Durante una visita a una colonia de la Tierra, el Doctor McCoy se encuentra con una antigua novia. A pesar de seguir tan atractiva como hace años, la mujer guarda un secreto terrorífico.

El Enterprise recoge a un niño de 17 años, Charles Evans, que ha sido criado por seres alienígenas. La tripulación pronto descubrirá que Charlie cuenta con unos extraordinarios poderes que pueden ser muy peligrosos en manos de una persona de tan corta edad.

Un extraño virus provoca que la tripulación del Enterprise se comporte de un modo extraño, perdiendo todo tipo de vergüenza y comportándose de una forma cada vez más desinhibida. En esta situación, el Enterprise pierde la órbita y va siendo atraído por la gravedad de un planeta.

Una avería en el transportador provoca que el Capitán Kirk se materialice como dos personas diferentes. Una extremadamente malvada y la otra totalmente opuesta. Pronto descubrirán que la dependencia entre uno y otro es mayor de lo que podían imaginar.

El Enterprise rescata a la tripulación de una nave que se encuentra en el interior de un campo de asteroides. Al frente de esta tripulación se encuentra Harry Mudd, uno de los mayores timadores de la galaxia, que, acompañado de tres bellas mujeres, causará grandes problemas al Capitán Kirk.

La tripulación del Enterprise encuentra al Doctor Korby, que está trabajando en un extraño proyecto. Pronto descubrirán que se trata de crear androides idénticos a una persona y capaces de sustituirla, y empieza por el Capitán Kirk.

El Enterprise encuentra un planeta que está habitado solamente por niños. El equipo de salida contrae un extraño virus que mata a los adultos pero que no afecta a los niños.

Kirk descubre que un loco que ha escapado de la Colonia Penal Tántalus es en realidad uno de los miembros del personal psiquiátrico. Este hecho tan extraño le lleva a investigar y descubre que allí se están haciendo una serie de experimentos para controlar la mente.

El Enterprise se enfrenta a una poderosa nave alienígena. Ante la superioridad armamentística del enemigo, Kirk decide inventar que lleva una poderosa arma que destruiría ambas naves como único argumento para sobrevivir.

Kirk, Spock y McCoy visitan al antiguo Capitán Christopher Pike, que estuvo al mando del Enterprise y que se encuentra paralítico y deformado. Tras su encuentro, Spock secuestra el Enterprise para llevarlo a un extraño planeta y se entrega después.

Kirk está persiguiendo a un conocido asesino en serie, tras haber sido contactado por una persona que asegura haber sido testigo de sus crímenes. Sospecha que puede estar camuflado en un grupo de actores de teatro.

El Enterprise se enfrenta a una nave romulana. Esta raza no ha sido nunca antes vista con anterioridad y su asombroso parecido con los vulcanianos hace que la tripulación empiece a tener sospechas de Spock.

La lanzadera Galileo siete sufre un aterrizaje forzoso en un planeta habitado por unos seres hostiles. Todo intento de comunicarse con el Enterprise para huir se ve frustrado.

El Enterprise encuentra un planeta desconocido en el que habita un ser todo poderoso con grandes poderes psicológicos.

El Enterprise viaja en el tiempo hasta la Tierra del Siglo XX, donde rescatan a un piloto de un avión de combate. Pronto surge el problema de cómo hacer regresar a esta persona sin alterar el futuro del planeta.

Kirk se enfrenta a un Consejo de Guerra, acusado de una negligencia que ha matado a un miembro de su tripulación. Cuando descubre que uno de los miembros del Tribunal es una antigua amante, Kirk teme por el futuro de su carrera, que parece estar acabada.

Durante la visita al planeta Beta III, Kirk y su tripulación descubren una sociedad aparentemente seria hasta la llegada de lo que denominan la Hora Roja.

El Enterprise encuentra a la deriva a la nave SS Bahía Botánica que transporta en estado de hibernación a hombres tratados genéticamente que pertenecen al siglo XX. El líder de esta tripulación es el malvado Khan.

Durante años, los planetas Eminiar VIII y Vendikar han sufrido una extraña guerra en la que los ordenadores deciden las personas que deben presentarse para ser ejecutadas como víctimas de guerra. Pronto los miembros de la tripulación del Enterprise serán seleccionados como víctimas.

Unos colonos han estado sobreviviendo durante años a una radiación mortal gracias a unas esporas del planeta en el que habitan. La tripulación de Kirk pronto descubre que esas esporas tienen otros efectos mucho más preocupantes.

