus vor über 100 Jahren hat niemand mehr einen Romulaner gesehen. Kirk muß feststellen, dass der romulanische Captain spitze Ohren hat.

Eine Raumfähre der Enterprise muß auf einem unwirtlichen Planeten notlanden. Die Fähre kann nicht geortet werden, und die Enterprise muß dringend ihre Mission fortsetzen. Spock, der das Kommando auf der Fähre hat, macht sich mit seinen Befehlen bei der Crew äußerst unbeliebt.

Die Enterprise verfolgt ein feindliches Schiff. Plötzlich geraten beide Schiffe in den Einfluß einer fremden Macht, den Metronen. Sie beschuldigen beide Crews der Gewalt. Kirk soll in einem Duell auf Leben und Tod das Überleben seiner Mannschaft erkämpfen.

Die Enterprise befindet sich im Orbit von Beta III. Als Kirk mit einem Team herunterbeamt, scheint der Planet friedlich. Bald jedoch bricht Chaos aus. Die Enterprise wird mit Hitzestrahlen angegriffen.

Kirk nimmt eine Gruppe von Menschen an Bord der Enterprise auf, die seit über 100 Jahren im Tiefschlaf durch das All treiben. Die Gäste entpuppen sich als genetisch veränderte Menschen. Ihr Führer Khan möchte alle "minderwertigen Kreaturen" unterwerfen.

Vor drei Jahren landeten 150 Siedler auf dem Planeten Omicron Ceti III. Ihre Überlebenschancen waren gering. Umso überraschter ist Captain Kirk, eine blühende Kolonie auf dem Planeten vorzufinden. Doch das scheinbare Paradies hat auch seine Schattenseiten.

In einem Bergwerk auf Janus 6 kommen immer wieder Minenarbeiter ums Leben. Bei den Ermittlungen stoßen Kirk, McCoy und Spock auf Tausende von Siliziumknollen und ein quallenartiges Wesen, das sie verteidigt.

Die Enterprise entdeckt einen unbekannten Planeten. Bei dessen Erforschung wird das Schiff von magnetischen Kräften erfasst. Auf dem Planeten finden Kirk und Spock einen Mann namens Lazarus. Dieser behauptet, von einem Mörder verfolgt zu werden.

Der Planet Deneva hat den Kontakt zur Erde abgebrochen. Kirk ist besorgt, da sein Bruder auf Deneva lebt. Als Kirk auf den Planeten beamt, wird sein Team angegriffen. Spock wird von einem seltsamen Wesen verwundet. Er verliert die Kontrolle über sich.