惑星M113に住む考古学者のクレイター夫妻に定期健康診断を実施するため、カーク、ドクター・マッコイらはM113に降り立つ。クレイターの妻ナンシーは、10年前マッコイの恋人だった女性だった。やがて同行した部下が死亡する事件が起き、死因を調べさせると、体中の塩分が一切なくなっている。クレイター博士が事件に関係ありと感じたカークは……。

エンタープライズ号は17才の少年、ピーター・エバンスアルファ第5植民星へ運ぶことになった。ピーターは14年前、3才の時に宇宙船遭難事故で唯一人生き残り、以後セイサス星で奇跡的に成長した話題の少年だった。一見したところ、傷つきやすい思春期の一般の少年と変わりなかったが、実はピーターは恐るべき超能力を持っていた。

エンタープライズは、惑星サイ2000に接近。科学班を収容する任務を与えられた。ところが、科学班収容のために惑星に降りて来たジョーが不思議な病気を持ち帰り、それが船内に急速に広がり始めた。この病気にかかると患者はまるでアルコールか薬に酔っ払ったように自制心をなくしてしまうのだ。

エンタープライズ号は、惑星アルファ117で鉱石の標本を採集していたが、上院班員の1人が黄色い鉱石で傷を負い、船に収容される。この時、黄色い鉱石の影響を受けたためか、転送装置が故障してしまい、この結果、驚くべき事件が持ち上がった。続いて収容されたカークのすぐあとに、再びカークが転送されて来たのだ。

エンタープライズ号は、正体不明の小型宇宙船を追跡するが、相手が遭難したためその乗組員を救助する。乗組員とは、男は船長1人、あとの3名は謎の魅力をたたえる素晴らしい美人だった。実は遭難した宇宙船の船長マッドはペテン師で、今回もある開拓星に美人たちを高く売り込もうと思って旅に出たところをカークたちに発見されたのである。

カークはロジャー・コービー博士なる人物の生死を確かめるため、ある惑星に向かう。コービー博士は宇宙考古学で得た医療法、医薬を人類に紹介し、医学の発展に多大の貢献をしていた。カークたちは、博士の助手ブラウン、美人のアンドレアたちの出迎えを受けたが、この2人がアンドロイド、すなわち人造人間であるのを知って驚く。

エンタープライズは、地球式の遭難信号SOSを受信して驚く。この付近に地球の植民星はないのだ。信号発信地付近へ降り立ったカークたちは、再び驚かされる。地上は400年前の地球の光景と同じであり、しかも荒れるがままに放置してあって、人の住む気配はなかった。この第2の地球で起こっている謎の解明に取り組むカークたちだったが……。

エンタープライズはフィモ植民星の荷物を降ろし、代わりに箱をひとつ受け取ったが、その箱の中に男が潜んでいて、カークを脅し、フィモ植民星、通称「悪魔島」へ連れ戻さないでくれと懇願する。フィモ植民星とは、犯罪者たちの流刑の星で、アダム博士が指揮官の地位にあり、犯罪者たちの人間改造と社会復帰教育が行われているのだった。

突如謎の立方体がエンタープライズの行く手を遮り、監視を始めた。この不思議な物体は、エンタープライズが光速の何倍かのスピードで逃げてもピタリとあとをつけてコースを邪魔するのだ。ついにカークは決断を下して立方体を攻撃、破壊するが、今度は巨大な球型の物体が接近してきた！

エンタープライズ号は、クリストファー・パイク大佐からの要請で宇宙基地M11に急行するが、それはスポックが出した偽の要請だった。スポックは以前、パイク大佐がエンタープライズの船長をしていた時にすでに科学主任として乗り組んでいたが、その当時、船は現在接近すら禁じられている謎のタロス星へ行った事実があった。

エンタープライズは植民星シグニア・マイナーに向かった。レイトン博士が画期的な合成食品を発明したと報告が入ったからだが、博士と会ったカークは驚くべきことを聞かされる。実はシグニア・マイナーに宇宙巡回劇団が来て公演していたのだが、その主催者でありスターであるカリディアンが、「死刑執行人」と異名を取った殺人鬼コドスと同一人物だというのだ。

エンタープライズ号へ地球の前哨基地から緊急連絡が入った。正体不明の宇宙船の攻撃を受け、基地が次々と破壊されているというのだ。しかもその敵の兵器が強烈きわまりないもので、防御スクリーンさえ何の役にも立たなかったのだ。カークたちは直ちに前哨基地へ駆けつけるが、その時初めて敵宇宙船の姿を目撃し、ロミラス星人が乗り込んでいることを知った。

3か月の激務を終えたカークたちは、全員に休暇を与えるため、ある惑星に接近し調査班を上陸させる。すると調査班の一員だったドクターが「不思議の国のアリス」に出てくるようなウサギと女の子を見たため、カークが降りて安全を確認することになったのだが……。