Kirk y Spock investigan la muerte de varios mineros en el planeta Janus VI. Pronto descubren una extraña criatura que parece ser la causante de esas muertes y gracias a la fusión mental de Spock descubren el motivo que ha llevado a la criatura a matar.

Kirk y Spock se ofrecen para proteger a los habitantes de un planeta que se encuentra entre los límites de la Federación y el Imperio Klingon. Con lo que no cuentan es con la respuesta de una raza llamada Organianos.

El Enterprise contacta con un hombre llamado Lazarus que parece tener una doble personalidad que hace que su comportamiento por momentos parezca el de dos personas diferentes y opuestas.

McCoy se interna en un portal temporal que le lleva a la Tierra del Siglo XX. Conscientes de que las acciones del Doctor pueden cambiar el futuro, Kirk y Spock deciden ir en su búsqueda para traerle de regreso.

McCoy está tratando de ayudar a los habitantes de un planeta que sufre una inexplicable epidemia de locura. Durante el transcurso de los experimentos para tratar de encontrar una vacuna, el Doctor provoca la ceguera de Spock, sin saber cuál ha sido la causa.

Spock tiene que regresar rápidamente a su planeta al sufrir el Pon farr, un síndrome que provoca la necesidad de apareamiento en los vulcanianos cada siete años. Kirk se verá involucrado en Vulcano en un ritual que le enfrentará en una lucha a muerte con su primer oficial.

Ante su incredulidad, Kirk y su tripulación se encuentran en el planeta Polux IV con el Dios griego Apolo, que no duda en secuestrarles y que pretende que se queden con él hasta la eternidad. Kirk tendrá que diseñar un plan para poder escapar de la amenaza.

Kirk busca la forma de desactivar una poderosa máquina que ya ha destruido gran cantidad de planetas y que ahora está atacando a su tripulación. La máquina cree que Kirk es su creador y éste intentará utilizar este hecho como ventaja en la desactivación del engendro mecánico.

Por una avería del transportador, Kirk, Spock, McCoy y Uhura se encuentran en un universo alternativo en el que todo es diferente y en el que reina el mal. La sorpresa será enorme cuando se enfrenten a sus propios homólogos en forma de malvados villanos y tengan que buscar la forma de volver a su propia realidad.

La tripulación del Enterprise visita el planeta Gamma Trianguli VI, habitado por unos humanoides de aspecto siempre joven. Pronto descubren que el propio planeta parece intentar asesinarles a través de una especie de Dios artificial.

El comodoro Matt Decker es el único superviviente de un enfrentamiento contra una poderosa nave-máquina que ha destruido varios planetas de la galaxia: la máquina del Juicio Final. Abusando de su rango, Decker quiere vengar su nave, utilizando el Enterprise como arma contra el poderoso enemigo.

Unos extraños alienígenas se divierten con la tripulación del Enterprise y convierten a Scotty y Sulu en una especie de zombis. Kirk tratará de encontrar la forma de liberar a la nave y a su tripulación.

Harry Mudd se encuentra atrapado en un planeta en el que unas hermosas androides femeninas le tienen secuestrado. Como plan para escapar, decide atraer al Enterprise para que su tripulación pueda sustituirle y así marcharse.

Kirk viaja en una lanzadera transportando a Nancy Hedford, una diplomática en la última fase de una enfermedad llamada Sakuro. La lanzadera es desviada por alguien a un planeta donde está Zefram Cochrane, el descubridor de la velocidad warp.

El Enterprise transporta a varios embajadores que van a participar en una conferencia. Durante el trayecto el embajador telarita es asesinado y todas las pruebas apuntan a que el causante de su muerte ha sido el embajador de Vulcano, Sarek, el padre de Spock.

Durante las negociaciones de la Federación con una colonia minera, un klingon convence a un grupo de mineros para que asesinen a su jefe y tomen el poder. Kirk tendrá que proteger a su esposa y a su futuro hijo de la rebelión.

La tripulación del Enterprise encuentra a los habitantes de la colonia Gamma Hidra IV muriendo a causa de una vejez anticipada y acelerada. Cuando regresan a la nave descubren que todos los tripulantes están sufriendo el mismo proceso de envejecimiento salvo uno, Pavel Chekov.

Kirk vuelve a encontrarse de nuevo con un ser que obtiene los glóbulos rojos de la tripulación causando su muerte. Para evitar caer en el mismo error que la anterior vez en la que se enfrentó con un ser similar, Kirk decide que la única solución es eliminar a la criatura.

Scotty está disfrutando de un permiso en un local argeliano con una hermosa bailarina. Pronto la bailarina aparece asesinada y todas las pruebas conducen a que el autor del crimen ha sido el propio Scotty. Así comenzará una difícil lucha para demostrar su inocencia.

Durante una misión de escolta de un cargamento a una estación espacial, Kirk descubre un plan de los Klingon contra la Federación ayudándose de unos diminutos seres peludos que se reproducen continuamente, los tribbles.

Kirk, Uhura y Chekov son obligados a luchar como gladiadores en el planeta Triskelion. Como única opción de liberación, Kirk se verá obligado a apostar el Enterprise para tratar de escapar de semejante infierno.

Los habitantes de un extraño planeta han reconstruido su sociedad basándola en las bandas de la ciudad de Chicago en la segunda década del Siglo XX. Con el fin de obtener su cooperación, Kirk se ve obligado a asumir el papel de líder de la mafia.

El Enterprise descubre que toda la vida existente en un sistema solar ha sido aniquilada por una extraña criatura similar a una ameba. Kirk y su tripulación tendrán que buscar la forma de salvar sus vidas y la de los millones de seres que habitan sistemas solares cercanos.

La tripulación del Enterprise descubre una primitiva civilización que sorprendentemente ha desarrollado rápidamente la capacidad de armarse. Durante su investigación Kirk resulta herido y es curado por una mujer cuya mayor obsesión es hacerse con el armamento de la Federación.

Durante una inspección a un planeta que parece estar deshabitado, una patrulla del Enterprise descubre tres seres incorpóreos de gran inteligencia que les piden temporalmente el cuerpo de tres tripulantes.

El historiador John Gill parece haber violado la primera Directriz que implica no involucrarse en culturas no desarrolladas lo suficientemente, al haber introducido en una raza llamada ekosianos la ideología nazi. Kirk decide descubrir qué es lo que ha ocurrido, simulando ser un oficial nazi.

El Enterprise cae en una trampa al acudir a una llamada de socorro falsa. Cinco Kelvanos secuestran la nave con el fin de realizar un viaje que durará 300 años para regresar a su planeta, situado en la galaxia de Andrómeda.

La tripulación del Enterprise se encuentra con la tripulación fallecida del USS Exeter a causa de un virus desconocido. En un planeta cercano existe la cura y allí encuentran al capitán del Exeter que no ha dudado en violar la primera directriz con tal de salvarse.

La Federación está investigando una potente máquina que puede llegar a sustituir a los capitanes de las naves estelares. Durante unas prácticas, la máquina, instalada en el Enterprise, no funciona correctamente y destruye a varias naves de la Federación. Recuperar el control no va a ser tarea fácil.

El Enterprise se encuentra con la USS Beagle, que lleva desaparecida varios años. La tripulación de la Beagle se ha refugiado en un planeta en el que han fundado una sociedad similar a la antigua civilización romana de la Tierra y en la que el antiguo Capitán ha sido nombrado Emperador.

El Enterprise ha sido enviado a una misión al año 1968. En Nueva York, Kirk y Spock descubren a un tal Gary Seven que dice haber sido criado y entrenado por extraterrestres con el fin de impedir la destrucción de la humanidad.

Una hermosa alienígena roba el cerebro de Spock dejando inconsciente a toda la tripulación del Enterprise. Comenzará una angustiosa cuenta atrás para recuperar el cerebro y evitar su muerte.

El Enterprise se dirige a la zona neutral donde es emboscado por dos naves romulanas. Kirk se verá obligado a demostrar todo su ingenio con la complicidad de Spock para poder salir de una situación tan complicada.

Un gran asteroide está a punto de chocar contra un planeta y la nave Enterprise acude en su ayuda. Intentando detener el choque, el capitán Kirk sufre un accidente que le borra la memoria y esto provoca que el impacto no vaya a poder ser evitado.

Los adultos de la colonia situada en Triacus han fallecido mientras que los niños se encuentran en perfecto estado. La tripulación descubre que los niños están siendo manipulados por una extraña fuerza que busca un objetivo.

El Enterprise transporta a tres peculiares pasajeros. Uno de ellos provoca que la nave estelar sea desplazada a los límites de la galaxia dificultando su retorno.

El Enterprise establece contacto con el planeta Melkotian a pesar de sus advertencias para que se alejen. A la tripulación se le acusa de intrusa y se les castiga con una simulación del Oeste Americano que podría conducirles a una muerte segura.