植民地ニューパリで伝染病が猛威をふるい、エンタープライズ号は緊急医薬品をマーカス3番星まで運ぶ任務につく。ところが、途中ムラサキ312として知られる科学現象に遭遇し、調査のために宇宙艇ガリレオが出発したことから大事件に巻き込まれる。

エンタープライズはある太陽系で不思議な惑星を発見、傍を通過しようとした時、カトーとカークの姿が突如消えてしまう。何者かの仕業でこの謎の惑星に転送されたに違いないと思うスポックは、ドクターたちを捜索隊として派遣する。調査ではその惑星は生命が存在できる状態ではないのだが、実際に惑星に降り立つと、森が茂り、地球と全く同じ条件であった。

エンタープライズは、地球の最前哨基地があるセスタス3号星の要請を受け、基地へ向かう。ところが基地はすでに完全に破壊されており、カークたちも何者かに激しい攻撃を受ける。敵を撃退し、逃走する敵船の追跡に移ったカークたちだったが、銀河の果てのある太陽系付近まで追っていったところ、敵船もエンタープライズも、謎の光線で静止させられる。

エンタープライズ号は宇宙飛行中にブラックスターという星の強烈な引力に引かれて自由を失う。この引力から逃れるために全動力を逆回転させた結果、バランスを失って宇宙の彼方に叩きつけられ、何と400年前の1960年代に戻ってしまった。一方、エンタープライズが接近するのをキャッチした地球のアメリカ空軍は……。

エンタープライズ号は激しいイオン嵐に遭遇し、船体にかなりの被害を受け、犠牲者1名を出した。このため、急きょ第11宇宙基地に寄港し、補修作業を受けることになったが、証拠品として提出したコンピューター日誌に、意外な事実が記録されていた。犠牲になったフィニー少佐は観測室へ入っていて、カークがその観測室を切り離したため死亡したというのだ。

100年前に行方不明となったパトロール艦アーコン号の手がかりを探すため、エンタープライズは惑星ベータ3に接近して、カトーとオニールが偵察班として上陸する。だがカトーは、人が変わったような異常な心理状態で戻ってきた。このため、今度はカークをリーダーとする偵察班が上陸するが、無表情に歩いていた人々が突如大歓声を上げ、夜通し大騒ぎを演じる。

エンタープライズは地球の古い宇宙船に遭遇する。船内には20世紀の人間が80名近くも人工冬眠器に入って眠り続けていた。しかも何かの影響で、その中の1人、リーダーとおぼしき男が冬眠から覚めてしまった。カンと名乗るこの男は、磁石のような不思議な吸引力を持つ偉丈夫で、20世紀に名をあげた英雄の典型的なタイプだった。

惑星エミニア7は隣接する惑星ベンディカーと戦争していたのだが、これは奇怪なコンピューター戦争とも呼ばれるべきもので、実際の戦いは行われず、その代わりにコンピューターが被害や死傷者を計算ではじき出す、一種のゲームのようなものだった。エンタープライズはこのコンピューター戦争に巻き込まれてしまう。

オミクロン・ケティ3番星には3年前から農地開拓者グループが移住していたのだが、宇宙のバーソルド光線の照射を受けていることが判明し、全員死亡したとみられていた。ところが、惑星に降り立ったカークたちを開拓者たちが出迎えた。カークたちは開拓者全員を宇宙基地へ撤去させようとするが、何故か彼らは頑としてそれを拒否する。

惑星ジェナス6から緊急連絡を受けたエンタープライズ号は、至急この古い植民星に向かう。ジェナス6には50年以前からペルジューム生産ステーションがあったが、最近この地下坑道に怪物が現れ、機械や人間を次々と犠牲にしていくというのだ。

地球が属する惑星連邦と、クリンゴン帝国の平和交渉が決裂し、ついに全面戦争に入った。カークたちは宇宙艦隊総司令部の命令で、惑星オルガニアに急行する。このオルガニアは戦略上、双方にとって重要な位置にあるため、クリンゴンの基地にされるのを阻止せよという命令だった。

パトロール中、エンタープライズは強烈な衝撃を受けた。原因不明の謎のショックで、全宇宙が影響を受けたらしい。衝撃の源と思われる惑星を調査すると、そこで発見したのは小さな宇宙艇と地球人と全く同じ1人の男だった。ラザラスと名乗るこの男の語るところによると、彼は数年来、自分たちの文明を破壊した悪魔を追い続け、この惑星に来たらしい。

エンタープライズは、何百万キロ彼方の宇宙から、時間に歪みを与える障害波が出ているのをキャッチし、その原因調査に急行する。そしてある惑星に原因が存在することを突き止めるが、そのときドクターが手に持っていた劇薬コルドラジンを、自分に注射してしまうという事故が起こった。結果、ドクターはカークたちが自分を殺そうとしていると思いこみ、惑星上に逃げてしまう。

エンタープライズは銀河の一画に起こった謎の事件の解答を得るため、惑星デネバへ向かう。記録によるとこの区域で、幾度か得体の知れない異常現象が起こり、文明が破壊されてしまっていた。過去の事件から推測すると、次はデネバで発生しそうだ。しかもデネバには、カーク船長の兄一家が住んでいるため、エンタープライズは全速でデネバへ向かう。

カークはスポックの様子がおかしい、と報告を受ける。調べてみるとスポックはバルカン人の生殖期を迎えており、直ちにバルカン星へ帰らなければ命の危険もあるという。カークはスポックのために司令部の命令を無視して彼をバルカン星へと連れて行く。ところがそこで2人は決闘することに……。

フォルクス4号星の近くで、エンタープライズ号は緑の巨大な手に捕まり、強制的に着陸させられる。そこでカークたちはギリシャ神話の神、アポロと名乗る男に遭遇する。アポロは彼らをこの星に永住させようとする。しかし、カークにはある考えがあった。

人間ほどの小さな宇宙船がエンタープライズ号に侵入してきた。言葉を語るこの宇宙船が言うには、自分のコンピューターには“不完全なるもの”を根絶せよとの指令を受けているという。もちろん、人間も含まれる。しかし、船長のカークという名前を聞くや、なぜか“あなたは私の設計者”だと言い出し、危害を加えなくなった。

カーク船長等4名は惑星ハルカンからの帰路、転送装置が折からのイオン嵐のため故障し、他の宇宙の、もうひとつのエンタープライズ号に転送された。同時に、他のエンタープライズ号の上陸班は、本来のエンタープライズ号に帰還した。もうひとつのエンタープライズ号では暴力が横行し、弱肉強食の状態であった。船長を殺した者が船長になるという具合なのだ。

カーク等は宇宙のパラダイスと呼ばれる惑星ガンマー6号に上陸、探検を始めた。一面美しい森におおわれた中に住民がいるというのだ。だが、一行が森の中を行くうちに、花が毒のめしべをとばしたり、あるいは電光によって隊員たちが次々に死んでいった。ガンマー6号は死のパラダイスとなった。

エンタープライズ号は遭難信号をキャッチするが、急行したL370太陽系は何者かに破壊されて、破片だけが宇宙に漂っていた。多くの惑星を粉々に破壊する恐るべき犯人は果たして何者なのか。やがて前方に、同僚のパトロール船コンステレーション号が操縦不能となって漂っているのを発見。カークたちが調査に向かって、船長のデッカー准将を収容する。デッカーの話では、犯人は巨大な怪物だったという。

Two powerful aliens threaten the well-being of the Enterprise and her crew.

Captain Kirk has a second run-in with the conman, Harry Mudd. Mudd is now the supreme ruler of a planet of androids who cater to his every whim.

A shuttle crew from the USS Enterprise encounters a man out of history and his mysterious alien companion.

The Enterprise must transport dignitaries to a peace conference, with an assassin on the loose.

The crew of the Enterprise become entangled in a planet's tribal power struggle.

Captain James T. Kirk becomes obsessed with destroying a deadly entity he once encountered in his youth.

A series of bizarre murders points to Mr. Scott as the prime suspect.

クリンゴン帝国との紛争の絶えない宙域にある宇宙ステーションK7に接近するエンタープライズ。シャーマン惑星だけで育てられる穀物クアドトリティケールをクリンゴンから護衛するために呼び出されたのだ。ところが、珍動物トリブルが繁殖し、この穀物を食べてしまう。

エンタープライズは無人惑星ガンマ2に接近し、装備点検のためにカーク、ウラ、チェコフの3名が上陸しようとした時、突如姿を消してしまった。残ったスポックたちは、ガンマ2を捜索するが発見できない。一方、当のカークたちは、見馴れぬ惑星上に投げ出され、惑星人たちに襲われて、捕虜となっていた。

惑星シグマ・イオタ2は、百年前に地球連邦のパトロール船ホライズン号が飛来して、文明に影響を与えていったことが判明したため、カークたちはその結果を調査しに訪れる。今や他の惑星の内政不干渉主義を決定した地球連邦としては、ホライズン号が好ましくない影響を与えていたとしたら、それを修正する義務があるのだ。

エンタープライズ号は休養をとるため、第6宇宙基地へ向かっていた。その途中、本艦隊から僚船イントレピッド号の救援に向かえとの命令を受けた。同号が音信を絶ったというのである。現場へ急行したエンタープライズ号は、そこで得体の知れぬ怪獣に遭遇する。