Un comandante klingon reclama el Enterprise como botín de guerra por los daños causados a su nave. Durante la disputa, un alienígena se aprovecha para atacar por igual a klingon y humanos.

Kirk descubre que McCoy sufre una extraña enfermedad terminal y se ve obligado a investigar un asteroide que resulta ser una nave espacial tripulada por humanoides. McCoy se enamora de la dirigente de este grupo de seres.

El Enterprise se encuentra con el USS Defiant con toda su tripulación muerta y oscilando entre dos universos. Kirk se ve atrapado en este proceso y unas naves enemigas aprovechan el momento para intentar capturar al Enterprise.

McCoy acude a ayudar a un Platoniano enfermo. Tras conseguir curarle, esta raza decide que es una persona demasiado valiosa como para que se marche y los extraordinarios poderes psicológicos de estos seres dificultarán su regreso al Enterprise.

La tripulación del Enterprise descubre una ciudad desierta en el planeta Scalos. Pronto descubren que todo el que bebe algún tipo de líquido allí desaparece sin dejar rastro, tratándose de una trampa para poder secuestrarlos.

Kirk, Spock y McCoy se encuentran atrapados en un planeta a causa de una tormenta. Allí conocen a una alienígena con poderosos poderes curativos. Sin embargo, son capturados por una raza que les provoca horribles torturas que podrían llevarles a la muerte.

El Enterprise lleva a una pasajera a una boda que favorecerá la paz entre dos planetas en guerra. Amenazados por los Klingon, se ven obligados a realizar el viaje con las comunicaciones desconectadas. Pero el comportamiento de la ilustre pasajera no es el ideal.

El Enterprise llega a un planeta en el que se encuentra situado un hospital de alta seguridad para asesinos psicópatas. La sorpresa será mayúscula al descubrir que el hospital es controlado por un peligroso interno con la capacidad de poder cambiar de forma.

El Enterprise acaba de rescatar a Lokai, un extraterrestre que tiene la mitad del rostro negro y la otra mitad blanco. Pronto contacta con ellos Bele, un extraterrestre similar a Lokai pero con los colores inversos y que denuncia que Lokai es un traidor.

Kirk se transporta al planeta Gídeon pensando que se trata de un lugar idílico. Sin embargo, al llegar allí se encuentra con un planeta superpoblado en el que se están asesinando a grandes cantidades de habitantes y además descubre que ha perdido repentinamente la memoria.

Un planeta ha desarrollado un medio ambiente habitable en menos de 10000 años. El Enterprise acude a investigar el fenómeno y allí son atacados por un ser capaz de matar con un solo roce.

La Memoria Alfa ha sido diseñada para almacenar todo el conocimiento científico y cultural de todos los planetas que forman la Federación. De repente sufre un ataque de una especie de tormenta que destruye toda la vida del planeta y que pretende hacer lo mismo con la tripulación del Enterprise.

Kirk está buscando un antídoto contra la fiebre rigeliana. Durante la búsqueda conoce a un hombre llamado Flint y a una mujer llamada Rayna. Aunque Flint parece poder ayudar en la búsqueda del antídoto, su comportamiento pronto empieza a cambiar al no estar muy conforme con el comportamiento de Rayna y Kirk.

El Enterprise persigue a una nave que ha sido robada. Durante la persecución la nave perseguida explota, siendo transportada su tripulación antes de la explosión a bordo del Enterprise. Su líder es un demente portador de una extraña enfermedad.

El Enterprise visita el planeta Ardana, habitado por dos sociedades de la que una es esclava de la otra. Kirk descubre que ambas sociedades son una misma raza y decide que es el momento de que la situación en la que se encuentran finalice.

Durante la inspección de un planeta aparentemente deshabitado, Kirk y Spock se encuentran con un hombre que dice ser Abraham Lincoln y que les presenta a otros famosos personajes históricos. Kirk y Spock se dan cuenta que se trata de un truco cuya única finalidad es que peleen entre ellos.

El sol del planeta Sarpeidón está a punto de estallar. Cuando el Enterprise acude al rescate de la población, se encuentran con que el planeta está desértico. Sus habitantes han utilizado una máquina del tiempo para viajar al pasado y escapar de la amenaza. Kirk, Spock y McCoy no dudan en utilizar la máquina para ir en su búsqueda.

Durante un proceso de fusión mental y física para tratar de salvar a una mujer de un envenenamiento por radiación, Kirk intercambia su personalidad con la de Janice Lester dejando a Kirk con el cuerpo de Janice y a ésta con la posibilidad de disponer del cuerpo de Kirk.