クリンゴンとの不干渉協定を結んだ未開の惑星を13年ぶりに訪れたカークは、昔平和に暮らしていた山と村の部落がお互いに戦っていることに驚く。船に戻ったカークは付近にクリンゴン船もいると知って、住民に銃を与えたのは彼らの仕業とにらんで、マッコイと共に再び調査に赴くが……。

ある惑星から発信された遭難信号を受信したエンタープライズは急行するが、不思議なことにそれは電波ではなく、また惑星上には何ら生命が存在しないことを知って驚く。この惑星は、50万年昔に激変が起こり、それ以来不毛の地と化していた。やがてスポックの探知器に、地下160キロの岩の中に強烈なエネルギー源があることが写し出される。

宇宙の一角に存在するゼオンとエコス星に接近したカークたちは、地球連邦の著名な歴史家、ジョン・ギルに連絡するが応答がない。実はジョン・ギルは、エコス星の文明発展を見守るオブザーバーとして、連邦から秘かに派遣されていたのだが、急に連絡が途絶えたのだった。

惑星オメガ4へ接近したエンタープライズは、周回軌道上に地球連邦のパトロール船エクセター号がいることを発見する。調査に赴いたカークたちは、エクセター内で恐ろしいものを見た。乗組員が全員小さな白い結晶となり果て、ユニフォームだけを残して死んでいたのだ。これは何者の成せる業なのか？

宇宙ステーションから緊急連絡を受け急行したエンタープライズは、驚くべき任務を命ぜられて関係者一同あ然となる。天才ディストロム博士の新発明、M5コンピューターをエンタープライズにセットし、乗組員はカーク船長以下わずか20名で、M5のコントロールによるテスト飛行を行うというのだ。

メリック船長の宇宙艇ビーグル号は、6年前に惑星4号の観測に向かったきり行方不明になっていた。エンタープライズ号が惑星4号に接近した時、その宇宙艇の残骸が浮遊しているのを発見した。宇宙艇がいん石に衝突し、航行不能に陥ってから、惑星4号に上陸したという可能性が考えられた。カーク船長ら3名は惑星4号に上陸し、驚くべき事実を知る。

エンタープライズでは歴史上の調査のため、光速を破るスピードで20世紀の過去に戻った。そして当時の人類に探知されぬよう電磁スクリーンを張って地球周回軌道に乗るが、その時突然、船は強烈なショックを受け、転送ルームに20世紀の背広姿の男が猫を抱いて現れる。

変わった形の宇宙船から一人の女がエンタープライズに乗り移り、スポックの頭脳を盗んで去る。24時間以内に元に戻さないとスポックは死ぬことになるため、カーク船長らはスポックの体を連れて頭脳探しに出かける。

エンタープライズはロミュラ帝国との間に設けられた中立ゾーンを通過し、ロミュラ領域を侵犯してしまった。これより数週間前からカーク船長が正確な判断を欠くようになっており、このロミュラ領域侵犯行為は、過労によるカーク船長のまれな過ちと思われた。そんな時、突如としてロミュラ宇宙艦隊が出現、エンタープライズを包囲する。

小惑星が衝突コースを接近、何らかの処置を講じなければ衝突によって破壊されるある惑星上に降り立ったカークたちは、そこにいた者たちの姿を見て驚く。その後カークは突如行方不明となるが、接近中の小惑星のコースを変えないと、衝突してこの惑星もろともカーク船長も飛び散るため、スポックは船長の捜索を一旦中止して小惑星に向けて飛び立つ。

惑星トリアカスから緊急連絡を受けたエンタープライズ。トリアカスに降り立ったカークたちが見たのは驚くべき光景、集団自殺だった。生き残っているのは子供たちだけ。しかも子供たちは親の悲劇を何も知らぬかの如く、楽しそうに遊びまわっているのだ。

エンタープライズは宇宙会議に出席したメデューサ大使を母星へ送り届ける任務を受ける。しかしメデューサ人は異形の種族で、人間が肉眼で見ると精神が錯乱する。そのために特別の容器に入っており、付き添いとして心理学者ミランダが同行していた。

エンタープライズはメルコト星の調査に向かった。いまだかつてメルコト星の生物と接触を持ったことのない地球連邦は、平和の使者としてエンタープライズを派遣したのだ。ところがエンタープライズの行く手にメルコト星人の宇宙ブイが立ちふさがり、直ちに引き返せと警告を与えてきた。

新星に変わりかけているミナラの観測ステーションを撤収するため、カークとスポック、マッコイの3人はその第三惑星に赴く。ところがステーションには調査員の姿はなく、記録装置には彼らが怪光線と共に消え失せた場面が写っていた。そしてカークたちも同じ怪光線で惑星の地下に運ばれる。

宇宙艦隊司令部の極秘任務についたエンタープライズは、宇宙の彼方の恒星系におもむき、トロイアス星でペトリ大使を収容し、更にエラス星で王女エラン一行を収容した。この時初めて任務の内容が大使の口から明らかにされる。